vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-06-05T08:12:54+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3616to IMGT quand pas de CDR32019-06-05T08:12:54+02:00Mathieu Giraudto IMGT quand pas de CDR3Vu par ~"LIL\-Lille" une fois : un clone sans CDR3, cliquer sur le triangle "to IMGT", mouline et bloque. Pas sûr que ce soit reproductible.Vu par ~"LIL\-Lille" une fois : un clone sans CDR3, cliquer sur le triangle "to IMGT", mouline et bloque. Pas sûr que ce soit reproductible.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3615Axes 'hide': les faire apparaître à certains moments ?2018-11-07T16:37:15+01:00Mathieu GiraudAxes 'hide': les faire apparaître à certains moments ?Au moins `VIdentity-IMGT` devrait être disponible quand on a des données à afficher.
(les afficher toujours ? bof, on risque de ne pas comprendre)Au moins `VIdentity-IMGT` devrait être disponible quand on a des données à afficher.
(les afficher toujours ? bof, on risque de ne pas comprendre)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3613Rajouter Demo-X5 au menu file des environnements de review2018-11-07T14:17:35+01:00Mathieu GiraudRajouter Demo-X5 au menu file des environnements de reviewhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3612Le bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"2018-11-07T13:41:21+01:00Mathieu GiraudLe bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3611Signaler à l'utilisateur que son fichier FAILED a un soucis2018-11-12T15:34:08+01:00Mathieu GiraudSignaler à l'utilisateur que son fichier FAILED a un soucis@flothoni vdj#754 :
> il semble qu'il y ai beaucoup de fichiers `fastq.gz` qui n'en sont pas. (corrompu ou bien un autre format).
Est-ce que l'utilisateur est au courant ? Normalement il clique sur `FAILED` et il y a un message clair d...@flothoni vdj#754 :
> il semble qu'il y ai beaucoup de fichiers `fastq.gz` qui n'en sont pas. (corrompu ou bien un autre format).
Est-ce que l'utilisateur est au courant ? Normalement il clique sur `FAILED` et il y a un message clair dans la fenêtre de log, est-ce bien cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3610Les tests serveurs échouent : gpg: keyserver receive failed2021-04-02T14:58:14+02:00Mikaël SalsonLes tests serveurs échouent : gpg: keyserver receive failedEn ce moment les tests fonctionnels serveurs échouent ([exemple](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/195678)).
La commande :
```
gpg --keyserver ha.pool.sks-keyservers.net --recv-keys B42F6819007F00F88E364FD4036A9C25BF357DD4
``...En ce moment les tests fonctionnels serveurs échouent ([exemple](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/195678)).
La commande :
```
gpg --keyserver ha.pool.sks-keyservers.net --recv-keys B42F6819007F00F88E364FD4036A9C25BF357DD4
```
produit l'erreur `gpg: keyserver receive failed: Cannot assign requested address`. Cela fonctionne chez moi (dans le dock) en local. Et la commande fonctionne également, hors dock, sur le slave.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3609Relancer plus souvent clang en ci2018-11-02T12:29:22+01:00Mathieu GiraudRelancer plus souvent clang en ciÉvoqué à partir de #3601.
Limité par #2900. Mais le test-various-compilers lancé chaque semaine serait déjà suffisant.
Mais on ne va pas toujours au bout, peut planter en raison du web (ping #1491 ou #3450).Évoqué à partir de #3601.
Limité par #2900. Mais le test-various-compilers lancé chaque semaine serait déjà suffisant.
Mais on ne va pas toujours au bout, peut planter en raison du web (ping #1491 ou #3450).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3608Vidjil-algo : lancer régulièrement des tests sous clang2020-06-19T19:37:04+02:00Mikaël SalsonVidjil-algo : lancer régulièrement des tests sous clangDiscuté avec @magiraud
En fait c'est déjà le cas. C'est le [Vidjil (all slaves)](https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil%20(all%20slaves)/) sur Jenkins, lancé dès qu'on pousse des choses algo sur `dev`, mais il faut qu'on soit plus vigil...Discuté avec @magiraud
En fait c'est déjà le cas. C'est le [Vidjil (all slaves)](https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil%20(all%20slaves)/) sur Jenkins, lancé dès qu'on pousse des choses algo sur `dev`, mais il faut qu'on soit plus vigilant à ce que des problèmes ne l'empêchent pas de tourner (dernièrement c'était des slaves qui étaient down). Avec Gitlab-CI on a un peu tendance à délaisser Jenkins (alors qu'il est encore utile).
Bien-sûr une meilleure solution serait d'avoir cela sous Gitlab, mais il n'existe pas actuellement de manière propre de faire la même chosehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3606Si les pre-process échouent, les jobs du process restent QUEUED2018-11-07T13:21:52+01:00Mikaël SalsonSi les pre-process échouent, les jobs du process restent QUEUEDÀ l'inverse les jobs devraient échouer.À l'inverse les jobs devraient échouer.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3605Utiliser une version fixe de web2py2019-08-22T09:57:53+02:00Mathieu GiraudUtiliser une version fixe de web2pyWeb2py peut introduire des bugs par une nouvelle version... On devrait probablement se fixer à une version en dur (qu'on met à jour régulièrement, comme toute librairie).
vdj#727
cc @RyanHerbWeb2py peut introduire des bugs par une nouvelle version... On devrait probablement se fixer à une version en dur (qu'on met à jour régulièrement, comme toute librairie).
vdj#727
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3604vmi et info : X5 sur deux lignes au lieu de trois2018-11-02T10:45:08+01:00Mathieu Giraudvmi et info : X5 sur deux lignes au lieu de troisDiscuté avec @RyanHerb, probablement vient de `flex`.
~"priority\-1\-low" car a priori n'affecte que des cas particuliers type Demo X5.Discuté avec @RyanHerb, probablement vient de `flex`.
~"priority\-1\-low" car a priori n'affecte que des cas particuliers type Demo X5.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3603Séparateur horizontal au bon endroit2018-11-02T17:16:22+01:00Mathieu GiraudSéparateur horizontal au bon endroitajouté en js entre visu et visu2ajouté en js entre visu et visu2Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3602Compilation sur Fedora et Freebsd2018-11-23T17:22:35+01:00Mathieu GiraudCompilation sur Fedora et FreebsdRégression de 2018.10 par rapport à 2018.07.2.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3571#note_129515Régression de 2018.10 par rapport à 2018.07.2.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3571#note_129515Algo 2018.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3601Compilation avec clang et 'std::length_error' sur sortie AIRR2018-11-21T16:06:53+01:00Mathieu GiraudCompilation avec clang et 'std::length_error' sur sortie AIRRRégression de 2018.10 par rapport à 2018.07.2.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3571#note_129537Régression de 2018.10 par rapport à 2018.07.2.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3571#note_129537Algo 2018.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3600Des warnings à la compilation2020-06-19T19:41:51+02:00Mikaël SalsonDes warnings à la compilationSuite au travail sur la sortie AIRR on a des warnings à la compilation :
```
output.cpp: In member function ‘void SampleOutput::out(std::ostream&)’:
output.cpp:104:33: warning: unused parameter ‘s’ [-Wunused-parameter]
void SampleOutp...Suite au travail sur la sortie AIRR on a des warnings à la compilation :
```
output.cpp: In member function ‘void SampleOutput::out(std::ostream&)’:
output.cpp:104:33: warning: unused parameter ‘s’ [-Wunused-parameter]
void SampleOutput::out(ostream &s)
^
g++ -W -Wall -std=c++11 -O2 -DNDEBUG -I ../ -c filter.cpp
output.cpp: In member function ‘std::__cxx11::string CloneOutput::getWarnings()’:
output.cpp:78:1: warning: control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]
}
^
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3599Avoir un fichier versionné avec la liste des compilateurs supportés2020-06-19T19:39:03+02:00Mathieu GiraudAvoir un fichier versionné avec la liste des compilateurs supportésMotivé par #3598.
On devrait pouvoir tracer l'historique de nos supports de compilateurs, sans dépendre d'une variable sur un slave. Mais cela demande que le slave en question aie les compilateurs installés.Motivé par #3598.
On devrait pouvoir tracer l'historique de nos supports de compilateurs, sans dépendre d'une variable sur un slave. Mais cela demande que le slave en question aie les compilateurs installés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3598nlohmann::detail::invalid_iterator sur g++ 82019-03-14T16:24:39+01:00Mathieu Giraudnlohmann::detail::invalid_iterator sur g++ 8https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/192614
Problème sur g++-8 ? Mais supporte-t-on gcc 8 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/192614
Problème sur g++-8 ? Mais supporte-t-on gcc 8 ?Algo 2018.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3597"make demo", LIL-L4 et "make release"2020-03-11T11:56:59+01:00Mathieu Giraud"make demo", LIL-L4 et "make release"`demo/get-sequences` récupère S22... mais aussi LIL-L4, bien plus volumineux. Cela peut bloquer pour une connexion faible.
Or il me semble bien que nos tests actuels ne demandent pas LIL-L4.
(On devrait en avoir, #2723.)
... ah si, `vi...`demo/get-sequences` récupère S22... mais aussi LIL-L4, bien plus volumineux. Cela peut bloquer pour une connexion faible.
Or il me semble bien que nos tests actuels ne demandent pas LIL-L4.
(On devrait en avoir, #2723.)
... ah si, `vidjil-h-examples-should.get` fait `sed 's/demo.LIL-L4/-X 1000 demo\/LIL-L4/'`
Bref actuellement on fait télécharger beacoup de données qui ne servent pas forcément.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3596Intéractions des vues avec VMI2020-11-03T15:37:39+01:00Ryan HerbertIntéractions des vues avec VMIUn inventaire des problèmes que j'ai découverts dans les intéractions avec VMI:
- [x] Le séparateur des plots ne fonctionne plus (l'ordre des divs dans `visu-container` change.
- [ ] Le séparateur n'est aussi pas compatible avec des `m...Un inventaire des problèmes que j'ai découverts dans les intéractions avec VMI:
- [x] Le séparateur des plots ne fonctionne plus (l'ordre des divs dans `visu-container` change.
- [ ] Le séparateur n'est aussi pas compatible avec des `media queries` pour cacher un plot lorsqu'on a peu de place.
- [x] Les plots et graphe ne se redimensionnent pas quand on les déplace vers un autre panel (il faut appeler `resize()`).
- [ ] Ajouter une view au segmenteur provoque des problèmes (liés au `position: absolute`, ça occupe trop de place et ça cache trop de choses.
- [x] La vue info ne s'adapte pas bien lorsqu'il y a plus de largeur disponible.
- [x] La liste de clones nécessite un container avec `display: flex; flex-flow: column`, sinon elle perd toute sa hauteur.
- [x] Mettre la liste dans `visu-container` avec les bonnes propriétés pour lui donner sa hauteur ne fonctionne pas (la vue info fonctionne).
- ~~[ ] Le segmenteur perd ses factultés d'expansion en dehors de son container (puisque ce n'est pas une propriété du segmenteur, mais du container)~~
- ~~[ ] Le segmenteur n'occupe pas toute sa largeur dans un container `display: flex; flex-flow: column`~~https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3595Usages de get_display_name()2018-11-13T17:09:42+01:00Ryan HerbertUsages de get_display_name()Après les changements dans !323 on a des usages de get_display_name() là où on ne veut pas utiliser le set_token.
Notamment:
- Bouton see results dans sample_set/index
- Bouton download (get_data) dans sample_set/index
- Bouton pour ...Après les changements dans !323 on a des usages de get_display_name() là où on ne veut pas utiliser le set_token.
Notamment:
- Bouton see results dans sample_set/index
- Bouton download (get_data) dans sample_set/index
- Bouton pour charger l'analyse précédente dans le menu patient