vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-28T16:09:52+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5082Un preset pour mieux voir la contamination ?2023-03-28T16:09:52+02:00Mathieu GiraudUn preset pour mieux voir la contamination ?
- preset Main sample / Number of samples ?
- ou éventuellement un bouton pour sélectionner les clones présents dans plusieurs samples ?
-
- preset Main sample / Number of samples ?
- ou éventuellement un bouton pour sélectionner les clones présents dans plusieurs samples ?
-Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4482Avoir un process de déploiement / création d'images Docker2023-03-28T16:10:24+02:00Mathieu GiraudAvoir un process de déploiement / création d'images Docker
En particulier, quand devons-nous éditer `docker/CHANGELOG` ?
Un MR template ?
En particulier, quand devons-nous éditer `docker/CHANGELOG` ?
Un MR template ?Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2891Upload de plusieurs fichiers .fasta via un .zip / .csv2023-03-28T16:10:53+02:00Mathieu GiraudUpload de plusieurs fichiers .fasta via un .zip / .csvTâche originelle dans #1362
PAN a envoyé un .zip avec 4 fichiers dedans. Et ça on ne sait pas faire. Il faudrait « juste » décompresser l'archive et itérer sur tous les fichiers et les remplir tous avec les mêmes propriétés.
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Oui, c...Tâche originelle dans #1362
PAN a envoyé un .zip avec 4 fichiers dedans. Et ça on ne sait pas faire. Il faudrait « juste » décompresser l'archive et itérer sur tous les fichiers et les remplir tous avec les mêmes propriétés.
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Oui, cela simplifierait beaucoup certains usages... mais ce n'est pas si évident à faire :
- le "sampling date" peut ne pas être le même (mais on pourrait faire une passe manuelle ensuite)
- et surtout, si on décompresse, il faut le faire dans environnement sécurisé pour que cela ne mette pas le bazar dans nos fichiers
- et éduquer les utilisateurs pour que le .zip soit uniquement des fichier fasta (pas un fichier .txt ou je ne sais quoi en plus)...
En mode production MRD, ce n'est pas forcément nécessaire (un point à la fois).
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Mentionné par nos amis du NHS.
Pour eux, ce serait même *différents patients* ? Au passage, c'est vrai que c'est plus réaliste. En production, on a le(s) run(s) de la semaine, avec du diag, et des MRDs de patients existants
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Vraiment pas facile...
Début de réflexion : on uploade une archive, cela ajoute les fichiers, on arrive sur un tableau avec la liste des fichiers et des controles pour ajouter au patient qu'on veut ?
On suppose par contre que producer / sequencer sont le même pour tous...
Mais primers, non.
Pb: tant que le .zip n'est pas arrivé, on ne peut pas afficher le tableau.
Bof / bof...
Il faudrait expliciter le scénario avec nos users pour voir ce qu'ils veulent vraiment.
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Est-ce vraiment un problème de ne pas voir le tableau ? De toute façon on voit l'upload en cours dans le widget.
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Remis au goût du jour pour Lyon ?
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Après le R1+R2, il faudra voir si on remet cela au goût du jour.
Heinrik a exactement le problème d'uploader régulièrement >20 fichiers, il faudrait un moyen de le faire plus rapidement.
À voir comment cela pourrait marcher avec le R1+R2.
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Discuté lors de la Rando 2016.
Pas prioritaire. L'idée pour les prochains mois est déjà d'utiliser les "runs", de voir si nos utilisateurs aiment cela.
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Ping.
Henrik est revenu à la charge. La solution la plus simple est un upload de plusieurs fichiers pour *un même* patient. À mon avis on peut bidouiller un truc côté Javascript, à voir si c'est souhaitable (récupère tous les fichiers et les envoie 1 par 1 ou 2 par 2 au contrôleur).
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@nobody
cc @RyanHerbWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2836Profils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses2023-03-28T16:11:14+02:00Thonier FlorianProfils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre ...(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre les differents utilisateur d'un même groupe ( ~"LIL-Lille" compte inclure ces paramètre dans la descrition de leur protocole ! )
La solution la plus simple serait peut-être d'avoir un cookie qui gère les setting pour les enregistrer.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1253Se souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?2023-03-28T16:11:50+02:00Vidjil TeamSe souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains...On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains réglages permettraient de chosir directement un "kit" d'amorces
Ce n'est pas facile, que cela soit au niveau de la db, du browser derrière, et même de la conception / de ce qu'on veut. Vraiment pas la priorité pour l'instant.
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mis dans la demande d'ADT, 2016Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5155Follow-up from "Draft: Py4web; apply mulitple changes to backend server code."2023-11-06T15:04:09+01:00THONIER FlorianFollow-up from "Draft: Py4web; apply mulitple changes to backend server code."The following discussion from !1338 should be addressed:
- [ ] @fthonier started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1338#note_862390):
> Supprimer aussi les règles associées.The following discussion from !1338 should be addressed:
- [ ] @fthonier started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1338#note_862390):
> Supprimer aussi les règles associées.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5143Add D primers in the set of primers2023-05-11T17:49:33+02:00Mikaël SalsonAdd D primers in the set of primersAs requested by ~"NAN - Nantes" during 2023 Vidjil day.
Beware to the prioritization of primers (V/J primers should have the priority over D).As requested by ~"NAN - Nantes" during 2023 Vidjil day.
Beware to the prioritization of primers (V/J primers should have the priority over D).Web 2023.10THONIER FlorianTHONIER Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5140Show percentage by locus in addition that by sample2023-06-29T14:57:42+02:00THONIER FlorianShow percentage by locus in addition that by sampleA feature asked by some users: Be able to show percentage of clonotype inside his own locus in the client.
An alternative inside scatterplot exist with preset 17; locus by size, but not in list of clonotype.
Warning, a locus with only ...A feature asked by some users: Be able to show percentage of clonotype inside his own locus in the client.
An alternative inside scatterplot exist with preset 17; locus by size, but not in list of clonotype.
Warning, a locus with only few reads (wet lab/sequencing failure) can easily have a clonotype at a high level.Web 2023.10THONIER FlorianTHONIER Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5123Warning view; Ugly display on chrome2023-03-28T16:14:38+02:00THONIER FlorianWarning view; Ugly display on chromeWhile I was testing to take screenshot for documentation, I found that warning view is not similar that the view on firefox.
![Screenshot_20230228_102853](/uploads/7e5eff9708e63deadfb4961ff384b425/Screenshot_20230228_102853.png)While I was testing to take screenshot for documentation, I found that warning view is not similar that the view on firefox.
![Screenshot_20230228_102853](/uploads/7e5eff9708e63deadfb4961ff384b425/Screenshot_20230228_102853.png)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5097Report; include image in comment section or in other place2023-03-28T16:14:57+02:00Thonier FlorianReport; include image in comment section or in other placeA feature asked by ~"LIL-Lille" : A way to add an external image inside the report.
If saved, we should include these pictures.
In the present case, we can also try to import raw data from the page that generate picture and rerender ...A feature asked by ~"LIL-Lille" : A way to add an external image inside the report.
If saved, we should include these pictures.
In the present case, we can also try to import raw data from the page that generate picture and rerender that inside report... But it is another point.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5096Report; shortcut to hide all other sample2023-03-28T16:15:28+02:00Thonier FlorianReport; shortcut to hide all other sampleAs for locus, a shortcut shift+click to hide all other samples present in the report.
Also, if we choose to directly hide sample from graph-list, update export menu too.As for locus, a shortcut shift+click to hide all other samples present in the report.
Also, if we choose to directly hide sample from graph-list, update export menu too.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5094Report; allow to set generic clone information (% locus; %locus+inc, ...)2023-03-28T16:28:32+02:00Thonier FlorianReport; allow to set generic clone information (% locus; %locus+inc, ...)Asked by ~"LIL-Lille" : Use the same mechanism than clonotype settings ? Particular format as splitted by sample.Asked by ~"LIL-Lille" : Use the same mechanism than clonotype settings ? Particular format as splitted by sample.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5043Roadmap été/automne 2022 suite au CST2023-03-28T16:29:19+02:00Mathieu GiraudRoadmap été/automne 2022 suite au CSTDiscuté ensemble @mikael-s @flothoni @duez, complété un peu
**More tags/colors.** Done
**API / Demo.** TODO
**Initial work towards tools for Clonal evolution (one month, first tools)**
- usages de tSNE, rafraîchir cela, documenter...Discuté ensemble @mikael-s @flothoni @duez, complété un peu
**More tags/colors.** Done
**API / Demo.** TODO
**Initial work towards tools for Clonal evolution (one month, first tools)**
- usages de tSNE, rafraîchir cela, documenter...
- :zap: **faire un point et documenter tSNE #5083**
- tSNE 1D (avec par exemple axe V) ? #5042
- extensions de tSNE
- tSNE sur toute la séquence ? sur les V ? (avec threshold si fenêtre proche ?) #5084 (pas la priorité ?)
- tSNE sur d'autres distances #3158 #4093 ~"repseq-IMGT" **CDR3/AA #5111**
- **aussi alignements #3332**
- pour tSNE comme alignements, ~"client-speed" back (ou .js): update cgi ? #2786 #5041 ?
- *On ne rentre pas dans #1726 et autres: bien trop complexe pour un mois*
**Contamination (one month)**. See and export how clonotypes may be common in several stages
- stats-qc #4539/#3171
- et/ou post-process
- affichage dans le rapport ? (afficher stats-qc dans rapport ?)
- :zap: en pur client, **#5082 et #5054**
- en pur client, via warnings **#4133, va avec #5080 / !1240**
**Profiles for diseases (one month).** This will begin by stabilizing/enhancing the reports for different diseases
- en septembre, après retours sur nouveaux rapports ~"client-rapport", rajout d'éléments...
- :zap: **#5012 serait déjà fantastique**Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4996Rapport : Ne pas enregistrer la sélection de clone dans le preset2023-03-28T16:15:40+02:00Mathieu GiraudRapport : Ne pas enregistrer la sélection de clone dans le presetDiscussion avec @mikael-s et @flothoni :
- sauvegarder aussi les clones sélectionnés permet d'avoir quelque chose d'absolument reproductible
mais
- quand on change de preset, on n'a plus les mêmes clones
Bref, pour l'instant on préfè...Discussion avec @mikael-s et @flothoni :
- sauvegarder aussi les clones sélectionnés permet d'avoir quelque chose d'absolument reproductible
mais
- quand on change de preset, on n'a plus les mêmes clones
Bref, pour l'instant on préfère ne pas sauvegarder cette sélection, on verra dans une itération suivanteWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4993Pouvoir exporter un alignement dans le rapport2023-06-14T14:50:47+02:00Mathieu GiraudPouvoir exporter un alignement dans le rapportÉvoqué à ~"ec-ngs" avec des usagères. cc @duez
Pour la prochaine fois.
Et par défaut centré, #4992Évoqué à ~"ec-ngs" avec des usagères. cc @duez
Pour la prochaine fois.
Et par défaut centré, #4992Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4975Récupérer les subsets ?2023-03-28T16:17:20+02:00Mathieu GiraudRécupérer les subsets ?Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4868axis_conf.js : ne pas mélanger identifiants et labels2023-03-28T16:17:31+02:00Mikaël Salsonaxis_conf.js : ne pas mélanger identifiants et labelsDans `axis_conf.js` les identifiants d'axes servent aussi de labels (par exemple `V/5' gene`).
C'est embêtant parce que les identifiants sont utilisés à plusieurs endroits (pour définir quels axes sont utilisés à quel endroit).
1. Qu...Dans `axis_conf.js` les identifiants d'axes servent aussi de labels (par exemple `V/5' gene`).
C'est embêtant parce que les identifiants sont utilisés à plusieurs endroits (pour définir quels axes sont utilisés à quel endroit).
1. Quand on modifie un label, on ne s'attend pas à ce qu'il y ait des effets de bord
2. Il faut chercher tous les endroits où il est utilisé pour les modifier également (ex. 51c11e5f) (et puis avant cela il faut comprendre l'origine du problème… c'est du vécu)
3. Comme ces labels sont aussi des identifiants, ces labels sont aussi utilisés dans les URL. Toute modification d'un label rend donc obsolète les URL précédentes…
4. Comme les identifiants sont des chaînes de caractères, il y a toujours le risque de faire une typo à un endroit et donc d'indiquer un identifiant qui n'existe pas.
Je pense que la solution la plus propre serait que le nom des axes soient définis avec les autres propriétés des axes.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4803Test segmenter page2023-03-28T16:25:28+02:00Mathieu GiraudTest segmenter pageSuite à [!967](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/967#note_527043):
> @duez : "Nouveau test. Cela passe chez moi... mais pas sur ~"dev-gitlab" "
@mikael-s : "il faut compiler vidjil-algo"
==> test fonctionnel ? ou...Suite à [!967](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/967#note_527043):
> @duez : "Nouveau test. Cela passe chez moi... mais pas sur ~"dev-gitlab" "
@mikael-s : "il faut compiler vidjil-algo"
==> test fonctionnel ? ou test unitaire avec mock ?Web 2023.10marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4768beta: avoir dev déployé quelque part par ci2023-03-28T16:17:44+02:00Mathieu Giraudbeta: avoir dev déployé quelque part par ci(je pensais qu'il y avait déjà une issue, pas trouvé)
On a pour l'instant un serveur de dev où on change manuellement les branches et où on fait des essais. C'est utile mais pas très systématique.
Avoir donc toujours un serveur déployé...(je pensais qu'il y avait déjà une issue, pas trouvé)
On a pour l'instant un serveur de dev où on change manuellement les branches et où on fait des essais. C'est utile mais pas très systématique.
Avoir donc toujours un serveur déployé quelque part qui soit notre version de référence pour le dev. Cela servirait pour
- discuter de dev entre nous, notamment en audio
- pouvoir pointer dans des issues ou autre vers des URLs sur ce serveur
- montrer à des usagers les features arrivant
Vu tous les environnements de review qu'on déploie par ~"dev-ci"... on n'en est pas à un près :)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4736Follow-up from "Feature c/genescan primer search"; add documentation2023-03-28T16:35:40+02:00Thonier FlorianFollow-up from "Feature c/genescan primer search"; add documentationThe following discussion from !930 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_498147): (+1 comment)
> Je dois encore faire de la documentation quelqu...The following discussion from !930 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_498147): (+1 comment)
> Je dois encore faire de la documentation quelques part sur cette fonction.
>
> C'est possible de la faire après cette MR pour ne pas géner le freeze mais ce serait mieux avec.Web 2023.10