vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-04-08T08:29:33+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1982Décalage des informations sous la séquence dans le segmenter2021-04-08T08:29:33+02:00Vidjil TeamDécalage des informations sous la séquence dans le segmenterSur ma machine sous FF j'ai un décalage des informations dans le segmenteur (par exemple avec la qualité ou les affectValues), cf. copie d'écran. Ce décalage est beaucoup plus modéré sous Chromium (environ 1 nucléotide).
***
@nobodySur ma machine sous FF j'ai un décalage des informations dans le segmenteur (par exemple avec la qualité ou les affectValues), cf. copie d'écran. Ce décalage est beaucoup plus modéré sous Chromium (environ 1 nucléotide).
***
@nobodyRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1980Titre de la page HTML parfois faux ?2018-04-16T15:49:37+02:00Vidjil TeamTitre de la page HTML parfois faux ?(Aurélie ?) Dans compare patients / dans runs ? À vérifier.
***
@nobody(Aurélie ?) Dans compare patients / dans runs ? À vérifier.
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1979Titre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runs2018-04-16T15:49:37+02:00Vidjil TeamTitre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runsAurélie : On voit le titre du dernier patient.
***
Confirmé.
***
1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du pati...Aurélie : On voit le titre du dernier patient.
***
Confirmé.
***
1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du patient ouvert au 1.
***
Idem pour les runs : il n'affiche pas le nom du run mais le nom du dernier patient ouvert.
(this.m.patient_name dans export.js, rempli directement par ce que renvoie le serveur)
***
@Duez @magiraud @RyanHerb Web 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1978Pouvoir fixer la fenêtre du segmenter avec beaucoup de séquences2017-01-18T12:50:44+01:00Vidjil TeamPouvoir fixer la fenêtre du segmenter avec beaucoup de séquencesAurélie bosse souvent à 15-20 séquences et "cela n’arrête pas de bouger" (en particulier parce que la fenêtre de tag est en haut).
Elle voudrait pouvoir fixer la fenêtre.
C'est vrai que, dès qu'on travaille avec plein de séquences, le r...Aurélie bosse souvent à 15-20 séquences et "cela n’arrête pas de bouger" (en particulier parce que la fenêtre de tag est en haut).
Elle voudrait pouvoir fixer la fenêtre.
C'est vrai que, dès qu'on travaille avec plein de séquences, le redimensionnement automatique est vite fatiguant.
***
J'avais cru que cela avait été fait dans les précédentes semaines, mais non, le comportement y est toujours, sur dev en tout cas. Marc, as-tu fait cela ou c'était juste un projet ?
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1977maintenir le « color by » en changeant de patient2016-11-29T14:42:49+01:00Vidjil Teammaintenir le « color by » en changeant de patientdemande d'Aurélie. Mikaël, c'est bon ?
***
06b78fb
***
@mikael-sdemande d'Aurélie. Mikaël, c'est bon ?
***
06b78fb
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1976Couleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()2021-03-17T14:14:12+01:00Vidjil TeamCouleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle ser...Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle serait contente d'un color by locus, mais d'autres veulent d'autre chose.
Pb: les camemberts sont 'forcément' en 'color by locus'
***
Une solution possible : garder les mêmes couleurs que le "color by", et ne pas colorer les camemberts si on n'est pas en color by locus.
→ 1 seul jeu de couleur dans le rapport
***
Le camembert du color by locus en niveaux de gris va être illisible. Ça ne me choque pas que les courbes soient colorées par tag et les camemberts par locus (surtout qu'il y a la légende pour les camemberts). Cela peut valoir le coup de marquer comment ont été colorées les courbes à côté du graphe pour lever toute ambiguité.
***
@DuezWeb 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1975Nouvelle vue pour comparer beaucoup de samples2020-12-04T13:51:17+01:00Vidjil TeamNouvelle vue pour comparer beaucoup de samplesComment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
On pourrait avoir une nouvelle vue (et ne pas afficher le graphe) permettant d'un coup d'oeil de voir cela.
- matrice de comparaison / heatma...Comment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
On pourrait avoir une nouvelle vue (et ne pas afficher le graphe) permettant d'un coup d'oeil de voir cela.
- matrice de comparaison / heatmap : pratique, mais on n'a plus la vue clone
- autre solution qui respecterait la vue clone ? (mais quelle vue clone, tous, les clones d'un sample ?)
(Voir aussi #1974)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1974Nouvelle dimension 'nb samples with this clone', comparaison de samples2019-11-26T12:26:51+01:00Vidjil TeamNouvelle dimension 'nb samples with this clone', comparaison de samplesComment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
En attendant une nouvelle vue, quelque chose d'intéressant serait déjà d'avoir une dimension indiquant le nombre de samples dans lequel le clone...Comment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
En attendant une nouvelle vue, quelque chose d'intéressant serait déjà d'avoir une dimension indiquant le nombre de samples dans lequel le clone est présent, pour le scatterplot comme pour la couleur.
***
3c3ee70, 11f0afa
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1973Autodelete fonctionne à moitié ?2017-10-26T16:52:20+02:00Vidjil TeamAutodelete fonctionne à moitié ?Dans un patient existant, j'ajoute un fichier que je run dans une config non utilisée pour ce patient. J'ai bien mes trois fichiers (séquence, results, fused) sur le disque et ils apparaissent bien en BD. Je fais un delete sequence file ...Dans un patient existant, j'ajoute un fichier que je run dans une config non utilisée pour ce patient. J'ai bien mes trois fichiers (séquence, results, fused) sur le disque et ils apparaissent bien en BD. Je fais un delete sequence file and results. Les éléments sont bien supprimés de la BD mais… sur le disque j'ai toujours le fichier results et le fichier fused. En revanche le fichier séquence a bien été supprimé. Pourtant ils ont tous le même paramétrage pour le autodelete.
Qui a une idée ?
***
Je dis ça parce qu'on a 4000+ fichiers fused sur le disque qui n'apparaissent pas en BD (et 780 fichiers résultats).
***
Je préfère qu'il fonctionne à 1/2 qu'à 3/2 :-)
***
Marc, as-tu poussé le correctif ?
***
@magiraud @RyanHerb @Duez @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1970mauvaise récupération des métadonnées sur Demo L42016-11-29T14:42:44+01:00Vidjil Teammauvaise récupération des métadonnées sur Demo L4En faisant la release 2016.08, j'ai testé sur Demo L4 et X5 (cf vdj/doc/vidjil/release.org).
Apparament cela a bien fonctionné (vu les logs, vu les compare patients)...
Mais le lien pour L4, http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?pat...En faisant la release 2016.08, j'ai testé sur Demo L4 et X5 (cf vdj/doc/vidjil/release.org).
Apparament cela a bien fonctionné (vu les logs, vu les compare patients)...
Mais le lien pour L4, http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=146&config=26 indique, dans son 'info', MiXCR ! De la même manière, celui pour X5 indique un mauvais numéro de version. Est-ce juste l'analysis qui n'est pas le bon ?
***
Peut-être est-ce la même chose que "Lorsque une partie des fichiers est runné, des métadata des mauvais fichiers sont affichés" ?
***
Pour L4, je confirme que c'est juste un problème d'affichage de l'info : les résultats sont corrects et ont bien été obtenus avec Vidjil.
***
Oui, c'est une relique de l'analysis, comme on avait avec le champ log.
J'ai mis en place une hotfix, comme pour le champ log => 09e65aff7f32d79e53 + 7137057aa9030f8a9a00c
La solution est "hacky" mais si on devait faire proprement, ça prendrais beaucoup de temps... On peut en discuter si vous voulez :)
***
Est-ce toujours d'actualité ? La hotfix a été intégrée ?
***
Oui elle est intégrée :)
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1969calcul representative, arrêt length_longest_run, quality et vitesse2016-11-29T14:42:43+01:00Vidjil Teamcalcul representative, arrêt length_longest_run, quality et vitesseLe calcul de la représentative (core/representative.cpp) s'arrête dès que :
(sequence.sequence.size() <= length_longest_run)
Dans certains cas (segment_lec.fq), cela va s'arrêter dès la première séquence. Cela date de 2013 et n'a ja...Le calcul de la représentative (core/representative.cpp) s'arrête dès que :
(sequence.sequence.size() <= length_longest_run)
Dans certains cas (segment_lec.fq), cela va s'arrêter dès la première séquence. Cela date de 2013 et n'a jamais été modifié (6d46103 sur git vdj).
Cela semble toujours la bonne solution pour le calcul de la séquence, mais pour la qualité moyenne, il faut continuer. Voir 67b7a6b sur windows_quality. Vérifier si cela est bien raisonnable, en particulier sur la vitesse de l'ensemble.
***
Pas d'incidence sur la vitesse de l'ensemble.
Branche window_quality mergée dans dev.
./vidjil -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,73s user 0,26s system 99% cpu 16,099 total
./vidjil -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,52s user 0,22s system 99% cpu 15,762 total
./vidjil -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,71s user 0,25s system 99% cpu 16,069 total
./vidjil-quality -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,58s user 0,22s system 99% cpu 15,866 total
./vidjil-quality -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,62s user 0,24s system 99% cpu 15,968 total
./vidjil-quality -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 16,42s user 0,26s system 99% cpu 16,741 total
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1967Repasser en -t 0 par défaut au lieu de -t 100 (trim)2017-10-31T12:20:15+01:00Vidjil TeamRepasser en -t 0 par défaut au lieu de -t 100 (trim)Voir autres tâches étiquetées par "trim"
***
ping ?
***
ça va casser des tests mais oui c'est indispensable : raisons de non segmentation trompeuses, ce qui laisse aussi penser qu'on doit pouvoir passer à côté de certaines choses (ce qui...Voir autres tâches étiquetées par "trim"
***
ping ?
***
ça va casser des tests mais oui c'est indispensable : raisons de non segmentation trompeuses, ce qui laisse aussi penser qu'on doit pouvoir passer à côté de certaines choses (ce qui est déjà arrivé pour sûr dans un cas très particulier).
***
2016.09, merci !
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1966Les infos du sample n'apparaissent pas dans l'analysis2017-01-03T14:38:43+01:00Vidjil TeamLes infos du sample n'apparaissent pas dans l'analysisPar exemple en offline. On remplit les champs d'information et dans l'export il y a bien l'info globale mais pas l'info du sample.
***
@RyanHerbPar exemple en offline. On remplit les champs d'information et dans l'export il y a bien l'info globale mais pas l'info du sample.
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1965doc/analysis-example, make, test fuse2016-11-29T14:42:41+01:00Vidjil Teamdoc/analysis-example, make, test fusePour l'instant
- $(wildcard doc/analysis-example*.vidjil) est inclus dans la release
- le make standard ne lance pas de 'make analysis-example' -> à mettre où ?
- les tests fuse utilisent ces fichiers
***
Il y a déjà un
$(MAKE) ...Pour l'instant
- $(wildcard doc/analysis-example*.vidjil) est inclus dans la release
- le make standard ne lance pas de 'make analysis-example' -> à mettre où ?
- les tests fuse utilisent ces fichiers
***
Il y a déjà un
$(MAKE) -C ../../doc analysis-example1.vidjil
dans tools/tests/Makefile
N'est-il pas appelé ?
***
oui, désolé. Tout fonctionne.
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1962Erreur la page des logs lorsque connecté en tant que Aurélie2016-11-29T14:42:38+01:00Vidjil TeamErreur la page des logs lorsque connecté en tant que AurélieSe connecter en tant qu'Aurélie, aller sur la page, choisir la table patient… erreur serveur.
***
C'est bon.
***
@RyanHerb @DuezSe connecter en tant qu'Aurélie, aller sur la page, choisir la table patient… erreur serveur.
***
C'est bon.
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1961Sablier / indicateur s'active lors de l'upload2017-11-22T12:49:04+01:00Vidjil TeamSablier / indicateur s'active lors de l'upload
***
@RyanHerb
***
@RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1960Relancer un pre-process qui a échoué2017-05-19T14:23:37+02:00Vidjil TeamRelancer un pre-process qui a échouéDans le cas où un pre-process échoue on ne ne peut pas le relancer (alors qu'on peut le faire pour un Vidjil). Pourtant les fichiers sont encore sur le disque et il est donc encore possible de le relancer, il manque juste le bouton en qu...Dans le cas où un pre-process échoue on ne ne peut pas le relancer (alors qu'on peut le faire pour un Vidjil). Pourtant les fichiers sont encore sur le disque et il est donc encore possible de le relancer, il manque juste le bouton en quelque sorte.
***
@DuezRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1959Tutorial2016-12-27T16:18:15+01:00Vidjil TeamTutorial- faire une passe sur la traduction d'Aurélie
- mettre éventuellement tout en LaTeX
- mettre éventuellement à jour l'ensemble, EN+FR
- envoyer à Aurélie, mais aussi à Naïs + d'autres éventuellement
***
Mikaël+Mathieu: tout est fait, r...- faire une passe sur la traduction d'Aurélie
- mettre éventuellement tout en LaTeX
- mettre éventuellement à jour l'ensemble, EN+FR
- envoyer à Aurélie, mais aussi à Naïs + d'autres éventuellement
***
Mikaël+Mathieu: tout est fait, reste plus que
- faire http://vidjil.org/doc (page statique, lien vers tout)
- (fichier du tutorial ? L3 Demo, ok ?)
- envoyer à Aurélie + Naïs
***
ok
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1958Les valeurs seg.5/4/3 sont désormais basées sur 1 : mettre à jour le browser2020-06-10T13:23:13+02:00Vidjil TeamLes valeurs seg.5/4/3 sont désormais basées sur 1 : mettre à jour le browserVoir "Les valeurs 5end et 4end dans .vidjil devraient être basées sur 1 / 1-based", qui sort dans la release algo 2016.07.
seg.5/4/3 a changé, et, de plus, c'est "stop" pour être plus cohérent.
Mettre à jour le browser (et comment faire...Voir "Les valeurs 5end et 4end dans .vidjil devraient être basées sur 1 / 1-based", qui sort dans la release algo 2016.07.
seg.5/4/3 a changé, et, de plus, c'est "stop" pour être plus cohérent.
Mettre à jour le browser (et comment faire pour accepter les valeurs d'avant ?).
C'est un point bloquant pour le déploiement de 2016.07 sur rbx (mais pas pour la release).
***
Le mieux est probablement, dans le code js du browser, de conserver des positions commençant à 0 : les strings sont indexées à partir de 0 en JS. Dans ce cas à l'init, il faut réécrire toutes les positions pour leur retirer 1 pour les fichiers >= 2016b.
***
ok. Dans ce cas, à l'init, mais aussi dans .getHtmlInfo ou à l'export si besoin.
***
À faire avant de déployer 2016.07 sur rbx.
***
ae54031..15c4968. C'était plutôt pénible.
Testé sur anciens et nouveaux fichiers, sur Demo X5 + vérif sur CDR3, de nous + de IMGT.
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1957Compare samples ne fonctionne pas pour un run2017-03-14T11:18:28+01:00Vidjil TeamCompare samples ne fonctionne pas pour un runSur la fiche d'un sample set (run ou patient) on a le bouton « compare samples for this patient » mais il ne fonctionne pas lorsqu'il s'agit d'un run (la page s'ouvre mais la liste des samples est vide).
Également il n'y a pas de bouton ...Sur la fiche d'un sample set (run ou patient) on a le bouton « compare samples for this patient » mais il ne fonctionne pas lorsqu'il s'agit d'un run (la page s'ouvre mais la liste des samples est vide).
Également il n'y a pas de bouton « compare samples » sur la page de tous les runs.
***
@RyanHerb