vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-01-04T10:29:43+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3668Déployer prod-client sur app par gitlab2019-01-04T10:29:43+01:00Mathieu GiraudDéployer prod-client sur app par gitlabProbablement un doublon, mais je n'ai pas retrouvé l'issue.
`deploy_prod` fait une copie sur `bbi`... mais le répertoire pointé n'est probablement pas le bon.Probablement un doublon, mais je n'ai pas retrouvé l'issue.
`deploy_prod` fait une copie sur `bbi`... mais le répertoire pointé n'est probablement pas le bon.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3667clone.getSize2() et normalisation, possible doublon2019-01-16T12:30:27+01:00Mathieu Giraudclone.getSize2() et normalisation, possible doublonLe commentaire indique `special getSize for scatterplot (ignore constant normalization)`... mais j'ai bien l'impression que le code fait la même chose que `.getSize()`. Est-ce le cas depuis longtemps ? Est-ce ~"dev\-dead\-code" ou util...Le commentaire indique `special getSize for scatterplot (ignore constant normalization)`... mais j'ai bien l'impression que le code fait la même chose que `.getSize()`. Est-ce le cas depuis longtemps ? Est-ce ~"dev\-dead\-code" ou utilisé ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3666Réparer une normalization_list affichant la liste des derniers clones normali...2019-01-16T12:33:03+01:00Mathieu GiraudRéparer une normalization_list affichant la liste des derniers clones normalisés en NORM_EXPECTEDSuite à !379, la liste de clones normalisés en `NORM_EXPECTED` a disparu.
cc @flothoni
Je pensais que cela ne fonctionnait plus depuis longtemps... mais si, cela fonctionne sur app.
![norm](/uploads/29b597fc089d9776876bb7fc73983766/no...Suite à !379, la liste de clones normalisés en `NORM_EXPECTED` a disparu.
cc @flothoni
Je pensais que cela ne fonctionnait plus depuis longtemps... mais si, cela fonctionne sur app.
![norm](/uploads/29b597fc089d9776876bb7fc73983766/norm.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3665Mauvaise position des clones dans le rapport exporté2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudMauvaise position des clones dans le rapport exportéhttp://app.vidjil.org/index.html?set=25736&config=25&plot=v,j,plot
"Export sample"
Dans le rapport exporté, les clones sur la ~"client\-grid" IGH tout à droite (IGHV7-4-1) sont mal positionnés : on dirait qu'ils sont sur IGHV5-51.
Vu ...http://app.vidjil.org/index.html?set=25736&config=25&plot=v,j,plot
"Export sample"
Dans le rapport exporté, les clones sur la ~"client\-grid" IGH tout à droite (IGHV7-4-1) sont mal positionnés : on dirait qu'ils sont sur IGHV5-51.
Vu sous FF comme sous Chromium.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3664Deux réglages distincts de normalisation2019-01-08T13:29:48+01:00Mathieu GiraudDeux réglages distincts de normalisationEn poussant https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3645#note_141056, on pourrait avoir deux réglages distincts : l'un qui active ou non `normalized_reads` (un préprocess externe a normalisé certaines familles), l'autre qui permet d...En poussant https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3645#note_141056, on pourrait avoir deux réglages distincts : l'un qui active ou non `normalized_reads` (un préprocess externe a normalisé certaines familles), l'autre qui permet de fixer un "expected".
Cela pourrait être en particulier utile si le préprocess n'a touché qu'à certains clones et qu'on souhaite re-normaliser derrière.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3663Bikeshedding normalisation2022-04-25T16:58:09+02:00Mathieu GiraudBikeshedding normalisationAprès !378 :
- libellé exact des menus
- icône
Je m'en occuperai la semaine prochaineAprès !378 :
- libellé exact des menus
- icône
Je m'en occuperai la semaine prochainehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3662Afficher dans getHtmlInfo les valeurs normalized_reads2018-12-28T11:39:43+01:00Mathieu GiraudAfficher dans getHtmlInfo les valeurs normalized_readscc @flothonicc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3661Enlever les choix "External" et "Expected" s'il ne sont pas pertinents2018-12-31T09:15:06+01:00Mathieu GiraudEnlever les choix "External" et "Expected" s'il ne sont pas pertinentscc @flothonicc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3659Utilisation d'un web-recorder: puppeteer-recorder2021-04-29T18:23:28+02:00Thonier FlorianUtilisation d'un web-recorder: puppeteer-recorderEn cherchant une solution pour automatiser les tests cypress (#3655) et les construire rapidement, j'ai trouvé une solution permettant d'enregistrer les actions faites par un utilisateur pour les rejouer ensuite.
Cela passe par [puppete...En cherchant une solution pour automatiser les tests cypress (#3655) et les construire rapidement, j'ai trouvé une solution permettant d'enregistrer les actions faites par un utilisateur pour les rejouer ensuite.
Cela passe par [puppeteer-recorder](https://github.com/checkly/puppeteer-recorder). On lance l'enregistrement, et il génère à la fin une somme d'actions dans un fichier `puppeteer`. C'est-à-dire qu'il affiche les id sélectionnés, les clics fait, les informations rentrées par le clavier.
Le format n'est pas directement compatible cypress, mais je pense qu'il est possible d'avoir un convertisseur rapide, et au moins on a d'un seul coup d'oeil toutes les actions faites.
PS: je pense que la logique peut être la même quel que soit le pipeline de test (nightmare, ...).
@magiraud @mikael\-s @RyanHerbTests-Dev-2021-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3658Interdire les \n dans les configs2018-12-12T13:54:52+01:00Mathieu GiraudInterdire les \n dans les configsEn créant une nouvelle config, j'ai rentré par erreur `-t 100\n` comme fuse_command, sans m'en rendre compte. Cela fait des erreurs plus tard.En créant une nouvelle config, j'ai rentré par erreur `-t 100\n` comme fuse_command, sans m'en rendre compte. Cela fait des erreurs plus tard.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3657Pouvoir selectionner le clone support consensus lors d'un merge2018-12-12T11:45:40+01:00Thonier FlorianPouvoir selectionner le clone support consensus lors d'un merge~lille me fait part d'un problème lors d'un merge de multiples séquences.
source : https://serveur-vidjil.chrul.net/browser/?set=33007&config=35
Ils ont 10 clones qui sont identiques à part des G dans des stretchs d'homopolymères.
Le s...~lille me fait part d'un problème lors d'un merge de multiples séquences.
source : https://serveur-vidjil.chrul.net/browser/?set=33007&config=35
Ils ont 10 clones qui sont identiques à part des G dans des stretchs d'homopolymères.
Le souci est qu'ils n'arrivent pas à voir leur clones mergés comme productifs. Pourtant, si on fait le `color-by productif`, nous avons 4 clones productifs qui représentent 51.4% des reads du clone mergé. Mais malheureusement, nous avons un clone majoritaire à 31%, non productif, qui sert de support à la séquence/clone consensus.
Afin d'y remédier, nous pourrions proposer de choisir le clone qui servira de support consensus.
Je ne sais pas si c'est faisable/souhaitable.
ping @magiraud @mikael\-s @Aureliehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3656.gitlab-ci.yml: releaser les germlines par un job manual depuis gitlab2020-10-20T18:21:34+02:00Mathieu Giraud.gitlab-ci.yml: releaser les germlines par un job manual depuis gitlabhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3655Évaluer Cypress2021-04-29T18:23:17+02:00Mathieu GiraudÉvaluer CypressMentionné par @flothoni vdj#769
https://www.cypress.io
La vidéo est impressionnante.
- Est-ce que la partie open-source est suffisament développée ?
- Est-ce que cela s'installe facilement ?
- Quelle intégration avec ~"dev\-ci" ~"d...Mentionné par @flothoni vdj#769
https://www.cypress.io
La vidéo est impressionnante.
- Est-ce que la partie open-source est suffisament développée ?
- Est-ce que cela s'installe facilement ?
- Quelle intégration avec ~"dev\-ci" ~"dev\-gitlab" ?
En a-t-on besoin ? Est-ce que cela permettrait d'écrire plus simplement les tests, et donc d'en avoir plus ?
Voir aussi
- https://automationrhapsody.com/cypress-vs-selenium-end-era/
- https://crossbrowsertesting.com/blog/test-automation/selenium-vs-cypress/Tests-Dev-2021-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3654Pseudo-gènes non in-frame et tests algos2021-02-17T07:59:02+01:00Mathieu GiraudPseudo-gènes non in-frame et tests algosAprès !372, mettre à jour les tests algos.
Il y a significativement plus de germlines (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3515#note_138454), d'où pas mal de petits tests à changer (une dizaine de should-get). À voir si cela ne...Après !372, mettre à jour les tests algos.
Il y a significativement plus de germlines (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3515#note_138454), d'où pas mal de petits tests à changer (une dizaine de should-get). À voir si cela ne perturbe pas l'ensemble. A priori 8 should-vdj changent, c'est surtout là-dessus qu'on verra si c'est acceptable.
Une alternative serait de faire #3515 en créant `IGHV.fa` et `IGHV-outframe.fa`, et de ne faire les tests que sur `IGHV.fa`. Mais ce ne serait pas élégant, et si les outframe ne sont pas beaucoup testés, ils ne seront pas beaucoup maintenus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3652Vidjil-algo : des tests échouent sur plusieurs slaves2019-03-05T13:53:30+01:00Mikaël SalsonVidjil-algo : des tests échouent sur plusieurs slavesSur Fedora25 :
```
should-get-tests/stanford-k14.should-get
08:35:12 ! Unknown directive: !LOG: stanford-k14.log
08:35:12 �[1m�[31mfailed�[0m (0/1) - Find the good number of windows in Stanford S22 (contiguous seed 14)
08:35:12 �[1m�[...Sur Fedora25 :
```
should-get-tests/stanford-k14.should-get
08:35:12 ! Unknown directive: !LOG: stanford-k14.log
08:35:12 �[1m�[31mfailed�[0m (0/1) - Find the good number of windows in Stanford S22 (contiguous seed 14)
08:35:12 �[1m�[31mfailed�[0m (0/1) - Do not segment any read with SEG_METHOD_ONE on homo-sapiens-cd.g
```
Sur bonsai-centos-63-amd64 :
```
19:17:47 should-get-tests/vidjil-h-examples.should-get
19:17:47 �[1m�[31mfailed�[0m (4/6)
19:17:47 �[1m�[31mfailed�[0m (0/1)
19:17:47 �[1m�[31mfailed�[0m (0/1)
19:17:47 �[1m�[31mfailed�[0m (0/1)
```
Le build sur bonsai-freebsd est rouge mais c'est un problème sur le slave (et donc les tests ne sont pas lancés).Algo 2018.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3650How does the user see the normalized_reads field?2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudHow does the user see the normalized_reads field?Raised by @meidanis on #3645.
(We do not directly display `normalized_reads`, but ratios computed with this number, and depending on what is selected)
We could have something like `(17 reads (0.19%), 18.5 normalized (0.23%))` that coul...Raised by @meidanis on #3645.
(We do not directly display `normalized_reads`, but ratios computed with this number, and depending on what is selected)
We could have something like `(17 reads (0.19%), 18.5 normalized (0.23%))` that could be shown on the detailed information window, but we definitely need a short version.
It could be (17 reads is the actual number of reads, 0.23% is the ratio computed with `normalized_reads`):
- `17 reads (0.23%)`
- `17 reads (0.23%N)`
- `17 reads (0.23)`
Note that most of the people that will use this feature will probabibly always have normalized reads (even with #3648). It's probably better not to disturb them with too many information and to show them something simple.
cc @mikael\-s @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3649Docker : ne pas les lancer avec l'utilisateur root2018-11-30T18:32:51+01:00Mikaël SalsonDocker : ne pas les lancer avec l'utilisateur rootCela éviterait des soucis comme #3638 (et probablement d'autres).Cela éviterait des soucis comme #3638 (et probablement d'autres).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3648Enable to switch between normalized_reads and other modes of normalization (i...2019-03-22T14:52:17+01:00Mathieu GiraudEnable to switch between normalized_reads and other modes of normalization (including no normalization)See #3645.See #3645.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3647Pre-/post- options in fuse to implement a post-process2020-12-11T12:32:00+01:00Mathieu GiraudPre-/post- options in fuse to implement a post-processInstead of resolving #3538 (that is ~"!\-hard"), @flothoni proposed a solution with ~"server\-fuse" to implement a post-process and still to be admin-configurable by configs.
A post-process programm is something that takes a `.vidjil` f...Instead of resolving #3538 (that is ~"!\-hard"), @flothoni proposed a solution with ~"server\-fuse" to implement a post-process and still to be admin-configurable by configs.
A post-process programm is something that takes a `.vidjil` file and give back another `.vidjil` file.
We implement two `--pre` and `--post` options to ~"server\-fuse"
- `--pre progname` will lauch `progname in.vidjil in2.vidjil` on each `in.vidjil` input file.
- `--post progname` will lauch `progname out.vidjil out2.vidjil` on the collated `out.vidjil` filehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3646Document normalize_reads in doc/vidjil-format.md2023-03-28T16:34:30+02:00Mathieu GiraudDocument normalize_reads in doc/vidjil-format.md#3645#3645Web 2021.05