vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-11-18T12:30:32+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2347Corriger les tests fonctionnels sur le nom des clones2017-11-18T12:30:32+01:00Mikaël SalsonCorriger les tests fonctionnels sur le nom des clonesPar ma faute, les tests fonctionnels du client semblaient passer (alors que ce n'est pas le cas). Suite à !15 je pense qu'il faut adapter les tests.
Voici les tests qui échouent (il y en a d'autres qui plantent mais c'est à cause de vdj...Par ma faute, les tests fonctionnels du client semblaient passer (alors que ce n'est pas le cas). Suite à !15 je pense qu'il faut adapter les tests.
Voici les tests qui échouent (il y en a d'autres qui plantent mais c'est à cause de vdj#396).
```
1) Failure:
TestMultilocus#test_05_focus_in_list [test_multilocus.rb:102]:
>> Clone name is not correct in focus div
2) Failure:
TestMultilocus#test_05_focus_in_scatterplot [test_multilocus.rb:102]:
>> Clone name is not correct in focus div
```
@heto : pas besoin d'installer watir & co (il y a des problèmes de compatibilité avec les versions récentes de Firefox). Tu peux te contenter de corriger les tests et de voir si Gitlab-CI est content.
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2229Tests fonctionnels client2017-11-18T12:30:32+01:00Mathieu GiraudTests fonctionnels clientLes tests ne passent plus. Est-ce suite au merge de #2176 ?
```
17:38:46 1) Failure:
17:38:46 TestLoadingAnalysis#test_00_name [test_loading_analysis.rb:15]:
17:38:46 Expected false to be truthy.
17:38:46
17:38:46
17:38:46 2) Fail...Les tests ne passent plus. Est-ce suite au merge de #2176 ?
```
17:38:46 1) Failure:
17:38:46 TestLoadingAnalysis#test_00_name [test_loading_analysis.rb:15]:
17:38:46 Expected false to be truthy.
17:38:46
17:38:46
17:38:46 2) Failure:
17:38:46 TestLoadingAnalysis#test_00_order [test_loading_analysis.rb:24]:
17:38:46 Expected false to be truthy.
```
cc @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2206Tests fonctionnels browser2017-11-18T12:30:32+01:00Mathieu GiraudTests fonctionnels browserIls ne passent plus depuis "17 févr. 2017 15:07:38", et je ne comprends pas quel commit a pu faire cela (je n'arrive pas à les lancer chez moi).
(Au passage, je n'arrive plus depuis quelques jours à me connecter à la db depuis chez moi,...Ils ne passent plus depuis "17 févr. 2017 15:07:38", et je ne comprends pas quel commit a pu faire cela (je n'arrive pas à les lancer chez moi).
(Au passage, je n'arrive plus depuis quelques jours à me connecter à la db depuis chez moi, pb Cross-Origin : est-ce que cela fonctionne bien chez vous ?)
cc @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2724Autocomplete tags : plutôt 7-8 entrées que 5 ?2017-11-18T12:24:04+01:00Mathieu GiraudAutocomplete tags : plutôt 7-8 entrées que 5 ?Rien que avec `ALL`, on voit trop peu de tags.
Un peu plus, 7-8 ? Beaucoup plus (bof, lourd ?) #2118
Quelles sont les bonnes pratiques ?
cc @RyanHerbRien que avec `ALL`, on voit trop peu de tags.
Un peu plus, 7-8 ? Beaucoup plus (bof, lourd ?) #2118
Quelles sont les bonnes pratiques ?
cc @RyanHerbWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2685mettre des print() dans task.py2017-11-18T12:24:04+01:00Mathieu Giraudmettre des print() dans task.pycc @RyanHerbcc @RyanHerbWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2244Deux scatterplots, en particulier lorsqu'il y a qu'un seul sample2017-11-18T12:24:04+01:00Mathieu GiraudDeux scatterplots, en particulier lorsqu'il y a qu'un seul sampleDiscuté avec @aurelBZH, @RyanHerb et @mikael-s il y a quelques jours, mais aussi il y a fort longtemps avec @Zeud.
On pourrait mettre deux scatterplots, typiquement pour avoir une vue "Genescan" en même temps qu'une vue grille "V/J". ...Discuté avec @aurelBZH, @RyanHerb et @mikael-s il y a quelques jours, mais aussi il y a fort longtemps avec @Zeud.
On pourrait mettre deux scatterplots, typiquement pour avoir une vue "Genescan" en même temps qu'une vue grille "V/J". Ce serait particulièrement pertinent pour l'affichage par défaut d'un seul sample (où, pour l'instant, le graphe est minimisé)... et donnerait plus d'informations à nos usagers d'un premier coup d'oeil pour les échantillons type diagnostic.
- Cela ferait en fait trois zones à droites (un graphe, deux scatterplots). N'oublions pas que le graphe est présent mais minimisé quand il n'y a qu'un point. Comment gérer cela ? Aller jusqu'à quelque chose de générique (`n` vues stackées, penser en particulier au responsive #1740 ?)
- Pour ~"client-api", quelque chose comme `plot2=x,y`
cc @flothoniWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2694Autocomplete.js et ES62017-11-17T20:37:49+01:00Mathieu GiraudAutocomplete.js et ES6`make quality` plante sur dev (on ne le voyait pas avant car les tags étaient sur `feature-s`) :
```
js/autocomplete.js: line 82, col 9, 'const' is available in ES6 (use 'esversion: 6') or Mozilla JS extensions (use moz).
js/autocomplet...`make quality` plante sur dev (on ne le voyait pas avant car les tags étaient sur `feature-s`) :
```
js/autocomplete.js: line 82, col 9, 'const' is available in ES6 (use 'esversion: 6') or Mozilla JS extensions (use moz).
js/autocomplete.js: line 85, col 40, 'arrow function syntax (=>)' is only available in ES6 (use 'esversion: 6').
js/autocomplete.js: line 89, col 54, 'arrow function syntax (=>)' is only available in ES6 (use 'esversion: 6').
js/autocomplete.js: line 111, col 9, 'const' is available in ES6 (use 'esversion: 6') or Mozilla JS extensions (use moz).
js/autocomplete.js: line 112, col 9, 'const' is available in ES6 (use 'esversion: 6') or Mozilla JS extensions (use moz).
js/autocomplete.js: line 123, col 13, 'concise methods' is available in ES6 (use 'esversion: 6') or Mozilla JS extensions (use moz).
js/autocomplete.js: line 124, col 38, 'arrow function syntax (=>)' is only available in ES6 (use 'esversion: 6').
js/autocomplete.js: line 131, col 33, 'template literal syntax' is only available in ES6 (use 'esversion: 6').
js/autocomplete.js: line 135, col 13, 'concise methods' is available in ES6 (use 'esversion: 6') or Mozilla JS extensions (use moz).
```
On peut certes faire eb2622... mais pour l'instant je crois qu'on était resté à ES5.1 (#2006).
Cela dit, si c'est juste l'auto-complétion qui ne fonctionne pas, ce n'est pas grave (sauf pour notre suite de tests).
cc @RyanHerb https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2803Tip ot the day : 'tips.js' pas trouvé sur dev2017-11-17T17:42:11+01:00Mathieu GiraudTip ot the day : 'tips.js' pas trouvé sur devSur `dev`, j'ai un `missing tips.js` : @RyanHerb, as-tu une idée d'où cela peut venir ?Sur `dev`, j'ai un `missing tips.js` : @RyanHerb, as-tu une idée d'où cela peut venir ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2775Tip of the day: format et récupération des données2017-11-17T14:52:59+01:00Ryan HerbertTip of the day: format et récupération des donnéesOn est d'accord pour utiliser du JSON, en revanche, ce que j'ai implémenté, et ce qui est préparé dans `doc/tips.js` ne fonctionneront pas ensemble.
La raison est que j'ai utilisé `$.getJSON` sans me rendre compte qu'il y avait déjà un ...On est d'accord pour utiliser du JSON, en revanche, ce que j'ai implémenté, et ce qui est préparé dans `doc/tips.js` ne fonctionneront pas ensemble.
La raison est que j'ai utilisé `$.getJSON` sans me rendre compte qu'il y avait déjà un fichier javascript avec les tips.
On peut utiliser la méthode `$.getJSON` ou bien importer le fichier `doc/tips.js`. L'avantage d'importer le fichier JS, est que le format est légèrement plus libre et permet les commentaires, les variables, etc. Mais fait usage d'une variable globale. L'avantage de `$.getJSON` est que la source de la donnée est plus libre (on pourrait facilement avoir une source centralisée des tips pour tous les serveurs), mais demanderait potentiellement à parser les sources des images.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2800Tip of the day: pouvoir voir le "next tip"2017-11-17T14:34:34+01:00Mathieu GiraudTip of the day: pouvoir voir le "next tip"cc @RyanHerbcc @RyanHerbMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2702Bug au remplissage du champ patient d'un sample2017-11-17T12:23:05+01:00Mikaël SalsonBug au remplissage du champ patient d'un sampleLorsqu'on crée un nouveau sample pour un patient existant, le champ patient est pré-rempli. Si on le modifie cela fait complètement planter FF 45 (inutilisable, doit être redémarré), avec le message, dans la console :
```
that.options i...Lorsqu'on crée un nouveau sample pour un patient existant, le champ patient est pré-rempli. Si on le modifie cela fait complètement planter FF 45 (inutilisable, doit être redémarré), avec le message, dans la console :
```
that.options is undefined
```
Dans le fichier `database.js` en ligne 1057.
Sous Chrome, il n'y a pas plantage total mais message d'erreur dans la console Javascript pour la même ligne :
```
database.js:1057 Uncaught TypeError: Cannot read property 'indexOf' of undefined
at Database.updateInput (database.js:1057)
at HTMLInputElement.<anonymous> (database.js:1075)
```Web 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2582Tip of the day : implémentation2017-11-17T12:10:37+01:00Mathieu GiraudTip of the day : implémentationVoir #2581
cc @RyanHerbVoir #2581
cc @RyanHerbRyan HerbertRyan Herbert2017-11-10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2076Coûts du FineSegmenter et documentation de -f2017-11-17T11:53:45+01:00Mathieu GiraudCoûts du FineSegmenter et documentation de -f@flothoni, à propos d'une réponse à Aurélie :
> Par contre je ne comprend pas a quoi correspondent les valeurs `9999` dans les paramètres.
> rappel sur le scoring :
> `-f <string> use custom Cost for fine segmenter : format "match,...@flothoni, à propos d'une réponse à Aurélie :
> Par contre je ne comprend pas a quoi correspondent les valeurs `9999` dans les paramètres.
> rappel sur le scoring :
> `-f <string> use custom Cost for fine segmenter : format "match, subst, indels, homo, del_end" (default (4, -6/-10/-10, -9999-9999/-9999-9999, -1, -2) 0.05/0.346574 )`
`algo/core/dynprog.cpp: 91` : Le `-9999` est un « moins l’infini », et ce n’est pas très propre. Ici, ce sont les valeurs pour des indels avec gap open/extend (pas utilisé pour le FineSegmenter, mais utilisé pour le « align » depuis le browser (`align.cgi`))
- le message d'aide en ligne devrait être plus cohérent avec ce que prend `-f`
- Le `-9999` ne devrait pas être affiché comme tel.
@mikael-sAlgo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2795problème d'accès à vidjil ce matin.2017-11-16T10:19:34+01:00Ghost Userproblème d'accès à vidjil ce matin.app.vidjil.org et db.vidjil.prg semble inaccessible ce matin :
https://screenshots.firefox.com/4l0jDEyxuO6hIRAx/app.vidjil.org
![Capture_du_2017-11-16_09-19-49](/uploads/99d04d16f15b737e16c10eb2468c1b8b/Capture_du_2017-11-16_09-19-49.p...app.vidjil.org et db.vidjil.prg semble inaccessible ce matin :
https://screenshots.firefox.com/4l0jDEyxuO6hIRAx/app.vidjil.org
![Capture_du_2017-11-16_09-19-49](/uploads/99d04d16f15b737e16c10eb2468c1b8b/Capture_du_2017-11-16_09-19-49.png)
@magiraud @mikael-s @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1765clone.js, .getShortName() : setting pour afficher ou non les séquences2017-11-15T17:01:09+01:00Vidjil Teamclone.js, .getShortName() : setting pour afficher ou non les séquences
@mikael-s : "pas très lisible, tous ces chiffres."
On pourrait aussi afficher de temps en temps des séquences... si elles ne sont pas trop longues.
Par exemple 6/AAT/5, 6/AACAGT/7, 6/AACT...(12)/5
Et controller tout cela par un ...
@mikael-s : "pas très lisible, tous ces chiffres."
On pourrait aussi afficher de temps en temps des séquences... si elles ne sont pas trop longues.
Par exemple 6/AAT/5, 6/AACAGT/7, 6/AACT...(12)/5
Et controller tout cela par un paramètre.
***
Au passage, Lille voudrait voir -6/3/-5, mais on ne va pas faire cela pour l'instant.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1015Épaisseur de la police2017-11-15T08:32:46+01:00Vidjil TeamÉpaisseur de la policeok sur Chrome, légèrement trop gras sur Firefox / Safari ?
Tests à faire, à voir
***
@nobodyok sur Chrome, légèrement trop gras sur Firefox / Safari ?
Tests à faire, à voir
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1212Messages d'information ou d'erreur en arrière plan2017-11-09T12:37:03+01:00Vidjil TeamMessages d'information ou d'erreur en arrière planQuand on est sur le serveur avec la fenêtre principale affichée, maintenant qu'elle a une dimension proportionnelle à la taille du navigateur, elle cache les notifications qui apparaissent en bas à gauche. Ce qui est évidemment problémat...Quand on est sur le serveur avec la fenêtre principale affichée, maintenant qu'elle a une dimension proportionnelle à la taille du navigateur, elle cache les notifications qui apparaissent en bas à gauche. Ce qui est évidemment problématique ;)
***
d71903334f
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1569Prévenir (passivement) les utilisateurs quand on est en congés2017-11-09T12:37:02+01:00Vidjil TeamPrévenir (passivement) les utilisateurs quand on est en congésIl est bon de prendre des congés, on devrait même en prendre plus.
Mais nos utilsateurs sont habitués à la réponse sous 24h :-)
Ils attendront, mais ce serait bien qu'ils soient au courant:
- une icône warning / un lien support sur l'...Il est bon de prendre des congés, on devrait même en prendre plus.
Mais nos utilsateurs sont habitués à la réponse sous 24h :-)
Ils attendront, mais ce serait bien qu'ils soient au courant:
- une icône warning / un lien support sur l'aide, une page "status" ?
- un commentaire particulier sur le lien "Request analysis" de ceux qui n'ont pas le droit run ?
- un reply automatique de contact@vidjil.org ?
***
Avec les notifications, ce sera facile.
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1732Notifications : mettre en prod2017-11-09T12:37:02+01:00Vidjil TeamNotifications : mettre en prod- rajouter la date de création
- alléger la vue utilisateur (uniquement date / titre / lu/pas-lu ?)
- mettre en prod sur rbx, en initialisant avec le dernier message (release octobre), déjà lu (expiré)
***
modifications apportées, il n...- rajouter la date de création
- alléger la vue utilisateur (uniquement date / titre / lu/pas-lu ?)
- mettre en prod sur rbx, en initialisant avec le dernier message (release octobre), déjà lu (expiré)
***
modifications apportées, il ne reste plus qu'à déployer sur rbx
***
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1767Notifications : mettre un lien vers le format de markdown (?) supporté sur la...2017-11-09T12:37:02+01:00Vidjil TeamNotifications : mettre un lien vers le format de markdown (?) supporté sur la page d'édition
***
@RyanHerb
***
@RyanHerb