vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-11-22T12:01:56+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3620Erreur uwsgi_max_temp_file_size dans l'image client produite par le pipeline CI2019-11-22T12:01:56+01:00Ryan HerbertErreur uwsgi_max_temp_file_size dans l'image client produite par le pipeline CIQuand on créé une image avec notre pipeline CI, il semblerait que nous ayons un soucis avec notre config NGINX. On a une erreur `"uwsgi_max_temp_file_size" directive invalid value in /etc/nginx/conf.d/web2py.conf:26`
L'erreur semble êtr...Quand on créé une image avec notre pipeline CI, il semblerait que nous ayons un soucis avec notre config NGINX. On a une erreur `"uwsgi_max_temp_file_size" directive invalid value in /etc/nginx/conf.d/web2py.conf:26`
L'erreur semble être présente dans les images `2018-10-18-f959661a` et `2018-11-07-9e578b34` (produites par le CI) mais pas dans `2018-10-26-3a690203` (produite sur ma machine).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3619Tests serveur fonctionnels : un test n'est pas reproductible ?2018-11-20T12:33:09+01:00Mikaël SalsonTests serveur fonctionnels : un test n'est pas reproductible ?J'ai eu [le cas ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/198104) :
```
1) Failure:
TestSample#test_run [functional/test_sample.rb:281]:
Expected false to be truthy.
```
J'ai relancé le test et c'est passé.
Cela correspond à ce...J'ai eu [le cas ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/198104) :
```
1) Failure:
TestSample#test_run [functional/test_sample.rb:281]:
Expected false to be truthy.
```
J'ai relancé le test et c'est passé.
Cela correspond à cette partie-là :
```ruby
table = $b.table(:id => "table")
table.wait_until_present
lines = table.tbody.rows
lines[0].wait_until_present
assert(lines[0].td(:text => "QUEUED").present?)
```
Pourtant il y a bien un `wait_until_present`…
/cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3617Rapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le no...2019-02-28T13:33:56+01:00Mikaël SalsonRapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le nom d'origineÀ modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.À modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3616to IMGT quand pas de CDR32019-06-05T08:12:54+02:00Mathieu Giraudto IMGT quand pas de CDR3Vu par ~"LIL\-Lille" une fois : un clone sans CDR3, cliquer sur le triangle "to IMGT", mouline et bloque. Pas sûr que ce soit reproductible.Vu par ~"LIL\-Lille" une fois : un clone sans CDR3, cliquer sur le triangle "to IMGT", mouline et bloque. Pas sûr que ce soit reproductible.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3615Axes 'hide': les faire apparaître à certains moments ?2018-11-07T16:37:15+01:00Mathieu GiraudAxes 'hide': les faire apparaître à certains moments ?Au moins `VIdentity-IMGT` devrait être disponible quand on a des données à afficher.
(les afficher toujours ? bof, on risque de ne pas comprendre)Au moins `VIdentity-IMGT` devrait être disponible quand on a des données à afficher.
(les afficher toujours ? bof, on risque de ne pas comprendre)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3613Rajouter Demo-X5 au menu file des environnements de review2018-11-07T14:17:35+01:00Mathieu GiraudRajouter Demo-X5 au menu file des environnements de reviewhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3612Le bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"2018-11-07T13:41:21+01:00Mathieu GiraudLe bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3611Signaler à l'utilisateur que son fichier FAILED a un soucis2018-11-12T15:34:08+01:00Mathieu GiraudSignaler à l'utilisateur que son fichier FAILED a un soucis@flothoni vdj#754 :
> il semble qu'il y ai beaucoup de fichiers `fastq.gz` qui n'en sont pas. (corrompu ou bien un autre format).
Est-ce que l'utilisateur est au courant ? Normalement il clique sur `FAILED` et il y a un message clair d...@flothoni vdj#754 :
> il semble qu'il y ai beaucoup de fichiers `fastq.gz` qui n'en sont pas. (corrompu ou bien un autre format).
Est-ce que l'utilisateur est au courant ? Normalement il clique sur `FAILED` et il y a un message clair dans la fenêtre de log, est-ce bien cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3610Les tests serveurs échouent : gpg: keyserver receive failed2021-04-02T14:58:14+02:00Mikaël SalsonLes tests serveurs échouent : gpg: keyserver receive failedEn ce moment les tests fonctionnels serveurs échouent ([exemple](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/195678)).
La commande :
```
gpg --keyserver ha.pool.sks-keyservers.net --recv-keys B42F6819007F00F88E364FD4036A9C25BF357DD4
``...En ce moment les tests fonctionnels serveurs échouent ([exemple](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/195678)).
La commande :
```
gpg --keyserver ha.pool.sks-keyservers.net --recv-keys B42F6819007F00F88E364FD4036A9C25BF357DD4
```
produit l'erreur `gpg: keyserver receive failed: Cannot assign requested address`. Cela fonctionne chez moi (dans le dock) en local. Et la commande fonctionne également, hors dock, sur le slave.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3609Relancer plus souvent clang en ci2018-11-02T12:29:22+01:00Mathieu GiraudRelancer plus souvent clang en ciÉvoqué à partir de #3601.
Limité par #2900. Mais le test-various-compilers lancé chaque semaine serait déjà suffisant.
Mais on ne va pas toujours au bout, peut planter en raison du web (ping #1491 ou #3450).Évoqué à partir de #3601.
Limité par #2900. Mais le test-various-compilers lancé chaque semaine serait déjà suffisant.
Mais on ne va pas toujours au bout, peut planter en raison du web (ping #1491 ou #3450).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3608Vidjil-algo : lancer régulièrement des tests sous clang2020-06-19T19:37:04+02:00Mikaël SalsonVidjil-algo : lancer régulièrement des tests sous clangDiscuté avec @magiraud
En fait c'est déjà le cas. C'est le [Vidjil (all slaves)](https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil%20(all%20slaves)/) sur Jenkins, lancé dès qu'on pousse des choses algo sur `dev`, mais il faut qu'on soit plus vigil...Discuté avec @magiraud
En fait c'est déjà le cas. C'est le [Vidjil (all slaves)](https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil%20(all%20slaves)/) sur Jenkins, lancé dès qu'on pousse des choses algo sur `dev`, mais il faut qu'on soit plus vigilant à ce que des problèmes ne l'empêchent pas de tourner (dernièrement c'était des slaves qui étaient down). Avec Gitlab-CI on a un peu tendance à délaisser Jenkins (alors qu'il est encore utile).
Bien-sûr une meilleure solution serait d'avoir cela sous Gitlab, mais il n'existe pas actuellement de manière propre de faire la même chosehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3606Si les pre-process échouent, les jobs du process restent QUEUED2018-11-07T13:21:52+01:00Mikaël SalsonSi les pre-process échouent, les jobs du process restent QUEUEDÀ l'inverse les jobs devraient échouer.À l'inverse les jobs devraient échouer.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3605Utiliser une version fixe de web2py2019-08-22T09:57:53+02:00Mathieu GiraudUtiliser une version fixe de web2pyWeb2py peut introduire des bugs par une nouvelle version... On devrait probablement se fixer à une version en dur (qu'on met à jour régulièrement, comme toute librairie).
vdj#727
cc @RyanHerbWeb2py peut introduire des bugs par une nouvelle version... On devrait probablement se fixer à une version en dur (qu'on met à jour régulièrement, comme toute librairie).
vdj#727
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3604vmi et info : X5 sur deux lignes au lieu de trois2018-11-02T10:45:08+01:00Mathieu Giraudvmi et info : X5 sur deux lignes au lieu de troisDiscuté avec @RyanHerb, probablement vient de `flex`.
~"priority\-1\-low" car a priori n'affecte que des cas particuliers type Demo X5.Discuté avec @RyanHerb, probablement vient de `flex`.
~"priority\-1\-low" car a priori n'affecte que des cas particuliers type Demo X5.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3603Séparateur horizontal au bon endroit2018-11-02T17:16:22+01:00Mathieu GiraudSéparateur horizontal au bon endroitajouté en js entre visu et visu2ajouté en js entre visu et visu2Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3602Compilation sur Fedora et Freebsd2018-11-23T17:22:35+01:00Mathieu GiraudCompilation sur Fedora et FreebsdRégression de 2018.10 par rapport à 2018.07.2.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3571#note_129515Régression de 2018.10 par rapport à 2018.07.2.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3571#note_129515Algo 2018.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3601Compilation avec clang et 'std::length_error' sur sortie AIRR2018-11-21T16:06:53+01:00Mathieu GiraudCompilation avec clang et 'std::length_error' sur sortie AIRRRégression de 2018.10 par rapport à 2018.07.2.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3571#note_129537Régression de 2018.10 par rapport à 2018.07.2.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3571#note_129537Algo 2018.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3600Des warnings à la compilation2020-06-19T19:41:51+02:00Mikaël SalsonDes warnings à la compilationSuite au travail sur la sortie AIRR on a des warnings à la compilation :
```
output.cpp: In member function ‘void SampleOutput::out(std::ostream&)’:
output.cpp:104:33: warning: unused parameter ‘s’ [-Wunused-parameter]
void SampleOutp...Suite au travail sur la sortie AIRR on a des warnings à la compilation :
```
output.cpp: In member function ‘void SampleOutput::out(std::ostream&)’:
output.cpp:104:33: warning: unused parameter ‘s’ [-Wunused-parameter]
void SampleOutput::out(ostream &s)
^
g++ -W -Wall -std=c++11 -O2 -DNDEBUG -I ../ -c filter.cpp
output.cpp: In member function ‘std::__cxx11::string CloneOutput::getWarnings()’:
output.cpp:78:1: warning: control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]
}
^
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3599Avoir un fichier versionné avec la liste des compilateurs supportés2020-06-19T19:39:03+02:00Mathieu GiraudAvoir un fichier versionné avec la liste des compilateurs supportésMotivé par #3598.
On devrait pouvoir tracer l'historique de nos supports de compilateurs, sans dépendre d'une variable sur un slave. Mais cela demande que le slave en question aie les compilateurs installés.Motivé par #3598.
On devrait pouvoir tracer l'historique de nos supports de compilateurs, sans dépendre d'une variable sur un slave. Mais cela demande que le slave en question aie les compilateurs installés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3598nlohmann::detail::invalid_iterator sur g++ 82019-03-14T16:24:39+01:00Mathieu Giraudnlohmann::detail::invalid_iterator sur g++ 8https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/192614
Problème sur g++-8 ? Mais supporte-t-on gcc 8 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/192614
Problème sur g++-8 ? Mais supporte-t-on gcc 8 ?Algo 2018.12