vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-01-15T15:18:15+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3679test-browser-unit ne passe pas sur dev2019-01-15T15:18:15+01:00Mathieu Giraudtest-browser-unit ne passe pas sur devhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/240701
Passé il y a trois jours, mais j'ai eu aussi la semaine dernière un soucis temporaire. Un slave qui n'a pas tout de bien configuré ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/240701
Passé il y a trois jours, mais j'ai eu aussi la semaine dernière un soucis temporaire. Un slave qui n'a pas tout de bien configuré ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3678axes: pouvoir afficher n'importe quel NumericAxis comme couleur2021-09-15T19:18:32+02:00Mathieu Giraudaxes: pouvoir afficher n'importe quel NumericAxis comme couleurSpécialisé depuis #2370.
Voir déjà ce qui a été fait pour "N", et le généraliser ?
cc @flothoniSpécialisé depuis #2370.
Voir déjà ce qui a été fait pour "N", et le généraliser ?
cc @flothonimarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3677Axe "qualité moyenne"2019-01-15T12:26:39+01:00Mathieu GiraudAxe "qualité moyenne"Indépendamment de #2313, on pourrait avoir dès maintenant un axe "average quality over id window" (très vidjil-algo + config par défaut dépendant). Relativement facile... mais ne serait-ce pas piégeux ?
Après #1148, on pourrait avoir un...Indépendamment de #2313, on pourrait avoir dès maintenant un axe "average quality over id window" (très vidjil-algo + config par défaut dépendant). Relativement facile... mais ne serait-ce pas piégeux ?
Après #1148, on pourrait avoir un autre axe.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3676tools/defs.py : ne plus le versionner (et .sample, docker)2021-02-09T17:31:44+01:00Mikaël Salsontools/defs.py : ne plus le versionner (et .sample, docker)tools/defs.py est pour l'instant versionné ce qui n'est pas vraiment souhaitable. On devrait avoir un système similaire à ce qu'on a pour le serveur.
Il faudrait donc :
* [ ] faire un fichier defs.py.sample
* [ ] intégrer un fichier de...tools/defs.py est pour l'instant versionné ce qui n'est pas vraiment souhaitable. On devrait avoir un système similaire à ce qu'on a pour le serveur.
Il faudrait donc :
* [ ] faire un fichier defs.py.sample
* [ ] intégrer un fichier defs.py externe dans le conteneur dockerhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3674Avoir un color by par la evalue2021-09-15T19:18:32+02:00Thonier FlorianAvoir un color by par la evalueJe pense qu'il est possible d'avoir un `color by` relatif à la evalue.
Cependant, il faut réfléchir à l'échelle qui ne sera pas forcement fixe.
@magiraud et @mikael\-sJe pense qu'il est possible d'avoir un `color by` relatif à la evalue.
Cependant, il faut réfléchir à l'échelle qui ne sera pas forcement fixe.
@magiraud et @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3672Documenter dans js/lib/info.txt les librairies manquantes2021-08-16T08:49:50+02:00Mathieu GiraudDocumenter dans js/lib/info.txt les librairies manquantes- jquery.atwho.js et jquery.caret.js (8e49b7db, 2017)
- jquery.form.js et jquery.zclip.js (2014 !)
Voir #1171- jquery.atwho.js et jquery.caret.js (8e49b7db, 2017)
- jquery.form.js et jquery.zclip.js (2014 !)
Voir #1171https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3671QUnit: assert.pushResult2019-01-10T10:16:36+01:00Mathieu GiraudQUnit: assert.pushResulthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/237690 (#1171) :
`assert.push is deprecated and will be removed in QUnit 3.0. Please use assert.pushResult instead`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/237690 (#1171) :
`assert.push is deprecated and will be removed in QUnit 3.0. Please use assert.pushResult instead`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3670Mettre à jour d3.js2020-01-29T15:18:18+01:00Mathieu GiraudMettre à jour d3.jsCas particulier de #1171.
Serait à tenter pour alimenter #3437.
Pas encore eu le courage d'essayer... je ne sais pas si c'est ~"!\-hard" ou pas !
Ce qu'on a date de plus de 4 ans.Cas particulier de #1171.
Serait à tenter pour alimenter #3437.
Pas encore eu le courage d'essayer... je ne sais pas si c'est ~"!\-hard" ou pas !
Ce qu'on a date de plus de 4 ans.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3669Impossible de modifier les permissions d'un groupe2020-02-11T18:19:59+01:00Mikaël SalsonImpossible de modifier les permissions d'un groupeDans la page des groupes, lorsque je clique sur une icône des permissions (la clé), une requête est envoyée au contrôleur `group/permissions` qui produit une erreur 404. Le contrôleur existe bien, en revanche il n'y a pas de vue `views/g...Dans la page des groupes, lorsque je clique sur une icône des permissions (la clé), une requête est envoyée au contrôleur `group/permissions` qui produit une erreur 404. Le contrôleur existe bien, en revanche il n'y a pas de vue `views/groups/permissions.html`. J'ignore si c'est cela qui produit l'erreur 404, mais il ne semble pas y avoir eu de modifications récentes dans `views/`.
@flothoni je vois que tu as attribué des permissions début décembre, est-ce que cela fonctionnait correctement ? Comment as-tu fait ? Est-ce que cela fonctionne toujours pour toi ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3668Déployer prod-client sur app par gitlab2019-01-04T10:29:43+01:00Mathieu GiraudDéployer prod-client sur app par gitlabProbablement un doublon, mais je n'ai pas retrouvé l'issue.
`deploy_prod` fait une copie sur `bbi`... mais le répertoire pointé n'est probablement pas le bon.Probablement un doublon, mais je n'ai pas retrouvé l'issue.
`deploy_prod` fait une copie sur `bbi`... mais le répertoire pointé n'est probablement pas le bon.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3667clone.getSize2() et normalisation, possible doublon2019-01-16T12:30:27+01:00Mathieu Giraudclone.getSize2() et normalisation, possible doublonLe commentaire indique `special getSize for scatterplot (ignore constant normalization)`... mais j'ai bien l'impression que le code fait la même chose que `.getSize()`. Est-ce le cas depuis longtemps ? Est-ce ~"dev\-dead\-code" ou util...Le commentaire indique `special getSize for scatterplot (ignore constant normalization)`... mais j'ai bien l'impression que le code fait la même chose que `.getSize()`. Est-ce le cas depuis longtemps ? Est-ce ~"dev\-dead\-code" ou utilisé ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3666Réparer une normalization_list affichant la liste des derniers clones normali...2019-01-16T12:33:03+01:00Mathieu GiraudRéparer une normalization_list affichant la liste des derniers clones normalisés en NORM_EXPECTEDSuite à !379, la liste de clones normalisés en `NORM_EXPECTED` a disparu.
cc @flothoni
Je pensais que cela ne fonctionnait plus depuis longtemps... mais si, cela fonctionne sur app.
![norm](/uploads/29b597fc089d9776876bb7fc73983766/no...Suite à !379, la liste de clones normalisés en `NORM_EXPECTED` a disparu.
cc @flothoni
Je pensais que cela ne fonctionnait plus depuis longtemps... mais si, cela fonctionne sur app.
![norm](/uploads/29b597fc089d9776876bb7fc73983766/norm.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3665Mauvaise position des clones dans le rapport exporté2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudMauvaise position des clones dans le rapport exportéhttp://app.vidjil.org/index.html?set=25736&config=25&plot=v,j,plot
"Export sample"
Dans le rapport exporté, les clones sur la ~"client\-grid" IGH tout à droite (IGHV7-4-1) sont mal positionnés : on dirait qu'ils sont sur IGHV5-51.
Vu ...http://app.vidjil.org/index.html?set=25736&config=25&plot=v,j,plot
"Export sample"
Dans le rapport exporté, les clones sur la ~"client\-grid" IGH tout à droite (IGHV7-4-1) sont mal positionnés : on dirait qu'ils sont sur IGHV5-51.
Vu sous FF comme sous Chromium.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3664Deux réglages distincts de normalisation2019-01-08T13:29:48+01:00Mathieu GiraudDeux réglages distincts de normalisationEn poussant https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3645#note_141056, on pourrait avoir deux réglages distincts : l'un qui active ou non `normalized_reads` (un préprocess externe a normalisé certaines familles), l'autre qui permet d...En poussant https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3645#note_141056, on pourrait avoir deux réglages distincts : l'un qui active ou non `normalized_reads` (un préprocess externe a normalisé certaines familles), l'autre qui permet de fixer un "expected".
Cela pourrait être en particulier utile si le préprocess n'a touché qu'à certains clones et qu'on souhaite re-normaliser derrière.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3663Bikeshedding normalisation2022-04-25T16:58:09+02:00Mathieu GiraudBikeshedding normalisationAprès !378 :
- libellé exact des menus
- icône
Je m'en occuperai la semaine prochaineAprès !378 :
- libellé exact des menus
- icône
Je m'en occuperai la semaine prochainehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3662Afficher dans getHtmlInfo les valeurs normalized_reads2018-12-28T11:39:43+01:00Mathieu GiraudAfficher dans getHtmlInfo les valeurs normalized_readscc @flothonicc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3661Enlever les choix "External" et "Expected" s'il ne sont pas pertinents2018-12-31T09:15:06+01:00Mathieu GiraudEnlever les choix "External" et "Expected" s'il ne sont pas pertinentscc @flothonicc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3659Utilisation d'un web-recorder: puppeteer-recorder2021-04-29T18:23:28+02:00Thonier FlorianUtilisation d'un web-recorder: puppeteer-recorderEn cherchant une solution pour automatiser les tests cypress (#3655) et les construire rapidement, j'ai trouvé une solution permettant d'enregistrer les actions faites par un utilisateur pour les rejouer ensuite.
Cela passe par [puppete...En cherchant une solution pour automatiser les tests cypress (#3655) et les construire rapidement, j'ai trouvé une solution permettant d'enregistrer les actions faites par un utilisateur pour les rejouer ensuite.
Cela passe par [puppeteer-recorder](https://github.com/checkly/puppeteer-recorder). On lance l'enregistrement, et il génère à la fin une somme d'actions dans un fichier `puppeteer`. C'est-à-dire qu'il affiche les id sélectionnés, les clics fait, les informations rentrées par le clavier.
Le format n'est pas directement compatible cypress, mais je pense qu'il est possible d'avoir un convertisseur rapide, et au moins on a d'un seul coup d'oeil toutes les actions faites.
PS: je pense que la logique peut être la même quel que soit le pipeline de test (nightmare, ...).
@magiraud @mikael\-s @RyanHerbTests-Dev-2021-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3658Interdire les \n dans les configs2018-12-12T13:54:52+01:00Mathieu GiraudInterdire les \n dans les configsEn créant une nouvelle config, j'ai rentré par erreur `-t 100\n` comme fuse_command, sans m'en rendre compte. Cela fait des erreurs plus tard.En créant une nouvelle config, j'ai rentré par erreur `-t 100\n` comme fuse_command, sans m'en rendre compte. Cela fait des erreurs plus tard.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3657Pouvoir selectionner le clone support consensus lors d'un merge2018-12-12T11:45:40+01:00Thonier FlorianPouvoir selectionner le clone support consensus lors d'un merge~lille me fait part d'un problème lors d'un merge de multiples séquences.
source : https://serveur-vidjil.chrul.net/browser/?set=33007&config=35
Ils ont 10 clones qui sont identiques à part des G dans des stretchs d'homopolymères.
Le s...~lille me fait part d'un problème lors d'un merge de multiples séquences.
source : https://serveur-vidjil.chrul.net/browser/?set=33007&config=35
Ils ont 10 clones qui sont identiques à part des G dans des stretchs d'homopolymères.
Le souci est qu'ils n'arrivent pas à voir leur clones mergés comme productifs. Pourtant, si on fait le `color-by productif`, nous avons 4 clones productifs qui représentent 51.4% des reads du clone mergé. Mais malheureusement, nous avons un clone majoritaire à 31%, non productif, qui sert de support à la séquence/clone consensus.
Afin d'y remédier, nous pourrions proposer de choisir le clone qui servira de support consensus.
Je ne sais pas si c'est faisable/souhaitable.
ping @magiraud @mikael\-s @Aurelie