vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-10-27T09:56:49+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4885Noms plus courts pour les stages2021-10-27T09:56:49+02:00Mathieu GiraudNoms plus courts pour les stages
Depuis le merge des matrix, les stages ne sont plus nommés pareil, voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1047
Les raccourcir pour qu'on puisse simplement... voir l'info pertinente dans la vue des pipelines sans f...
Depuis le merge des matrix, les stages ne sont plus nommés pareil, voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1047
Les raccourcir pour qu'on puisse simplement... voir l'info pertinente dans la vue des pipelines sans faire le hover ? Avant nous avions `ff32-bla-bla`.
![image](/uploads/515e52bc63dae69592c6f0cde1377f55/image.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4881Spam de initMenu sur app2021-10-20T18:15:33+02:00Thonier FlorianSpam de initMenu sur appLorsque l'on ouvre la page app (ou même un localhost), nous avons un warning "Files are not available".
Ce message provient de la fonction initMenu de `menu.js`. On cherche a charger des fichiers, mais sur app ce n'est pas paramétré. On...Lorsque l'on ouvre la page app (ou même un localhost), nous avons un warning "Files are not available".
Ce message provient de la fonction initMenu de `menu.js`. On cherche a charger des fichiers, mais sur app ce n'est pas paramétré. On a donc cette erreur fictive qui s'affiche à charque chargement de page.
Je pense que l'on doit reparamètrer app pour ne pas chercher a afficher ces fichiers, et donc ne plus lever d'erreurs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4879Licence et germlines2021-10-29T17:24:56+02:00Mathieu GiraudLicence et germlinesDepuis #4824:
> voire pour les germlines #2639.
Mettre aussi dans license.md un paragraphe clair pour l'utilisation de germlines non-libres.Depuis #4824:
> voire pour les germlines #2639.
Mettre aussi dans license.md un paragraphe clair pour l'utilisation de germlines non-libres.Web 2021.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4872Release Algo 2022.022022-02-25T18:21:14+01:00Mathieu GiraudRelease Algo 2022.02Je ne sais pas à quel point l'algo est lié au soft/hard freeze de %"Web 2021.11"... mais cela serait tout de même raisonnable de traiter les principales MR d'ici la hard freeze du web :)Je ne sais pas à quel point l'algo est lié au soft/hard freeze de %"Web 2021.11"... mais cela serait tout de même raisonnable de traiter les principales MR d'ici la hard freeze du web :)Algo 2022.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4870Doc "Working with primers"2021-11-03T10:52:30+01:00Mathieu GiraudDoc "Working with primers"...
Working with primers
There can be various primers See locus.md
Primers can be displayed
Primers can be trimmed before being sent to external tools......
Working with primers
There can be various primers See locus.md
Primers can be displayed
Primers can be trimmed before being sent to external tools...Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4862Ajouter un warning pour les Chrome et FF legacy2021-10-21T15:11:04+02:00Mathieu GiraudAjouter un warning pour les Chrome et FF legacy
avec lien sur la doc et "contact us" si besoin
avec lien sur la doc et "contact us" si besoinWeb 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4861Needs, optimisation2021-10-18T17:27:00+02:00Thonier FlorianNeeds, optimisationSi un job dépend de la branche server, il bloque une feature-c puisqu'il n'est pas trouvé.
idem pour la version browser
Il faut donc splitter probablement un peu plus les needs.Si un job dépend de la branche server, il bloque une feature-c puisqu'il n'est pas trouvé.
idem pour la version browser
Il faut donc splitter probablement un peu plus les needs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4859.gitlab-ci-compilers: rules pour manual / release2021-10-19T17:57:07+02:00Mathieu Giraud.gitlab-ci-compilers: rules pour manual / releaseLes seules différence entre manual et release sont des `when`/`only`.
C'est probablement factorisable avec [`rules`](https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/index.html#rules).
Orthogonal à #4858 ?Les seules différence entre manual et release sont des `when`/`only`.
C'est probablement factorisable avec [`rules`](https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/index.html#rules).
Orthogonal à #4858 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4857Doc; Indiquer de charger les fichier sans les index/amorces2021-09-22T11:09:27+02:00Thonier FlorianDoc; Indiquer de charger les fichier sans les index/amorcesEn faisant quelque tests sur l'option de trimming des amorces, je me suis rendu compte que nous avons parfois des données avec les amorces ET les indexs.
On peut déja indiquer dans la doc l'impact des amorces et des indexs.En faisant quelque tests sur l'option de trimming des amorces, je me suis rendu compte que nous avons parfois des données avec les amorces ET les indexs.
On peut déja indiquer dans la doc l'impact des amorces et des indexs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4855Index/barcodes2021-10-20T17:56:41+02:00Mathieu GiraudIndex/barcodesDire à nos usagers dnas `locus.md qu'on conseille de mettre des séquences sans index. C'est probablement déjà le cas pour la très grande majorité d'entre eux.Dire à nos usagers dnas `locus.md qu'on conseille de mettre des séquences sans index. C'est probablement déjà le cas pour la très grande majorité d'entre eux.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4851Un test cypress non reproductible, timeout 4/6 secondes ?2021-10-08T11:46:54+02:00Mathieu GiraudUn test cypress non reproductible, timeout 4/6 secondes ?Sur !963 (mais indépendant j'imagine), plus précisément sur https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/pipelines/294970 :
- https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1371258 est passé
- mais pas https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jo...Sur !963 (mais indépendant j'imagine), plus précisément sur https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/pipelines/294970 :
- https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1371258 est passé
- mais pas https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1366474
Pour l'instant c'est très rare ces non-reproductibilités, il faut probablement enquêter sans trop tarder pour ne pas se retrouver dans une situation comme pour ~"dev-tests-watir" :)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4844Accepter à la fois -V/-D/-J et -g (et --align) et les prendre en compte2021-10-15T09:55:57+02:00Mathieu GiraudAccepter à la fois -V/-D/-J et -g (et --align) et les prendre en compte`./vidjil-algo -g germline/homo-sapiens.g -V toto.fa -J titi.fa demo/Demo-X5.fa`
ne provoque pas d'erreur (même si `toto.fa` n'existe pas) mais ignore le `-V` car il y a un `-g`.
Plutôt que de rajouter des erreurs, cela devrait être p...`./vidjil-algo -g germline/homo-sapiens.g -V toto.fa -J titi.fa demo/Demo-X5.fa`
ne provoque pas d'erreur (même si `toto.fa` n'existe pas) mais ignore le `-V` car il y a un `-g`.
Plutôt que de rajouter des erreurs, cela devrait être pris en compte de manière cumulative (de la même manière qu'on accepte plusieurs `-g`). On en parlait presque il y a 5+ ans dans #1137 :)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4843Bikeshedding menus couleurs, filtres, primers, axes...2021-11-22T13:46:36+01:00Mathieu GiraudBikeshedding menus couleurs, filtres, primers, axes...Suite à !996.Suite à !996.Web 2021.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4838preprocess json; affichage dans le client2021-09-28T11:23:47+02:00Thonier Florianpreprocess json; affichage dans le clientMaintenant que le serveur va produire des réslutat des preprocess et les intégrer aux analyses, il faut pouvoir les afficher.Maintenant que le serveur va produire des réslutat des preprocess et les intégrer aux analyses, il faut pouvoir les afficher.Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4830Release Web 2021.112022-01-06T08:46:12+01:00Mathieu GiraudRelease Web 2021.11
### Before the deploy
- [x] Set the deploy day (Most servers are busy on Mondays and Tuesdays. Web deploys are usually done on Wednesday.)
- [x] Before the MR freeze, discuss regularly in the team what remains to do
- [x] Clean older ...
### Before the deploy
- [x] Set the deploy day (Most servers are busy on Mondays and Tuesdays. Web deploys are usually done on Wednesday.)
- [x] Before the MR freeze, discuss regularly in the team what remains to do
- [x] Clean older logs (vdj#1274)
Tuesday 26 October (D-8)
- [x] Notification on the server
- [x] MR Freeze (everything except urgent fixes or bikeshed strings/~doc/screenshots)
- [ ] Move issues/MR that are still opened to a new milestone for the next release
- [x] Push on `feature-cs/release`
### Deploy week
- [x] Deploy on `dev`, either with `git pull` or with Docker
- [ ] Live tests on `dev`
On `feature-cs/release`:
- [x] Bikeshed strings
- [x] List all the changes, checking that the milestone contains all relevant issues/MR
- [x] Finalize `CHANGELOG.web`
- [x] Finalize ~doc
- [ ] Finalize `docker/CHANGELOG`
Tuesday 2 November (D-1)
- [x] MR Freeze (everything)
### Deploy day
Wednesday 3 November (D0)
- [ ] Morning: update notification on the server
- [x] MR `feature-cs/release` to `prod-client` !XXX and `prod-server` !XXX
- [x] Disconnect the client through `conf.js`
- [x] Deploy
- [ ] Link vidjil-algo to latest if needed
- [x] Live test on the prod server
- [x] Reconnect the client
- [x] Notification "Maintenance finished" + news
- [ ] Possibly mail to users
- [x] Merge `feature-cs/release` into `dev` and `master`, and `git push github`Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4829test watir serveur; rallonger le temps pour la connection2021-08-31T10:06:55+02:00Thonier Floriantest watir serveur; rallonger le temps pour la connectionJ'ai de très nombreux tests watir serveur qui échouent à cause du temps de chargement de la page login.
Je pense qu'il faut mettre un sleep ou quelques chose du genre.
Cette erreur est particulièrement récurrente sur le test `test_sam...J'ai de très nombreux tests watir serveur qui échouent à cause du temps de chargement de la page login.
Je pense qu'il faut mettre un sleep ou quelques chose du genre.
Cette erreur est particulièrement récurrente sur le test `test_sample.rb`, qui débute pourtant de la même façon que les autres tests serveurs.
Au passage, je vais factoriser ce passage dans une fonction de vidjil_browser puisqu'elle est employée à divers endroits.
Si quelqu'un y voit une contre indication...
cc @magiraud @mikael-s @Zeudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4828Documenter dans locus.md les possibilités de détection SEG_METHOD_ONE2022-02-25T18:21:15+01:00Mathieu GiraudDocumenter dans locus.md les possibilités de détection SEG_METHOD_ONE
Suite à !788
Voir #1724 (et #4689)
Suite à !788
Voir #1724 (et #4689)Algo 2022.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4811Cypress et versions exactes de navigateurs2021-08-13T11:54:14+02:00Mathieu GiraudCypress et versions exactes de navigateurs
Legacy = FF XX et Chrome XX
Supported = FF 78 et Chrome 79
Latest = ...
Legacy = FF XX et Chrome XX
Supported = FF 78 et Chrome 79
Latest = ...Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4810Passer le runner cypress via docker directement2024-01-18T10:15:25+01:00Thonier FlorianPasser le runner cypress via docker directementThe following discussion from !964 should be addressed:
- [ ] @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/964#note_535173): (+1 comment)
> Discuté ensemble: on aimerait avoir un runner D...The following discussion from !964 should be addressed:
- [ ] @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/964#note_535173): (+1 comment)
> Discuté ensemble: on aimerait avoir un runner Docker, au moins pour le côté client. Mais bon, cela pourrait être dans une prochaine MR.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4809Slider des bornes axe X2021-09-15T17:30:35+02:00Mathieu GiraudSlider des bornes axe X
Voir aussi #4808 (un focus modifie automatiquement le slider, sauf si cadenas)
Voir aussi #4808 (un focus modifie automatiquement le slider, sauf si cadenas)marc duezmarc duez