vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-06-27T19:29:36+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2750Blinder les tests sur les options2018-06-27T19:29:36+02:00Mathieu GiraudBlinder les tests sur les optionsAvant de faire #2732, il faudrait s'assurer que nos tests couvrent le plus d'options possibles, pour éviter des choses type #2748, ou pire sur une option réellement utilisée.
Voir aussi #1696.Avant de faire #2732, il faudrait s'assurer que nos tests couvrent le plus d'options possibles, pour éviter des choses type #2748, ou pire sur une option réellement utilisée.
Voir aussi #1696.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2744Tip of the day : édition et mise en prod2019-08-19T15:28:09+02:00Mathieu GiraudTip of the day : édition et mise en prodAprès #2582, à partir de mi-novembre (une semaine avant le ~"com-vw16"), 5 tips / semaine, avec images #2594.Après #2582, à partir de mi-novembre (une semaine avant le ~"com-vw16"), 5 tips / semaine, avec images #2594.2017-11-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2735Patients dont on n'a pas le droit d'accès : affectation, autocomplete2017-11-17T12:11:13+01:00Mathieu GiraudPatients dont on n'a pas le droit d'accès : affectation, autocompleteDiscuté avec @RyanHerb et @mikael-s :
- Est-ce qu'un utilisateur lambda peut rééditer un sample et l'affecter à `Demo L3` ? On souhaite que non :-)
- Dans l'upload ou l'édition de sample, est-ce qu'on peut autocompléter vers ce type de...Discuté avec @RyanHerb et @mikael-s :
- Est-ce qu'un utilisateur lambda peut rééditer un sample et l'affecter à `Demo L3` ? On souhaite que non :-)
- Dans l'upload ou l'édition de sample, est-ce qu'on peut autocompléter vers ce type de patient ? Idem, a priori ce n'est pas souhaitable.
- Et que se passe-t-il si on a les droits, mais pas `anon` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2734Gestion des fichiers en cache, notamment en cas de nouveaux fichiers2021-02-09T15:59:31+01:00Mathieu GiraudGestion des fichiers en cache, notamment en cas de nouveaux fichiers
Issue originelle dans #2889.
Cette issue essaie de réduire au maximum le besoin de demander aux usagers de tout recharger.
cc @flothoni
Issue originelle dans #2889.
Cette issue essaie de réduire au maximum le besoin de demander aux usagers de tout recharger.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2729Mieux documenter les droits d'accès et ce qui est anonymisé2017-10-17T17:21:34+02:00Mathieu GiraudMieux documenter les droits d'accès et ce qui est anonymiséLes noms des fichiers Fasta contiennent parfois des données sensibles (et certains s'en servent exprès, #1362), et à plusieurs endroits on peut afficher ce type d'information, même sans droit `anon` #2285 #2725.
@mikael-s disait sur #27...Les noms des fichiers Fasta contiennent parfois des données sensibles (et certains s'en servent exprès, #1362), et à plusieurs endroits on peut afficher ce type d'information, même sans droit `anon` #2285 #2725.
@mikael-s disait sur #2725 :
> c'est déjà un problème pour plein d'endroits puisque dans le `sequence_file.data_file....` le nom du fichier d'origine est encodé en base 16 et qu'on a accès à ce nom un peu partout (bien-sûr c'est moins immédiat en base 16 qu'en plein texte)
et même
> on a évidemment accès au nom du fichier d'origine directement dans l'interface.
Bref, on ne va pas probablement changer cela. Il s'agit donc de :
- mieux documenter dans `doc/user.org` ce que fait le droit `anon`
- de mettre un warning sur ces possibilités de fuite de données en cas de partage de données même sans droit `anon`.
- lier ces sections d'aide depuis le formulaire de changement de droitshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2718Savoir dans quel onglet on se trouve2022-06-21T14:43:10+02:00Mathieu GiraudSavoir dans quel onglet on se trouveAvec `patient`, `runs` et `sets`, on oublie vite dans quel onglet on se trouve et on peut avoir l'impression qu'on ne voit pas des données. Pour les admins c'est pire.
On pourrait marquer par css "l'onglet" actuellement sélectionné.
c...Avec `patient`, `runs` et `sets`, on oublie vite dans quel onglet on se trouve et on peut avoir l'impression qu'on ne voit pas des données. Pour les admins c'est pire.
On pourrait marquer par css "l'onglet" actuellement sélectionné.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2715Tutorial video / screencast2020-09-18T11:34:19+02:00Mathieu GiraudTutorial video / screencastNikos ~"repseq-Nikos" va préparer des tutoriels vidéos pour ARReST. Cela peut être une très bonne idée.Nikos ~"repseq-Nikos" va préparer des tutoriels vidéos pour ARReST. Cela peut être une très bonne idée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2713Déployer automatiquement les tags par défaut sur une nouvelle installation2022-06-24T14:30:41+02:00Mathieu GiraudDéployer automatiquement les tags par défaut sur une nouvelle installationVoir #2683 et doc/tags.org.Voir #2683 et doc/tags.org.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2709Support des langages LTR et concaténation de chaînes2017-10-17T08:38:53+02:00Mathieu GiraudSupport des langages LTR et concaténation de chaînesPouvons-nous rentrer un nom de patient en arabe ?
Apparament oui, mais on voit ensuite "خلدون ابن (36)" à la place de "Toto Tata (36)". Voir sur `dev`.Pouvons-nous rentrer un nom de patient en arabe ?
Apparament oui, mais on voit ensuite "خلدون ابن (36)" à la place de "Toto Tata (36)". Voir sur `dev`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2696limiter la taille des points représentant les clone dans le scatterplot2017-11-29T15:11:34+01:00Ghost Userlimiter la taille des points représentant les clone dans le scatterplotsuite a la normalisation l'abondance des clones devient superieur a 100% ce qui fait que la taille des clones dans le scatterplot devient énorme.suite a la normalisation l'abondance des clones devient superieur a 100% ce qui fait que la taille des clones dans le scatterplot devient énorme.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2695Parcours des pages de patients fastidieux2019-10-08T18:46:11+02:00Tatiana RocherParcours des pages de patients fastidieuxSur la liste des patients :
Actuellement quand on veut changer de page on a, en bas, une flèche vers la gauche, une autre vers la droite.
Il serait intéressant de faire comme d'autres sites avec l'accès aux pages+2, pages-2, première et ...Sur la liste des patients :
Actuellement quand on veut changer de page on a, en bas, une flèche vers la gauche, une autre vers la droite.
Il serait intéressant de faire comme d'autres sites avec l'accès aux pages+2, pages-2, première et dernière page.
Par exemple, en étant sur la page `5`, on aimerait voir
`1 ... 3 4 5 6 7 ... 15`
@RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2692Suppression de tag, nettoyage régulier2023-03-01T15:51:36+01:00Mathieu GiraudSuppression de tag, nettoyage régulier@Cyanael : quelqu'un rentre un tag avec une faute, corrige...
On ne veut pas supprimer automatiquement les tags, mais par conrre fairer de temps en temps du nettoyage en regardant ceux qui n'ont pas d'occurences.@Cyanael : quelqu'un rentre un tag avec une faute, corrige...
On ne veut pas supprimer automatiquement les tags, mais par conrre fairer de temps en temps du nettoyage en regardant ceux qui n'ont pas d'occurences.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2690UnicodeError sur scheduler/worker2017-10-09T17:32:59+02:00Mathieu GiraudUnicodeError sur scheduler/workerCause de vdj#483.
- il y a eu des soucis `UnicodeError` dans `task.py` / scheduler
- @RyanHerb a envie de reproduire pour comprendre
/assign @RyanHerb Cause de vdj#483.
- il y a eu des soucis `UnicodeError` dans `task.py` / scheduler
- @RyanHerb a envie de reproduire pour comprendre
/assign @RyanHerb https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2689Autocomplétion sur un nouveau tag2017-10-18T17:23:51+02:00Mathieu GiraudAutocomplétion sur un nouveau tagJ'ai l'impression que l'autocomplétion ne fonctionne pas immédiatement : si je crée `#foo`, je vais sur un autre set, `#foo` n'est pas encore autocomplété. Si je recharge l'appli, tout fonctionne.J'ai l'impression que l'autocomplétion ne fonctionne pas immédiatement : si je crée `#foo`, je vais sur un autre set, `#foo` n'est pas encore autocomplété. Si je recharge l'appli, tout fonctionne.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2687Style du tag lorsqu'il n'y a pas de lien2017-10-06T08:00:51+02:00Mathieu GiraudStyle du tag lorsqu'il n'y a pas de lienCe serait intéressant de styler légèrement les tags même quand il ne sont pas un lien.
`a.tag-link` est mis quand il n'y a pas de lien. Serait-ce possible de mettre aussi un `span.tag-link` (ou un `span.tag-nolink`) aux endroits sans li...Ce serait intéressant de styler légèrement les tags même quand il ne sont pas un lien.
`a.tag-link` est mis quand il n'y a pas de lien. Serait-ce possible de mettre aussi un `span.tag-link` (ou un `span.tag-nolink`) aux endroits sans lien, typiquement dans les boîtes d'info dans le client ?
(Pas urgent, pas pour ce matin...)
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2675Documenter les branches dans dev.org2023-03-01T16:18:46+01:00Mathieu GiraudDocumenter les branches dans dev.orgNous devrions documenter dans `dev.org` la signification de nos différentes branches, qu'elles soient déjà traitées par ~"dev-ci" ou non.
(Même si certains points dépend du ~"server-hosting", ce sont clairement des points qui dépendent ...Nous devrions documenter dans `dev.org` la signification de nos différentes branches, qu'elles soient déjà traitées par ~"dev-ci" ou non.
(Même si certains points dépend du ~"server-hosting", ce sont clairement des points qui dépendent du projet `vidjil`.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2666e-valeur de SEG_METHOD_MAX1U et index_load de AFFECT_UNKNOWN2017-09-25T10:31:56+02:00Mathieu Giraude-valeur de SEG_METHOD_MAX1U et index_load de AFFECT_UNKNOWNLe test de `chimera-fake-half.should-get` qui ne passe pas dans !79 (alors que !79 est bon dans l'esprit) révèle que les e-valeurs de `SEG_METHOD_MAX1U` sont mal calculées (et donc on en a très peu souvent).
Séquence :
```
>TRGV1*01--cg...Le test de `chimera-fake-half.should-get` qui ne passe pas dans !79 (alors que !79 est bon dans l'esprit) révèle que les e-valeurs de `SEG_METHOD_MAX1U` sont mal calculées (et donc on en a très peu souvent).
Séquence :
```
>TRGV1*01--cgcg
tcttccaacttggaagggagaacgaagtcagtcaccaggctgactgggtcatctgctgaa
cgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcg
```
Affects :
```
# 6 - VJ 1 59 88 100 seed IGK SEG_- 2.526646e+01 2.452207e+01/7.443986e-01 _ _-k ? _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-K-K-K-K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
# 49 ! seed TRG UNSEG ambiguous 9.600000e+01 2.122587e-92/9.600000e+01+G+G+G ?+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G+G _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
IGK par chance (avec !79, et encore, e-value pourrie), mais ici c'est clairement un MAX1U qui doit passer (et plus que SEG_METHOD_ONE #1724).
Voir aussi #2655.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2663statement inaccessible database.js2017-09-26T15:53:23+02:00Thonier Florianstatement inaccessible database.jsDans le fichier `database.js` (branch dev, ligne 431):
```
return res
if (this.url.length == 1) $("#db_back").addClass("inactive");
```
La second ligne n'est pas accessible (obvious).
Apparait lors d'un click sur un tag d'un fichi...Dans le fichier `database.js` (branch dev, ligne 431):
```
return res
if (this.url.length == 1) $("#db_back").addClass("inactive");
```
La second ligne n'est pas accessible (obvious).
Apparait lors d'un click sur un tag d'un fichier
@RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2660IgBlast : pas la même chose en direct ?2019-01-10T15:21:22+01:00Mathieu GiraudIgBlast : pas la même chose en direct ?Naïs ~"TOU-Toulouse" fait des copier/coller de ses séquences vers IgBlast, car on n'a pas la même chose que par le lien.
À explorer.
cc @flothoniNaïs ~"TOU-Toulouse" fait des copier/coller de ses séquences vers IgBlast, car on n'a pas la même chose que par le lien.
À explorer.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2657SEG_METHOD_34_NOT52018-07-13T16:24:48+02:00Mathieu GiraudSEG_METHOD_34_NOT5Une possibilité (pas forcément souhaitable) pour #2655 : en cas de VD, regarder derrière s'il y a des k-mers J, et faire le calcul qu'il faut pour dire qu'il ne devrait pas en avoir.Une possibilité (pas forcément souhaitable) pour #2655 : en cas de VD, regarder derrière s'il y a des k-mers J, et faire le calcul qu'il faut pour dire qu'il ne devrait pas en avoir.