vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-07-13T10:22:12+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4815Gethtmlinfo, pouvoir afficher les positions, ou la taille des matchs des segm...2021-07-13T10:22:12+02:00Thonier FlorianGethtmlinfo, pouvoir afficher les positions, ou la taille des matchs des segmentsCe matin, on se demandait comment était réparti les matchs dans le V ou le J. On n'a aucune info depuis cette fenêtre (`gethtmlinfo`) sur ces positions, sur la taille en nombre entre start/pos.
Quelque part, l'info se retrouve si on reg...Ce matin, on se demandait comment était réparti les matchs dans le V ou le J. On n'a aucune info depuis cette fenêtre (`gethtmlinfo`) sur ces positions, sur la taille en nombre entre start/pos.
Quelque part, l'info se retrouve si on regarde dans le segmenteur, on peut avoir aisément une estimation rapide, mais pas la taille. Par exemple, pour savoir combien de bases du V sont disponibles dans le cadre des hypermutations en LLC.
Je ne pense pas que créer une nouvelle ligne soit pertinent pour cette donnée car au bout d'un moment cela deviendrait illisible (à moins d'avoir des presets par maladie par exemple).
Cette issue demande réflexion.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4812Pouvoir supprimer les amorces (avant envoi vers service tiers)2021-11-22T16:38:41+01:00Thonier FlorianPouvoir supprimer les amorces (avant envoi vers service tiers)Une utilisatrice me demande si on peut supprimer les séquences d'amorces avant envoie vers IMGT par exemple.
Avec le travail qui a été fait pour le genescan, on devrait pouvoir imaginer la détection automatique des amorces, puis leur s...Une utilisatrice me demande si on peut supprimer les séquences d'amorces avant envoie vers IMGT par exemple.
Avec le travail qui a été fait pour le genescan, on devrait pouvoir imaginer la détection automatique des amorces, puis leur soustraction au besoin. Cela devrait être testé, voir comment ça fonctionne par exemple avec les séquences consensus par exemple.
On peut déjà faire quelques tests avec même temps que #3152.
Il faudrait proposer ça comme une option ? Le faire de manière automatique ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4802Pouvoir affiché plus de clones pour les données de capture2021-05-27T18:07:20+02:00Thonier FlorianPouvoir affiché plus de clones pour les données de captureUn utilisateur avec des données de capture demande à afficher plus de clones. Cela lui est utile puisque dans son cas, il a 390 reads , mais avec 320 clones. On a donc beaucoup de clones avec 1 seul read qui sont cachés de manière semi-a...Un utilisateur avec des données de capture demande à afficher plus de clones. Cela lui est utile puisque dans son cas, il a 390 reads , mais avec 320 clones. On a donc beaucoup de clones avec 1 seul read qui sont cachés de manière semi-aléatoire (reproductible entre 2 lancement; ou entre 2 séquençages ? A priori oui puisque conservé de par la fenêtre).
Une possibilité que je vois est de modifier dans la configuration le top du fuse pour en afficher un seuil plus haut de clonotype. On pourrait utilisé un hack que j'ai déjà testé: on donne un top ex æquo, avec plusieurs occurrence pour un top donné. Ça fonctionne, mais ça n'empêchera pas que beaucoup de clones détériore quand même les performances. (mais moins que par exemple une analyse avec 30 samples).
L'autre point est la limite côté client. Est-il possible d'ajouter une variable dans le fichier vidjil pour repousser le limite de 100 clonotypes ?
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4792Qu'est-ce qu'un bon test fonctionnel browser/server ? Améliorer les tests uni...2021-10-08T11:41:39+02:00Mathieu GiraudQu'est-ce qu'un bon test fonctionnel browser/server ? Améliorer les tests unitaires ?Discuté avec @flothoni et @duez : que ce soit watir ou cypress, que doit être un bon test fonctionnel pour ne pas être juste du "clique-bouton" + "parse" ?
Marc: "les choses intelligentes devraient être surtout dans les tests unitaires,...Discuté avec @flothoni et @duez : que ce soit watir ou cypress, que doit être un bon test fonctionnel pour ne pas être juste du "clique-bouton" + "parse" ?
Marc: "les choses intelligentes devraient être surtout dans les tests unitaires, le test fonctionnel pourrait juste vérifier que les choses sont au bonne endroit. Vouloir avoir trop de scénarios complexe ne couvre pas de toute façon"
Mathieu: "Ok en général, mais par contre les scénarios type tutorial/doc sont intéressants à être testés"
Marc: "Oui, le scénarion utilisé 90% du temps doit être testé. Mais pas le scénario ultra-bizarre de composition de deux fonctionnalités, tester plutôt au plus près de la fonctionnalité en cause, et donc unitaire."
Florian: "Autre perspective: qu'a-t-on envie avoir comme test échoués ? Le but d'un test est qu'il échoue quand il le faut pour nous aider. Et dans le passé, a-t-on eu beaucoup de tests ainsi ?"
Marc: "On devrait faire plus de chose en tests unitaires (et pas de parse à faire). Typique fonction de reset, loading. Et d'ailleurs quand un test QUnit échoue, je sais que c'est problème majeur"
Florian: "Absolument !"
Discussion sur un cas particulier: bug sur clone de distribution #4789. Marc: "Un bon réflexe est de faire des tests... mais si on le fait fonctionnel, c'est trop loin, on s'intéresse à une interaction trop particulière sur des millions de combinaisons. Rajouter plutôt un test unitaire au bon endroit sur le comportement fautif." Point très intéressant à creuser.
Si vous voyez des liens/posts là-dessus, n'hésitez pas à les mettre.Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4766Évaluer Playwright2021-04-29T18:23:09+02:00Mathieu GiraudÉvaluer Playwright
À côté de Cypress #3655 (et de Puppeteer #3659), une étoile montante est https://playwright.dev/
Deux liens pro-Playright:
- https://medium.com/sparebank1-digital/playwright-vs-cypress-1e127d9157bd
- https://medium.com/uk-hydrographic-...
À côté de Cypress #3655 (et de Puppeteer #3659), une étoile montante est https://playwright.dev/
Deux liens pro-Playright:
- https://medium.com/sparebank1-digital/playwright-vs-cypress-1e127d9157bd
- https://medium.com/uk-hydrographic-office/why-we-chose-playwright-over-cypress-db4770cf5204
cc @flothoniTests-Dev-2021-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4754Pouvoir afficher de manière générique une feature de l'aligneur (ou un axe)2021-04-14T11:35:00+02:00Mathieu GiraudPouvoir afficher de manière générique une feature de l'aligneur (ou un axe)Depuis #4746 :
> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_499892 :
> `toFasta` existe toujours, tout comme `isDNA`, `isAA`, `isPos`, `findPotentialField`.
Discussion avec @mikael-s et @duez : à voir si on veut c...Depuis #4746 :
> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_499892 :
> `toFasta` existe toujours, tout comme `isDNA`, `isAA`, `isPos`, `findPotentialField`.
Discussion avec @mikael-s et @duez : à voir si on veut conserver ce mécanisme (et restaurer les tests sur `findPotentialField` et autres), à savoir pouvoir afficher des choses même si elles ne pas décrites dans
`aligner_layer.js`.
Même question pour les axes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4745Import/export du serveur : conserver les identifiants2021-04-14T17:19:47+02:00Mikaël SalsonImport/export du serveur : conserver les identifiantsOn a eu divers problème avec l'export et le réimport de données du serveur (#4717/#4718 mais aussi un souci où ce n'est pas le bon fuse qui était pris en compte).
Pourquoi ne pas conserver les identifiants tel quel ?
Et on placerait l'...On a eu divers problème avec l'export et le réimport de données du serveur (#4717/#4718 mais aussi un souci où ce n'est pas le bon fuse qui était pris en compte).
Pourquoi ne pas conserver les identifiants tel quel ?
Et on placerait l'autoincrement sur les tables de la bases bien au-delà du niveau actuel afin de ne pas poser de problème si on doit réimporter de nouvelles données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4739Templates .js2021-03-31T15:17:01+02:00Mathieu GiraudTemplates .jsThe following discussion from !836 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_477951):
> J'avais évoqué l'idée de stocker le template dans un .js plu...The following discussion from !836 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_477951):
> J'avais évoqué l'idée de stocker le template dans un .js plutôt que de devoir l'inclure dans chaque fichier HTML, ce qui est error-prone (mauvaise recopie, modification d'un fichier, oubli d'un fichier…).
>
> @duez a dit qu'il faudrait échapper tous les caractères problématiques si on le met dans une chaîne JS. Certes, mais ça ne me semble pas être un gros problème. On pourrait même ajouter une commande dans le Makefile qui prend le fichier HTML dans le répertoire template et qui en fait un JS qui va bien.
>
> Il y avait également le problème du chargement, qui doit se faire avant que l'aligneur se charge. C'est vrai mais on a déjà cette contrainte avec d'autres composants. Là non plus je n'ai pas l'impression que ce soit bloquant.
>
> Ça me semble quand même bien plus robuste d'avoir un Makefile qui produit le .js à partir du template HTML, .js qui est ensuite chargé par tous les fichiers nécessaires (index.html, segmenter_page.html, test_QUnit.html, d'autres ?).
@duez : "les templates, cela ne fonctionne pas en ce moment, pour avoir les choses en local"
Bref, revoir tout cela en avril après le freeze voir quelle direction on se donne pour la suite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4719Récupérer un clone ou quelques clones en .json2021-03-31T14:52:45+02:00Mathieu GiraudRécupérer un clone ou quelques clones en .jsonSuggestion de @flothoni
En filtrant le `save` (mais on n'a pas de `save` sur tout le .vidjil ?) ?Suggestion de @flothoni
En filtrant le `save` (mais on n'a pas de `save` sur tout le .vidjil ?) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4714Pouvoir lister voire supprimer les gros fichiers de séquences2024-03-22T16:19:42+01:00Mathieu GiraudPouvoir lister voire supprimer les gros fichiers de séquencesÉvoqué tout à l'heure. @duez : "même sur le serveur public, au rythme où l'on va, on ne doit pas s'embêter à toujours conserver tout". Nous disons effectivement depuis longtemps que nous ne garantissons pas la conservation des fichiers b...Évoqué tout à l'heure. @duez : "même sur le serveur public, au rythme où l'on va, on ne doit pas s'embêter à toujours conserver tout". Nous disons effectivement depuis longtemps que nous ne garantissons pas la conservation des fichiers bruts de séquence. Nous ne sommes pas un service de stockage.
Après, c'est tout de même bien pratique de pouvoir avoir les fichiers... mais la plupart du temps ce sont une minorité de petits fichiers qui saturent l'espace.
Une possibilité serait donc d'avoir, pour les admins, un moyen de lister voire supprimer les "gros" fichiers sur lesquels aucune analyse n'a été lancée depuis > 1 an (ou même... 2 ou 3 ans ?). Nous l'avons fait à la main récemment sur un serveur.
Voir aussi #2163 et... pour healthcare, #4601.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4704Documenter / cacher -c detect / windows / germline ?2021-02-17T14:39:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter / cacher -c detect / windows / germline ?Depuis [discussion dans !906](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/906#note_466377):
> Peut-être cacher ici `-c detect` ? D'ailleurs, cacher également `-c windows` (pas décrit dans la doc...) ? Voire `-c germlines` ?...Depuis [discussion dans !906](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/906#note_466377):
> Peut-être cacher ici `-c detect` ? D'ailleurs, cacher également `-c windows` (pas décrit dans la doc...) ? Voire `-c germlines` ?
Je penche pour cacher tout cela, ou au moins le mettre en "advanced options" (à voir comment, passer tout `-c` en advanced ? Et faire un preset pour `-c designations -2 -3` ?)
Ce n'est pas que du ~bikeshedding, c'est juste qu'une commande non documentée n'apporte pas de clarté. Dans tout vidjil-algo.md, il y a une seule occurrence de `-c designations`, et aucune des autres. Surtout que, selon la commande, plein d'autres options ne servent plus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4701Non-productif + warning quand le motif {WP}GxG n'est pas présent2021-04-14T17:49:49+02:00Mathieu GiraudNon-productif + warning quand le motif {WP}GxG n'est pas présentTrès lié à la discussion de #4006.
Warning qui aiderait à comprendre les différences d'évaluation #4651.Très lié à la discussion de #4006.
Warning qui aiderait à comprendre les différences d'évaluation #4651.Algo 2021.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4691--filter-reads : débrancher complètement la gestion des windows2021-03-18T14:23:30+01:00Mathieu Giraud--filter-reads : débrancher complètement la gestion des windowsThe following discussion from !906 should be addressed:
> D'ailleurs, en `--filter-reads`, on n'aurait pas besoin de stocker les windows... mais bon, on peut supposer que c'est négligeable (en temps, peut-être pas en mémoire).
Si on va...The following discussion from !906 should be addressed:
> D'ailleurs, en `--filter-reads`, on n'aurait pas besoin de stocker les windows... mais bon, on peut supposer que c'est négligeable (en temps, peut-être pas en mémoire).
Si on va par là, refactor nécessaire (ou bien nouvelle commande vraiment indépendante qui lance juste le KmerSegmenter).
Ping #1180.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4687SEG_METHOD_ONE_CENTERED, sans minimiseur2021-04-27T15:48:34+02:00Mathieu GiraudSEG_METHOD_ONE_CENTERED, sans minimiseur
Le minimiseur est en général indispensable pour avoir une fenêtre canonique à partir de reads couvrant de manière variable un gène #2643.
Cependant, dans certains cas où l'on recherche une séquence exacte (a priori strictement incluse ...
Le minimiseur est en général indispensable pour avoir une fenêtre canonique à partir de reads couvrant de manière variable un gène #2643.
Cependant, dans certains cas où l'on recherche une séquence exacte (a priori strictement incluse dans les reads d'intérêt) #4686, on peut souhaiter avoir une position centrale sur laquelle on peut s'appuyer.
Prendre dans ce cas la position centrale (coder un `affectanalyser.getCentralPosition()`), entre le premier le dernier k-mer ? (S'il y a tout de même quelques mutations, et bien... on gardera la même position centrale si ces mutations sont "au milieu", d'où asymétrie, mais ce ne serait pas l'utilisation visée)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4677Aligner : zoom horizontal ?2021-02-04T08:48:23+01:00Mathieu GiraudAligner : zoom horizontal ?Après !836
Est-ce que cela fait sens d'avoir un zoom horizontal, avec par exemple 3-4 niveaux différents ? Le zoom est présent sur tous les "genome browser", mais là notre zone est bien plus petite... cela dit, en particulier quand basc...Après !836
Est-ce que cela fait sens d'avoir un zoom horizontal, avec par exemple 3-4 niveaux différents ? Le zoom est présent sur tous les "genome browser", mais là notre zone est bien plus petite... cela dit, en particulier quand bascule en AA, on sent qu'on pourrait avoir une vue plus globale pour appréhender l'ensemble des CDR/FR... Cela pourrait aider aussi pour les "grandes délétions".
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4676vidjil-format.md : mieux tester / linter / verrouiller2021-02-03T19:43:49+01:00Mathieu Giraudvidjil-format.md : mieux tester / linter / verrouiller`vidjil-format.md` est déjà partiellement testé, via `org-babel-tangle`
Au passage, le format s'appelle `2016b`... mais qu'est-ce que cela signifie ? On a rajouté des champs au fur et à mesure, et je ne suis pas sûr qu'un truc de 2016 pa...`vidjil-format.md` est déjà partiellement testé, via `org-babel-tangle`
Au passage, le format s'appelle `2016b`... mais qu'est-ce que cela signifie ? On a rajouté des champs au fur et à mesure, et je ne suis pas sûr qu'un truc de 2016 passe encore.
Quelques réflexions en vrac:
- rajouter un tangle+test sur le gros bloc `clones` list
- faire un "linter" de fichier `.vidjil` ? Qui lève des warnings si un champ est inconnu ?
- quand cela est fait, ce sera plus simple de donner un nouveau "nom de format" ?
(voir aussi #4570)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4675Afficher les raisons de non-productivité dans le client2021-04-14T19:04:45+02:00Mathieu GiraudAfficher les raisons de non-productivité dans le clientSuite à #4599 et #4674.
Déjà ~"!-reflexion" : comment veut-on l'afficher ?
cc @flothoniSuite à #4599 et #4674.
Déjà ~"!-reflexion" : comment veut-on l'afficher ?
cc @flothoniWeb 2021.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4630C++20 ?2021-01-11T15:25:03+01:00Mathieu GiraudC++20 ?Il semblerait que C++20 a eu bien plus d'évolutions que ce qui était pour C++14 et C++17.
Voir https://github.com/AnthonyCalandra/modern-cpp-features
Est-ce que certaines fonctionnalités de ces 9 dernières années seraient utiles dans n...Il semblerait que C++20 a eu bien plus d'évolutions que ce qui était pour C++14 et C++17.
Voir https://github.com/AnthonyCalandra/modern-cpp-features
Est-ce que certaines fonctionnalités de ces 9 dernières années seraient utiles dans notre code ~cpp ? En particlier les concepts ? Des choses sur des lambda ? Et `popcount` est désormais dans `std` :)
Rien ne presse. Pour mémoire, nous avons basculé vers C++11 en... 2015, pour pouvoir utiliser `CLI11` #1344.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4621Productivité et codon start et autres éléments2021-01-05T10:53:05+01:00Mathieu GiraudProductivité et codon start et autres élémentsDepuis #3569, https://docs.airr-community.org/en/stable/datarep/rearrangements.html#productive :
> No defect in the start codon, splicing sites or regulatory elements.
Est-ce quelque chose que l'on pourrait regarder ? Une référence pr...Depuis #3569, https://docs.airr-community.org/en/stable/datarep/rearrangements.html#productive :
> No defect in the start codon, splicing sites or regulatory elements.
Est-ce quelque chose que l'on pourrait regarder ? Une référence précise chez ~"repseq-IMGT" ou ailleurs ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4620Sous-espèces et germlines (quasi-)dupliquées2021-04-08T16:09:54+02:00Mathieu GiraudSous-espèces et germlines (quasi-)dupliquéesVu à l'occasion de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910:
> @mikael-s
> > Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien des noms de gènes différents ? Autrement dit est-ce que, par exemple, on ne va ...Vu à l'occasion de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910:
> @mikael-s
> > Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien des noms de gènes différents ? Autrement dit est-ce que, par exemple, on ne va pas se retrouver avec deux IGHV1\*01 chez *Sus scrofa* ?
> @flothoni
> > On a pire que ça: on a plusieurs fois les mêmes entrées pour un même combo segment/allèle/sous-espèce.
> (...)
mais au final
> > On voit que le problème ne concerne donc que les fichiers des classes et pas les germlines directement. Cependant, les séquences ne sont pas les mêmes lorsqu'il y a des duplications...
Qu'en est-il pour Mus Musculus et les autres déjà présentes ?
Que faire s'il y a vraiment une ambiguïté ?