vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-11-06T15:52:40+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2434Calcul de la jonction AA quand c'est non productif2019-11-06T15:52:40+01:00Mathieu GiraudCalcul de la jonction AA quand c'est non productifDiscussion initiale dans #2428.
> @mikael-s : Si la longueur n'est pas multiple de 3, j'imagine qu'on décide arbitrairement d'ignorer une partie des nt pour sortir des AA pour le reste.
cc @flothoni Discussion initiale dans #2428.
> @mikael-s : Si la longueur n'est pas multiple de 3, j'imagine qu'on décide arbitrairement d'ignorer une partie des nt pour sortir des AA pour le reste.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2427Quelle version d'ES demande nos librairies JS ?2021-10-21T15:11:04+02:00Mathieu GiraudQuelle version d'ES demande nos librairies JS ?@RyanHerb, dans #2006 :
> J'ai lancé en testant `esversion 5`, tout est bon du point de vue de jshint. (...) Reste à voir si les librairies que nous utilisons le sont aussi.
On pourrait regarder quels sont les besoins de nos librairies...@RyanHerb, dans #2006 :
> J'ai lancé en testant `esversion 5`, tout est bon du point de vue de jshint. (...) Reste à voir si les librairies que nous utilisons le sont aussi.
On pourrait regarder quels sont les besoins de nos librairies JS, et mettre cela dans `js/lib/info.txt`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2424Avoir un meilleur retour quand on s'apprête à cacher un sample2017-11-29T15:11:35+01:00Mathieu GiraudAvoir un meilleur retour quand on s'apprête à cacher un sampleQuand on veut cacher un sample, on drag/drop son label sur le `graph_menu`.
Dans ce drag/drop, ce serait intéressant d'avoir un retour au moment où on est en `:hover` sur `graph_menu`, voir qu'on peut effectivement lâcher le sample ici. ...Quand on veut cacher un sample, on drag/drop son label sur le `graph_menu`.
Dans ce drag/drop, ce serait intéressant d'avoir un retour au moment où on est en `:hover` sur `graph_menu`, voir qu'on peut effectivement lâcher le sample ici.
cc @hetohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2421Scatterplot responsive : supprimer les labels2023-03-01T17:10:54+01:00Mathieu GiraudScatterplot responsive : supprimer les labelsVoir #2420.
Quand il y a peu de place, il pourrait être judicieux de même supprimer les labels, pour conserver la place utile pour le grid/bar.
cc @heto @RyanHerbVoir #2420.
Quand il y a peu de place, il pourrait être judicieux de même supprimer les labels, pour conserver la place utile pour le grid/bar.
cc @heto @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2394Axes: ne pas bouger entre grid et bar2018-08-14T23:13:24+02:00Mathieu GiraudAxes: ne pas bouger entre grid et barVu avec @RyanHerb
Même description que #2377 : alterner grid/bar, on aimerait que les labels ne bougent pas.
Déjà le '?' toujours du même côté.Vu avec @RyanHerb
Même description que #2377 : alterner grid/bar, on aimerait que les labels ne bougent pas.
Déjà le '?' toujours du même côté.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2392Stockage des préférences : axes/colonnes de list.js/segmenter.js2020-10-14T11:29:53+02:00Ghost UserStockage des préférences : axes/colonnes de list.js/segmenter.jsUne idée me vient : une fois #2175 en place, il peut être intéressant d'enregistrer dans analysis les axes 'sélectionnés' pour l'affichage (pour commencer l'affichage par défaut sera sans doute celui de la taille, pour correspondre au fo...Une idée me vient : une fois #2175 en place, il peut être intéressant d'enregistrer dans analysis les axes 'sélectionnés' pour l'affichage (pour commencer l'affichage par défaut sera sans doute celui de la taille, pour correspondre au fonctionnement actuel).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2388Code similaire dans list.div_elem et segmenter.div_elem2020-10-14T11:29:53+02:00Ghost UserCode similaire dans list.div_elem et segmenter.div_elemLes éléments identiques ont été factorisés et rassemblés avec la création de `clone.div_elem` (!21).
Il reste cependant quelques éléments communs mais qui n'ont pas pu être déplacés tout de suite, car ils sont traités de manières diff...Les éléments identiques ont été factorisés et rassemblés avec la création de `clone.div_elem` (!21).
Il reste cependant quelques éléments communs mais qui n'ont pas pu être déplacés tout de suite, car ils sont traités de manières différentes. C'est par exemple le cas de `nameBox`, qui a a priori la même utilité et la même place dans les deux cas mais qui n'est pas construit et mis à jour de la même façon.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2385A-t-on vraiment besoin de germlines.data pour le client ?2017-04-25T17:24:01+02:00Mikaël SalsonA-t-on vraiment besoin de germlines.data pour le client ?La réponse est dans la question. Cela fait quelque temps que nous n'avons plus de fichier `germlines.data` pourtant il est toujours récupéré par `germline_builder.js`. Cela ne semble pas vraiment créer de problème (sauf #2384).
Y a-t-il ...La réponse est dans la question. Cela fait quelque temps que nous n'avons plus de fichier `germlines.data` pourtant il est toujours récupéré par `germline_builder.js`. Cela ne semble pas vraiment créer de problème (sauf #2384).
Y a-t-il un intérêt à avoir un `germlines.data` (maintenant ça serait un `homo-sapiens.g`) ? Si oui lequel ? Toutes les informations ne sont-elles pas dans `germline.js`, créé à partir du fichier `.g` ?
Si finalement ce fichier .data ne sert à rien, il y aura du code à virer dans le ~clienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2379Appels à Blast et IgBlast avec d'autres espèces que l'humain2024-01-19T18:38:21+01:00Mathieu GiraudAppels à Blast et IgBlast avec d'autres espèces que l'humainDepuis XXXX, les appels à IMGT incluent l'espèce (fonctionne au moins pour la souris).
Il faudrait faire la même chose pour Blast et IgBlast, et/ou inactiver ces boutons.Depuis XXXX, les appels à IMGT incluent l'espèce (fonctionne au moins pour la souris).
Il faudrait faire la même chose pour Blast et IgBlast, et/ou inactiver ces boutons.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2378Axes: ne pas afficher "?" s'il n'y a pas de clones concernés2021-11-23T15:58:18+01:00Mathieu GiraudAxes: ne pas afficher "?" s'il n'y a pas de clones concernésMais peut-être faudrait-il prendre en compte *tous* les clones, y compris ceux possiblement filtrés ?
Voir aussi #2364.Mais peut-être faudrait-il prendre en compte *tous* les clones, y compris ceux possiblement filtrés ?
Voir aussi #2364.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2369axes: pouvoir trier la liste des clones suivant n'importe quel axe2021-09-15T19:20:36+02:00Mathieu Giraudaxes: pouvoir trier la liste des clones suivant n'importe quel axeExtrait de #1471.Extrait de #1471.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2368axis: mettre toutes les valeurs de available_axis dans GenericAxis()2018-08-08T20:49:02+02:00Mathieu Giraudaxis: mettre toutes les valeurs de available_axis dans GenericAxis()Suite à la discussion de hier, et en particulier les problèmes sur le `init`, je me demande
si on ne pourrait pas mettre tout ce qu’on a besoin pour chaque axe dans `GenericAxis()`,
peut-être sous la forme d’un dictionnaire comme il y a ...Suite à la discussion de hier, et en particulier les problèmes sur le `init`, je me demande
si on ne pourrait pas mettre tout ce qu’on a besoin pour chaque axe dans `GenericAxis()`,
peut-être sous la forme d’un dictionnaire comme il y a des choses optionnelles.
On aurait quelque chose du genre :
```
avalaible_axis = [
...,
new PercentCustomAxis("sequenceLength", this.m,
{
doc: "ratio of the number of reads of each clone to the total number of reads in the selected locus",
label: "size",
fct : function(clone){return clone.getSizeZero()},
min : function(){return self.m.min_size},
max : 1,
log : true
}),
...
]
```
Ou, si on souhaite garder un dictionnaire, `"sequenceLength": new PercentCustomAxis( ... )`
Si on n'a plus de dictionnaire pour `available_axis`, une conséquence pourrait être, dans `scatterPlot.js`, de se passer complètement de `splitX` et `splitY` (sauf dans `changeSplitMethod`) et de remplacer
- `this.available_axis[this.splitX]` par quelque chose du type`this.axisX.data`
- `this.splitX` en `this.axisX.key`
Les appels à `available_axis` ne seraient alors que dans la construction du menu "plot" (et aussi dans`updateMenu`)
(et peut-être aider #2367).
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2366Environnement pour développer les tests QUnit2022-06-20T17:14:16+02:00Mathieu GiraudEnvironnement pour développer les tests QUnit@heto, dans #2093 :
> Je me permets de glisser ici quelques informations relatives à un point évoqué ce matin, elles sont assez simples mais autant les noter car elles pourront être utiles dans le futur : comment obtenir dans le navigat...@heto, dans #2093 :
> Je me permets de glisser ici quelques informations relatives à un point évoqué ce matin, elles sont assez simples mais autant les noter car elles pourront être utiles dans le futur : comment obtenir dans le navigateur une visualisation des données utilisées pour les tests unitaires (`data_test.js`).
>
> - charger les données de test dans la console d'une page vidjil (`json_data = {...}`)
> - lancer les instructions suivantes :
> - `m.parseJsonData(json_data, 100)`
> - `m.loadGermline()`
> - `m.initClones()`
>
> (ces fonctions sont en fait appelées au début d'une bonne partie des tests QUnit)
>
> Le scatterplot devrait faire apparaître les 5 clones de `json_data`.
Merci pour ces infos !
Ne pourrait-on pas créer une fonction `m.setupTests()` qui ferait tout cela tout seul ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2360axes: entiers2018-07-07T07:20:59+02:00Mathieu Giraudaxes: entiersLes longueurs de clones (et d’autres choses) sont entières. On ne doit pas voir de décimale dans les labels.
À voir si cela est correct actuellement ou s’il y a besoin de faire une classe spécifique pour les entiers.
cc @RyanHerbLes longueurs de clones (et d’autres choses) sont entières. On ne doit pas voir de décimale dans les labels.
À voir si cela est correct actuellement ou s’il y a besoin de faire une classe spécifique pour les entiers.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2359Limiter la mémoire allouée aux jobs lancés via les workers2021-11-22T13:51:54+01:00Mathieu GiraudLimiter la mémoire allouée aux jobs lancés via les workersEn complément de #2349, on pourrait limiter la quantité de mémoire par worker ou sur tous les workers. On aimerait ainsi que, même dans des cas non prévus, le serveur réponde toujours même si un process fait n'importe quoi.
Voir http://...En complément de #2349, on pourrait limiter la quantité de mémoire par worker ou sur tous les workers. On aimerait ainsi que, même dans des cas non prévus, le serveur réponde toujours même si un process fait n'importe quoi.
Voir http://coldattic.info/shvedsky/pro/blogs/a-foo-walks-into-a-bar/posts/40, qui discute longuement certaines possibilités.
(On pourrait d'ailleurs avoir une solution non universelle, et par exemple protéger MiXCR par un `ulimit` si cela fonctionne.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2356segmenteur, gènes VDJ : affichage des mutations par rapport aux gènes2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : affichage des mutations par rapport aux gènesPlus généralement que #2056, on souhaite traiter d'une manière paticulière les mutations des gènes VDJ.
Pour l'instant, quand on aligne des clones, on souligne les mutations dans les clones minoritaires, le premier clone (majoritaire) ét...Plus généralement que #2056, on souhaite traiter d'une manière paticulière les mutations des gènes VDJ.
Pour l'instant, quand on aligne des clones, on souligne les mutations dans les clones minoritaires, le premier clone (majoritaire) étant la référence.
Typiquement, c’est dans les clones qu’on souligne les mutations (même s’ils sont "majoritaires).
Avec #1925/#2137, ce sont lès gènes VDJ qui sont la référence. On pourrait même afficher de manière particulière (css) les mutations où tous les clones sont d'accord, mais pas avec le gène.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2349Ne pas lancer plusieurs process gourmands en mémoire en même temps2020-01-21T17:34:41+01:00Mikaël SalsonNe pas lancer plusieurs process gourmands en mémoire en même tempsMiXCR est gourmand en mémoire et si plusieurs instances sont lancées en même temps cela peut mettre la VM en carafe (cf. vdj#396). Peut-on laisser les jobs MiXCR QUEUED tant que d'autres jobs MiXCR sont en train de tourner ?
@RyanHerb...MiXCR est gourmand en mémoire et si plusieurs instances sont lancées en même temps cela peut mettre la VM en carafe (cf. vdj#396). Peut-on laisser les jobs MiXCR QUEUED tant que d'autres jobs MiXCR sont en train de tourner ?
@RyanHerb penses-tu que cela soit possible ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2340Des url mal formées génèrent des erreurs serveur2022-06-20T17:02:55+02:00Mathieu GiraudDes url mal formées génèrent des erreurs serveurhttp://app.vidjil.org/?sample_set_id=bla&config=12 lève une `KeyError` non rattrapée
(alors que http://app.vidjil.org/?sample_set_id=1234567&config=12 est bien rattrapée)
cc @mikael-s @RyanHerbhttp://app.vidjil.org/?sample_set_id=bla&config=12 lève une `KeyError` non rattrapée
(alors que http://app.vidjil.org/?sample_set_id=1234567&config=12 est bien rattrapée)
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2339Table des utilisateurs : mettre des colonnes 'runs' et 'sets'2021-02-09T16:25:08+01:00Mathieu GiraudTable des utilisateurs : mettre des colonnes 'runs' et 'sets'En faisant le tour des utilisateurs, j'ai eu des sueurs froides en voyant un utilisateur avec 375 samples dans 1 seul patient... c'est juste qu'il fait des runs :-)
cc @mikael-s @RyanHerbEn faisant le tour des utilisateurs, j'ai eu des sueurs froides en voyant un utilisateur avec 375 samples dans 1 seul patient... c'est juste qu'il fait des runs :-)
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2329app/analyze : conserver lien entre séquence et dénomination2018-10-18T14:36:34+02:00Thonier Florianapp/analyze : conserver lien entre séquence et dénominationRemarque de Véronique :
> peux-t-on retrouver à partir d'une séquence retournée par l'app analysis la séquence d'origine ?
L'idée est de savoir si l'on met trois séquences sen même temps laquelle est laquelle dans le segmenteur.Remarque de Véronique :
> peux-t-on retrouver à partir d'une séquence retournée par l'app analysis la séquence d'origine ?
L'idée est de savoir si l'on met trois séquences sen même temps laquelle est laquelle dans le segmenteur.