vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-01-12T16:47:13+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4629Accélérer la procédure d'upload des fastq2021-01-12T16:47:13+01:00Anne de SeptenvilleAccélérer la procédure d'upload des fastqBonjour à tous et bonne année,
Je viens vous embêter pour vous demande de faire quelque chose pour accélérer la procédure d'upload des fastq.
Comme vous le savez déjà, notre activité de séquençage du BCR pour le statut mutation...Bonjour à tous et bonne année,
Je viens vous embêter pour vous demande de faire quelque chose pour accélérer la procédure d'upload des fastq.
Comme vous le savez déjà, notre activité de séquençage du BCR pour le statut mutationnel est en constante augmentation. Les runs comportent de plus en plus d'échantillons. C'est vraiment super de pouvoir créer tous nos patients par copier-coller, c'est vraiment une nette amélioration pour nous et un gros gain de temps. Maintenant il faudrait vraiment pouvoir faire le même genre de chose sur le page d'upload des fastq, au moins pour la sélection des fichiers qui est très laborieuse.
77 patients à entrer ce matin, soit 154 fichiers qu'il faut rechercher manuellement dans la fenêtre de sélection, associer au bon patient etc... cela prend facilement 1h ou 2h pour tout bien faire sans erreur (et ce n'est pas très enrichissant).
Merci encore pour tout ce que vous faites pour nous !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4607Améliorer la récupération des tests loupés dans les artefacts Watir2022-03-23T13:48:55+01:00Mathieu GiraudAméliorer la récupération des tests loupés dans les artefacts Watir
Sur une erreur typique, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/886646#L3807:
```
1) Error:
TestPreProcess#test_pre_process_add:
Watir::Exception::UnknownObjectException: timed out after 30 seconds, waiting for #<Watir::Anchor: ...
Sur une erreur typique, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/886646#L3807:
```
1) Error:
TestPreProcess#test_pre_process_add:
Watir::Exception::UnknownObjectException: timed out after 30 seconds, waiting for #<Watir::Anchor: located: false; {:class=>"button", :text=>"pre-process", :tag_name=>"a"}> to be located
/usr/share/rvm/gems/ruby-2.6.1/gems/watir-6.16.5/lib/watir/elements/element.rb:798:in `rescue in element_call'
/usr/share/rvm/gems/ruby-2.6.1/gems/watir-6.16.5/lib/watir/elements/element.rb:790:in `element_call'
/usr/share/rvm/gems/ruby-2.6.1/gems/watir-6.16.5/lib/watir/elements/element.rb:145:in `click'
functional/test_pre_process.rb:21:in `go_to_list'
functional/test_pre_process.rb:35:in `test_pre_process_add'
```
le [test report](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/pipelines/195284/test_report) parsé par Gitlab n'affiche que la stack, mais pas la ligne d'erreur. Est-ce notre pipeline qui ne sort pas cela dans l'artefact, ou bien gitlab qui n'arrive pas à le parser ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4606IMGt, update paramètres de la requête (V_REGIONsearchIndel, subset)2021-02-26T10:34:24+01:00Thonier FlorianIMGt, update paramètres de la requête (V_REGIONsearchIndel, subset)IMGt semble avoir changer le comportement pour la recherche d'indel. De plus, il est maintenant possible d'avoir les valeurs de subset.IMGt semble avoir changer le comportement pour la recherche d'indel. De plus, il est maintenant possible d'avoir les valeurs de subset.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4598getHTMLInfo: afficher la productivité du clone2022-01-18T09:24:09+01:00Thonier FloriangetHTMLInfo: afficher la productivité du cloneJe me rends compte que l'on a pas la productivité qui est affiché dans le getHTMLinfo.Je me rends compte que l'on a pas la productivité qui est affiché dans le getHTMLinfo.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4595Tests tutorial et ff32, sauter quelques tests et enlever le allow:failure2020-12-28T16:37:05+01:00Mathieu GiraudTests tutorial et ff32, sauter quelques tests et enlever le allow:failureSuite à !812 : un/quelques tests (lesquels ?) échouent sur FF32, pas toujours reproductiblement.
Bien sûr, il serait mieux de corriger cela.
Cela dit... FF32 est une "legacy platform", voir http://www.vidjil.org/doc/user/#legacy-browser...Suite à !812 : un/quelques tests (lesquels ?) échouent sur FF32, pas toujours reproductiblement.
Bien sûr, il serait mieux de corriger cela.
Cela dit... FF32 est une "legacy platform", voir http://www.vidjil.org/doc/user/#legacy-browsers, nous respectons cela ;-)Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4591Tests server-fonctionnal peu reproductibles2022-03-23T13:49:53+01:00Mathieu GiraudTests server-fonctionnal peu reproductibles
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/873398 est un festival, alternativement pour ff32 et ff45:
- ~~un gpg keyserver #3610~~
- un `TestSample#test_edit: Watir::Wait::TimeoutError: timed out after 30 seconds,` +1
- un `TestSa...
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/873398 est un festival, alternativement pour ff32 et ff45:
- ~~un gpg keyserver #3610~~
- un `TestSample#test_edit: Watir::Wait::TimeoutError: timed out after 30 seconds,` +1
- un `TestSample#test_add_with_pre_process: Watir::Wait::TimeoutError: timed out after 30 seconds`
- un `TestSample#test_add [functional/test_sample.rb:98]: Expected false to be truthy.`
- puis cela passe enfin pour ff32 et ff45
On devrait améliorer la reproductibilité... en attendant un `retry:2` ou `retry:3`, comme déjà proposé dans !840https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4588My Account: tester la vue2020-12-10T09:20:24+01:00Mathieu GiraudMy Account: tester la vueÀ l'occasion de !857, j'ai changé quelques chaînes / ordres, et les tests passent toujours. Regarder ce qui est testé.À l'occasion de !857, j'ai changé quelques chaînes / ordres, et les tests passent toujours. Regarder ce qui est testé.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4587My Account et ailleurs : terme "job" → "process"2020-12-30T10:07:16+01:00Mathieu GiraudMy Account et ailleurs : terme "job" → "process"Pour #4562
Est-ce que "job" est le bon terme ? (à la fois "my jobs" et "34 jobs last months")
- Dans la page d'un set, on dit "run the selected configuration"...
- Dans http://www.vidjil.org/doc/user/#samples-and-pre-processes, on p...Pour #4562
Est-ce que "job" est le bon terme ? (à la fois "my jobs" et "34 jobs last months")
- Dans la page d'un set, on dit "run the selected configuration"...
- Dans http://www.vidjil.org/doc/user/#samples-and-pre-processes, on parle de "task", de "processing"...Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4582My Account: lien vers localhost2020-12-03T19:44:55+01:00Mathieu GiraudMy Account: lien vers localhostBloque #4562 ?
"fuses:" met un lien vers `/localhost`Bloque #4562 ?
"fuses:" met un lien vers `/localhost`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4581DNS sur des déploiements d'un serveur de review2020-12-02T19:10:03+01:00Mathieu GiraudDNS sur des déploiements d'un serveur de reviewDepuis !782:
> Mais cette MR (!846) est au dessus de !782 donc elle a le même souci : Erreur 500 sur cette URL https://feature-sc-nginx-conf-and-url.server.ci.vidjil.org/vidjil/static/js/checkSSL.js
On discute avec @duez : il ne voit p...Depuis !782:
> Mais cette MR (!846) est au dessus de !782 donc elle a le même souci : Erreur 500 sur cette URL https://feature-sc-nginx-conf-and-url.server.ci.vidjil.org/vidjil/static/js/checkSSL.js
On discute avec @duez : il ne voit pas ce qui cause le soucis. Ce serait quelque chose de spécifique au review server ?
Apparament cela passe en local (et donc en prod si déployé). Vu les corrections que !846 apporte, est-ce qu'on se permettrait de merger ces MRs ? D'un autre côté, c'est très embêtant de ne pas avoir de review server, en ce moment c'est bloquant.
@duez et @mikael-s ont vu que c'est probablement lié à un problème de DNS sur le serveur de deploy (qui a plusieurs déploiements en même temps.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4576Mettre à jour la page de login views/default/user.html2020-12-02T20:49:49+01:00Mathieu GiraudMettre à jour la page de login views/default/user.htmlPas mise à jour depuis plusieurs années. Revoir les crédits.
Suite à !813, mettre en particulier un texte différent selon le statut du server.Pas mise à jour depuis plusieurs années. Revoir les crédits.
Suite à !813, mettre en particulier un texte différent selon le statut du server.Web 2020.12Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-12-02https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4575Faire un template de release/déploiement web2021-08-13T10:08:22+02:00Mathieu GiraudFaire un template de release/déploiement webÀ partir de la description de #4574, une fois que ce sera finiÀ partir de la description de #4574, une fois que ce sera finiWeb 2021.052020-12-11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4574Déploiement Web 2020.12 🎄2021-02-17T11:26:28+01:00Mathieu GiraudDéploiement Web 2020.12 🎄
- la prochaine fois, faire des points réguliers avant le jour de MR Freeze
- [x] mercredi 2 décembre (J-7) : MR Freeze (au final jeudi 3)
- [x] mercredi 2 décembre (J-7) : Notification pour interruption sur serveur (la prochaine fois, ...
- la prochaine fois, faire des points réguliers avant le jour de MR Freeze
- [x] mercredi 2 décembre (J-7) : MR Freeze (au final jeudi 3)
- [x] mercredi 2 décembre (J-7) : Notification pour interruption sur serveur (la prochaine fois, faire J-8)
- [x] Préparation ~doc usager
- [ ] Préparation ~doc ~"server-docker" #4482
- [ ] Préparation ~com
- [x] mercredi 9 décembre :
- [x] MR de dev dans prod-client !864 et prod-server !865
- [x] Déploiement
- [x] vérification que MyAccount passe sur les gros usagers, si non remettre en devel-mode #4562
- [x] notification "Maintenance fibished" + news
- [x] merge dev dans master, `git push github`
- [ ] Annonce dans la foulée
Mis un certain nombre d'issues/MR en %"Web 2020.12" (probablement trop), y compris les fermées (à compléter) pour préparer les messages de com.
- [x] Avant de fermer ici, faire #4575 ==> !871
cc @flothoni @duezWeb 2020.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4567meccano et pandoc2020-12-03T09:25:39+01:00Mathieu Giraudmeccano et pandocThe following discussion from !812 should be addressed:
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/812#note_401838 :
> @magiraud : `pandoc` installé sur `kapla`, `lego`, et `ubuntu-legacy` #4320. Mais... pas réussi sur `me...The following discussion from !812 should be addressed:
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/812#note_401838 :
> @magiraud : `pandoc` installé sur `kapla`, `lego`, et `ubuntu-legacy` #4320. Mais... pas réussi sur `meccano` (bref le ~ci n'arrive pas encore toujours à se relancer). #4545 résoudrait cela et enlèverait la dépendance à `pandoc`
> @flothoni : Ping, encore d'actualité.
Oui. Pour l'instant on relance à la main, et ensuite
- soit on arrive à installer `pandoc` sur `meccano` (je n'y étais pas arrivé)
- soit #4545 puis #4543
- soit on retire le tag `web` de `meccano` (et meccano peut se consacrer à d'autres choses...)
- et à terme... #4320https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4566Warnings, avoir un nouveau wrning si un clone a plusiuers dénomination sur di...2020-12-09T13:56:04+01:00Thonier FlorianWarnings, avoir un nouveau wrning si un clone a plusiuers dénomination sur différents samplesUn cas qui s'est présenté sur une analyse répliquée. Dans un sample, on obtient Vx, et dans l'autre Vy. La dénomination n'est pas retrouvé dans ce cas si on regarde les samples dans les runs X et Y, alors qu'il s'agit du même clone.
Je ...Un cas qui s'est présenté sur une analyse répliquée. Dans un sample, on obtient Vx, et dans l'autre Vy. La dénomination n'est pas retrouvé dans ce cas si on regarde les samples dans les runs X et Y, alors qu'il s'agit du même clone.
Je propose de créer une nouvelle alerte, dans la catégorie `Comparisons between several samples` (W8x). (Bon il faudrait quand même améliorer la ratio signal/bruit pour la faire ressortir).
Cela passe par le fuse puisque qu'il faut plusieurs samples.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4562Mise en prod "My Account"2020-12-10T09:27:00+01:00Mathieu GiraudMise en prod "My Account"Suite à !837
- [x] test live sur app après un premier deploy
- [x] ~bikeshedding : chaînes de texte (assign @magiraud)
- [x] ~doc
- [ ] ~com : préparer des news (sera déployé probablement avec !813)
@duez disait qu'il ne fallait p...Suite à !837
- [x] test live sur app après un premier deploy
- [x] ~bikeshedding : chaînes de texte (assign @magiraud)
- [x] ~doc
- [ ] ~com : préparer des news (sera déployé probablement avec !813)
@duez disait qu'il ne fallait pas traîner, tout à fait d'accord ;) On peut en parler pochainement !
cc @flothoniWeb 2020.12Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-12-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4556Avoir un warning spécifique si un clone a plusieurs dénominatio npossible lor...2021-11-23T09:15:16+01:00Thonier FlorianAvoir un warning spécifique si un clone a plusieurs dénominatio npossible lors d'un fuseLors de passage de données de contrôle, des utilisateurs nous on fait part d'un clonotype qui changeait de nom entre les différents réplicat technique. L'explication est simple, les nouvelles données sont plus longues et permettent de di...Lors de passage de données de contrôle, des utilisateurs nous on fait part d'un clonotype qui changeait de nom entre les différents réplicat technique. L'explication est simple, les nouvelles données sont plus longues et permettent de discriminé entre plusieurs segments possible (warning w69). Cependant, il recherchait en contôle le clone XXX, et ne voyais que le clone YYY (sans wwarning 69 cette fois en plus puisque pas pertinent dans ce cas).
Dans le cas présent, les fuse étaient séparés. En tout cas, cela m'a fait dire que l'on devrait avoir l'information qu'il existe une nouvelle dénomination possible, surtout que dans ce cas ci, elle devrait être plus pertinente si les reads sont plus longs.
Ensuite comment l'afficher ? Comment l'intégrer au fuse ? Lien avec #xxxhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4544.gitlab-ci.yml : est-ce possible de factoriser les navigateurs ?2024-01-18T10:24:57+01:00Mathieu Giraud.gitlab-ci.yml : est-ce possible de factoriser les navigateurs ?
Nous avons, après !812, 4x4 jobs avec des définitions de navigateurs:
`{ff32,ff45,chrome,old-chrome}-{browser-functional,browser-functional-external,browser-tutorial,server-functional}`
Et on aimerait rajouter des choses (#4475).
Peu...
Nous avons, après !812, 4x4 jobs avec des définitions de navigateurs:
`{ff32,ff45,chrome,old-chrome}-{browser-functional,browser-functional-external,browser-tutorial,server-functional}`
Et on aimerait rajouter des choses (#4475).
Peut-on factoriser cela dans le `.gitlab-ci.yml` ?
[`matrix`](https://docs.gitlab.com/ce/ci/yaml/#parallel-matrix-jobs) ? et #3630 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4542Tester la partie serveur du tutorial (en ci, ou sur un serveur live)2021-05-05T15:26:57+02:00Mathieu GiraudTester la partie serveur du tutorial (en ci, ou sur un serveur live)Suite à !812.
Déjà en ~"dev-ci" (puis, on verra ensuite, sur serveur live, cas particulier de #2323).Suite à !812.
Déjà en ~"dev-ci" (puis, on verra ensuite, sur serveur live, cas particulier de #2323).Web 2021.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4540Récupérer les positions FR1/2/3/4 et CDR1/2/3 via IMGT2021-04-08T08:25:51+02:00Mathieu GiraudRécupérer les positions FR1/2/3/4 et CDR1/2/3 via IMGTDepuis #2135, dans le cadre de !836 :
> (...) mettre cela dans le `.vidjil` (type `"FR1": {"start": 48, "stop": xxx}`
Le faire donc déjà via `imgtPost...()`, en prenant les champs `{FR,CDR}{1,2,3,4?}-IMGT {start,stop}`, et créer donc d...Depuis #2135, dans le cadre de !836 :
> (...) mettre cela dans le `.vidjil` (type `"FR1": {"start": 48, "stop": xxx}`
Le faire donc déjà via `imgtPost...()`, en prenant les champs `{FR,CDR}{1,2,3,4?}-IMGT {start,stop}`, et créer donc des highlights type `"FR1-IMGT": {"start": 48, "stop": xxx}`
Normalement tous ces highlights seront non-chevauchants et pourront être affichés sur une même "ligne"marc duezmarc duez