vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-07-26T13:58:33+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2929Avoir l'abondance des clones dans les résultats de la CloneDB2018-07-26T13:58:33+02:00Mikaël SalsonAvoir l'abondance des clones dans les résultats de la CloneDBC'est @magiraud qui avait dit cela (de mémoire cela venait de Lille). Ce serait effectivement pertinent de savoir à quelle concentration était le clone vu dans un autre échantillon.C'est @magiraud qui avait dit cela (de mémoire cela venait de Lille). Ce serait effectivement pertinent de savoir à quelle concentration était le clone vu dans un autre échantillon.Alexia OmietanskiAlexia Omietanskihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2930Les presets doivent-ils fixer "color by" ?2021-08-27T11:38:21+02:00Mathieu GiraudLes presets doivent-ils fixer "color by" ?Surtout lorsqu'on aura #2370 / !996, est-ce que les presets (ou certains presets) devraient fixer "color by" ?
Ou est-ce trop dérangeant par rapport au focus des usagers (ils regardent leurs clones, changer un preset fait déjà bouger le...Surtout lorsqu'on aura #2370 / !996, est-ce que les presets (ou certains presets) devraient fixer "color by" ?
Ou est-ce trop dérangeant par rapport au focus des usagers (ils regardent leurs clones, changer un preset fait déjà bouger les clones, la conservation de la couleur aide à les suivre) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2933Voir les tags des sets résultats de CloneDB2018-09-26T16:51:34+02:00Mathieu GiraudVoir les tags des sets résultats de CloneDBSans répondre complètement à #2334 @flothoni, ce serait intéressant d'avoir les tags à côté des noms des patients / sets retournés par CloneDB.
On fait confiance à chaque labo pour utiliser ou définir les tags qui lui semblent pertinent...Sans répondre complètement à #2334 @flothoni, ce serait intéressant d'avoir les tags à côté des noms des patients / sets retournés par CloneDB.
On fait confiance à chaque labo pour utiliser ou définir les tags qui lui semblent pertinent, bref cela peut être la bonne info à montrer quand on parle d'un set dans un autre contexte.Alexia OmietanskiAlexia Omietanskihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2939Savoir sur quel sha1 ont été construits les paquets Debian et le dock2019-11-26T12:17:20+01:00Mathieu GiraudSavoir sur quel sha1 ont été construits les paquets Debian et le dockDiscuté avec @RyanHerb.
On pourrait, en particulier avec #2924 :
- inclure le sha1 dans les numéros de version / tags Debian commme Docker, type `1.3.0_a14c4aa`
- éventuellement faire un `tag` git à la construction / upload de ces paq...Discuté avec @RyanHerb.
On pourrait, en particulier avec #2924 :
- inclure le sha1 dans les numéros de version / tags Debian commme Docker, type `1.3.0_a14c4aa`
- éventuellement faire un `tag` git à la construction / upload de ces paquetshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2940Construire un paquet Docker sur une feature-.*s.*2018-11-20T12:08:43+01:00Mathieu GiraudConstruire un paquet Docker sur une feature-.*s.*https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2942Bug lors de la génération de rapport2018-03-05T17:16:25+01:00Mikaël SalsonBug lors de la génération de rapport~"Paris - St Louis"
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je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences ...~"Paris - St Louis"
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je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences sélectionnée-s (Cf pièces-jointes). Ensuite le logiciel reste figé avec le message "generating report".
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Je dois alors me déconnecter pour revenir à la liste des patients. J'ai tout de même réussi à réaliser quelques report sans problème, mais cette anomalie revient souvent.
Problèmes remontés par ~"LIL-Lille" aussi.
La génération des rapports est normalement testée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2948Conserver le chemin précédent lors du chargement d'un fichier 'network'2018-03-21T11:44:38+01:00Ryan HerbertConserver le chemin précédent lors du chargement d'un fichier 'network'Repartir de la racine du stockage peut impliquer beaucoup de clics peut être fastidieux, ce serait bien de se souvenir du dernier chemin emprunté.
Demande de @AurelieRepartir de la racine du stockage peut impliquer beaucoup de clics peut être fastidieux, ce serait bien de se souvenir du dernier chemin emprunté.
Demande de @AurelieRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2949Rewrite nginx pour les URL débrayable2020-12-02T20:07:38+01:00Mathieu GiraudRewrite nginx pour les URL débrayableRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2950Tester l'installation via Docker sur une machine personnelle2018-10-16T10:59:45+02:00Mathieu GiraudTester l'installation via Docker sur une machine personnelleCe serait bien que quelqu'un qui ne soit pas @RyanHerb suive ce qui est dans est `doc/server.org` #2755 pour arriver à une installation complète sur sa machine.
Ce serait bien que quelqu'un qui ne soit pas @RyanHerb suive ce qui est dans est `doc/server.org` #2755 pour arriver à une installation complète sur sa machine.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2951Admin / My Account : controleur et vue pour connaître son nombre d'échantillo...2020-11-18T16:50:46+01:00Mathieu GiraudAdmin / My Account : controleur et vue pour connaître son nombre d'échantillons/patients/runs/setsExtrait de #1682.
> On pourrait aussi avoir des infos sur le nombre de sample sets / patients / runs / samples créés, leur place...
Ce serait l'occasion de faire un controleur simple qui donne ces infos pour un utilisateur (voire un g...Extrait de #1682.
> On pourrait aussi avoir des infos sur le nombre de sample sets / patients / runs / samples créés, leur place...
Ce serait l'occasion de faire un controleur simple qui donne ces infos pour un utilisateur (voire un groupe).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2952My Account: informations sur les groupes2020-11-18T16:50:43+01:00Mathieu GiraudMy Account: informations sur les groupesExtrait de #1682.
Après #2951 :
@RyanHerb : Je pensais effectivement plus à une page fournie par un contrôleur du type "My Account", et l'idée d'afficher les permissions et donc aussi les appartenances aux groupes pourrait être une bon...Extrait de #1682.
Après #2951 :
@RyanHerb : Je pensais effectivement plus à une page fournie par un contrôleur du type "My Account", et l'idée d'afficher les permissions et donc aussi les appartenances aux groupes pourrait être une bonne idée, surtout avec les labos qui commencent à nous demander des groupes pour partager les données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2954Mettre à jour la documentation Docker2018-10-16T11:11:38+02:00Mathieu GiraudMettre à jour la documentation DockerSuite à #2755, dans `doc/server.org`
- mentionner Docker Hub (y a-t-il d'ailleurs un endroit standard où on documente des Docks ?)
- vu tout ce qui a été fait pour %"prod-server-lil", mettre à jour s'il y a eu des changements
Tout sera...Suite à #2755, dans `doc/server.org`
- mentionner Docker Hub (y a-t-il d'ailleurs un endroit standard où on documente des Docks ?)
- vu tout ce qui a été fait pour %"prod-server-lil", mettre à jour s'il y a eu des changements
Tout sera alors prêt pour #2950 :-)Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2960Mettre dans le mail "request analysis" quelque chose pour qu'on retrouve de q...2018-02-16T13:02:46+01:00Mathieu GiraudMettre dans le mail "request analysis" quelque chose pour qu'on retrouve de qui il s'agitCela m'est arrivé au moins avec deux utilisateurs différents de prendre plusieurs minutes à retrouver de qui il s'agit (pas le même compte...)Cela m'est arrivé au moins avec deux utilisateurs différents de prendre plusieurs minutes à retrouver de qui il s'agit (pas le même compte...)Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2961Choix du dernier set/run lors de l'import d'un nouvel échantillon2017-12-20T11:52:01+01:00Anne de SeptenvilleChoix du dernier set/run lors de l'import d'un nouvel échantillonJe ne sais pas si c'est voulu, mais lors de l'import d'un nouvel échantillon, l'affichage des derniers sets/runs utilisés sur simple clic dans la case a disparu.
Ce qui oblige à taper du texte et ajoute donc une étape à chaque nouvel éch...Je ne sais pas si c'est voulu, mais lors de l'import d'un nouvel échantillon, l'affichage des derniers sets/runs utilisés sur simple clic dans la case a disparu.
Ce qui oblige à taper du texte et ajoute donc une étape à chaque nouvel échantillon d'un même set/run.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2963Auto-complétion au clic avec les derniers set modifiés2018-03-21T19:04:38+01:00Mikaël SalsonAuto-complétion au clic avec les derniers set modifiésUne suggestion faite dans #2961 : lors de l'ajout d'un sample, on pourrait fournir des suggestions dès qu'on clique (ou focus) sur le champ avec les derniers sets ajoutés/modifiés.Une suggestion faite dans #2961 : lors de l'ajout d'un sample, on pourrait fournir des suggestions dès qu'on clique (ou focus) sur le champ avec les derniers sets ajoutés/modifiés.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2964Séquence non analysée avec la présence du gène constant2020-02-13T16:42:59+01:00Anne de SeptenvilleSéquence non analysée avec la présence du gène constantJ'ai passé dans mon dernier run, 4 patients dont le clontype a été amplifié sur cDNA (et non ADN),
Notamment celui ci, dont le clonotype n'est pas du tout reconnu par Vidjil :
https://app.vidjil.org/index.html?set=26028&config=2
La re...J'ai passé dans mon dernier run, 4 patients dont le clontype a été amplifié sur cDNA (et non ADN),
Notamment celui ci, dont le clonotype n'est pas du tout reconnu par Vidjil :
https://app.vidjil.org/index.html?set=26028&config=2
La reconnaissance du J est peut-être gênée par les mutations ?
Séquence attendue (obtenue en Sanger, et visible sans problème sur Arrest)
```
>CHA
caggtcaccttgaaggagtctggtcctgtactggttaaacccacagagaccctcacgctgacgtgcaccgtctctgggttctcactcaacagtgctagaatgggtgtgacctggatccgtcagtccccagggaaggccctggaatggcttgcacacatttcctcgaatgacgaaaaattgtatagtacatctctgaagaccaggctcaccatctccaaggacacctccagaagccaggtggtcctcaccgtgaccaacatggaccctgtggacacagccacatattactgtgcacggacacggggagtatatagttatgattctcttgagtactggggccagggagccctgatcaccgtctccgcag
```Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2976Autocomplétion patient/run/set : pointer sur :hover de la croix2018-03-21T19:04:39+01:00Mathieu GiraudAutocomplétion patient/run/set : pointer sur :hover de la croixSuite à #2895.Suite à #2895.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2977Autocomplétion patient/run/set : mettre une classe CSS différente dans le menu2018-03-21T19:04:39+01:00Mathieu GiraudAutocomplétion patient/run/set : mettre une classe CSS différente dans le menu
Suite à #2895.
Suite à #2895.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2978Rendre visible le numéro de sample set aux utilisateurs2018-03-21T10:13:35+01:00Mathieu GiraudRendre visible le numéro de sample set aux utilisateursDiscuté avec @RyanHerb et @mikael-s : nous allons à présent afficher, pour les utilisateurs, le numéro de sample set pour tous les sets (patients, runs et sets).
- ils voient déjà ce numéro dans l'url
- cela permettra de discuter plu...Discuté avec @RyanHerb et @mikael-s : nous allons à présent afficher, pour les utilisateurs, le numéro de sample set pour tous les sets (patients, runs et sets).
- ils voient déjà ce numéro dans l'url
- cela permettra de discuter plus anonymement des patients
Endroits possibles :
- [x] sur la page du set dans la DB
- [x] sur une colonne dans la liste des sets, quand on a la place
- [ ] quelque part sur le rapport
- [ ] dans nos templates de mail
Peut-être ailleurs ? (On ne va pas polluer la place dans le client ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2979Autocomplétion patient/run/set : texte à afficher dans le span2018-03-21T19:04:39+01:00Mathieu GiraudAutocomplétion patient/run/set : texte à afficher dans le span- `Jacques Dupont (1980-01-01)` date de naissance si définie, sinon `Jacques Dupont (254501)`
- `Toto (254500)`
- `Titi (254502)`
Vu ensemble : la référence est le numéro de sample set #2978.- `Jacques Dupont (1980-01-01)` date de naissance si définie, sinon `Jacques Dupont (254501)`
- `Toto (254500)`
- `Titi (254502)`
Vu ensemble : la référence est le numéro de sample set #2978.Ryan HerbertRyan Herbert