vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-06-07T14:25:30+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2512"compare samples for this patient" pour les sample sets2017-06-07T14:25:30+02:00Mathieu Giraud"compare samples for this patient" pour les sample setshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2513Comment déplacer efficacement un élément dans le DOM ?2023-03-01T16:58:21+01:00Mathieu GiraudComment déplacer efficacement un élément dans le DOM ?Voir #1740.
Discussion avec @heto
`.insertAfter` ? `.appendChild` ?Voir #1740.
Discussion avec @heto
`.insertAfter` ? `.appendChild` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2514Que devient l'auto-expansion du segmenteur en responsive ?2017-06-07T13:44:43+02:00Mathieu GiraudQue devient l'auto-expansion du segmenteur en responsive ?Discuté avec @heto et @mikael-s tout à l'heure. À revoir après #2500 / #1740 : utiliser tel quel le même mécanisme, le recoder si besoin, utiliser quelque chose de plus générique qui pourrait aussi concerner d'autres vues ?Discuté avec @heto et @mikael-s tout à l'heure. À revoir après #2500 / #1740 : utiliser tel quel le même mécanisme, le recoder si besoin, utiliser quelque chose de plus générique qui pourrait aussi concerner d'autres vues ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2515Permettre de changer la taille entre différents éléments du responsive2023-03-01T16:57:17+01:00Mathieu GiraudPermettre de changer la taille entre différents éléments du responsiveVu avec @heto
Suite à #2500, que ce soit entre les panels A/B/C voire entre les vues dans un panel, on aimerait pouvoir avoir un séparateur déplaçable (avec certaines contraintes comme les 400px). Mais ce n'est pas le plus important po...Vu avec @heto
Suite à #2500, que ce soit entre les panels A/B/C voire entre les vues dans un panel, on aimerait pouvoir avoir un séparateur déplaçable (avec certaines contraintes comme les 400px). Mais ce n'est pas le plus important pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2516Est-ce que les vues ont une largeur maximale ?2021-11-23T16:36:19+01:00Mathieu GiraudEst-ce que les vues ont une largeur maximale ?Suite à #2500, on se demande si les vues `info` et `liste` devraient avoir une largeur maximale (donc fixe) ou pas.
cc @hetoSuite à #2500, on se demande si les vues `info` et `liste` devraient avoir une largeur maximale (donc fixe) ou pas.
cc @hetohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2517Tests pour la vue info2017-06-07T17:40:30+02:00Mathieu GiraudTests pour la vue infoSuite à !54, faire quelques tests unitaires sur la vue info.Suite à !54, faire quelques tests unitaires sur la vue info.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2518Erreur de permission dans l'utilisation du compare samples2017-09-12T14:58:39+02:00Mikaël SalsonErreur de permission dans l'utilisation du compare samplesAurélie a obtenu de nombreuses erreurs lors de l'utilisation du custom. Par exemple :
```
default/get_custom_data : you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (16614)you ...Aurélie a obtenu de nombreuses erreurs lors de l'utilisation du custom. Par exemple :
```
default/get_custom_data : you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (22815)you do not have permission to consult this element (22817)you do not have permission to consult this element (22827)you do not have permission to consult this element (22829)
```
Voir un exemple ici auquel Aurélie n'accède pas : http://app.vidjil.org/?custom=22626&custom=22628& alors que les deux échantillons sont bien accessibles par Aurélie : http://app.vidjil.org/?sample_set_id=22628&config=25 et http://app.vidjil.org/?sample_set_id=22626&config=25
Quand on cherche `permission to consult` dans `vidjil-debug.log` on se rend compte que ce n'est pas la seule à avoir rencontré ce genre de problème.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2519Restes de "patient" pour les sample sets2017-09-12T17:29:01+02:00Mathieu GiraudRestes de "patient" pour les sample setsSuite à #2512, est-ce que quelqu'un peut m'éclairer sur les restes de `patient` dans les vues `sample_set/` ?
---
`sample_set/all.html`
```
{{if auth.can_create_patient():}}
sample_set/all.html-<span class="button2" onclick="db....Suite à #2512, est-ce que quelqu'un peut m'éclairer sur les restes de `patient` dans les vues `sample_set/` ?
---
`sample_set/all.html`
```
{{if auth.can_create_patient():}}
sample_set/all.html-<span class="button2" onclick="db.call('{{=helper.get_add_route()}}')"> + new {{=helper.get_type_display()}} </span>
```
Le droit `create_patient` signifie-t-il bien qu'on a le droit de créer tout type de sample sets ? Il faudrait dans ce cas mettre à jour la doc et renommer ce qui est visible en "create sample sets (patients, runs, ...)"
---
`sample_set/custom.html`
```
<td class="column_200"> patient </td>
```
à changer ?
---
`sample_set/index.html`
```
<td> <a {{if row.sequence_file.data_file == None :}} {{=XML("class='inactive' title='file is missing' ")}}
{{else:}} href="{{=URL('patient','download', scheme='https',
```
Euh ?
---
`sample_set/permission.html`
```
{{if not auth.can_modify_patient(request.vars["id"]) :}}
<div>you need admin access on this patient if you want to change permission </div>
```
Euh ? Permission générique de modifier un sample_set ?
---
cc @RyanHerb, @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2520On a moins de 100 clones avec la config MiXCR2023-03-01T16:59:27+01:00Mikaël SalsonOn a moins de 100 clones avec la config MiXCRDemande de Anne :
> Pour les analyse MiXCR je n'ai pas compris pourquoi quand on demande via le filtre de visualiser 100 clones, l'interface en affiche systématiquement moins de 100, même en mettant le curseur à fond.
@RyanHerb une idée ?Demande de Anne :
> Pour les analyse MiXCR je n'ai pas compris pourquoi quand on demande via le filtre de visualiser 100 clones, l'interface en affiche systématiquement moins de 100, même en mettant le curseur à fond.
@RyanHerb une idée ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2521Mettre les noms de famille dans les logs2017-07-07T15:46:09+02:00Mikaël SalsonMettre les noms de famille dans les logsDans les logs, les actions des utilisateurs sont enregistrées avec leur prénom. Mais c'est ambigu (cf. #2518 où il y avait ambiguité sur Aurélie).Dans les logs, les actions des utilisateurs sont enregistrées avec leur prénom. Mais c'est ambigu (cf. #2518 où il y avait ambiguité sur Aurélie).Web 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2522Avoir un retour à l'utilisateur lorsqu'on choisit un fichier "network"2017-07-12T15:09:50+02:00Mathieu GiraudAvoir un retour à l'utilisateur lorsqu'on choisit un fichier "network"Discuté avec Aurélie ce matin.
En mode "network", la sélection d'un fichier dans la fenêtre jstree n'est pas suffisante. Ce serait intéressant (et cohérent avec ce qui se fait sur un fichier habiutel) de recopier le nom du fichier sélect...Discuté avec Aurélie ce matin.
En mode "network", la sélection d'un fichier dans la fenêtre jstree n'est pas suffisante. Ce serait intéressant (et cohérent avec ce qui se fait sur un fichier habiutel) de recopier le nom du fichier sélectionné quelque part.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2523Fichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/...2018-03-06T16:22:03+01:00Mathieu GiraudFichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/index.htmlActuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'es...Actuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'est possible), et/ou une indication quelque part comme quoi ce fichier est "network" (si c'est possible).
prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2524Fichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.html2017-07-05T10:46:36+02:00Mathieu GiraudFichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.htmlÉvoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce ...Évoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce type de fichiers.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2525"Vidjil is loading": Le bouton login fonctionne-t-il du premier coup ?2018-04-13T15:56:03+02:00Mathieu Giraud"Vidjil is loading": Le bouton login fonctionne-t-il du premier coup ?Aurélie nous signale qu'elle doit parfois cliquer deux fois pour s'identifier... (et j'ai aussi parfois cette impression, sans être vraiment sûr). Est-ce en lien avec #1113 ?
Ou avec des lenteurs du serveur ? Dans ce cas, faire un reto...Aurélie nous signale qu'elle doit parfois cliquer deux fois pour s'identifier... (et j'ai aussi parfois cette impression, sans être vraiment sûr). Est-ce en lien avec #1113 ?
Ou avec des lenteurs du serveur ? Dans ce cas, faire un retour à l'utilisateur qu'un chargement est en cours ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2526Discordance de productivité2024-02-06T16:46:02+01:00Mathieu GiraudDiscordance de productivitéAurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=3...Aurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=35
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHV3-7*01 1/GGAAGCCC/21 IGHJ6*01 338 nt, 607 958 reads (89.48%)
> AGGAGTCGGGGGGAGGCTTGGTCCAGGCCGGGGGGTCCCTGAGACTCTCATGCGTCGGCCACGGATTGAGTTTGAAGAAGGATTGGATGAGTTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGGAGGGGCTGGAGTGGGTGGCCTACATAAAGGAAGATGGAAATGGGAAACACTATGTGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCATCATCTTCAGAGACGACGCCAAGAACTCACTATATCTGGAAATGAACAGCCTGAGAGTCGAGGACACGGCTATGTATTATTGTGTGAGA
>
> GGGAAGCC
> CTGGGCGTTTGGGGGCCAAGGGACATCGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
cc @flothoniLille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2527Suppression de vue2017-10-13T12:43:02+02:00Mathieu GiraudSuppression de vuePeut-être afficher une croix/poubelle lorsqu'on est en édition de vues
@heto: quand on affiche les overlays, quelque chose en bas du menuPeut-être afficher une croix/poubelle lorsqu'on est en édition de vues
@heto: quand on affiche les overlays, quelque chose en bas du menuhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2528Positionnement précis des vues2021-11-23T15:17:22+01:00Mathieu GiraudPositionnement précis des vues@heto : on pourrait, avec des overlays, afficher précisément la zone du panel où la vue serait ajoutée. (Voire choisir la zone, avec du drag et drop, ~"!-hard").
Pas le plus urgent pour l'instant.@heto : on pourrait, avec des overlays, afficher précisément la zone du panel où la vue serait ajoutée. (Voire choisir la zone, avec du drag et drop, ~"!-hard").
Pas le plus urgent pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2529Simple clic : une vue à sa bonne place2017-10-13T12:43:02+02:00Mathieu GiraudSimple clic : une vue à sa bonne placeDans le panel par défaut, ou sinon dans le dernier panel mis.Dans le panel par défaut, ou sinon dans le dernier panel mis.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2530Geste pour l'édition des vues2020-06-23T09:35:05+02:00Mathieu GiraudGeste pour l'édition des vuesPour l'instant double clic (#2529).
On verra plus tard quel sera le geste exact: appui long ? drag/drop ? clic+shift ? et sur tablette/mobile ?Pour l'instant double clic (#2529).
On verra plus tard quel sera le geste exact: appui long ? drag/drop ? clic+shift ? et sur tablette/mobile ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2531Lorsque finalement on n'ajoute pas de nouvelle vue2017-10-13T12:43:02+02:00Mathieu GiraudLorsque finalement on n'ajoute pas de nouvelle vueRe-clic sur le numéro de la vue (voire mêem sur le menu), il ne se passe rien.Re-clic sur le numéro de la vue (voire mêem sur le menu), il ne se passe rien.