vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-06-05T07:47:20+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2061Pouvoir trier les axes par une liste arbitraire2021-06-05T07:47:20+02:00Mathieu GiraudPouvoir trier les axes par une liste arbitraireDans `available_axis`,on peut choisir entre `string` (ordre des clones) et `string-sorted` (ordre alphabétique).
Mais il y a des cas où on aimerait que l’ordre ne soit pas alphabétique, comme pour les tags ou pour « productive / not prod...Dans `available_axis`,on peut choisir entre `string` (ordre des clones) et `string-sorted` (ordre alphabétique).
Mais il y a des cas où on aimerait que l’ordre ne soit pas alphabétique, comme pour les tags ou pour « productive / not productive / no CDR3 »
- Avoir un nouveau type `string-sorted-list`
- Dans `available_axis`, les axes de ce type auraient un champ `labels` avec une liste de labels
On pourrait profiter de cela pour remplacer les appels `self.m.tag[tag_id] / getTagName() ` à quelque chose de générique
Voir aussi #1471
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2059Légende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axe2021-09-15T19:19:47+02:00Mathieu GiraudLégende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axeMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagsMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2058Tutorial : Mettre un fichier démo de L3 sans analyse déjà faite2017-11-20T01:28:28+01:00Mikaël SalsonTutorial : Mettre un fichier démo de L3 sans analyse déjà faiteLe [tutoriel](doc/tutorial/mastering-vidjil.tex) demande d'ouvrir le patient L3 depuis l'application web, mais la version chargée est celle avec analyse, alors que les manipulations demandées dans le tutoriel supposent que l'analyse n'es...Le [tutoriel](doc/tutorial/mastering-vidjil.tex) demande d'ouvrir le patient L3 depuis l'application web, mais la version chargée est celle avec analyse, alors que les manipulations demandées dans le tutoriel supposent que l'analyse n'est pas chargée (par exemples les merges sont déjà faits). Il faut donc probablement proposer une version de L3 sans analyse, mais comment ?
@magiraudWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2057Formulaire admin pour modifier un groupe2017-01-31T17:37:57+01:00Mikaël SalsonFormulaire admin pour modifier un groupeDiscuté avec @flothoni et @RyanHerb, ce n'est pas pratique de devoir passer par l'interface d'admin de web2py (et on peut vouloir modifier cela sans être admin web2py). Probablement similaire à #1179 dans la réalisation
@magiraudDiscuté avec @flothoni et @RyanHerb, ce n'est pas pratique de devoir passer par l'interface d'admin de web2py (et on peut vouloir modifier cela sans être admin web2py). Probablement similaire à #1179 dans la réalisation
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2056Afficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteur2019-04-18T17:56:44+02:00Mikaël SalsonAfficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteurStéphanie est très intéressée pour distinguer les mutations synonymes des mutations non synonymes (surtout dans le V j'imagine). Voir à ce sujet [Lossos et al, 2000](http://www.bloodjournal.org/content/95/5/1797.full).
@magiraud @flot...Stéphanie est très intéressée pour distinguer les mutations synonymes des mutations non synonymes (surtout dans le V j'imagine). Voir à ce sujet [Lossos et al, 2000](http://www.bloodjournal.org/content/95/5/1797.full).
@magiraud @flothoni @aurelBZH @RyanHerbCLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2055Mise à jour de web2py et nouvelles fonctionnalités2020-01-22T13:56:36+01:00Mathieu GiraudMise à jour de web2py et nouvelles fonctionnalitésSuite à vidjil/vdj#299, web2py est passé de 2.9.9 à 2.14.6, avec plus de 18 mois de nouveaux développements. Mais on avait déjà, sur d'autres serveurs, des web2py plus à jour. Devrait-on avoir un mécanisme pour garantir que web2py ne res...Suite à vidjil/vdj#299, web2py est passé de 2.9.9 à 2.14.6, avec plus de 18 mois de nouveaux développements. Mais on avait déjà, sur d'autres serveurs, des web2py plus à jour. Devrait-on avoir un mécanisme pour garantir que web2py ne reste pas trop longtemps dans une vieille version ?
Les nouveautés : https://github.com/web2py/web2py/blob/master/CHANGELOG
Il y a deux fois "Improved scheduler", à voir si cela a changé quelque chose:
Parmi les prochains points prévus :
- enfin python 3 (voir #1345)
- scheduler new feature: you can now specify intervals with cron
- gluon/* removed from sys.path. Applications relying on statements like e.g. "from storage import Storage" will need to be rewritten with "from gluon.storage import Storage"
- tests can only be run with the usual web2py.py --run_system_tests OR with python -m unittest -v gluon.tests on the root dir
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2054Pouvoir filtrer ou sélectionner les clones productifs/non-productifs2017-07-10T17:01:29+02:00Mathieu GiraudPouvoir filtrer ou sélectionner les clones productifs/non-productifsDemande explicite d'Aurélie, à plusieurs reprises. Aussi pour Stéphanie.
Serait très utile pour la CLL.
Par exemple appuyer sur les pastilles de couleur, comme pour les tags, pour afficher/cacher certains.
Serait-ce généralisable ? Li...Demande explicite d'Aurélie, à plusieurs reprises. Aussi pour Stéphanie.
Serait très utile pour la CLL.
Par exemple appuyer sur les pastilles de couleur, comme pour les tags, pour afficher/cacher certains.
Serait-ce généralisable ? Lien avec #1471 ?
@flothoni @RyanHerb @mikael-s https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2053Des tâches restent en STOPPED, pas toutes2017-02-02T11:35:22+01:00Mikaël SalsonDes tâches restent en STOPPED, pas toutesVu avec @RyanHerb : lorsqu'un preprocess est lancé et non terminé on peut lancer des jobs, qui sont mis en STOPPED (dans la fonction `schedule_run` de [task.py](server/web2py/applications/vidjil/models.task.py)) :
```python
if db.se...Vu avec @RyanHerb : lorsqu'un preprocess est lancé et non terminé on peut lancer des jobs, qui sont mis en STOPPED (dans la fonction `schedule_run` de [task.py](server/web2py/applications/vidjil/models.task.py)) :
```python
if db.sequence_file[id_sequence].pre_process_flag == "WAIT" or db.sequence_file[id_sequence].pre_process_flag == "RUN" :
db.scheduler_task[task.id] = dict(status ="STOPPED")
```
Lorsque le pre-process est terminé, on récupère les jobs en STOPPED pour les relancer.
```python
#resume STOPPED task for this sequence file
stopped_task = db(
(db.results_file.sequence_file_id == sequence_file_id)
& (db.results_file.scheduler_task_id == db.scheduler_task.id)
& (db.scheduler_task.status == "STOPPED")
).select()
for row in stopped_task :
db.scheduler_task[row.scheduler_task.id] = dict(status = "QUEUED")
```
Sauf que ça ne semble pas fonctionner pour tous. Certains restant en STOPPED.
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2052Annulation impossible de l'upload2016-12-13T17:46:24+01:00Mikaël SalsonAnnulation impossible de l'uploadLorsque je clique sur le bouton cancel pour annuler un upload celui-ci se poursuit malgré tout et il y a une erreur Javascript (probableemnt responsable de la non annulation) :
```
TypeError: db.warning is not a function
db.warning("upl...Lorsque je clique sur le bouton cancel pour annuler un upload celui-ci se poursuit malgré tout et il y a une erreur Javascript (probableemnt responsable de la non annulation) :
```
TypeError: db.warning is not a function
db.warning("upload canceled - " + this.queue[id].filename)
```
L'erreur est dans le fichier (database.js)[browser/js/database.js].
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2051Avoir une variable DIR_PEAR pour le preprocess pear2017-01-04T16:12:11+01:00Mikaël SalsonAvoir une variable DIR_PEAR pour le preprocess pearOn ne peut pas imposer aux gens d'avoir PEAR installé globalement sur leur système. Pour l'instant le fichier [pear.py](tools/pear.py#L28) référence directement un exécutable pear qui est censé être dans le `PATH`.
On peut ajouter une...On ne peut pas imposer aux gens d'avoir PEAR installé globalement sur leur système. Pour l'instant le fichier [pear.py](tools/pear.py#L28) référence directement un exécutable pear qui est censé être dans le `PATH`.
On peut ajouter une variable `DIR_PEAR`, dans [defs.py](server/web2py/applications/vidjil/modules/defs.py.sample) (comme on a déjà une variable `DIR_VIDJIL` ou `DIR_MIXCR`).
@magiraud @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2050Faire une erreur propre lorsqu'on utilise un client frais, sans avoir fait `m...2016-12-08T18:05:42+01:00Ghost UserFaire une erreur propre lorsqu'on utilise un client frais, sans avoir fait `make germline`080eb55e
en local quand j'essaie de charger un fichier .vidjil a l'aide de l'interface import/export -> import data(.vidjil) je n'ai pas de pop up qui apparait. La console produit une erreur : " ReferenceError: m is not defined " dans ...080eb55e
en local quand j'essaie de charger un fichier .vidjil a l'aide de l'interface import/export -> import data(.vidjil) je n'ai pas de pop up qui apparait. La console produit une erreur : " ReferenceError: m is not defined " dans menu.js ligne 85 . Il semble qu'il y ait un probleme de définition de la variable m de l'objet model.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2048Visualisation de la liste des pre-process2016-12-14T11:20:57+01:00Mathieu GiraudVisualisation de la liste des pre-processJe ne vois aucun pre-process (alors qu'en impersonnate Mikaël, je les vois bien). J'ai toujours eu ce problème.
Et, même sans être admin, les utilisateurs devraient pouvoir la voir (même si on ne leur donne pas accès pour l'instant, tou...Je ne vois aucun pre-process (alors qu'en impersonnate Mikaël, je les vois bien). J'ai toujours eu ce problème.
Et, même sans être admin, les utilisateurs devraient pouvoir la voir (même si on ne leur donne pas accès pour l'instant, tout comme pour les config)s.
@RyanHerb @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2047Ne pas recalculer à chaque affichage les positions de features basées sur des...2018-02-16T11:19:43+01:00Mathieu GiraudNe pas recalculer à chaque affichage les positions de features basées sur des chaînes de caractèresDiscussion avec @mikael-s
Dans `segmenter.js`, `get_positionned_highlight()` fait deux `indexOf(p)` pour les features données par des chaînes de caractères.
Il faudrait extraire cela d'ici, le mettre dans `clone.js` et faire que ce...Discussion avec @mikael-s
Dans `segmenter.js`, `get_positionned_highlight()` fait deux `indexOf(p)` pour les features données par des chaînes de caractères.
Il faudrait extraire cela d'ici, le mettre dans `clone.js` et faire que ce soit calculé une fois pour toutes.
En particulier pour #2043 (qui a priori ne dépend pas du segmenter)
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2046Nom du serveur dans modules/defs.py2023-03-01T16:26:47+01:00Mathieu GiraudNom du serveur dans modules/defs.pyIl y a plusieurs références en dur à app.vidjil.org (voir b716a4c).
Un item de configuration dans defs.py serait plus approprié.
@RyanHerb @mikael-sIl y a plusieurs références en dur à app.vidjil.org (voir b716a4c).
Un item de configuration dans defs.py serait plus approprié.
@RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2045La séquence n'est pas ajoutée au segmenteur lorsqu'elle n'est pas segmentée2019-10-23T11:58:16+02:00Mikaël SalsonLa séquence n'est pas ajoutée au segmenteur lorsqu'elle n'est pas segmentéeExemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=1541&config=34 et sélectionner le gros clone. Il s'en suit une erreur JS :
```
TypeError: clone.seg[5] is undefined
vdjArray["5"]["stop"] = this.pos[clone.seg["5"]["stop"]] + 1;...Exemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=1541&config=34 et sélectionner le gros clone. Il s'en suit une erreur JS :
```
TypeError: clone.seg[5] is undefined
vdjArray["5"]["stop"] = this.pos[clone.seg["5"]["stop"]] + 1;
```Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2044Après un compare samples, aucun système n'est sélectionné par défaut dans le ...2016-12-13T17:48:34+01:00Mikaël SalsonAprès un compare samples, aucun système n'est sélectionné par défaut dans le scatterplotFaire un compare patient (par exemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?custom=7514&custom=14153). Dans le scatterplot, la grille affiche uniquement deux axes avec les points d'interrogation. Il faut cliquer sur un système ou ut...Faire un compare patient (par exemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?custom=7514&custom=14153). Dans le scatterplot, la grille affiche uniquement deux axes avec les points d'interrogation. Il faut cliquer sur un système ou utiliser les raccourcis clavier pour que le scatterplot affiche un système.
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2043Avoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux featu...2021-04-15T18:38:01+02:00Thonier FlorianAvoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux features quelconquesDemande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait...Demande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait de replacer les positions des primers relative pour chaque segment, et donc de faire un nouveau calcul a peu près similaire à celui de la longueur des CDR3.
Pour ça il faut lister les primers pour chaque locus et leur positions relatives. Soit il y a la possibilité de faire ça dans l'algo directement (pas flexible du tout), soit il est possible de faire ça dans le browser.
L'avantage du browser repose sur la non redondance de l’information, et la possibilité de switcher à la volée entre les différents type de primers (biomed2, bientôt biomed3), et pourquoi pas imaginer des primers en dev ou tiers aussi (fourni dans ce cas par l'utilisateur dans un format adapté).
@magiraud @mikael-sWeb 2021.05Thonier FlorianThonier Florian2021-03-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2042Conserver l'url suite à un login2023-03-01T17:04:11+01:00Mathieu GiraudConserver l'url suite à un loginSi j'accède à une URL de type http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=1803&config=35 sans être loggué, je tombe sur la page de login.
Après le login, ce serait bien d'accéder directement à la page voulue. Ce n'est pas le cas act...Si j'accède à une URL de type http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=1803&config=35 sans être loggué, je tombe sur la page de login.
Après le login, ce serait bien d'accéder directement à la page voulue. Ce n'est pas le cas actuellement, au moins pour les comptes admin.
@mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2041L'alignement multiple plante quand la première séquence est retirée2019-04-03T14:23:12+02:00Mikaël SalsonL'alignement multiple plante quand la première séquence est retiréeAllons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement f...Allons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement foireux à partir du N, avec quasiment tous les nucléotides qui sont soulignés.~~
~~Il semble y avoir deux bugs (dans l'alignement CGI, puisque l'alignement devient foireux) et dans le JS, puisque la coloration est foireuse. Mais je penche pour une explication plus parcimonieuse d'un seul bug qui causerait les deux problèmes.~~
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2037Pagination de la requête patient/sample_set2017-07-10T17:01:30+02:00Ryan HerbertPagination de la requête patient/sample_setLa requête patient est lente (#1542).
Une solution est de paginer les résultats.
Les problèmes relevés sont que les données supplémentaires sont calculés dans des requêtes secondaires, et donc les fonctions de filtre et de sort ne ...La requête patient est lente (#1542).
Une solution est de paginer les résultats.
Les problèmes relevés sont que les données supplémentaires sont calculés dans des requêtes secondaires, et donc les fonctions de filtre et de sort ne peuvent pas fonctionner correctement avec la pagination.
La solution proposée était de désactiver la pagination lors du filtre ou du sort des résultats
@RyanHerb @magiraud @mikael-s Web 2017.03Ryan HerbertRyan Herbert