vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-09-21T14:51:13+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5061Rapports par système2022-09-21T14:51:13+02:00Mathieu GiraudRapports par système
"Comme avant", demande donc #5059 et #5060.
"Comme avant", demande donc #5059 et #5060.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5062Nouveau preset2022-10-03T11:59:09+02:00Mathieu GiraudNouveau preset![image](/uploads/efc2b3ece3d37466851fc96a986dcd34/image.png)![image](/uploads/efc2b3ece3d37466851fc96a986dcd34/image.png)Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5064Erreur sur grep reads2022-10-04T12:03:20+02:00Mikaël SalsonErreur sur grep readsTenté un grep reads là dessus : https://app.vidjil.org/54221-30?clone=81
Le process a bien tourné, mais ensuite erreur « File could not be read ». En regardant sur le serveur, le fichier n'existe pas. Le répertoire `out-128383/seq` est ...Tenté un grep reads là dessus : https://app.vidjil.org/54221-30?clone=81
Le process a bien tourné, mais ensuite erreur « File could not be read ». En regardant sur le serveur, le fichier n'existe pas. Le répertoire `out-128383/seq` est vide : il n'y a pas de fichier clone.fa-*. Pourtant le processus Vidjil est bien lancé avec l'option `--out-clone-files`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5065Warning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers2022-10-12T12:03:08+02:00Thonier FlorianWarning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrai...~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrait déjà pouvoir les détecter et indiquer que les séquences sont extrêmement similaires. Probablement déjà la cas, mais nous n'avons pas accès aux données pour le moment. -> Il y a déjà bien le warning W53 (highly similar).
* [ ] Être plus spécifique en indiquant que la variation est située au niveau du primer. Pour ça, il faut être capable d'exploiter les données des primers.
* [ ] À terme, pouvoir en faire un merge automatique depuis l'algo, mais dans ce cas il faut trancher sur le nucléotide à privilégier. Dans le cas présent, les deux clonotypes sont présent dans la même proportion. S'appuyer sur la séquence germline ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5067Axis size: be able to invert values2022-10-03T11:30:28+02:00Thonier FlorianAxis size: be able to invert valuesA user asked to add a preset "locus by size", but I saw that in this case, biggest size are on the bottom of the grid and smaller value at the top. In this case, it is probably more accurate to show values in the other way.
Example with...A user asked to add a preset "locus by size", but I saw that in this case, biggest size are on the bottom of the grid and smaller value at the top. In this case, it is probably more accurate to show values in the other way.
Example with demo-X5 sample: ![Screenshot_20221003_112919](/uploads/0c244a57611f77873a36fc227b47158f/Screenshot_20221003_112919.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5068New axis: locus including incomplete2022-10-03T11:42:49+02:00Thonier FlorianNew axis: locus including incompleteA feature asked during a meeting: Possibility to merge locus+incomplete in some case (scatterplot).
Create this axis can be easy, but we need to think about the repercussion on other showed values or scatterplot with splitted locus val...A feature asked during a meeting: Possibility to merge locus+incomplete in some case (scatterplot).
Create this axis can be easy, but we need to think about the repercussion on other showed values or scatterplot with splitted locus value.
Axis `V/5' gene`automatically split scatterplot by locus. Should we create a new axis or add a new settings checkbox as "merge with incomplete". In this case, clonotype should keep their own color or not ? Limited to scatterplot or not ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5071Lever un nouveau warning si mutation seulement dans les primers ?2022-10-04T16:32:42+02:00Mathieu GiraudLever un nouveau warning si mutation seulement dans les primers ?@flothoni : "ce serait une fonction au retour du calcul des primers"@flothoni : "ce serait une fonction au retour du calcul des primers"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5073Migration py4web2024-02-20T15:37:21+01:00Thonier FlorianMigration py4webListe des points à traiter pour py4web, !1121
## bloquant
* [x] nom des samples (+ bloque l'ouverture des résults)
* [x] création user (quelques routes)
* [x] init base de données =\> bloque les tests cypress
* [x] affichage du status ...Liste des points à traiter pour py4web, !1121
## bloquant
* [x] nom des samples (+ bloque l'ouverture des résults)
* [x] création user (quelques routes)
* [x] init base de données =\> bloque les tests cypress
* [x] affichage du status d'une analyse (lien avec la bdd lors de l'avancement) #5076
* [x] rebaser la branche sur `dev`
* [ ] #5180; script migration web2py vers py4web @fthonier
* [x] #5185; Inconstance de la DB (certains appels retournent None alors que présents ou nouvellement créé) @clement.chesnin et @fthonier
* [x] #5190; Pipeline pour les tests unitaires @clement.chesnin
* [x] #5189; check that all download function work
* [x] #5194; download gosu
* [x] #5202; Check pre-process with py4web
* [x] #5204; compare samples fail
* [x] #5210; Fix CGI for py4web
* [x] #5213; loading analysis is not working
* [x] #1397; link to open results
## prioritaire
* [x] custom fuse (contrôleur ou serveur python pour les faire à la volée) ==\> en cours, service d'avant
* [x] convertir test-server_base en py4web (construction/lancement docker sur py4web) ==\> vidjil!1238 @flothoni
* [x] lignes dupliquées dans les sets (pour l'instant pas de limite sample/set; lié au status dans la db)
* [x] liste result sur la page patient, run set (pour l'instant id config, mais pas le lien vers les résultats) ==\> jouable pour Marc
* [x] download results file (ok pour les fused du client, là on parle de dl)
* [x] mettre en place l'archi pour les tests API (si modification) ==\> @duez quelques modifs en cours, on devra continuer #5077
* [x] #5157 et !1342; Verifier API pour les json et le login (les routes restent les mêmes donc pas de souci en théorie, verifier la sortie json) @fthonier
* [x] #5178 parse des erreurs py4web pour les afficher proprement (nb modal qui change la disposition de la page) @fthonier
* [x] #5179 tests unitaires qui n'ont pas de routes (changement de méthode nécessaire) @clement.chesnin
* [ ] doc interne
* [ ] Ensemble des scripts adhoc de web2py compatible py4web ?
* [x] #5191; (client) return that an server error occured when it is
## nettoyage
* [x] #5184; Virer web2py
* [x] #5183; Mettre à jour toute la documentation qui fait référence au serveur web2py
* [x] #5182; Retirer les fichiers de demo de py4web; bulma, vue, ...
## secondaire
* [x] #5078; impersonate (pour l'instant bypass; avancée dans son intégration dans py4web vanilla) @clement.chesnin
* [ ] #5181; fonctionnement du script `create_clone_db.py`
* [x] #5169; Redirection 303 en cas de création d'users @clement.chesnin
* [ ] #5186; Serveur de review @fthonier
* [x] #5187; Se passer de uWSGI ?
* [ ] #2019; état des process + page admin en général
* [x] taille du fichier toujours à 0Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5074Échec occasionnel des tests Cypress sur Chrome Legacy2022-10-17T18:20:02+02:00Mikaël SalsonÉchec occasionnel des tests Cypress sur Chrome LegacyDans un [essai de reproductibilité](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/pipelines/644610), 6 fois sur 30 les tests Chrome Legacy ont échoué sur `test_configs.js` (test `00-config_airr`) avec ce message :
```
`cy.then()` failed beca...Dans un [essai de reproductibilité](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/pipelines/644610), 6 fois sur 30 les tests Chrome Legacy ont échoué sur `test_configs.js` (test `00-config_airr`) avec ce message :
```
`cy.then()` failed because you are mixing up async and sync code.
In your callback function you invoked 1 or more cy commands but then returned a synchronous value.
Cypress commands are asynchronous and it doesn't make sense to queue cy commands and yet return a synchronous value.
You likely forgot to properly chain the cy commands using another `cy.then()`.
The value you synchronously returned was: `true`
at getRet (http://localhost/__cypress/runner/cypress_runner.js:137733:19)
at tryCatcher (http://localhost/__cypress/runner/cypress_runner.js:10798:23)
at Function.Promise.attempt.Promise.try (http://localhost/__cypress/runner/cypress_runner.js:8072:29)
at Context.thenFn (http://localhost/__cypress/runner/cypress_runner.js:137744:23)
at Context.then (http://localhost/__cypress/runner/cypress_runner.js:138183:21)
at Context.<anonymous> (http://localhost/__cypress/runner/cypress_runner.js:153308:21)
From Your Spec Code:
at Context.eval (http://localhost/__cypress/tests?p=cypress/support/index.js:811:42)
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5075Isotypes IGH2022-10-21T12:47:35+02:00Anne de SeptenvilleIsotypes IGHJ'essaie de mettre au point un protocole permettant d'amplifier le clone de mes patients LLC sur le cDNA, quelques soit l'isotype, donc avec 4 amorces reverse (Cmu, Cga, Cde, Cal). L'amorce forward est située dans L-PART-1. Jusque là nou...J'essaie de mettre au point un protocole permettant d'amplifier le clone de mes patients LLC sur le cDNA, quelques soit l'isotype, donc avec 4 amorces reverse (Cmu, Cga, Cde, Cal). L'amorce forward est située dans L-PART-1. Jusque là nous utilisions en routine la combinaison Cmu + Cga qui fonctionne pour la majorité des cas. J'essaie d'utiliser l'analyse "IGH/isotypes" pour essayer de caractériser au mieux mes échantillons mais le fait que Vidjil affiche une combinaison JH / isotype ne rend pas la lecture facile quand le patient a plusieurs clonotypes.
Exemple d'un patient avec 2 clonotypes J4:
https://app.vidjil.org/54306-2?
https://app.vidjil.org/54306-37?
![221013_LER](/uploads/3daef2bc1d94bda90cdda534fed98f2f/221013_LER.png)
Serait-il possible d'avoir un graphique VH / Isotype ? (avec idéalement un regroupement sur le CDR3 comme habituellement)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5076py4web : statut des tâches et relancement au redémarrage2022-10-19T18:05:30+02:00Mathieu Giraudpy4web : statut des tâches et relancement au redémarrage
@duez : "Les fonctions `register_task()` et `update_task()` definiess dans `task.py` servent a mettre a jour la table `scheduler_task` héritée de web2py et doivent etre utilisées a la place des anciens "return 'SUCCESS'", "return 'STOPP...
@duez : "Les fonctions `register_task()` et `update_task()` definiess dans `task.py` servent a mettre a jour la table `scheduler_task` héritée de web2py et doivent etre utilisées a la place des anciens "return 'SUCCESS'", "return 'STOPPED'", ... pour conserver."
Pour Vidjil, c'est bon, pour MiXCR et autres à faire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5079Faire un axe pour les warnings2022-10-21T13:04:09+02:00Mathieu GiraudFaire un axe pour les warnings
Compliqué quand il y a plusieurs warnings, mais on peut au moins faire "pas de warning / des warnings"
ou bien "pas de warning / W20 / W21 / ... / plusieurs warnings"
Compliqué quand il y a plusieurs warnings, mais on peut au moins faire "pas de warning / des warnings"
ou bien "pas de warning / W20 / W21 / ... / plusieurs warnings"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5080Sélectionner tous les clones avec un certain warning2022-11-10T17:23:09+01:00Mathieu GiraudSélectionner tous les clones avec un certain warningdiscuté ensemble
Sur le tableau actuel dans info sample
Est-ce remplacer la sélection ? Ou, plus flexible, "add to selection" ?discuté ensemble
Sur le tableau actuel dans info sample
Est-ce remplacer la sélection ? Ou, plus flexible, "add to selection" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5082Un preset pour mieux voir la contamination ?2023-03-28T16:09:52+02:00Mathieu GiraudUn preset pour mieux voir la contamination ?
- preset Main sample / Number of samples ?
- ou éventuellement un bouton pour sélectionner les clones présents dans plusieurs samples ?
-
- preset Main sample / Number of samples ?
- ou éventuellement un bouton pour sélectionner les clones présents dans plusieurs samples ?
-Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5084tSNE sur toute la séquence ?2022-10-26T14:01:20+02:00Mathieu GiraudtSNE sur toute la séquence ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5085Follow-up from "Feature t/fuse del temp file prefuse"2022-11-15T15:32:52+01:00Mathieu GiraudFollow-up from "Feature t/fuse del temp file prefuse"The following discussion from !1245 should be addressed:
[discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1245#note_753768):
> @mikael-s : "hum, enlever `*`"The following discussion from !1245 should be addressed:
[discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1245#note_753768):
> @mikael-s : "hum, enlever `*`"Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5087Follow-up from "Resolve "Axe "number of samples" don't work"" ==> hotfix2022-11-10T17:22:13+01:00Mathieu GiraudFollow-up from "Resolve "Axe "number of samples" don't work"" ==> hotfixThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5088fuse.py: --overlaps, ordre des paramètres de fuse2022-11-17T16:08:58+01:00Mathieu Giraudfuse.py: --overlaps, ordre des paramètres de fuse
@flothoni: "avec les distributions, il y a parfois des soucis dans le parse des arguments 'nargs' (distributions, fichiers). Il faut que le `-d` ne soit pas le dernier. Une manière est de mettre `--overlaps`, mais sinon on peut aussi ju...
@flothoni: "avec les distributions, il y a parfois des soucis dans le parse des arguments 'nargs' (distributions, fichiers). Il faut que le `-d` ne soit pas le dernier. Une manière est de mettre `--overlaps`, mais sinon on peut aussi juste intervertir les arguments."
==> rajouter un `--file` pour les fichiers ? (mais ~"server-task.py").https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5089Rapport et "presets" communs entre plusieurs analyses : locus ?2022-11-17T16:22:30+01:00Mathieu GiraudRapport et "presets" communs entre plusieurs analyses : locus ?Suite à !1247
> Locus: ils sont ignorés pour l'instant. On laisse comme cela pour l'instant, on verra ensuite...
à voir après déploiement et discussion avec usagersSuite à !1247
> Locus: ils sont ignorés pour l'instant. On laisse comme cela pour l'instant, on verra ensuite...
à voir après déploiement et discussion avec usagershttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5090shortcut; export popup loose focus and block escape action2022-11-18T13:51:27+01:00Thonier Florianshortcut; export popup loose focus and block escape action