vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-08-05T15:10:21+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4452Sample metadata: How could we specify in a .vidjil file that a sample is a di...2020-08-05T15:10:21+02:00Mathieu GiraudSample metadata: How could we specify in a .vidjil file that a sample is a diagnosis sample?Or that it has other tags/properties ?
@flothoni : "see also !654"Or that it has other tags/properties ?
@flothoni : "see also !654"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4450Pouvoir masquer les clones peu sûrs sur toutes les vues2020-08-04T14:13:17+02:00Mathieu GiraudPouvoir masquer les clones peu sûrs sur toutes les vuesAvoir une option pour que le `getSize` des clones peu sûrs (zone grise, < 5 reads) passe à 0 reads.
Ou filtre/slider là-dessus ?
Mais est-ce que cela influe sur le total des clones ? Sur les clones de distribution ?Avoir une option pour que le `getSize` des clones peu sûrs (zone grise, < 5 reads) passe à 0 reads.
Ou filtre/slider là-dessus ?
Mais est-ce que cela influe sur le total des clones ? Sur les clones de distribution ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4451Représenter différement et/ou pouvoir masquer les clones peu sûrs dans le graphe2020-08-04T12:04:08+02:00Mathieu GiraudReprésenter différement et/ou pouvoir masquer les clones peu sûrs dans le grapheDiscussion avec ~"LIL-Immuno" : si un clone est peu sûr (zone grise, < 5 reads), ils peuvent néanmoins avoir une impact visuel trop fort sur ~"client-graph".
- afficher en pointillés (ou autre) la porition de courbe dès qu'un des deux ...Discussion avec ~"LIL-Immuno" : si un clone est peu sûr (zone grise, < 5 reads), ils peuvent néanmoins avoir une impact visuel trop fort sur ~"client-graph".
- afficher en pointillés (ou autre) la porition de courbe dès qu'un des deux points voisinants est peu sûr ?
- avoir une option pour ne pas afficher cette portion de courbe ?
- ou les deux en même temps
Une autre solution, plus radicale, est #4450.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4448Graphe : supprimer la barre grise verticale lors de l'export png/svg2020-08-04T10:09:29+02:00Mathieu GiraudGraphe : supprimer la barre grise verticale lors de l'export png/svgLorsqu'on fait un export du ~"client-graph", la barre verticale n'indique plus grand chose.
Si on a un .svg (#3464), on peut certes la supprimer à la main, mais ne faudrait-il pas la supprimer par défaut durant l'export ?
cc @duezLorsqu'on fait un export du ~"client-graph", la barre verticale n'indique plus grand chose.
Si on a un .svg (#3464), on peut certes la supprimer à la main, mais ne faudrait-il pas la supprimer par défaut durant l'export ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1951Légende sur l'export svg2020-08-04T10:09:29+02:00Vidjil TeamLégende sur l'export svgRando 2016: suggéré par un anonyme. Des détails ?
***
@nobodyRando 2016: suggéré par un anonyme. Des détails ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4449Graphe : avoir des exports png/svg plus beaux2020-08-04T10:09:28+02:00Mathieu GiraudGraphe : avoir des exports png/svg plus beauxLes export `png` ne font pas très propres quand on les inclut dans un article.
Certes, avoir de nouveau un export `svg` #3464 améliorerait déjà les choses, et permettrait de retravailler à volonté, mais on pourrait proposer un export pl...Les export `png` ne font pas très propres quand on les inclut dans un article.
Certes, avoir de nouveau un export `svg` #3464 améliorerait déjà les choses, et permettrait de retravailler à volonté, mais on pourrait proposer un export plus propre par défaut (même si ce ne sera jamais "parfait").
Je parle ici du ~"client-graph".
Ne faudrait-il pas retravailler le ~"client-less-css" du svg ? Les lignes qui servent à représenter les clones qui n'apparaissent qu'une seule fois sont elles pertinentes en export ? Mettre des points/croix pour les clones ?
Fonte : avoir quelque chose de plus neutre que notre fonte par défaut ?
Légendes du ~"client-graph" : mettre plus d'informations, comme dans !747 ? Et #1951.
Des éléments à supprimer toujours/parfois ? #4448, #4201 ?
Et le format : le "wide" du `graph.resize(1400,800)` en dur est trop espacé s'il n'y a que 2 ou 3 samples. Dynamique par rapport au nombre de samples ?
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4447Positionner correctement les axes du graphes à l'initialisation2020-08-04T09:28:18+02:00Mathieu GiraudPositionner correctement les axes du graphes à l'initialisationhttps://app.vidjil.org/3241-25 : à l'initialisation, les axes du ~"client-graph" viennent du coin supérieur gauche et, selon la machine, mettent quelques secondes à être au bon endroit. Ce n'est pas très beau, il faudrait soit les positi...https://app.vidjil.org/3241-25 : à l'initialisation, les axes du ~"client-graph" viennent du coin supérieur gauche et, selon la machine, mettent quelques secondes à être au bon endroit. Ce n'est pas très beau, il faudrait soit les positionner directement, soit attendre qu'ils soient positionnés pour afficher le ~"client-graph".
Voir aussi #4112 et #2489.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2489Initialiser la position des germlines V/D/J au bon endroit approximatif2020-08-04T09:28:11+02:00Mathieu GiraudInitialiser la position des germlines V/D/J au bon endroit approximatifcc @RyanHerbcc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4112Initialisation "Vidjil is loading" / splash screen2020-08-04T09:28:11+02:00Mathieu GiraudInitialisation "Vidjil is loading" / splash screenÉvoqué avec @duez : pour l'instant, rien de vraiment propre à l'init, cela peut prendre du temps, entre la latence du serveur et l'initialisation de l'ensemble. Faire patienter joliment nos usagers.Évoqué avec @duez : pour l'instant, rien de vraiment propre à l'init, cela peut prendre du temps, entre la latence du serveur et l'initialisation de l'ensemble. Faire patienter joliment nos usagers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4445fuse.py : se souvenir de tous les clones, mais ne pas les sortir ?2020-08-03T10:49:48+02:00Mathieu Giraudfuse.py : se souvenir de tous les clones, mais ne pas les sortir ?Vu avec @flothoni
Actuellement, pour avoir un calcul exact, il faudrait `-t 10000` ou plus, mais soucis de mémoire ou autre...
Peut-être une nouvelle option `-T` qui garde "tout" en mémoire (mais de manière la plus légère possible pou...Vu avec @flothoni
Actuellement, pour avoir un calcul exact, il faudrait `-t 10000` ou plus, mais soucis de mémoire ou autre...
Peut-être une nouvelle option `-T` qui garde "tout" en mémoire (mais de manière la plus légère possible pour ceux après le `-t`, comme ce qu'on veut pour !724).
Mais finalement cela a probablement peu d'impact pour !465 dans la plupart des cas, on expérimentera déjà !465 avec ce qu'on a.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4413Erreur Javascript `isActive` lors de la mise à jour d'un clone dans le scatte...2020-07-31T17:58:37+02:00Mikaël SalsonErreur Javascript `isActive` lors de la mise à jour d'un clone dans le scatterplot chez plusieurs utilisateursDans les logs de debug cette erreur revient chez pas mal d'utilisateurs
```
default.py:53 /client/: TypeError: Cannot read property 'isActive' of undefined
at ScatterPlot.updateClone (http://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:886:13)...Dans les logs de debug cette erreur revient chez pas mal d'utilisateurs
```
default.py:53 /client/: TypeError: Cannot read property 'isActive' of undefined
at ScatterPlot.updateClone (http://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:886:13)
at ScatterPlot.updateClones (http://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:810:18)
at ScatterPlot.update (http://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:774:18)
at ScatterPlot.resize (http://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:564:14)
at http://app.vidjil.org/js/view.js:318:22
```
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4426Les tests IgBlast ne fonctionnent plus2020-07-31T17:56:14+02:00Thonier FlorianLes tests IgBlast ne fonctionnent plusLes tests external imgt ne passent plus. Voir demain si c'est temporaire. C'est valable quelque soit le browser utilisé.Les tests external imgt ne passent plus. Voir demain si c'est temporaire. C'est valable quelque soit le browser utilisé.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4419Taille des sorties / utilisation du disque dans un serveur, particulièrement ...2020-07-31T17:52:24+02:00Mathieu GiraudTaille des sorties / utilisation du disque dans un serveur, particulièrement en -y allBeaucoup d'issues ces derniers temps sur la taille des sorties et l'occupation du disque en `-y all`.
Issue ici pour faire le point, que ce soit sur les choses déjà faites ou les choses possibles.
cc @flothoni @mikael-s
Sur un lanceme...Beaucoup d'issues ces derniers temps sur la taille des sorties et l'occupation du disque en `-y all`.
Issue ici pour faire le point, que ce soit sur les choses déjà faites ou les choses possibles.
cc @flothoni @mikael-s
Sur un lancement de `vidjil-algo`, indépendament de tout ~server :
- --no-windows, --no-airr, --no-windows #3861
- clone.fa #4386
- .vdj.fa #4387 (et #3795)
- .vidjil allégé #4036 (#4334, #4343)
- .vidjil.gz #4253
Sur interaction avec ~"server-database" / ~"server-hosting" :
- vijdil.gz #2015 (après #4254)
- supprimer .vidjil après insertion dans db #4388
- nettoyer régulièrement `/tmp/` vdj#1083.
Documenter également cela:
- pour vidjil-algo, 1 sample
- pour "server requirements"
Avec 2020.06, sur `-g germline/homo-sapiens.g -r 1 -y all` (pas fait `-3` ou autre, mais cela devrait être négligeable)
Autres colonnes/lignes bienvenues.
| | S22 | L3.0 | lil #4386
| ---- | ------ | ------ | ------ |
| *.fasta.gz* |*405 KB*| -- |
| *.fastq.gz* | -- |*308 MB*|
| .vidjil | 16 MB | 180 MB |
| .tsv | 3.3 MB | 30 MB |
| .vdj.fa | 3.5 MB | 56 MB |
| .windows.fa | 726 KB | 7.1 MB |
| seq/* | 43 MB | 415 MB | 15.1 GB
| total | 66 MB | 687 MB | 27.3 GB
| ---- | ------ | ------ |
| .vidjil.gz | 980 K | 15 MB |
Et .edges et .log sont négligeables.
(au passage, `--gz` et gzip du fichier .vidjil donnent en gros la même taille... mais pas exactement le même fichier)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4443nouvelles URL, erreur de chargement2020-07-31T16:08:58+02:00Thonier Floriannouvelles URL, erreur de chargementDepuis les nouvelles URL de cette semaine, j'ai une erreur sur ce patient, dependament si je l'ouvre avec l'ancienne ou la nouvelle URL:
* Le nouvelle fonctionne; https://app.vidjil.org/31199-2?
* L'ancienne ne fonctionne pas; https://a...Depuis les nouvelles URL de cette semaine, j'ai une erreur sur ce patient, dependament si je l'ouvre avec l'ancienne ou la nouvelle URL:
* Le nouvelle fonctionne; https://app.vidjil.org/31199-2?
* L'ancienne ne fonctionne pas; https://app.vidjil.org/31199-2?clone=0
L'erreur retournée provient su script `url.js`, ligne 94, appel à la fonction `c.isVirtual`. Cete fonction n'est plus sensé existé dans les clones depuis que l'on a fait une refonte pour les clones de distributions.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3795Pertinence du format .vdj.fa et documentation2020-07-30T20:49:08+02:00Mathieu GiraudPertinence du format .vdj.fa et documentationLa ~doc du ~cpp a une grande partie, plutôt historique, sur `.vdj`. (Elle est certes après celle sur AIRR... mais par contre le `.vidjil` n'est pas décrit dans cette doc.)
Est-ce que ces infos sur `.vdj` sont toujours à jour ? Je doute ...La ~doc du ~cpp a une grande partie, plutôt historique, sur `.vdj`. (Elle est certes après celle sur AIRR... mais par contre le `.vidjil` n'est pas décrit dans cette doc.)
Est-ce que ces infos sur `.vdj` sont toujours à jour ? Je doute de leur pertinence vu, d'un côté, le `.vidjil`, et, de l'autre, le AIRR. Nous n'avons maintenant pas vraiment envie que des bioinfos construisent des pipelines en s'appuyant dessus, non ?
Supprimer cela ? Le réduire fortement ?Algo 2020.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4387Ne plus produire le `.vdj.fa`, sauf si nouvelle option2020-07-30T20:49:08+02:00Mikaël SalsonNe plus produire le `.vdj.fa`, sauf si nouvelle optionLa sortie est redondante avec d'autres informations et peut prendre un espace disque non négligeable, en particulier avec un `-y all`.
%"Algo 2020.07"La sortie est redondante avec d'autres informations et peut prendre un espace disque non négligeable, en particulier avec un `-y all`.
%"Algo 2020.07"Algo 2020.08Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4439Pouvoir donner un meilleur nom sur les labels de graph2020-07-30T19:42:17+02:00Thonier FlorianPouvoir donner un meilleur nom sur les labels de graphOn charge les données et généralement on laisse le nom du fichier inchangé en sorti de run pour permettre un meilleur suivit au besoin et ne pas faire d'erreur d'identité. Ce nom est parfois non spécifique. Pourtant, des fois on aimerai ...On charge les données et généralement on laisse le nom du fichier inchangé en sorti de run pour permettre un meilleur suivit au besoin et ne pas faire d'erreur d'identité. Ce nom est parfois non spécifique. Pourtant, des fois on aimerai pouvoir indiquer un nom plus spécifique.
J'ai un autre cas en tête. J'ai manipulé des fichiers en lot pour tester des preprocess. J'ai sorti les fichiers dans différents sous-dossiers en fonction des paramètres pour ne pas inonder le dossier hôte. Mais je n'ai pas répliqué l'information sur les noms de fichiers pour rester lisible. Donc que le fichier soit passer par le preprocess A ou B, il aura à la fin de même nom. Une fois chargé sur le serveur, je me retrouve alors avec une comparaison de fichier qui ont tous le même nom. Pour faire les choses correctement, j'ai préciser lors du chargement des données les paramètres via les champs info et le tags. Mais sur la timeline, cette information n’apparaît pas.
J'ai peut-être tort de ne pas changer les noms des fichiers en fct des paramètres, masi il y aurait de totues façon un moment ou ça risque de devenir illisible. Je n'ai pas de solution pour le moment.
Possibilités:
* On permet de renommer le fichier tel qu'affiché dans un nouveau champs (tout en conservant le nom original pour l'identitovigilance)
* Avec le nouveau tooltip visible sur le graph, on permet de voir les informations du champs info, ou a minima des tags de ce champs pour ne pas encombrer.
* Je renomme les fichiers avant de les charger
Dans le même genre, il y aurait aussi l'option d'afficher les nom des patients en label si j'ouvre un run, (ou des runs si j'ouvre un patient)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4442Avoir accès au md5sum des fichiers du serveur2020-07-30T19:32:14+02:00Thonier FlorianAvoir accès au md5sum des fichiers du serveurJ'ai uploadé des données sur le serveur, et il semble qu'il y ai une erreur dans les noms des fichiers et dans les attributions aux patients.
Pour corriger, j'aimerai avoir les md5sum des fichiers (ou autre) pour permettre de vérifier ...J'ai uploadé des données sur le serveur, et il semble qu'il y ai une erreur dans les noms des fichiers et dans les attributions aux patients.
Pour corriger, j'aimerai avoir les md5sum des fichiers (ou autre) pour permettre de vérifier que les données que j'ai renommées au sample XX du patient YY corresponde bien à ce que j'ai en local.
On n'a pas l'information en base ? Sinon il faudrait soit icône sur la page base de données pour l'afficher comme une alerte, soit un tooltip (#4421 :smiling_imp: ).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3230Vérification de l'intégrité des données2020-07-30T19:28:55+02:00Mathieu GiraudVérification de l'intégrité des donnéesÉvoqué par @mikael\-s suite à réunion INCa / accréditation
- transferts: upload, download
- affichage
Cas d'usage :
- interruption du réseau
- un octet est modifié
cc @flothoni @RyanHerbÉvoqué par @mikael\-s suite à réunion INCa / accréditation
- transferts: upload, download
- affichage
Cas d'usage :
- interruption du réseau
- un octet est modifié
cc @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4441warning 69 (Several genes with equal probability) ; pouvoir corriger automati...2020-07-30T18:47:08+02:00Thonier Florianwarning 69 (Several genes with equal probability) ; pouvoir corriger automatiquement ou verifier un peu plusOn a parfois un warning disant que 'lon a le choix entre plusieurs segments.
On pourrait imaginer un bouton qui permette de mettre ces genes dans le segmenter et de les comparer, avec une option pour valider l'un par rapport à l'autre d...On a parfois un warning disant que 'lon a le choix entre plusieurs segments.
On pourrait imaginer un bouton qui permette de mettre ces genes dans le segmenter et de les comparer, avec une option pour valider l'un par rapport à l'autre de façon plus ou moins automatique.