vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-09-16T16:32:48+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1964e-values .vidjil sont celles du Kmer, pas du Fine2019-09-16T16:32:48+02:00Vidjil Teame-values .vidjil sont celles du Kmer, pas du Fine(Vu au sujet de "evalue > 1")
Le code actuel sort dans le .json la evalue du Kmer (champ "seg" vient de la fusion des deux toJson, Fine et Kmer, mais seul Kmer sort la e-valeur). Est-ce souhaitable de mettre plutôt le Fine, plus robuste...(Vu au sujet de "evalue > 1")
Le code actuel sort dans le .json la evalue du Kmer (champ "seg" vient de la fusion des deux toJson, Fine et Kmer, mais seul Kmer sort la e-valeur). Est-ce souhaitable de mettre plutôt le Fine, plus robuste (euh, K/lambda ?)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1963Les D multiples ne sont pas colorés dans les rapports, factoriser colorisatio...2019-11-23T05:22:51+01:00Vidjil TeamLes D multiples ne sont pas colorés dans les rapports, factoriser colorisation séquenceAssez critique : cela peut induire en erreur des utilisateurs, pensant qu'ils sont au milieu du N alors qu'il s'agit d'un D.
Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2451&config=25
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b43890e
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ok pour la webapp,...Assez critique : cela peut induire en erreur des utilisateurs, pensant qu'ils sont au milieu du N alors qu'il s'agit d'un D.
Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2451&config=25
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b43890e
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ok pour la webapp, reste à faire pour les rapports, export.js:clone().
Mais c'est un peu dupliqué... ces fonctions ne pourraient-elle pas utiliser des choses de segmenter.js ?
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1952Export csv générique sur toute vue grid / bar2017-11-29T13:44:21+01:00Vidjil TeamExport csv générique sur toute vue grid / barPouvoir exporter un .csv correspondant à une vue du scatterplot (clones affichés, axes X/Y/couleur utilisés). En grid comme en bar. Les bios vont adorer, grosse feature pour eux.
Rando 2016: Marc voit comment faire cela.
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@DuezPouvoir exporter un .csv correspondant à une vue du scatterplot (clones affichés, axes X/Y/couleur utilisés). En grid comme en bar. Les bios vont adorer, grosse feature pour eux.
Rando 2016: Marc voit comment faire cela.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1951Légende sur l'export svg2020-08-04T10:09:29+02:00Vidjil TeamLégende sur l'export svgRando 2016: suggéré par un anonyme. Des détails ?
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@nobodyRando 2016: suggéré par un anonyme. Des détails ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1945Tooltips riches dans la webapp : implémentation2019-01-10T15:21:23+01:00Vidjil TeamTooltips riches dans la webapp : implémentationDescription un peu complète et lien vers la doc. Si la tooltip apparaît plus rapidement qu'un "title" c'est mieux aussi. Exemple, sans bibliothèque JS (à part JQuery) : https://codepen.io/jamilhijjawi/pen/lIwbK
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Remarque de Marc duran...Description un peu complète et lien vers la doc. Si la tooltip apparaît plus rapidement qu'un "title" c'est mieux aussi. Exemple, sans bibliothèque JS (à part JQuery) : https://codepen.io/jamilhijjawi/pen/lIwbK
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Remarque de Marc durant la rando : on crée beaucoup de contenu dynamiquement, bref cela impose de relancer le .js (soit sur tout, soit sur l'objet nouvellement créé).
Solution purement CSS dans features/tooltip (ce qu'avait fait François), simplification/re-travail en cours.
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@magiraud @mikael-sWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1944Clarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommer2021-05-25T10:05:29+02:00Vidjil TeamClarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommerÉventuellement renommer certaines configs (`multi++` ? `Vidjil multi++` ?)
Penser aussi à `controller/defaults.py`.
Éventuellement renommer certaines configs (`multi++` ? `Vidjil multi++` ?)
Penser aussi à `controller/defaults.py`.
Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1943Cluster par courbes ayant même dynamique temporelle2021-11-19T11:06:56+01:00Vidjil TeamCluster par courbes ayant même dynamique temporelle
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@magiraud
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@magiraudMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1936Véracité des causes de non segmentation (et implications du -t ou -2)2016-12-06T10:22:13+01:00Vidjil TeamVéracité des causes de non segmentation (et implications du -t ou -2)Les causes de non segmentation varient grandement en fonction des paramètres utilisés, ce qui induit en erreur.
Par exemple sur des données de LLC, ajouter un -t 0 (par défaut -t 100), conduit à considérer le V dans toute sa longueur et ...Les causes de non segmentation varient grandement en fonction des paramètres utilisés, ce qui induit en erreur.
Par exemple sur des données de LLC, ajouter un -t 0 (par défaut -t 100), conduit à considérer le V dans toute sa longueur et donc le UNSEG too few V/J passe de ~10^5 à ~10^3, les séquences passant en fait en « UNSEG only V/5' ». Cela amène d'ailleurs à se poser la question de la pertinence de -t 100 : il y a des séquences qui contiennent vraiment du V mais dont on pense qu'elles n'en ont pas à cause du -t 100.
Par ailleurs sur ces mêmes données, utiliser un -2 fait passer une très grosse partie des séquences de « UNSEG only V/5' » à « UNSEG only J/3' » pour une raison que je n'explique pas.
Les données en question : patient 1803 et 1806 (Lille).
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1921Créer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)2018-01-10T10:45:58+01:00Vidjil TeamCréer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typi...Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typiquement une vérification Sanger ou une séquence qui vient d'ailleurs.
On pourrait avoir quelque part dans le browser un truc "add virtual clones", qui lance Vidjil sur un petit nombre de clones... et rajoute le résultat au sample courant (avec un flag type "virtual"). À voir si cela ne perturbe pas trop le reste (et serait-ce sauvé dans le .analysis ?)
Autre solution (mais pas dans le même sample) : créer un sample à partir d'une séquence copiée/collée, sans avoir à uploader un fichier.
À discuter.
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Aurélie et Nathalie seraient aussi très contentes si on pouvait faire cela.
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→ sujet projet Armand
* [ ] isQuantifiable()
* [ ] éventuellement nettoyer isVirtual()
* [ ] modifier les différentes vues (pas de graphe, scatterplot différent)
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@nobodyWeb 2018.012017-08-27https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1915Graîne pour xxx2020-08-27T12:47:39+02:00Vidjil TeamGraîne pour xxxLa graîne utilisé pour xxx est plus courte que pour d'autres locus (IGH, TRA, TRB, IGH+, TRA+D, TRD+), du coup une séquence ne passant pas dans un locus normal (à cause d'erreurs ou hypermutations) pourrait passer en xxx alors que la rec...La graîne utilisé pour xxx est plus courte que pour d'autres locus (IGH, TRA, TRB, IGH+, TRA+D, TRD+), du coup une séquence ne passant pas dans un locus normal (à cause d'erreurs ou hypermutations) pourrait passer en xxx alors que la recombinaison n'a rien d'extraordinaire. Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=1655&config=25
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Bien vu. Je me demandais ce que faisait ces séquences.
Que doit-on faire ?
1) allonger la graine de xxx (ou les seuils de e-valeur) pour ne plus avoir cela
2) interdire que xxx retourne un V/J d'un autre locus
3) ou... "sauver" ces séquences et les remettre (même dans le C++) dans le locus d'origine. **Si** on a confiance dans nos calculs d'e-valeur, ce serait la bonne chose à faire : une séquence xxx qui passe est pertinente.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1896Upload fichier : lorsqu'on rentre un fichier de même nom, peu clair2019-01-18T18:21:58+01:00Vidjil TeamUpload fichier : lorsqu'on rentre un fichier de même nom, peu clairSi on rentre deux fichiers ayant le même nom, pas d'explication de l'erreur
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Signalé par Shugay (qui avait deux fichiers de même nom de répertoires différent)
Au minimum mettre un message d'erreur.
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Question peut-être bête car je n...Si on rentre deux fichiers ayant le même nom, pas d'explication de l'erreur
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Signalé par Shugay (qui avait deux fichiers de même nom de répertoires différent)
Au minimum mettre un message d'erreur.
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Question peut-être bête car je ne suis pas certain de comprendre le bug, mais ça me fait rebondir : Les fichiers, une fois sur le serveur, garde-t-il le même nom ?
Je me suis poser la question pour ma RGS du serveur quand je devais parler de l'anonymisation.
Possible de mettre une concordance clé autogénéré/unique, et de renommer le fichier avec cette clé uniquement ?
Évite (ou ralenti car rajoute le hack de l'user sql) peut-être des soucis en cas d'intrusion, et ce potentiel bug.
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Les fichiers sont bien renommés lors de l'upload pour éviter les collisions de noms de fichiers. Le nom original est ensuite restitué lors du téléchargement.
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1895Gadgets : savoir si on les garde2018-04-16T15:58:40+02:00Vidjil TeamGadgets : savoir si on les gardeCas de la palette noire et de la fonction play sur les samples
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudCas de la palette noire et de la fonction play sur les samples
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1890Grid / Bar : Ajouter courbes ?2018-04-16T16:10:54+02:00Vidjil TeamGrid / Bar : Ajouter courbes ?À coté des vues en grid et en bar, faut-il avoir une vue en courbe (quasi identique à "bar") ?
Avantage : cela peut être joli, par exemple pour les longueurs du CDR3.
Désavantage : cela peut porter à confusion (pour l'instant les seules...À coté des vues en grid et en bar, faut-il avoir une vue en courbe (quasi identique à "bar") ?
Avantage : cela peut être joli, par exemple pour les longueurs du CDR3.
Désavantage : cela peut porter à confusion (pour l'instant les seules courbes sont celles du time graph), et parfois cela n'a pas de sens sur des données non numériques (locus, nom des allèles, ou lien entre "?" et reste).
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1889evalues > 12019-09-16T16:58:45+02:00Vidjil Teamevalues > 1Des e-valeurs > 1 sont sorties pas Vidjil. Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1634&config=25 prendre le premier clone de la liste avec un warning. La e-valeur vaut 480061.
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Vu aussi par Tatiana, e-value >1 sample 370...Des e-valeurs > 1 sont sorties pas Vidjil. Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1634&config=25 prendre le premier clone de la liste avec un warning. La e-valeur vaut 480061.
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Vu aussi par Tatiana, e-value >1 sample 3703
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Je n'arrive pas à retrouver un exemple : le bug sur le 1634 est confirmé ?
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Je ne vois plus les e-valeurs. Elles ne sont plus affichées ?
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1887Nouvelle vue, grid avec tous les locus / résumé2020-12-04T14:17:28+01:00Vidjil TeamNouvelle vue, grid avec tous les locus / résuméProposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
...Proposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
Mais on pourrait aussi voir un "mini-scatterplot", comme sur le `TRA` (on ne voit pas les axes, mais on se doute qu'il y a deux paquets).
Les rectangles ne doivent pas être visible, ils montrent juste ce qui peut être regroupé pour que cela tienne tout seul sur 1 ligne ou 2.
Enfin, on verra ce qu'on mettra dans la liste des valeurs (reads, clone, ...). On n'est pas obligé d'avoir la légende, un tooltip pourrait suffire ?
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Il y a beaucoup de nombres, ce n'est pas parsable très facilement. Avoir la vue en histo pour montrer le nombre de reads, clones par système ? Plus une courbe pour montrer un indice de diversité ?
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On peut déjà faire une vue plot (ou bar): `x` = locus, `y` = autre chose (comme size ou...) Mais ce n'est pas très sexy.
L'idée est d'avoir un endroit avec une vue globale. Et de limiter effectivement les nombres à ce qu'on pense le plus important (voire à remplacer les nombres par un truc visuel). Mais peut-être que certaines personnes voudraient voir d'autres informations (par ex le % de productif). Autres propositions bienvenues.
courbe + indice de diversité : voir #1783. Par contre, une courbe avec l'axe `x` qui serait les locus serait confus (pour l'instant on ne fait que des courbes sur le time graph, voir nouvelle tâche)
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1880Lier à VDJdb2020-09-10T11:03:40+02:00Vidjil TeamLier à VDJdbhttps://github.com/antigenomics/vdjdb-standalone
Par API ? On peut déjà lancer leur serveur, mais ils vont bientôt en avoir un.
Attendre un peu.
Ou bien on prend juste les données.
***
Ils ont un serveur http://vdjdb.cdr3.net
(avec une...https://github.com/antigenomics/vdjdb-standalone
Par API ? On peut déjà lancer leur serveur, mais ils vont bientôt en avoir un.
Attendre un peu.
Ou bien on prend juste les données.
***
Ils ont un serveur http://vdjdb.cdr3.net
(avec une belle API et intégration continue travis/github)
(Klatzmann va compléter vdjdb avec insulin xxx)
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puis faire coucou à Shugay (en profiter pour dire que format-analysis.org est à jour + release 2016.07)
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leur doc indique que des requêtes POST fonctionnent, mais sauf erreur de ma part, il s'agit d'une websocket qui est utilisée, et je n'ai pas réussi à faire fonctionner les exemples avec curl
***
@magiraud @RyanHerbThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1879Seuil pour les D, e-valeur2020-10-14T11:25:55+02:00Vidjil TeamSeuil pour les D, e-valeurVW16: deux écoles.
* 4nt (Hélène ~"PAR-Debré" ), pour éviter de faire un primer qui tombe dedans
* 8nt (c'est bien cela ?), (Frédéric ~"Paris-Pitié" , "vieux papiers")
Et nous, on a dit "euh, 5nt". Sommes-nous confiant dans notre c...VW16: deux écoles.
* 4nt (Hélène ~"PAR-Debré" ), pour éviter de faire un primer qui tombe dedans
* 8nt (c'est bien cela ?), (Frédéric ~"Paris-Pitié" , "vieux papiers")
Et nous, on a dit "euh, 5nt". Sommes-nous confiant dans notre calcul de e-valeur pour les D ?
***
Oui c'est bien cela. Le seuil de 8nt correspond à un seuil immuno pour avoir un D qui ait du sens.
***
segment.cpp, FineSegmenter::FineSegmentD
`float evalue_D = multiplier * (r-l) * germline->rep_4.totalSize() * segment_cost.toPValue(box_DD->score[0].first);`
Ouf, `(r-l) `est bien la taille de la zone considérée.
Calcul à priori correct... sauf qu'il dépend de` .toPValue`, donc de `K` et `lambda` qui sont fixés à la légère (mais qui ne devraient pas changer l'ordre de grandeur)
***
Depuis 2016.08, on peut jouer avec `-E`.
Avec e6ffb91, on a perdu 6 séquences de .should-vdj VDDJ.
Retravailler là-dessus, voir s'il faut des seuils différents pour premier D et D suivants, peut-être retravailler sur le score et/ou K/lambda.
***
ping, voir "Configuration trop stringeante sur la recherche du D" #2002
***
@magiraud @mikael-sAlgo -- ImportantThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1878Prise en compte de la central région pour la p-valeur : mauvaise idée pour ch...2020-12-04T12:07:46+01:00Vidjil TeamPrise en compte de la central région pour la p-valeur : mauvaise idée pour choix du meilleur locusSur l'exemple ci-dessous (IgJC/IgVC souris,), c'est le IgVC qui devrait moralement passer : le V est beaucoup plus beau (1e-110) que le J (1e-38). *Mais* le fait d'avoir pris la "central region" pour la e-valeur (2e23e720) donne finaleme...Sur l'exemple ci-dessous (IgJC/IgVC souris,), c'est le IgVC qui devrait moralement passer : le V est beaucoup plus beau (1e-110) que le J (1e-38). *Mais* le fait d'avoir pris la "central region" pour la e-valeur (2e23e720) donne finalement une plus mauvaise e-valeur pour le segment droit (C) et finalement pour IgVC.
Je suis prêt à parier qu'on retrouve la même chose sur certains DhJh / VDJ IGH humain.
```
>6
ACATTTGGGAAGGACTGACTCTCTGAGGAGACGGTGACCGTGGTCCCTGTGCCCCAGACATCGAAGTACCACCGTAATCCCCTCCTTCGAGCACAGTAGTATGTGGCAGTATCTGCAGTGTCCACACTGGTGATCTTGAGGAATACCTGGTTTCTGGAGGTATCCTTGGAGATTGTGAGCCGGCTCTTCAGGGATGGGTTATAGCGCTTGTCATCATCCCAGTAAATGTGTGCCAGCCACTCCAGACCCTTTCCTGAAGGCTGACGAATCCAGCTCACACCCATACCAGAAGTGCTCAGTGAAAACCCAGAGAAAGAACAAGTCAGACTGAGGGTCTGGGAGGACTGCAATATCCCAGGGCCAGACTCTTTCAGAGTAACCTGGGACAGGACATATGCAGGGACAATCAGCAGCAGGAATGAGGAAGTA
# 32 - VJ 0 405 407 428 seed IgJC SEG_- 9.531439e-38 7.491827e-38/2.039612e-38-c-c-c-c-c-c-c-c-c-c-c _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-C-C-C-C _ _ _ _-C-C-C-C-C-C-C _ _ _ _ _ _-C _ _ _ _ _ _-C-C-C-C-C-C-C-C-C _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ (...)
# 81 - VJ 0 339 406 428 seed IgVC SEG_- 2.634030e-23 2.634030e-23/3.652017e-110-c-c-c-c-c-c-c-c-c-c-c _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-Q-Q-Q-Q _ _ _ _-Q-Q-Q-Q-Q-Q-Q _ _ _ _ _ _-Q _ _ _ _ _ _-Q-Q-Q-Q-Q-Q-Q-Q-Q _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C _ _ _ _ _ _-C _ _ _ _ _ _-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ (...)
#>6 - VJ 0 405 407 428 seed IgJC SEG_- 9.531439e-38 7.491827e-38/2.039612e-38
```
***
Que faire ? Arrêter la central région si on rencontre un k-mer "4" ? plusieurs k-mers "4" ?
***
Pas sûr de comprendre le problème. N'est-il pas censé y avoir une région centrale aussi ? Pourquoi y a-t-il trois types d'affectation dans la séquence du bas (`-c`, `-Q`, `-C`) ?
***
En bas, c'est `5`=`V`=`-C`, `4`=`J`=`-Q`, `3`=`isotypes`=`-c`.
Ne pas oublier que les k-mers 4 sont dans l'index.
Mais bon, reformulation plus simple : le problème est le choix entre VDJ et DJ :
```
VVVVVV-------DDDDDD-------JJJJJJJ donc 33333(-----44444-----)5555
DDDDDD-------JJJJJJJ donc 33333(-----)5555
```
La zone centrale, entre parenthèses, est plus grande en haut qu'en bas, d'où une moins bonne e-valeur pour la région J en haut par rapport à en bas.
***
test 69ea8e6
***
ping
***
Choses en cours dans hotfix_evalue_incomplete_germline
Voir aussi aho et xxx (pénalité qui était implicite avant) ?
***
À voir d'ici 2016.09
***
Il y a eu le hack pour 2016.09.
À revoir tranquillement pour la prochaine releaseAlgo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1864IMGT4Seg: les 10 séquences suivantes2018-04-16T16:12:43+02:00Vidjil TeamIMGT4Seg: les 10 séquences suivantesLe bouton envoie au maximum 10 séquences, les 10 plus grosses.
Il devrait plutôt envoyer les 10 plus grosses *qui n'ont pas été déjà traitées par IMGT*.
Rien d'urgent.
***
@RyanHerbLe bouton envoie au maximum 10 séquences, les 10 plus grosses.
Il devrait plutôt envoyer les 10 plus grosses *qui n'ont pas été déjà traitées par IMGT*.
Rien d'urgent.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1860Color by DBScan2016-11-29T14:41:26+01:00Vidjil TeamColor by DBScanAntonin avait fait une méthode pour colorer en fonction de la proximité selon DBScan. Elle est cachée (et ne fonctionne pas). Voir la méthode colorNodesDBSCAN dans model.js : elle repose sur un this.dbscan qui n'existe plus.
À voir si on...Antonin avait fait une méthode pour colorer en fonction de la proximité selon DBScan. Elle est cachée (et ne fonctionne pas). Voir la méthode colorNodesDBSCAN dans model.js : elle repose sur un this.dbscan qui n'existe plus.
À voir si on supprime ou si on le refait vivre…
***
@Duez