vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-04-26T13:56:59+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3909unordered_map vs map2019-04-26T13:56:59+02:00Mathieu Giraudunordered_map vs mapSuite à !468, voire si d'autres endroits ne bénéficieraient pas d'une `unordered_map`.
https://www.geeksforgeeks.org/map-vs-unordered_map-c/Suite à !468, voire si d'autres endroits ne bénéficieraient pas d'une `unordered_map`.
https://www.geeksforgeeks.org/map-vs-unordered_map-c/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3912Normalized ratios and hiding a locus2019-06-12T14:21:10+02:00Mathieu GiraudNormalized ratios and hiding a locusDiscussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothon...Discussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothoni @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3918Intitulés des colonnes lors d'export csv de multiples samples2019-05-20T12:51:49+02:00Anne de SeptenvilleIntitulés des colonnes lors d'export csv de multiples samplesLors de l'export csv depuis une vue multiple (set ou run ou patients avec plusieurs samples...), l'intitulé des colonnes n'est pas explicite, car elles sont simplement numérotées (reads_x et ratio_x). Le tableau perd alors beaucoup en li...Lors de l'export csv depuis une vue multiple (set ou run ou patients avec plusieurs samples...), l'intitulé des colonnes n'est pas explicite, car elles sont simplement numérotées (reads_x et ratio_x). Le tableau perd alors beaucoup en lisibilité. C'est dommage car j'aimerais l'utiliser plus souvent.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3919Déploiement de feature-g/, intégration dans feature-a/2020-10-20T18:21:34+02:00Mathieu GiraudDéploiement de feature-g/, intégration dans feature-a/Actuellement, à chaque push. Mettre en manuel + une date : est-ce bien cette date qu'on va utiliser à la place de `germline_id` ?Actuellement, à chaque push. Mettre en manuel + une date : est-ce bien cette date qu'on va utiliser à la place de `germline_id` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3920Supprimer les permissions associées quand on supprime une entrée2019-05-24T18:12:55+02:00Mikaël SalsonSupprimer les permissions associées quand on supprime une entréePermettrait d'éviter le genre de problème rencontré dans vdj#587 (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/issues/587#note_68238).Permettrait d'éviter le genre de problème rencontré dans vdj#587 (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/issues/587#note_68238).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3923Documenter / déployer la nouvelle normalisation2021-01-19T10:53:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter / déployer la nouvelle normalisationAu VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-confi...Au VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-config" #3901 ?
Au moins de la ~doc ?
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3924app/analyze, mise à jour html et vmi2019-06-05T11:36:16+02:00Mathieu Giraudapp/analyze, mise à jour html et vmiSi je ne me trompe pas, ~"app-analyze" prend tout le `.js` du ~client principal.
Mais `segmenter_page.html` (qui serait à renommer) n'a pas été touché depuis longtemps. Le mettre en ~"vmi-responsive".
cc @flothoniSi je ne me trompe pas, ~"app-analyze" prend tout le `.js` du ~client principal.
Mais `segmenter_page.html` (qui serait à renommer) n'a pas été touché depuis longtemps. Le mettre en ~"vmi-responsive".
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3925No spike normalization and disconnected lines2019-07-15T11:33:22+02:00Mathieu GiraudNo spike normalization and disconnected lines@meidanis has situations where the diagnosis point was not normalized (when there is no / a few spike-ins, this is the good way to go).
In this case, there were no lines between the clones in the ~"client-graph". He will send us the `.v...@meidanis has situations where the diagnosis point was not normalized (when there is no / a few spike-ins, this is the good way to go).
In this case, there were no lines between the clones in the ~"client-graph". He will send us the `.vidjil` files before and after normalization.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3928Monitor et dock2019-06-12T14:37:52+02:00Mathieu GiraudMonitor et dockA-t-on ce qu'il faut dans les docks pour reporter au moniteur ?
#3926A-t-on ce qu'il faut dans les docks pour reporter au moniteur ?
#3926https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3931Documenter config.addons2020-01-15T18:57:50+01:00Mathieu GiraudDocumenter config.addonsSuite à !481 / #3929Suite à !481 / #3929https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3932Documentation développeur : réorganiser2019-08-02T11:54:42+02:00Mathieu GiraudDocumentation développeur : réorganiserOn a de la ~doc développeur à améliorer (#2193 / #3931).
`dev.org` est à passer en `.md`, mais aussi probablement à mettre à jour et réorganiser... séparer déjà au moins algo/web ? Je me porte volontaire pour une première passe.
Puis r...On a de la ~doc développeur à améliorer (#2193 / #3931).
`dev.org` est à passer en `.md`, mais aussi probablement à mettre à jour et réorganiser... séparer déjà au moins algo/web ? Je me porte volontaire pour une première passe.
Puis réorganiser/mettre à jour chaque partie
- [ ] algo
- [ ] client
- [ ] serveur/packaging https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3934Avoir à la fois le nom du fichier et du patient depuis un run2020-01-24T10:15:21+01:00Thonier FlorianAvoir à la fois le nom du fichier et du patient depuis un run~"REN-Rennes" me fait la demande d'un moyen de voir apparaître pour un sample donné, ouvert depuis un run, le nom du patient ET le nom du fichier en même temps.
J'avais d'abord envisagé #3868 et #2728. Mais cela n'apporterai pas entièr...~"REN-Rennes" me fait la demande d'un moyen de voir apparaître pour un sample donné, ouvert depuis un run, le nom du patient ET le nom du fichier en même temps.
J'avais d'abord envisagé #3868 et #2728. Mais cela n'apporterai pas entière satisfaction. J'ai recroisé Marie-Laure hier qui m'a confirmé que les deux informations devrait à son sens être visualisable directement sans manipulation pour permettre une meilleur l'identito-vigilance (~"#-certification" ).
Tel que l'on en parlait hier avec elle plusieurs solutions sont envisageables.
* Le plus simple serait d'avoir l'information qui remonterait dans la partie `démographique`.
* Une autre solution serait d'avoir en titre dans la timeline la combo patient/fichier.
* Enfin, la dernière serait d'avoir un mix avec #2728. On pourrait avoir une ligne de plus, sous le champ de texte, avec des boutons permettant d'ouvrir un patient/run/set, et la liste des patient/... qui comportent ce sample. Ainsi, on les voit et l'on peut sauter de l'un à l'autre. Si il n'y à qu'une entré, on n'affiche rien. La variante serait de les afficher dans le menu, à la suite du open/save.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3935Compare samples : trier par ordre chronologique2019-06-20T18:17:48+02:00Mikaël SalsonCompare samples : trier par ordre chronologiqueDemandé par NG ~"LIL-Lille" : elle fait un compare samples mais voudrait que les samples soient triés dans l'ordre chronologique (je pense que pour l'instant c'est fonction de l'ID).
Peut-être pas systématique ? Une case à cocher ?Demandé par NG ~"LIL-Lille" : elle fait un compare samples mais voudrait que les samples soient triés dans l'ordre chronologique (je pense que pour l'instant c'est fonction de l'ID).
Peut-être pas systématique ? Une case à cocher ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3936Rapports monitor : que sont les graphs « normalization » ?2019-06-20T18:22:40+02:00Mikaël SalsonRapports monitor : que sont les graphs « normalization » ?Aller sur un sample set avec plusieurs samples ([exemple](http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32)) et faire un export monitor.
En tête du rapport on a deux graphs **identiques** côte à côte sous une en-tête « Normalization ». D'où ça...Aller sur un sample set avec plusieurs samples ([exemple](http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32)) et faire un export monitor.
En tête du rapport on a deux graphs **identiques** côte à côte sous une en-tête « Normalization ». D'où ça vient ? Qu'est-ce que ça fait là ?
Au passage attention à #2944https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3937Rapport monitor : mettre les informations de chaque sample2019-06-21T10:14:14+02:00Mikaël SalsonRapport monitor : mettre les informations de chaque sampleDemande de NG ~"LIL-Lille" : elle veut avoir les infos de chaque sample sous les yeux. Il peut y avoir des informations pertinentes dans un sample pour le suivi.Demande de NG ~"LIL-Lille" : elle veut avoir les infos de chaque sample sous les yeux. Il peut y avoir des informations pertinentes dans un sample pour le suivi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3939Ordre des champs du rapport monitor2021-01-15T09:18:46+01:00Thonier FlorianOrdre des champs du rapport monitorPour rappel, il y a 3 champs nouveaux en discussion: données démographiques(#3126), conclusion(#3938) et information sur chaque samples (#3937).
Il faudrait réfléchir à l'ordre adéquates pour ceux-ci et ceux déjà présent;
* report infor...Pour rappel, il y a 3 champs nouveaux en discussion: données démographiques(#3126), conclusion(#3938) et information sur chaque samples (#3937).
Il faudrait réfléchir à l'ordre adéquates pour ceux-ci et ceux déjà présent;
* report information
* normalization
* reads distribution
* monitoring
* selected clones
* log
* données démographiques(#3126),
* conclusion(#3938)
* information sur chaque samples (#3937).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3940Tester sur des valeurs les distributions2019-06-21T11:35:25+02:00Mathieu GiraudTester sur des valeurs les distributionsVoir #3902Voir #3902Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3942override_rep5_rep3 ne devrait pas changer temporairement un objet2019-07-08T10:37:40+02:00Mathieu Giraudoverride_rep5_rep3 ne devrait pas changer temporairement un objetVu avec @mikael-s
`override` était un hack pour `xxx`, mais si cela devient la méthode principale !410, il faut revoir les objets.
On devrait pouvoir renvoyer une germline #3584 sans cela.
Appelé uniquement au début de `FineSegment...Vu avec @mikael-s
`override` était un hack pour `xxx`, mais si cela devient la méthode principale !410, il faut revoir les objets.
On devrait pouvoir renvoyer une germline #3584 sans cela.
Appelé uniquement au début de `FineSegmenter`, à remplacer par un `get_germline_from_labels`, et ensuite on utilise ce `Germline` pour le reste du `FineSegmenter`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3946Show normalized_reads field into getHTMLinfo2020-03-23T13:17:44+01:00Thonier FlorianShow normalized_reads field into getHTMLinfoLink to #3943: For the moment, we didn't show this info inti HTMLinfo. We could set it, into `representative sequence`. We also should show thatr a sample have not been computed for normalization. A text field ? "not computed" ?
@magir...Link to #3943: For the moment, we didn't show this info inti HTMLinfo. We could set it, into `representative sequence`. We also should show thatr a sample have not been computed for normalization. A text field ? "not computed" ?
@magiraud @mikael-s @meidanishttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3947Proposer le mécanisme d'autocomplétion dans la recherche des sample sets2020-11-20T11:46:25+01:00Mikaël SalsonProposer le mécanisme d'autocomplétion dans la recherche des sample setsLe mécanisme d'autocomplétion utilisé lorsqu'on ajoute de nouveaux samples (pour l'attribuer à un sample set) devrait être réutilisé pour permettre la recherche rapide d'un patient/run/set.
Dans la barre de recherche, on propose l'autoc...Le mécanisme d'autocomplétion utilisé lorsqu'on ajoute de nouveaux samples (pour l'attribuer à un sample set) devrait être réutilisé pour permettre la recherche rapide d'un patient/run/set.
Dans la barre de recherche, on propose l'autocomplétion, si l'utilisatrice trouve l'entrée qui l'intéresse, elle la sélectionne et est redirigée vers cette entrée. Sinon il suffit de valider la recherche et cela lance la recherche normale.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3948distribution, ne pas inclure toutes les distribution dans fuse pour vidjil2019-07-08T16:55:42+02:00Thonier Floriandistribution, ne pas inclure toutes les distribution dans fuse pour vidjilLimiter le nombre de distribution en `fuse -d`.Limiter le nombre de distribution en `fuse -d`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3953Refactor repseq_vdj2019-07-11T20:03:10+02:00Mathieu GiraudRefactor repseq_vdjEn voyant ce qu'on a fait dans !493 / !495.
Ok, on a une classe `Result` dont dérivent des classes.
Mais on devrait probablement avoir aussi une classe `Parser` dont dérivent les autres, et une fonction de conversion générique qui pren...En voyant ce qu'on a fait dans !493 / !495.
Ok, on a une classe `Result` dont dérivent des classes.
Mais on devrait probablement avoir aussi une classe `Parser` dont dérivent les autres, et une fonction de conversion générique qui prend en argument le format et envoie dans le bon parser. Et au passage, déplacer cela dans `tools/`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3955Genescan : si le _average_read_length n'est pas fourni le faire sur la longue...2019-10-23T11:20:20+02:00Mikaël SalsonGenescan : si le _average_read_length n'est pas fourni le faire sur la longueur de la séquence du cloneLorsque le logiciel produisant le .vidjil ne remplit pas le champ `_average_read_length`, le genescan est moche puisqu'on a une seule barre au niveau du '?'. C'est dommage.
À la place on pourrait tracer le graphique en fonction de la tai...Lorsque le logiciel produisant le .vidjil ne remplit pas le champ `_average_read_length`, le genescan est moche puisqu'on a une seule barre au niveau du '?'. C'est dommage.
À la place on pourrait tracer le graphique en fonction de la taille des séquences de chaque clone. C'est moins bien que sur la longueur moyenne des reads, mais c'est mieux que d'avoir un graphique complètement inutile.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3956un clone ajouté manuellement passe à 100k reads si clusterisé2019-07-23T11:54:29+02:00Thonier Florianun clone ajouté manuellement passe à 100k reads si clusteriséJe suis parti du demo X5 100, j'ai selectionné le clone `TRDV1 2/7/2 D2 0/CGT/0 D3 3/CTCGGG/0 J1`, copié la séquence
et ajouté manuellement. Pas de souci, sauf si on fait un cluster avec un autre clone (ici l'original).
La taille est f...Je suis parti du demo X5 100, j'ai selectionné le clone `TRDV1 2/7/2 D2 0/CGT/0 D3 3/CTCGGG/0 J1`, copié la séquence
et ajouté manuellement. Pas de souci, sauf si on fait un cluster avec un autre clone (ici l'original).
La taille est fixé à 100k lors de son ajout (variable SIZE_MANUALLY_ADDED_CLONE dans model.js). Dans le scatter, on ne tient pas compte de cette taille car le clone est déclaré non quantifiable, et il y a un hack dessus. MAis en cas de clusteristaion, ce paramètre n'est plus valable, et on a un clone dont la taille est 100k qui vient ecrasé l'analyse.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3959clones virtuels: gestion des couleurs2019-12-10T10:58:34+01:00Thonier Florianclones virtuels: gestion des couleursPour le moment, nous avons une gestion simple de la couleur: nous demandons la valeur du clone pour l'axe XXX, et nous retournons la valeur correspondante à cette entrée. Si elle n'existe pas, nous retournons une couleur lambda (probable...Pour le moment, nous avons une gestion simple de la couleur: nous demandons la valeur du clone pour l'axe XXX, et nous retournons la valeur correspondante à cette entrée. Si elle n'existe pas, nous retournons une couleur lambda (probablement grise il me semble).
Nous pourrions imaginer pour les clones virtuels une couleur lambda différente, voir carrément une couleur différente pour tous les axes.
Une version simple serait de donner un paramètre alpha sur la couleur différent suivant le statu du clone. Ainsi, un clone non défini aura un gris classique, tandis que le clone virtuel aurait un gris pâle.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3960clones virtuels : présence d'une séquence et affichage dans le segmenteur2020-10-14T11:29:53+02:00Thonier Florianclones virtuels : présence d'une séquence et affichage dans le segmenteurUn clone qui ne possède pas de séquences ne pourra pas afficher toutes les informations normalement demandées.
On ne s'attend alors pas à le voir apparaître dans la vue segmenter.
Pour l'instant, nous avons 2 cas pratiques: les clones v...Un clone qui ne possède pas de séquences ne pourra pas afficher toutes les informations normalement demandées.
On ne s'attend alors pas à le voir apparaître dans la vue segmenter.
Pour l'instant, nous avons 2 cas pratiques: les clones virtuels (other) et les clones de distributions.
Une solution envisageable est que pour chaque clones que nous devrions afficher dans une vue, nous lui fassions passer un test de compatibilité avec celle-ci. Pour le cas de la séquence, son absence bloquerait l'utilisation de ce clone avec la vue segmenter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3963gitlab-ci.yml: utiliser `default:`2019-08-02T14:19:13+02:00Mathieu Giraudgitlab-ci.yml: utiliser `default:`https://about.gitlab.com/2019/07/22/gitlab-12-1-released/#codedefaultcode-keyword-for-top-level-codegitlab-ciymlcode-configurations
voir aussi #3450https://about.gitlab.com/2019/07/22/gitlab-12-1-released/#codedefaultcode-keyword-for-top-level-codegitlab-ciymlcode-configurations
voir aussi #3450https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3964Running MiXCR through Vidjil2020-09-28T16:44:10+02:00Mathieu GiraudRunning MiXCR through VidjilReported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it ...Reported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it is
written in some other format. How can I continue the analysis then?
> Even if I continue the analysis calling mixcr again for the next step,
will it produce a `.vidjil` file? Does it know how to do that?
> Finally, is mixcr (the binary, executable) already installed in the
containers?
cc @flothoni @mikael-sThonier FlorianThonier Florian2019-12-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3965Utiliser la Notifications API du navigateur web ?2019-08-19T11:27:27+02:00Mathieu GiraudUtiliser la Notifications API du navigateur web ?Serait-ce pertinent d'utiliser en plus de notre système la Notifications API (voire la Push API) ?
https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/Notifications_API/Using_the_Notifications_API
https://caniuse.com/#feat=notificationsSerait-ce pertinent d'utiliser en plus de notre système la Notifications API (voire la Push API) ?
https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/Notifications_API/Using_the_Notifications_API
https://caniuse.com/#feat=notificationshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3966Faire fonctionner MiXCR avec Docker2020-02-03T16:46:22+01:00Mikaël SalsonFaire fonctionner MiXCR avec DockerLorsqu'on lance MiXCR depuis un container Docker cela nécessite d'avoir java dans le container, ce qui n'est pas le cas.
À l'heure actuelle, MiXCR ne peut être lancé sur app.
Comment corriger ?Lorsqu'on lance MiXCR depuis un container Docker cela nécessite d'avoir java dans le container, ce qui n'est pas le cas.
À l'heure actuelle, MiXCR ne peut être lancé sur app.
Comment corriger ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3967Import natif de AIRR par le client2021-02-23T10:31:54+01:00Mathieu GiraudImport natif de AIRR par le clientVoir #3591. Sera donc fait après #3673.Voir #3591. Sera donc fait après #3673.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3968Auto-complétion : interdire de cliquer sur "loading"2019-08-19T18:28:35+02:00Mathieu GiraudAuto-complétion : interdire de cliquer sur "loading"Met actuellement `<i>loading</i>` dans le champ de rechercheMet actuellement `<i>loading</i>` dans le champ de recherchehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3969Clones virtuel et liste2019-10-29T09:09:11+01:00Mathieu GiraudClones virtuel et listeSoulevé par @mikael-s à propos de #3945 : à terme, les clones de distribution ne devraient peut-être pas tous apparaître dans la liste... mais les gros sont tout de même très intéressants. Peut-être les mettre sous un "smaller clones" ? ...Soulevé par @mikael-s à propos de #3945 : à terme, les clones de distribution ne devraient peut-être pas tous apparaître dans la liste... mais les gros sont tout de même très intéressants. Peut-être les mettre sous un "smaller clones" ? Uniquement certains ? À voir plus tard, voir déjà ce que cela donne.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3970fuse.py: quelle séquence conserver ? plus grande, meilleur top, plus de reads ?2022-05-20T11:45:37+02:00Thonier Florianfuse.py: quelle séquence conserver ? plus grande, meilleur top, plus de reads ?Un utilisateur [compare deux protocoles](https://app.vidjil.org/browser/index.html?custom=60329&custom=60331&clone=0) IGH: FR1 et primer leader.
Mais lors du fuse, nous conservons par défaut la séquence de la première analyse, à priori...Un utilisateur [compare deux protocoles](https://app.vidjil.org/browser/index.html?custom=60329&custom=60331&clone=0) IGH: FR1 et primer leader.
Mais lors du fuse, nous conservons par défaut la séquence de la première analyse, à priori sans considération sur la taille, qui est pourtant bien plus significative dans le second cas.
Nous devrions rajouter une vérification dans le script.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3974Indexation de la base de données2019-08-23T14:53:06+02:00Mathieu GiraudIndexation de la base de donnéesEst-ce que cela vaudrait le coup d'utiliser quelque chose type Lucene (ou Solr, ou ElasticSearch) pour indexer la DB, que ce soit pour améliorer #2295 ou pour d'autres types de requêtes ?Est-ce que cela vaudrait le coup d'utiliser quelque chose type Lucene (ou Solr, ou ElasticSearch) pour indexer la DB, que ce soit pour améliorer #2295 ou pour d'autres types de requêtes ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3976fuse.py: supprimer l'ancien 'distribution' ?2019-09-10T10:22:38+02:00Mathieu Giraudfuse.py: supprimer l'ancien 'distribution' ?On avait un très ancien mécanisme sortant des choses comme:
```
"distribution": {
"IGH": [
0,
3
],
"0.1": [
0,
0
],
"0.01": [
0,
255647
], ...
```
M...On avait un très ancien mécanisme sortant des choses comme:
```
"distribution": {
"IGH": [
0,
3
],
"0.1": [
0,
0
],
"0.01": [
0,
255647
], ...
```
Même si !504 ne fait pas l'équivalent, l'ancien code me paraît superflu : sert-il à quelque chose ? À un moment on avait essayé d'afficher cela, mais on avait laissé tomber.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3977Lymphotrack retourne un IGH que nous ne trouvons pas2019-09-10T15:29:03+02:00Thonier FlorianLymphotrack retourne un IGH que nous ne trouvons pasVoici l'extrait du `.affect`. Il y a seulement 11 nt qui pourrait correspondre au J. Pourtant, j'ai testé l'alignement, mais il ne concorde même pas de ce que j'ai vu avec des IGH J.
```
>seq_xxx
TCTCAGTGAAGGTTTCCTGCAAGGCTTCTGGATACACCTT...Voici l'extrait du `.affect`. Il y a seulement 11 nt qui pourrait correspondre au J. Pourtant, j'ai testé l'alignement, mais il ne concorde même pas de ce que j'ai vu avec des IGH J.
```
>seq_xxx
TCTCAGTGAAGGTTTCCTGCAAGGCTTCTGGATACACCTTCACCGGCTACTATATGCACTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAACCCTAACAGTGGTGGCACAAACTATGCACAGAAGTTTCAGGGCAGGGTCACCATGACCAGGGACACGTCCATCAGCACAGCCTACATGGAGCTGAGCAGGCTGAGATCTGACGACACGGCCGTGTATTACTGTGCTCCGATG
# 231 ! seed IGH UNSEG only V/5' 4.500000e+01 0.000000e+00/4.500000e+01 _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H ?+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3980fuse.py: args.multi dead code ?2019-09-13T10:14:20+02:00Mathieu Giraudfuse.py: args.multi dead code ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3981On trouve un clone sur très peu d'identité.2019-09-16T16:58:44+02:00Thonier FlorianOn trouve un clone sur très peu d'identité.Suite à des demandes d'éclaircissement, je regarde pourquoi des clones n'ont pas d'identification VDJ. Je prends les séquences bruts de ce clone par l'identifiant, puis lance vidjil dessus avec `-K` pour voir l'affectation.
Je me rends...Suite à des demandes d'éclaircissement, je regarde pourquoi des clones n'ont pas d'identification VDJ. Je prends les séquences bruts de ce clone par l'identifiant, puis lance vidjil dessus avec `-K` pour voir l'affectation.
Je me rends alors compte que nous prédisons un clone, alors que sur 95nt, nous n'avons que 12 matchs de V au début de la séquence, et 6 matchs de J en fin de séquence, les 80nt intermédiaires étant vides.
De plus, comme nous avons des matchs à 100% sur ces portions, la evalue est assez élevé, à 1.78e-15 et 5e-21.
Le clone concerné est le premier de ce sample : https://app.vidjil.org/?set=33551&config=2&clone=41
```
>seq_identifie_vidjil
GAGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTCCTGCGAGACCAGATATAAAACTAGCTGCCAACCCAGCCTGTGGCCAGGTCACCGTCTCCTCAGGTCCT
# 18 + VJ 1 24 72 93 seed IGH SEG_+ 2.087323e-16 4.085299e-22/2.087319e-16+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
Je pense que l'on est dans un cas limite, et on ne devrait probablement pas retourner de clone la dessus.
J'ai cherché une issue qui s'y rapporterait. Je ne sais pas si cela à un lien avec #1964, mais le fine pourrait déjà permettre de faire un filtre plus précis non ?
ping @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3984.rb : clone_in_scatterplot et clones non visibles2019-09-25T12:34:43+02:00Mathieu Giraud.rb : clone_in_scatterplot et clones non visiblesVu par @flothoni : la fonction renvoie un objet même quand un clone n'est pas visible. Est-ce intentionnel ?Vu par @flothoni : la fonction renvoie un objet même quand un clone n'est pas visible. Est-ce intentionnel ?2019-10-16https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3985axes.js: renommer "fct" en "get"2019-09-25T10:48:23+02:00Mathieu Giraudaxes.js: renommer "fct" en "get"Suggéré par @flothoni
À faire quand !515 sera un peu plus stabiliséSuggéré par @flothoni
À faire quand !515 sera un peu plus stabiliséhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3986Arrondis et distributions2019-11-26T14:37:30+01:00Mathieu GiraudArrondis et distributionsÉvoqué plusieurs fois ces derniers temps à propos de #3902/!515 avec @flothoni et @mikael-s.
Pour l'instant, `average length` est arrondi à 1.0 (mais des valeurs telles que 0.1 pourraient être envisageables).
`GC content` pourrait l'êtr...Évoqué plusieurs fois ces derniers temps à propos de #3902/!515 avec @flothoni et @mikael-s.
Pour l'instant, `average length` est arrondi à 1.0 (mais des valeurs telles que 0.1 pourraient être envisageables).
`GC content` pourrait l'être par exemple à 0.001 / 0.1%.
Si on a arrondi un axe à 1.0, il manque des infos pour l'afficher à 0.5 dans le client.
Mais est-ce bien le scatterplot / ~"client-responsive" qui choisit la largeur des barres ? Et en cas de zoom/focus ?
On peut déjà faire !515 en prenant 1.0 pour `average length`, et y réfléchir plus en détail après.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3991Certains caractères des mots de passes bloquent la création de compte2019-10-04T16:53:05+02:00Thonier FlorianCertains caractères des mots de passes bloquent la création de compteJe viens de tester de créer un compte. J'ai rempli le formulaire, validé. Mais elle n’apparaît pas dans la liste des utilisateurs, ni des groupes.
Après réflexion, j'ai décidé de changer le mot de passe car l'initial comprenait un `/` ...Je viens de tester de créer un compte. J'ai rempli le formulaire, validé. Mais elle n’apparaît pas dans la liste des utilisateurs, ni des groupes.
Après réflexion, j'ai décidé de changer le mot de passe car l'initial comprenait un `/` (`E/p47L7c}`, non retenu). Il se trouve que cette fois là ça a fonctionné sans souci.
Je comprends qu'il y a un souci dans les mots de passe. Je ne sais pas si c'est côté serveur que c'est mal interprété, ou bien si c'est côté interface que le contenu du formulaire est tronqué par ce caractère spécial.
Plusieurs point:
* Il faudrait à minima être capable de détecter sa présence dans la champs texte pour indiqué qu'il n'est pas possible de validé ce mot de passe et en spécifier la raison.
* Il existe probablement des attributs spécifiques aux champs password, côté client et serveur. Vérifié si ils sont correctement paramétrés.
Cela m'amène d'ailleurs à une autre idée que j'avais déjà évoqué: avoir un petit bouton qui génère automatiquement un password (#3744).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3993Flash et docker2020-09-21T09:22:31+02:00Mathieu GiraudFlash et dockerSuite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.Suite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4000updateStats(): dans model.js ?2019-10-08T11:39:29+02:00Mathieu GiraudupdateStats(): dans model.js ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4002Information progressive de timeout et requêtes enchaînées2019-10-08T15:49:40+02:00Mathieu GiraudInformation progressive de timeout et requêtes enchaînéesSuite à #3535.
Quand tout se passe bien, on peut tout de même avoir le message "waiting for server reply" qui apparaît furtivement alors qu'il ne le devrait pas :
- requête 1, retour juste après `AJAX_TIMEOUT_LONG`: donc le `setTimeou...Suite à #3535.
Quand tout se passe bien, on peut tout de même avoir le message "waiting for server reply" qui apparaît furtivement alors qu'il ne le devrait pas :
- requête 1, retour juste après `AJAX_TIMEOUT_LONG`: donc le `setTimeout(..., AJAX_TIMEOUT_MSG)` est lancé
- requête 2 à la suite: donc `ajaxOn` est remis à `true`... et le premier `setTimeout` de la requête 1 peut arriver à ce moment.
Solution: au lieu d'un `ajaxOn`, faire `ajaxOn1/2/3` ?
Voir aussi #3806.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4004Distributions, calculs dans le client2019-10-08T16:45:09+02:00Mathieu GiraudDistributions, calculs dans le clientPour après !515, optimisations et ajustementsPour après !515, optimisations et ajustementshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4005Evaluer un fastq en amont des preprocess et analyse2019-10-11T11:19:05+02:00Thonier FlorianEvaluer un fastq en amont des preprocess et analyseJe suis tombé aujourd'hui sur des fichiers fastq comportant des erreurs :
```
@NB501924:75:HT525AFXY:1:11101:16318:8143 1:N:0:ATTGAGGA
+
```
Ni pear ni vidjil ne sont capable de prendre ces fichiers en l'état (#1723).
On pourrait im...Je suis tombé aujourd'hui sur des fichiers fastq comportant des erreurs :
```
@NB501924:75:HT525AFXY:1:11101:16318:8143 1:N:0:ATTGAGGA
+
```
Ni pear ni vidjil ne sont capable de prendre ces fichiers en l'état (#1723).
On pourrait imaginer l'appel d'un script qui se charge de vérifier que le format ou le contenu est correct et exploitable.
Dans certain cas, il pourrait aussi corriger certaines erreurs comme celle-ci (attention dans le cas d'un merge d’ailleurs à bien prendre en compte aussi l'équivalent R2/R3).
De plus, il faudrait dans ce cas rendre disponible un rapport depuis l'interface, qui indique que tout est bon pour passer à la suite de l'analyse, ou indiquer que non et l'indiquer clairement à l'utilisateur.
Je sais qu'il existe des scripts permettant de vérifier la conformité du formatage des fasta/fastq. Je ne sais pas si il existe un script tout fait permettant de vérifier ce type d'erreurs, et d'autres qui nous viendrait en tête.
A chaud:
* vérifier le format,
* vérifier des erreurs d'entrées,
* vérifier le nombre de lignes R1vsR2,
* vérifier les séquences vides,
* vérifier la présence de N ou autres caractères non souhaités
* ...
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4006Motif {WF}GxG et productivité2021-02-19T12:51:36+01:00Thonier FlorianMotif {WF}GxG et productivitéEn regardant des séquences discordantes (#2526), on est tombé sur une séquence pour laquelle le motif {WP}GxG était en cause.
Nous devrions vérifier le comportement de vidjil sur ce point, voir ajouter des séquences de tests et un point...En regardant des séquences discordantes (#2526), on est tombé sur une séquence pour laquelle le motif {WP}GxG était en cause.
Nous devrions vérifier le comportement de vidjil sur ce point, voir ajouter des séquences de tests et un point de documentation la dessus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4009Quelle devrait être la position par défaut du slider top ?2019-10-24T13:02:19+02:00Mathieu GiraudQuelle devrait être la position par défaut du slider top ?Évoqué hier: on montre depuis longtemps aux utilisateurs qu'ils peuvent avoir plus de clones avec le slider. Est-ce qu'il est encore pertinent d'avoir un slider top par défaut non au maximum ? Lien avec !515 ?
cc @flothoniÉvoqué hier: on montre depuis longtemps aux utilisateurs qu'ils peuvent avoir plus de clones avec le slider. Est-ce qu'il est encore pertinent d'avoir un slider top par défaut non au maximum ? Lien avec !515 ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4010Tag "0"2019-12-10T10:56:35+01:00Mathieu GiraudTag "0"Reported by @pduroux and @espyr : can we tag sequences with the tag `0` ?
At least we should properly document somewhere the available tags/colors.
See also #2862 et #2879.Reported by @pduroux and @espyr : can we tag sequences with the tag `0` ?
At least we should properly document somewhere the available tags/colors.
See also #2862 et #2879.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4011Better document "slow" options that should be avoided2019-10-23T07:06:33+02:00Mathieu GiraudBetter document "slow" options that should be avoided(Zhang, 2019) used `-a` (the option is now `--out-reads`), that is far from optimal, taking time to output all reads vdj#919
Since !434, options were renamed and are more explicit.
However, we should ensure that the non-recommended opti...(Zhang, 2019) used `-a` (the option is now `--out-reads`), that is far from optimal, taking time to output all reads vdj#919
Since !434, options were renamed and are more explicit.
However, we should ensure that the non-recommended options are clearly docuemted as such:
- in `-h` / `-H` (we could also move options from `-h` to advanced usage `-H`)
- with `Warning for non-optimal use` on stdout (we have already some)
- in `doc/vidjil-algo.md`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4013clone virtuels: gestion du tag2019-10-24T14:32:01+02:00Thonier Florianclone virtuels: gestion du tagDepuis la mise en place des clones virtuels, je ne suis pas certains du comportement attendu sur les tags.
Pour le moment, nous affichons toujours la petite étoile qui permet d'ouvrir le menu des tags.
Dans ce menu, il y a les tuiles q...Depuis la mise en place des clones virtuels, je ne suis pas certains du comportement attendu sur les tags.
Pour le moment, nous affichons toujours la petite étoile qui permet d'ouvrir le menu des tags.
Dans ce menu, il y a les tuiles qui sont sans effet, mais pourtant cliquable (les mettre en disable ?). Ensuite, la gestion du normalize n'est semble-t-il pas correcte non plus.
Pas d'effet provoqué par ces clones sur le `multitag` (qui permet d'inférer un tag à l'ensemble des clones sélectionnés). Pour l'instant, ils ne semblent pas être pris en compte et seuls les clones réels sont taggés. J'ai vérifié en jouant sur le filtre des tags).
Une solution temporaire serait de retirer le bouton tag dans un premier temps tant que nous n'avons pas trancher sur ces points, ou bien de mettre le contenu en disable (comme la normalisation lors d'un multitag).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4015clones virtuels: le preset 0 fait apparaitre les clones qui ne sont pas du lo...2020-07-21T17:48:52+02:00Thonier Florianclones virtuels: le preset 0 fait apparaitre les clones qui ne sont pas du locus courrant sur la grillSur le preset 0, si nous avons des clones de différents locus, nous avons les clones de distributions qui apparaissent consentement. Cela est dû au fait qu'ils n'ont pas de locus désignés. Cela peut poser souci par exemple dans ce graphi...Sur le preset 0, si nous avons des clones de différents locus, nous avons les clones de distributions qui apparaissent consentement. Cela est dû au fait qu'ils n'ont pas de locus désignés. Cela peut poser souci par exemple dans ce graphique.
Pour remedier à ce souci, il faudrait être capable de deviner le locus depuis certaines valeurs d'axes, mais pas toujours possible, ni même fiable (seg5==TRDV1 => TRD ou TRD+). Une solution encore moins pratique serait d'inclure en plus, de manière constante, cette information dans les distributions générées par `fuse.py`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4016Clones chevauchants sur certaines représentation bar (arrondir ?)2019-10-24T14:38:08+02:00Thonier FlorianClones chevauchants sur certaines représentation bar (arrondir ?)Il arrive que certains axes génèrent des valeurs qui rendent mal à l'affichage.
Par exemple, sur le fichier de test doc/fused_distribution_multiple.vidjil. Si on se met en preset 4, nous avons un clone à 162.15, d'autres à 162.0, et d'a...Il arrive que certains axes génèrent des valeurs qui rendent mal à l'affichage.
Par exemple, sur le fichier de test doc/fused_distribution_multiple.vidjil. Si on se met en preset 4, nous avons un clone à 162.15, d'autres à 162.0, et d'autres à diverses tailles. Le rendu n'est pas toujours parfait, notamment à cause de la largeur des barres et du comportement que l'on souhaiterait attendre lorsque celles-ci sont chevauchantes.
Exemple:
![Screenshot_20191023_141816](/uploads/d9491a0e84ca3ec1db2df2c4c8512b69/Screenshot_20191023_141816.png)
Je me suis aperçu de l'effet avec !515, mais il existe aussi sur le serveur de prod courant.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4018clones virtuels, filter/focus/hide2019-11-28T17:15:44+01:00Thonier Florianclones virtuels, filter/focus/hideJe suis en train de réfléchir au comportement et l'implémentation des actions de focus sur les clones de distributions. Si je fais une sélection de 3 clones de distributions et que je fais un focus sur eux, que dois-je voir ?
Je me dem...Je suis en train de réfléchir au comportement et l'implémentation des actions de focus sur les clones de distributions. Si je fais une sélection de 3 clones de distributions et que je fais un focus sur eux, que dois-je voir ?
Je me demande si je dois ne voir plus qu'eux à taille constante, c'est à dire la même, qu'ils soient focus ou non, ou bien si leur taille doit refléter les clones qui ont été cachés par le focus.
Dans un second temps, je me demande si on ne devrais pas rajouter des actions dans le `menu filter`:
* Hide distributions clones: explicite
* Show only distribution clones: dans ce cas, cacher tous les clones réels pour ne plus qu'afficher les clones de distributions. Ce comportement n'est pas possible avec le slider du top car il restera toujours, à la marge, des clones que le slider empêche de cacher (à moins de réduire sa valeur minimum à 0). Un bouton me semble plus explicite dans ce cas.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4019Clones virtuels et normalisation2019-10-31T18:46:29+01:00Mathieu GiraudClones virtuels et normalisationVoir déjà ce [thread dans !515](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/515?diff_id=34485&start_sha=f509f0c7502df6f172c788ed8850df01134d707b#note_266941).Voir déjà ce [thread dans !515](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/515?diff_id=34485&start_sha=f509f0c7502df6f172c788ed8850df01134d707b#note_266941).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4021Distributions et noms des axes2019-10-31T18:41:52+01:00Mathieu GiraudDistributions et noms des axesÉvoqué il y a quelques jours puis hier avec @flothoni.
Comment nommer les axes ?
Actuellement `seg3` dans ~"server-fuse" est `v` dans le ~client.
On pourra avoir une réflexion globale sur les axes un jour, en attendant éviter de défini...Évoqué il y a quelques jours puis hier avec @flothoni.
Comment nommer les axes ?
Actuellement `seg3` dans ~"server-fuse" est `v` dans le ~client.
On pourra avoir une réflexion globale sur les axes un jour, en attendant éviter de définir des nouvelles choses et mettre le minimum de choses hard-codées.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4024Clones with different analyses at diagnosis and follow-up2019-10-28T12:56:03+01:00Mathieu GiraudClones with different analyses at diagnosis and follow-upUsers sometimes report sequences with different analyses at diagnosis and follow-up (link to old issue ?)
@meidanis has recently seen such sequences (could you share them?).
The main reason is probably #3970. See also #2726.
We have to ...Users sometimes report sequences with different analyses at diagnosis and follow-up (link to old issue ?)
@meidanis has recently seen such sequences (could you share them?).
The main reason is probably #3970. See also #2726.
We have to be sure and to investigate and/or document things.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4026Distributions et graphe2020-02-25T19:30:47+01:00Mathieu GiraudDistributions et grapheDéjà évoqué il y a quelques jours avec @flothoni et @mikael-s.
Actuellement on les affiche tous (car pas de top), illisible. Et même on les affiche *tous* (si 3 distributions, somme plus grosse)
- 1) en afficher aucun, simple
- 2) af...Déjà évoqué il y a quelques jours avec @flothoni et @mikael-s.
Actuellement on les affiche tous (car pas de top), illisible. Et même on les affiche *tous* (si 3 distributions, somme plus grosse)
- 1) en afficher aucun, simple
- 2) afficher la somme: plus complexe ? Et même trompeur: un trait qui relierait deux points ne montrerait pas nécessairement les mêmes clones. Probablement juste un *point gris* sera quand même informatif
Bref, pour l'instant solution simple, en attendant de discuter à l'intérêt de la solution 2.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4029Bar plot en multi-sample, verrouillage de l'axe y size ?2019-11-26T16:47:54+01:00Mathieu GiraudBar plot en multi-sample, verrouillage de l'axe y size ?Discuté avec @flothoni vdj#921
Quand on compare des samples, le changement d'axe y peut être bizarre, typiquement si un sample est mono-clonal 50% et les autres poly-clonaux, top à ~1%. Évidemment on ne peut pas faire de log ici.
Mais....Discuté avec @flothoni vdj#921
Quand on compare des samples, le changement d'axe y peut être bizarre, typiquement si un sample est mono-clonal 50% et les autres poly-clonaux, top à ~1%. Évidemment on ne peut pas faire de log ici.
Mais... si on verrouille pour que tout soit visble, la distribution poly-clonale est écrasée.
Verrouiller plutôt à l'échelle minimale, et donc des gros clones sortiraient par le haut ?
Pas par défaut, mais une option pour cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4030preprocess; afficher le log si echec2019-10-31T19:15:10+01:00Thonier Florianpreprocess; afficher le log si echecAujourd'hui un preprocess pear à échoué à cause d'une erreur de format fastq.gz probablement tronqué ou mal généré.
En attendant, l'utilisateur ne voit qu'un message d'erreur un peu vague de notre serveur et pas le log de pear. Or celui...Aujourd'hui un preprocess pear à échoué à cause d'une erreur de format fastq.gz probablement tronqué ou mal généré.
En attendant, l'utilisateur ne voit qu'un message d'erreur un peu vague de notre serveur et pas le log de pear. Or celui-ci permet de connaître l'erreur de format (patient 34556).
```bash
[ERROR] - Cannot determine the file type of /mnt/upload/uploads/sequence_file.data_file.a1f59a109c47132d.41444e3435302d32305f53325f52325f3030312e66617374712e677a.gz. Ensure it is a BZIP2/GZIP compressed FASTQ file or plain FASTQ.
[...]
PEAR v0.9.10 [May 30, 2016]
Citation - PEAR: a fast and accurate Illumina Paired-End reAd mergeR
Zhang et al (2014) Bioinformatics 30(5): 614-620 | doi:10.1093/bioinformatics/btt593
Forward reads file.................: /mnt/upload/uploads/sequence_file.data_file.xxx.gz
Reverse reads file.................: /mnt/upload/uploads/sequence_file.data_file.xxx.gz
PHRED..............................: 33
[...]
Traceback (most recent call last):
File "pear.py", line 38, in <module>
raise EnvironmentError("Pear failed")
EnvironmentError: Pear failed
```
et Affiché: ![Pb_Vidjil](/uploads/0a28c921d08b255647bfc4e3f5ede25f/Pb_Vidjil.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4031Meilleures barres de progresion2019-11-06T09:56:09+01:00Mathieu GiraudMeilleures barres de progresionFactoriser les barres de `windowExtractor` !530 et de `vidjil.cpp`.
Avoir un meilleur rendu (pourcentage en cours ?).
Nous-même ou une librairie ?Factoriser les barres de `windowExtractor` !530 et de `vidjil.cpp`.
Avoir un meilleur rendu (pourcentage en cours ?).
Nous-même ou une librairie ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4036Taille des .vidjil en -y all2021-04-06T11:17:00+02:00Mathieu GiraudTaille des .vidjil en -y allvdj#921
Sur LIL-L3-1 :
- .fastq.gz 330M
- .vidjil habituel, `-z 100`, 51M
- .vidjil `-y all`, **395M**
- .vidjil après ~"server-fuse", 200k
Pour 1 clone en `-y all` sans `-z`, il y a... `1.9 ko` dans le `.vidjil` ! En plus de `se...vdj#921
Sur LIL-L3-1 :
- .fastq.gz 330M
- .vidjil habituel, `-z 100`, 51M
- .vidjil `-y all`, **395M**
- .vidjil après ~"server-fuse", 200k
Pour 1 clone en `-y all` sans `-z`, il y a... `1.9 ko` dans le `.vidjil` ! En plus de `sequence`, on a `quality`, `affectSigns`, `affectValues`... Beaucoup pour quelque chose qui va juste être un +1 dans une distribution...
- Calculer certaines distributions dans ~cpp ? Faisable, mais pas très générique, et demande ensuite des changements dans ~"server-fuse" pour lire les distributions
- Limiter au maximum ces sorties (voir aussi #3911) ? Par exemple, au-delà du `-z`, ne mettre que l'`id` et la `sequence`. Relativement simple, devrait réduire déjà la taille d'un facteur 3-4.
- Ne rien faire, tant pis pour la place, de toute façon cela se compresse bien ?
- Ne rien faire, car de toute façon le but est un jour de faire `-z all`, et on aura encore plus de choses ? (voire AIRR pour tout ?)
```
{
"_average_read_length": [
377.0
],
"_coverage": [
1.0
],
"_coverage_info": [
"377 bp (100% of 377.0 bp)"
],
"germline": "IGH",
"id": "AAAAAGTGGGAACTACTTCGGGCGGCGCCCCACCTAGGCTACTGGGGGCC",
"reads": [
1
],
"seg": {
"affectSigns": {
"seq": "+++++++ + +++++++++++++++++++++++++++++++++++++ + + ++++++++++++++ +++ + +++++++++++++++++++++++ + ++++ + ++ + + +++++++++++++++++++++++ + ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ +++++++++++++++ ",
"start": 1,
"stop": 377
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"affectValues": {
"seq": "HHHHHHH______H______HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH___H__H___HHHHHHHHHHHHHH?HHH______H____HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH_________H?HHHH________________H______HH______H_________________H______HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH______H______HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH_________________________________________________________________hhhhhhhhhhhhhhh_____________",
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},
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"start": 1,
"stop": 377
}
},
```
cc @flothoni @duezAlgo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4037Savoir quelle est la charge du serveur2022-05-12T11:42:48+02:00Mathieu GiraudSavoir quelle est la charge du serveurSuggéré par @Anne : ses analyses qui prennent quelques minutes. Mais, selon la charge du serveur, ses jobs peuvent attendre de quasiment rien à... plusieurs heures. Il serait intéressant pour les utilisateurs de savoir par exemple combie...Suggéré par @Anne : ses analyses qui prennent quelques minutes. Mais, selon la charge du serveur, ses jobs peuvent attendre de quasiment rien à... plusieurs heures. Il serait intéressant pour les utilisateurs de savoir par exemple combien de jobs sont en attente.
cc @duez https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4038Afficher les index de diversité dans le client2019-11-27T12:08:20+01:00Mathieu GiraudAfficher les index de diversité dans le clientSuggestion de ~"Paris-Pitié". En particulier sur ~"client-graph" ?Suggestion de ~"Paris-Pitié". En particulier sur ~"client-graph" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4039Supprimer un process ne supprime pas le fichier résultat associé2019-11-06T17:06:39+01:00Mikaël SalsonSupprimer un process ne supprime pas le fichier résultat associéJe ne sais pas si c'est un bug ou une feature. Ça ne me choque pas (cf. #2163). Mais est-ce bien ce qu'on veut ?Je ne sais pas si c'est un bug ou une feature. Ça ne me choque pas (cf. #2163). Mais est-ce bien ce qu'on veut ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4040Distributions : color by clone par défaut, autre mode de couleur ?2020-01-08T15:59:52+01:00Mathieu GiraudDistributions : color by clone par défaut, autre mode de couleur ?Avec les distributions, souhaite-t-on avoir par défaut "color by clone" ? C'est ce qui donne d'un coup d'oeil des infos sur le genescan.
Ou reste-t-on au fonctionnement actuel, notamment pour profiter des tags ?
Ou bien... essaie-t-on u...Avec les distributions, souhaite-t-on avoir par défaut "color by clone" ? C'est ce qui donne d'un coup d'oeil des infos sur le genescan.
Ou reste-t-on au fonctionnement actuel, notamment pour profiter des tags ?
Ou bien... essaie-t-on un autre mode de couleur, ou on aurait à la fois un "color by clone" léger, toujours actif par défaut et qui permettrait quand même de voir les tags (quitte à avoir le "color by clone" actuel, plus visible, toujours possible)
vdj#921https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4041Sélection sur histogramme2019-11-08T09:54:32+01:00Mathieu GiraudSélection sur histogramme
Je trouve que la sélection sur un ~"client-bar" type Genescan est peu élégante, surtout par rapport à la finesse des barres. Pas trop d'idées sur ce qu'on pourrait faire...
Je trouve que la sélection sur un ~"client-bar" type Genescan est peu élégante, surtout par rapport à la finesse des barres. Pas trop d'idées sur ce qu'on pourrait faire...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4049Améliorer le signal/bruit sur les warnings, warnings pertinents2021-03-17T16:16:42+01:00Mathieu GiraudAméliorer le signal/bruit sur les warnings, warnings pertinentsAurélie ~"LIL-Lille" : "Trops de warnings actuellement, on ne regarde plus".
Voir aussi #4032.
Sur combien de clones avons-nous de warnings sur des jeux récents ?
cc @duezAurélie ~"LIL-Lille" : "Trops de warnings actuellement, on ne regarde plus".
Voir aussi #4032.
Sur combien de clones avons-nous de warnings sur des jeux récents ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4050Warning (algo puis client) quand un clone peut avoir plusieurs dénominations ...2020-06-22T15:17:20+02:00Mathieu GiraudWarning (algo puis client) quand un clone peut avoir plusieurs dénominations prochesNotamment pour #4048 ? Plus généralement quand deux scores proches ?
Mais #4049...
cc @duez Notamment pour #4048 ? Plus généralement quand deux scores proches ?
Mais #4049...
cc @duez https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4051Tester la longueur du mot de passe et d'autres erreurs à la création2021-11-09T14:51:33+01:00Mikaël SalsonTester la longueur du mot de passe et d'autres erreurs à la créationLorsqu'on crée un nouvel utilisateur, la création peut échouer sans aucun message et en redirigeant vers la page du dernier utilisateur créé (vdj#939) si le mot de passe est trop court.
Ajouter un contrôle côté client ou serveur (mais p...Lorsqu'on crée un nouvel utilisateur, la création peut échouer sans aucun message et en redirigeant vers la page du dernier utilisateur créé (vdj#939) si le mot de passe est trop court.
Ajouter un contrôle côté client ou serveur (mais pas évident car géré par Web2py ?).
/cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4052Comment empêcher un clash de clés entre le modèle et le .json lu ?2019-11-15T19:13:38+01:00Mikaël SalsonComment empêcher un clash de clés entre le modèle et le .json lu ?Dans le modèle, à la lecture du fichier JSON envoyé par le serveur, nous faisons :
```python
//copy .vidjil file in model
for (var key in data){
if (key != "clusters") self[key] = jQuery.parseJSON(JSON.string...Dans le modèle, à la lecture du fichier JSON envoyé par le serveur, nous faisons :
```python
//copy .vidjil file in model
for (var key in data){
if (key != "clusters") self[key] = jQuery.parseJSON(JSON.stringify(data[key]))
}
```
Potentiellement cela écrase donc des propriété existantes (voire des fonctions). On descend tout d'un niveau ? Tout ce qui est lu serait mis dans une propriété `json` par exemple ?
Ce n'est pas juste une question théorique, le problème se pose concrètement ici : #4046. Le champ `config` du fichier produit par Vidjil écrase le `m.config` pré-existant, ce qui conduit à l'URL qui change.
/cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4054UNSEG strand sur >5% des reads2021-03-31T17:26:04+02:00Mathieu GiraudUNSEG strand sur >5% des reads
Sur un jeu probablement ~"bio-capture", avec 0.01% détecté, on a > 90% de `too few V/J` (normal), mais 5-10% de `UNSEG strand`: http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=34726&config=25
Est-ce habituel sur de tels jeux ?
Est-ce...
Sur un jeu probablement ~"bio-capture", avec 0.01% détecté, on a > 90% de `too few V/J` (normal), mais 5-10% de `UNSEG strand`: http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=34726&config=25
Est-ce habituel sur de tels jeux ?
Est-ce vraiment des affectations mixtes +/-, ou un seuil mal mis où on devrait plutôt mettre `too few V/J` ?
#978 et #1273
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4055Copier (coller) un clone dans le presse-papier2020-05-06T16:44:30+02:00Mathieu GiraudCopier (coller) un clone dans le presse-papierJ'écris un mail (ou une issue; ou autre chose) concernant un sample. J'aimerais pouvoir facilemet copier un clone. Actuellement, on peut sélectionner, faire un export fasta, ou bien un getInfoHtml, puis faire du sélection/copier dedans.
...J'écris un mail (ou une issue; ou autre chose) concernant un sample. J'aimerais pouvoir facilemet copier un clone. Actuellement, on peut sélectionner, faire un export fasta, ou bien un getInfoHtml, puis faire du sélection/copier dedans.
On pourrait peut-être remplir le presse-papiers, soit tout seul, soit avec raccourci clavier Ctrl+C ?
Et/ou faire que le texte dans ~"client-cloneList" et ~"client-segmenter" soit sélectionnable (peut-être mauvaise idée, entre en conflit avec d'autres choses ~"client-ergonomy") ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4056Séquences non recombinées mais KmerSegmentées à tort ?2019-11-23T06:51:30+01:00Mathieu GiraudSéquences non recombinées mais KmerSegmentées à tort ?Deux échantillons a priori indépendants: http://app.vidjil.org/index.html?custom=67009&custom=67033&clone=4
Partagent un `D7-27-0/92/0-J1` (bien taggué depuis #2232), mais aussi deux clones en IGK et IGL, en plus non FineSegmentés. Sera...Deux échantillons a priori indépendants: http://app.vidjil.org/index.html?custom=67009&custom=67033&clone=4
Partagent un `D7-27-0/92/0-J1` (bien taggué depuis #2232), mais aussi deux clones en IGK et IGL, en plus non FineSegmentés. Serait-ce des cas similaires à du D7-27 / J1 ?
Ping #1664
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4058URL: sélection de sample2019-11-21T17:00:27+01:00Mathieu GiraudURL: sélection de sampleAvoir un argument type `?sample=3` pour que le bon sample soit sélectionnéAvoir un argument type `?sample=3` pour que le bon sample soit sélectionnéhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4059URL et sélection de clones non visibles2019-11-21T17:09:16+01:00Mathieu GiraudURL et sélection de clones non visibleshttps://dev.vidjil.org/browser/index.html?set=26912&config=25&clone=8
Pas sûr que l'URL fonctionne. Plus généralement, que se passe-t-il si un clone n'est pas visible ? #4058, mais pas que: filtrage, locus, ... ?https://dev.vidjil.org/browser/index.html?set=26912&config=25&clone=8
Pas sûr que l'URL fonctionne. Plus généralement, que se passe-t-il si un clone n'est pas visible ? #4058, mais pas que: filtrage, locus, ... ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4061Meta : rendre les informations du dock persistantes2019-11-22T11:42:21+01:00Mikaël SalsonMeta : rendre les informations du dock persistantes* Mot de passe #3698
* Tickets #3707
* Sessions #3804 ?* Mot de passe #3698
* Tickets #3707
* Sessions #3804 ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4062Add germline gene : problème lorsqu'on change de clone2020-10-14T11:29:53+02:00Mikaël SalsonAdd germline gene : problème lorsqu'on change de cloneLorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align*...Lorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align* tourne en rond et ne rend pas la main.
Aurélie ~"LIL-Lille" nous demande à ce que les séquences germinales soient retirées lorsqu'on change de clone. Pourquoi pas, mais même si on ne les retirait pas, changer de clone ne devrait pas faire planter le segmenteur.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4063Reporter au monitor les différents sha1 (client, server), voire version algo2021-10-12T19:40:20+02:00Mathieu GiraudReporter au monitor les différents sha1 (client, server), voire version algoOn aimerait savoir d'un coup d'oeil ce qui est déployé.
#1847 #2939
vdj#414 vdj#344On aimerait savoir d'un coup d'oeil ce qui est déployé.
#1847 #2939
vdj#414 vdj#344https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4064Viewing JUnit test reports on GitLab, et artefacts2019-11-22T20:03:58+01:00Mathieu GiraudViewing JUnit test reports on GitLab, et artefacts
Gitlab 12.5 peut mieux afficher les résultats JUnit (si feature activée par les admin), et aussi exposer n'importe quel artefact (par exemple une page QUnit ? Autre chose ?)
https://docs.gitlab.com/ee/ci/junit_test_reports.html#viewin...
Gitlab 12.5 peut mieux afficher les résultats JUnit (si feature activée par les admin), et aussi exposer n'importe quel artefact (par exemple une page QUnit ? Autre chose ?)
https://docs.gitlab.com/ee/ci/junit_test_reports.html#viewing-junit-test-reports-on-gitlab
https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/README.html#artifactsexpose_as
Suite à #3444. Voir #3466, #3467, #3468, #3469, #3471https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4067meilleur gestion des séquences germline dans le segmenteur2019-11-26T12:46:16+01:00Thonier Florianmeilleur gestion des séquences germline dans le segmenteurCas pratique: On sélectionne un clone, puis on ajoute les séquences germline.
Que doivent devenir les séquences germline dans le cas ou l'on change de clone. Faut-il les supprimer ? Les remplacer par celles du nouveau clone ? Si sélecti...Cas pratique: On sélectionne un clone, puis on ajoute les séquences germline.
Que doivent devenir les séquences germline dans le cas ou l'on change de clone. Faut-il les supprimer ? Les remplacer par celles du nouveau clone ? Si sélection multiple conserver les anciennes et ajouter les nouvelles automatiquement ?
Si on supprime un clone de la liste du segmenteur, faut-il aussi supprimer ses germlines qui ne sont plus présentes chez aucun autres clones ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4068Mécanisme pour afficher/comparer des valeurs sur tous les samples2023-06-28T17:12:15+02:00Mathieu GiraudMécanisme pour afficher/comparer des valeurs sur tous les samplesGénéralise #4038.
@flothoni :
> Il faudrait donc avoir accès à un tableau qui indique les valeurs pour tout les samples.
Et/ou une manière d'afficher cela dans le ~"client-graph".
Les valeurs peuvent être aussi ~"bio-external-data" (o...Généralise #4038.
@flothoni :
> Il faudrait donc avoir accès à un tableau qui indique les valeurs pour tout les samples.
Et/ou une manière d'afficher cela dans le ~"client-graph".
Les valeurs peuvent être aussi ~"bio-external-data" (où en est-on, cela fonctionne-t-il toujours ?) #1367
> Il faudrait un bouton dédié ou une entrée dans un menu ?
> Au passage, on pourrait souhaiter la même démarche pour l'ensemble du log des samples, pouvoir comparer en une fois les longueurs moyennes des reads du locus XXX, les nombres de reads d'origines, ... De plus, il faudrait probablement être capable de transformer le log en variables.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4069Afficher les index de diversité en statistiques patient/run/set2024-02-06T16:58:36+01:00Mathieu GiraudAfficher les index de diversité en statistiques patient/run/setDemande de @Anne, initialement dans #4038 :
> Est-ce que ça serait possible d'avoir un bouton sur la page du run ou du set ? Qui donnerait cette valeur pour tous les patients du run/set. Ce serait super d'avoir un tableau récapitulatif ...Demande de @Anne, initialement dans #4038 :
> Est-ce que ça serait possible d'avoir un bouton sur la page du run ou du set ? Qui donnerait cette valeur pour tous les patients du run/set. Ce serait super d'avoir un tableau récapitulatif avec ces infos, ainsi que le % de reads appariés et le % de reads abalysés.
Voir #3171, #3496... toute la partie sur les ~"server-qc-stats" fait partie d'un point qui va être traité par @RyanHerb, entre janvier et mars 2020.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4071Coloration en fonction de la fluctuation d'un clone2021-11-19T11:06:56+01:00Thonier FlorianColoration en fonction de la fluctuation d'un cloneAjouter une coloration en fonction de la fluctuation d'un clone à travers les samples ? Si il augmente (et qu'il a déjà atteint un seuil de X% pour restreindre possiblement aux clones d'intérêts), il a une couleur dédiée. Celle-ci serait...Ajouter une coloration en fonction de la fluctuation d'un clone à travers les samples ? Si il augmente (et qu'il a déjà atteint un seuil de X% pour restreindre possiblement aux clones d'intérêts), il a une couleur dédiée. Celle-ci serait plus ou moins marquée suivant sa valeur courante et/ou s'il augmente de manière régulière sur les 3 derniers points ou si il explose sur le dernier. Idem si il diminue.
Possiblement compliqué sur les critères, cela permettrait de voir facilement un sous clone qui apparaît.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4074Indépendance vue/modèle : des vues vont taper dans d'autres vues2019-11-29T16:45:04+01:00Mikaël SalsonIndépendance vue/modèle : des vues vont taper dans d'autres vues@duez a relevé certaines dépendances entre les URL et le scatterplot (pour connaître les axes en cours). On devrait avoir une indépendance totale et repasser par le modèle à chaque fois.@duez a relevé certaines dépendances entre les URL et le scatterplot (pour connaître les axes en cours). On devrait avoir une indépendance totale et repasser par le modèle à chaque fois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4076Require (or suggest) that a user changes its password on her first login2019-12-02T19:01:01+01:00Mathieu GiraudRequire (or suggest) that a user changes its password on her first loginWhen a user logs for a first time, she should be redirected to the "change password" screen, maybe with a "Welcome to Vidjil!" greeting message.
See also #3367.When a user logs for a first time, she should be redirected to the "change password" screen, maybe with a "Welcome to Vidjil!" greeting message.
See also #3367.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4078AIRR Example Files2020-01-10T16:26:08+01:00Mathieu GiraudAIRR Example FilesFor #3673 (and more generally #3591), put 2/3 files in our test suite
- one by vidjil-algo (Demo-X5, perhaps some clones with more than 1 reads ?)
- other from other programs (first MiXCR)For #3673 (and more generally #3591), put 2/3 files in our test suite
- one by vidjil-algo (Demo-X5, perhaps some clones with more than 1 reads ?)
- other from other programs (first MiXCR)Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4080CloneDB sur clones ayant déjà des warnings2019-12-03T17:50:49+01:00Mathieu GiraudCloneDB sur clones ayant déjà des warningsQuand un clone a déjà un ~"client-warning" , on n'a pas de retour visuel quand on a un match de ~"app-clonedb" dessus. Par exemple, depuis !550 :
> https://vdd.vidjil.org/browser/?set=26912&config=25&clone=8 avec le plus gros clone en I...Quand un clone a déjà un ~"client-warning" , on n'a pas de retour visuel quand on a un match de ~"app-clonedb" dessus. Par exemple, depuis !550 :
> https://vdd.vidjil.org/browser/?set=26912&config=25&clone=8 avec le plus gros clone en IGKV2D-30 du 2è sample
#3135 et priorité des warnings ? #4049 ? Ou séparer emplacement warnings et CloneDB (bof) ?
Au passage, on n'a jamais de retour visuel quand on n'a *pas de match* de ~"app-clonedb"...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4081Largeur pour germline en axis2019-12-04T15:29:25+01:00Mathieu GiraudLargeur pour germline en axisVu par @duez : le dénominateur est incorrect, barres trop fines quand l'axe est germlineVu par @duez : le dénominateur est incorrect, barres trop fines quand l'axe est germlinehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4082Tests fonctionnels client : diminuer (voire supprimer ?) le retry2019-12-04T15:32:57+01:00Mikaël SalsonTests fonctionnels client : diminuer (voire supprimer ?) le retryLe retry est à 2 sur ces tests (donc lancés max 3 fois). La raison est notamment qu'on lançait tous les tests sur tous les navigateurs en même temps. Ce n'est plus le cas. D'autre part une MR récente a aussi amélioré la reproductibilité ...Le retry est à 2 sur ces tests (donc lancés max 3 fois). La raison est notamment qu'on lançait tous les tests sur tous les navigateurs en même temps. Ce n'est plus le cas. D'autre part une MR récente a aussi amélioré la reproductibilité de ces tests (!534).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4083Pouvoir identifier les vues2019-12-04T15:33:23+01:00Mathieu GiraudPouvoir identifier les vuesSouhaité par @duez
- plusieurs sp ou autres
- debug, important d'afficher des choses
Un type ? Un id ?Souhaité par @duez
- plusieurs sp ou autres
- debug, important d'afficher des choses
Un type ? Un id ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4084Simplifier les smartUpdate()2019-12-04T15:35:20+01:00Mathieu GiraudSimplifier les smartUpdate()@duez : "les trois fonctions, il pourrait y en avoir déjà deux. Demande du ~"dev-refactor" à plusieurs endroits"@duez : "les trois fonctions, il pourrait y en avoir déjà deux. Demande du ~"dev-refactor" à plusieurs endroits"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4085Améliorer l'efficacité de l'aligneur2021-04-08T08:31:50+02:00Mikaël SalsonAméliorer l'efficacité de l'aligneurLorsqu'on sélectionne beaucoup de clones, le segmenteur rame pour les ajouter.
@duez a des idées pour améliorer cela. L'idée serait de précharger toutes les séquences dans le segmenteur (le volume de données et la quantité de tags me fa...Lorsqu'on sélectionne beaucoup de clones, le segmenteur rame pour les ajouter.
@duez a des idées pour améliorer cela. L'idée serait de précharger toutes les séquences dans le segmenteur (le volume de données et la quantité de tags me fait un peu peur, mais Marc a l'air serein !) pour éviter d'avoir à ajouter (et supprimer) plein de choses à la volée.
Des tests à mener, déjà pour voir si une machine modeste tient bien le choc en insérant tout d'un coup.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4087Perte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junction2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudPerte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junctionVu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.Vu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4088Que renseigner dans le .vidjil pour que le "color by N" soit fonctionnel ?2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudQue renseigner dans le .vidjil pour que le "color by N" soit fonctionnel ?Question de @pduroux.
Dans `clone.js` :
```
getNlength: function () {
if (this.hasSeg('3', '5')){
return this.seg['3'].start-this.seg['5'].stop-1
```Question de @pduroux.
Dans `clone.js` :
```
getNlength: function () {
if (this.hasSeg('3', '5')){
return this.seg['3'].start-this.seg['5'].stop-1
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4089Color by abundance at this sample2021-08-23T11:16:13+02:00Mathieu GiraudColor by abundance at this sampleDiscussion pour @pduroux.
D'habitude, les "color by" concernent *tous* les clones.
Indiquer plutôt "by abundance at this sample"Discussion pour @pduroux.
D'habitude, les "color by" concernent *tous* les clones.
Indiquer plutôt "by abundance at this sample"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4090"Color by" custom ou axes custom2021-09-15T23:18:35+02:00Mathieu Giraud"Color by" custom ou axes custom
Vu par @pduroux : un `updateModel()` (cc @duez) ou équivalent efface la couleur placée à la main. Ce serait bien d'avoir un champ `customColor` avec un mode de coloration.
Plus généralement, ajouter des modes de coloration par le add-o...
Vu par @pduroux : un `updateModel()` (cc @duez) ou équivalent efface la couleur placée à la main. Ce serait bien d'avoir un champ `customColor` avec un mode de coloration.
Plus généralement, ajouter des modes de coloration par le add-on.
On en discute en interne et on revient vers vous.2019-12-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4091Color by abundance total2019-12-13T11:37:14+01:00Mathieu GiraudColor by abundance total
Avoir un mode de coloration (un axe ?) par la somme de l'abondance dans tous les samples
cc @pduroux
Voir #4089.
Avoir un mode de coloration (un axe ?) par la somme de l'abondance dans tous les samples
cc @pduroux
Voir #4089.