vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-06-20T18:11:04+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1930Tout ce qui est dans task.py devrait être lancé par un autre utilisateur2022-06-20T18:11:04+02:00Vidjil TeamTout ce qui est dans task.py devrait être lancé par un autre utilisateurDiscussion à l'instant: dans task.py, il peut y avoir des choses méchantes de faites, que ce soit via les configs ou les pre-process.
On pourrait échapper des choses, faire un chroot...
Le plus simple semble de faire tous les lancements...Discussion à l'instant: dans task.py, il peut y avoir des choses méchantes de faites, que ce soit via les configs ou les pre-process.
On pourrait échapper des choses, faire un chroot...
Le plus simple semble de faire tous les lancements par un *autre utilisateur*, qui n'aurait des droits en écriture que sur tmp/. Cela devrait passer tout seul pour vidjil / mixcr (le fichier de résultat étant copié), à voir pour les pre-process.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1928MiXCR : supprimer les fichiers align.vdjca2016-11-29T14:42:15+01:00Vidjil TeamMiXCR : supprimer les fichiers align.vdjcaAprès avoir lancé MiXCR il faut supprimer les fichiers align.vdjca qui prennent (beaucoup) trop de place.
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d730289, au doigt mouillé.
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@RyanHerbAprès avoir lancé MiXCR il faut supprimer les fichiers align.vdjca qui prennent (beaucoup) trop de place.
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d730289, au doigt mouillé.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1927Sécurité : tout le monde aurait le droit de changer les configs ?2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamSécurité : tout le monde aurait le droit de changer les configs ?En répondant à Shugay, je voulais lui dire de faire un db.call('index/configs') juste pour voir les configs... et, en essayant de mon côté en étant impersonated sur son compte, je me suis rendu compte que je peux *éditer* les configs (al...En répondant à Shugay, je voulais lui dire de faire un db.call('index/configs') juste pour voir les configs... et, en essayant de mon côté en étant impersonated sur son compte, je me suis rendu compte que je peux *éditer* les configs (alors que le droit n'est que de "read" normalement).
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Ca va meme plus loin, en creusant un peu, je m'apperçois que lancer un db.call avec les bons parametres dans la console affiche la page meme si on n'est pas connecté.
ex: db.call('sample_set/index', {'id' :'62' , 'config_id' : 5 } )
De là, je peux même télécharger le fichier results.
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J'ai rajouté des vérifications avec la méthode existante dans auth: can_modify_config et j'ai caché les boutons pour les personnes non-admin.
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Rando 2016: ok pour Ryan. merci !
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1926fuse.py garde les infos du meilleur top2019-08-20T10:23:35+02:00Vidjil Teamfuse.py garde les infos du meilleur topJe ne sais pas si c'est vraiment une tâche, mais bon.
Quand il fusionne plusieurs points, fuse garde les infos du meilleur "top":
fuse.py, 109:
#keep other data who don't need to be concat
if other.d["top"] < self.d["top"] :
(...Je ne sais pas si c'est vraiment une tâche, mais bon.
Quand il fusionne plusieurs points, fuse garde les infos du meilleur "top":
fuse.py, 109:
#keep other data who don't need to be concat
if other.d["top"] < self.d["top"] :
(code pas changé depuis > 2 ans)
Cela concerne en particulier "sequence", "seg" et "name".
Est-ce bien ce que l'on veut ? On pourrait le documenter.
Se met-on a faire des cas particulier si la séquence de l'un est bien plus longue que celle de l'autre ? (mais alors, il faut prendre "seg" en cohérence) ?
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Oui et c'est problématique cf cette tâche (doublon ?) : https://producteev.com/workspace/t/576d311cb2fa096b4b000000
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0d40d04
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@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1925Segmenter: pouvoir mettre les V et J germline dedans...2019-02-13T08:40:03+01:00Vidjil TeamSegmenter: pouvoir mettre les V et J germline dedans...On en avait parlé il y a longtemps, y compris au début du travail de François.
-> Avoir un bouton pour mettre les V et J d'une séquence dans le segmenter.
(et même, cela pourrait mettre plusieurs séquences si ambiguités)
(voir auss...On en avait parlé il y a longtemps, y compris au début du travail de François.
-> Avoir un bouton pour mettre les V et J d'une séquence dans le segmenter.
(et même, cela pourrait mettre plusieurs séquences si ambiguités)
(voir aussi "Créer un nouveau clone artificiel", qui permettrait de mettre autre chose).
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@RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1924Bouton "get support" dans le browser2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamBouton "get support" dans le browserUne fonctionnalité premium :-)
Le menu "help" pourrait être réorganisé en "help & support", avec l'aide actuelle et aussi une nouvelle entrée "get support" qui prépare un mail comme ci-dessous, et ouvre directement un lien "mailto".
""...Une fonctionnalité premium :-)
Le menu "help" pourrait être réorganisé en "help & support", avec l'aide actuelle et aussi une nouvelle entrée "get support" qui prépare un mail comme ci-dessous, et ouvre directement un lien "mailto".
"""
Dear Vidjil team, I have a question on the results I obtain on the following sample:
XXX url XXX
XXX clone1: XXX
XXX clone2: XXX
""
Si, à ce moment, des clones sont sélectionnés, ils apparaîtraient dans le mail.
(voir aussi "FineSegmenter d'un petit nombre de clones", l'idée de pouvoir rapporter un problème sur une séquence)
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(J'ai du expliquer deux fois hier à Myriam et Michaela de nous envoyer un mail, et ce n'est vraiment pas la première fois qu'on doit faire cela, et autant avoir les infos qui peuvent nous servir...)
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Super ! Peux-tu pousser ?
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801ebb2 et b370c68.
Parfait (à part le "rebase" oublié), c'est prêt à aller en prod, merci Tatiana pour tout !
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1923Résumé JOBIM2016-11-29T14:42:11+01:00Vidjil TeamRésumé JOBIMJ'en suis à 1 600 mots et je t'ai dis, Mathieu, que je ne me fatiguerai pas à faire plus avant d'avoir un retour :P
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merci Tatiana
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@CyanaelJ'en suis à 1 600 mots et je t'ai dis, Mathieu, que je ne me fatiguerai pas à faire plus avant d'avoir un retour :P
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merci Tatiana
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1920Retour à l'utilisateur lorsque la requête prend un peu de temps2017-11-24T11:05:20+01:00Vidjil TeamRetour à l'utilisateur lorsque la requête prend un peu de tempsÀ partir de quelques dixièmes de seconde, afficher « Loading » en haut de la page, puis au bout de une seconde « Still loading » avec un fond un peu plus voyant. Cela ne changera rien aux timeouts, mais cela devrait éviter que les utilis...À partir de quelques dixièmes de seconde, afficher « Loading » en haut de la page, puis au bout de une seconde « Still loading » avec un fond un peu plus voyant. Cela ne changera rien aux timeouts, mais cela devrait éviter que les utilisateurs appuient de nombreuses fois sur le bouton (en pensant que la requête n'a pas été prise en compte), surchargeant encore plus le serveur.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1919Multi-threader web2py2017-03-22T17:36:24+01:00Vidjil TeamMulti-threader web2pyApparemment web2py par défaut devrait être multi-threadé, voir pourquoi il ne l'est pas. Cela pourrait résoudre pas mal de timeouts.
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Tiens, on apprend des choses au redémarrage de web2py :
*** Python threads support is disabled. You...Apparemment web2py par défaut devrait être multi-threadé, voir pourquoi il ne l'est pas. Cela pourrait résoudre pas mal de timeouts.
***
Tiens, on apprend des choses au redémarrage de web2py :
*** Python threads support is disabled. You can enable it with --enable-threads ***
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Après vérification, nous avons 4 processus web2py qui tournent. D'après ce post: https://groups.google.com/forum/#!topic/web2py/mPdn1ClxLTI c'est tout à fait ce qu'il faut avoir.
Les requêtes sont encore bloquantes.
Activer le flag enable-threads n'a rien changé sur mon environnement.
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@RyanHerbWeb 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1918Labels du scatterplot sont à ? pour les gènes2016-11-29T14:42:08+01:00Vidjil TeamLabels du scatterplot sont à ? pour les gènessolution poussée dans dev => d4a4cfd1b9f0f423beb72551eea81df3cb18ea59
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@RyanHerbsolution poussée dans dev => d4a4cfd1b9f0f423beb72551eea81df3cb18ea59
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1917Taille des fichiers en BD incorrecte (pour les gros fichiers)2016-11-29T14:42:07+01:00Vidjil TeamTaille des fichiers en BD incorrecte (pour les gros fichiers)Le problème est que le champ size_file de la table sequence_file est de type integer qui semble être limité à 2^31 - 1. Passer en bigint solutionnerait le problème. À tester à part d'abord pour voir si on ne casse pas tout en faisant ça ...Le problème est que le champ size_file de la table sequence_file est de type integer qui semble être limité à 2^31 - 1. Passer en bigint solutionnerait le problème. À tester à part d'abord pour voir si on ne casse pas tout en faisant ça ;-)
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hotfix appliquée: 92e703cc18712c2786880
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1916AAP Hétérogénéité clonale2016-11-29T14:42:06+01:00Vidjil TeamAAP Hétérogénéité clonalehttps://www.producteev.com/workspace/t/563b22a4b0fa09b34d000003 ?
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Tu as raison. Je pensais que c'est différent...
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@magiraud @mikael-shttps://www.producteev.com/workspace/t/563b22a4b0fa09b34d000003 ?
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Tu as raison. Je pensais que c'est différent...
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1914Récupérer certaines erreurs js et les logguer sur le serveur2016-11-29T14:42:05+01:00Vidjil TeamRécupérer certaines erreurs js et les logguer sur le serveurOn en a parlé les derniers jours : ce serait bien d'avoir un mécanisme pour logeur sur le serveur certaines erreurs javascript.
Il suffit d'utiliser db.error() ou warn(), ou ..., (voir database.js:947)
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On pourrait tout de suit...On en a parlé les derniers jours : ce serait bien d'avoir un mécanisme pour logeur sur le serveur certaines erreurs javascript.
Il suffit d'utiliser db.error() ou warn(), ou ..., (voir database.js:947)
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On pourrait tout de suite faire cela avec un try/catch au "bon endroit" qui crée la boîte en haut à gauche, puis rappeler browsershots ou Aurélie...
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Avec cette methode on peut envoyer le stacktrace complet au serveur. Ce n'est pas très esthétique, mais ca permet de mettre le try/catch à un niveau élevé dans le code (par exemple dans les fonctions init et update de chaque classe).
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merci
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1913Affichage de la boîte d'information en haut à gauche2016-11-29T14:42:04+01:00Vidjil TeamAffichage de la boîte d'information en haut à gaucheProblème au CBP, confirmé par browsershots : p. ex. Chrome 41 : http://browsershots.org/screenshots/3e0bba803645e2ec0a3079701ddd5e24 D'anciennes versions de Firefox semblent aussi avoir le souci : http://browsershots.org/http://rbx.vidji...Problème au CBP, confirmé par browsershots : p. ex. Chrome 41 : http://browsershots.org/screenshots/3e0bba803645e2ec0a3079701ddd5e24 D'anciennes versions de Firefox semblent aussi avoir le souci : http://browsershots.org/http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil
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J'appliqué une correction avec l'aide d'Aurélie au téléphone
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1912Browser help : 4042016-11-29T14:42:04+01:00Vidjil TeamBrowser help : 404http://rbx.vidjil.org/browser/help
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Disparu à cause de la scission entre prod-server et prod-browser
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@magiraud @mikael-shttp://rbx.vidjil.org/browser/help
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Disparu à cause de la scission entre prod-server et prod-browser
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1911Le bouton back n'est pas toujours intuitif2022-06-20T18:13:19+02:00Vidjil TeamLe bouton back n'est pas toujours intuitifLe bouton back charge systématiquement le dernier appel db ce n'est pas très intuitif lorsqu'il y a des appels db cachés (chargement configs par ex.)
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@RyanHerbLe bouton back charge systématiquement le dernier appel db ce n'est pas très intuitif lorsqu'il y a des appels db cachés (chargement configs par ex.)
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1910Le colorby ne change pas entre deux analyses2017-11-29T13:46:13+01:00Vidjil TeamLe colorby ne change pas entre deux analysesD'après la requete qui détermine qui peut voir les bouttons edit il faut à la fois être admin et faire partie du groupe
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@RyanHerbD'après la requete qui détermine qui peut voir les bouttons edit il faut à la fois être admin et faire partie du groupe
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1909CI pousse sur test.vidjil.org même quand les tests échouent2016-11-29T14:42:02+01:00Vidjil TeamCI pousse sur test.vidjil.org même quand les tests échouentPlugin BuildResultTrigger solutionne le problème (build lancé quand tests browser fonctionnels + serveurs unitaires passent)
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@mikael-sPlugin BuildResultTrigger solutionne le problème (build lancé quand tests browser fonctionnels + serveurs unitaires passent)
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1908Suppression de patients : mauvais nombre de fichier indiqué2016-11-29T14:42:01+01:00Vidjil TeamSuppression de patients : mauvais nombre de fichier indiquéErr:508
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@RyanHerb @DuezErr:508
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1907Suppression et modification impossible des patients sur rbx2016-11-29T14:42:00+01:00Vidjil TeamSuppression et modification impossible des patients sur rbxLes icones n'apparaissent pas dans la liste patient, alors qu'elles apparaissent sur test.vidjil.org (quelque chose qui a été corrigé récemment ?)
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A priori ce code n'a pas été changé depuis longtemps => 5cc32d7e
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Ce problème est r...Les icones n'apparaissent pas dans la liste patient, alors qu'elles apparaissent sur test.vidjil.org (quelque chose qui a été corrigé récemment ?)
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A priori ce code n'a pas été changé depuis longtemps => 5cc32d7e
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Ce problème est résolu, il me semble. Au moins depuis la mise en prod des nouvelles permissions
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@RyanHerb @Duez