vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-04-08T14:18:32+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2236Faut-il afficher 1000 clones dans le client sur un échantillon ?2019-04-08T14:18:32+02:00Mathieu GiraudFaut-il afficher 1000 clones dans le client sur un échantillon ?Discussion originale et plus fine dans #1382, depuis au moins début 2016.
Réévoqué ce matin avec ~"Paris-Pitié".
On souhaiterait afficher au plus 1000 clones (même sur un échantillon, même sur un seul système, typiquement `IGH` pour ~"b...Discussion originale et plus fine dans #1382, depuis au moins début 2016.
Réévoqué ce matin avec ~"Paris-Pitié".
On souhaiterait afficher au plus 1000 clones (même sur un échantillon, même sur un seul système, typiquement `IGH` pour ~"bio-CLL" ), et que cela ne rame pas. Indépendamment de #1382, cette tâche (uniquement ~client) réfléchit sur la pertinence d'afficher plus de clones.
cc @mikael-s @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2233Avoir un rapport plus générique2022-05-12T11:42:47+02:00Mathieu GiraudAvoir un rapport plus génériqueÉvoqué avec ~"Paris-Pitié"
En particulier pour mettre des informations de qualité
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-sÉvoqué avec ~"Paris-Pitié"
En particulier pour mettre des informations de qualité
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2223LoadAnalysisURL recharge-t-il tout, est-ce bien raisonnable ?2018-02-23T10:04:51+01:00Mikaël SalsonLoadAnalysisURL recharge-t-il tout, est-ce bien raisonnable ?Voir #2222 : il semble que `loadAnalysisURL` dans `model_loader.js` recharge tous les composants, ce qui est peut-être un peu lourd. À vérifier et si besoin à alléger.
cc @magiraud @RyanHerbVoir #2222 : il semble que `loadAnalysisURL` dans `model_loader.js` recharge tous les composants, ce qui est peut-être un peu lourd. À vérifier et si besoin à alléger.
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2213Killer les processus en timeout2023-01-09T11:48:15+01:00Mikaël SalsonKiller les processus en timeoutÀ l'heure actuelle, quatre processus Vidjil tournent sur le serveur, certains depuis plus d'un jour (je soupçonne très fortement un bug dans l'algo, mais ce n'est pas le sujet), mais les quatre workers sont libres. La raison : on libère ...À l'heure actuelle, quatre processus Vidjil tournent sur le serveur, certains depuis plus d'un jour (je soupçonne très fortement un bug dans l'algo, mais ce n'est pas le sujet), mais les quatre workers sont libres. La raison : on libère le worker après le timeout (ou il se libère tout seul, je ne sais pas), mais le processus n'est pas achevé pour autant.
La méthode à adopter peut avoir un lien avec ce qui est discuté dans #2165
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2212Ajout de séquence externe : la sauvegarder dans le .analysis2019-03-19T11:11:33+01:00Mathieu GiraudAjout de séquence externe : la sauvegarder dans le .analysiscc @RyanHerb @mikael-scc @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2207Liens symboliques et montage de fichiers : robustesse à la suppression du lien ?2017-03-02T09:39:00+01:00Mathieu GiraudLiens symboliques et montage de fichiers : robustesse à la suppression du lien ?Que se passe-t-il si le fichier pointé par le lien symbolique disparaît ?
@mikael-s : "cela ne va poser un problème que si on relance une analyse"
Ce n'est pas très grave, j'imagine que cela ne va pas arriver souvent.
cc @RyanHerbQue se passe-t-il si le fichier pointé par le lien symbolique disparaît ?
@mikael-s : "cela ne va poser un problème que si on relance une analyse"
Ce n'est pas très grave, j'imagine que cela ne va pas arriver souvent.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2203Ajouter un clone: shouldRefresh() plus léger2017-08-22T17:11:58+02:00Mathieu GiraudAjouter un clone: shouldRefresh() plus léger`shouldRefresh` est très brutal, relance par exemple d3.js...
Extraire une fonction qui crée un clone ?
cc @mikael-s @RyanHerb`shouldRefresh` est très brutal, relance par exemple d3.js...
Extraire une fonction qui crée un clone ?
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2202Ajouter un clone: n'ajouter que les séquences des germlines qui sont dans m.s...2018-07-20T19:02:21+02:00Mathieu GiraudAjouter un clone: n'ajouter que les séquences des germlines qui sont dans m.system_availablePour l'instant, cela ne marche pas si on ajoute un clone qui n'est pas dans les germlines déjà affichées.
cc @mikael-s @RyanHerbPour l'instant, cela ne marche pas si on ajoute un clone qui n'est pas dans les germlines déjà affichées.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2201Ne pas avoir de variables globales sur les différentes vues2021-08-10T16:39:43+02:00Mathieu GiraudNe pas avoir de variables globales sur les différentes vuesDiscussion avec @aurelBZH, @mikael-s et @RyanHerb (en partant de #2182 et autres).
On ne devrait pas utiliser de variables globales `sp`, `segment`... pour chaque vue, mais avoir uniquement des appels au modèle.
Les `m.graph` et `m.s...Discussion avec @aurelBZH, @mikael-s et @RyanHerb (en partant de #2182 et autres).
On ne devrait pas utiliser de variables globales `sp`, `segment`... pour chaque vue, mais avoir uniquement des appels au modèle.
Les `m.graph` et `m.sp` ne sont que des hacks temporaires (on pourrait avoir zéro ou plusieurs `sp`, et le code doit fonctionner).
Parmi les pistes évoquées, les vues pourraient s'enregistrer auprès de `shortcut` et `url_obs` (et potentiellement d'autres). Plus généralement, comme les vues s'enregistrent déjà auprès du modèle, une solution pourrait d'avoir des fonctions type `m.getViews(SP)` qui renvoie une *liste* de vues d'un certain type. À réfléchir/discuter encore, pas urgent pour l'instant.
/label ~client ~"!-reflexion" ~"!-hard"
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2200Documenter l'application web de manière indépendante de l'algo RepSeq2017-02-23T07:47:29+01:00Mathieu GiraudDocumenter l'application web de manière indépendante de l'algo RepSeqCe n'est pas possible de ne pas parler d'algo dans `doc/user.org` : plusieurs questions très importantes pour l'utilisateur sont dépendantes de l'algo utilisé. Mais la doc doit tout de même être claire pour, par exemple, un utilisateur q...Ce n'est pas possible de ne pas parler d'algo dans `doc/user.org` : plusieurs questions très importantes pour l'utilisateur sont dépendantes de l'algo utilisé. Mais la doc doit tout de même être claire pour, par exemple, un utilisateur qui se servirait de MiXCR. C'est peut-être d'ailleurs notre responsabilité d'indiquer comment se servir le mieux possible de chaque algo (même hors Vidjil-algo).
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2197Étendre les tests de vitesse du client2019-09-04T19:13:40+02:00Mathieu GiraudÉtendre les tests de vitesse du clientVoir #2196. Chez moi, pas de différence notable sur ces tests avant/après !7, mais on ne teste peut-être pas ce qu'il faut.
cc @mikael-sVoir #2196. Chez moi, pas de différence notable sur ces tests avant/après !7, mais on ne teste peut-être pas ce qu'il faut.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2196Mesurer la performance du client2020-01-21T16:39:43+01:00Mathieu GiraudMesurer la performance du clientNe devrait-on pas avoir quelque part une mesure de vitesse du client ?
Cela permettrait en particulier de mieux apprécier les améliorations comme #2127 / !7.
Ah oui, Marc avait fait... `test_speed.html` qui appelle `js/test.js`, pas...Ne devrait-on pas avoir quelque part une mesure de vitesse du client ?
Cela permettrait en particulier de mieux apprécier les améliorations comme #2127 / !7.
Ah oui, Marc avait fait... `test_speed.html` qui appelle `js/test.js`, pas modifiés depuis presque 3 ans (e18b4077).
Ne marche pas actuellement (adresse DB + CGI en dur, voir si c'est juste cela ou d'autres choses).
Il pourrait être intégré à la suite de tests.
cc @tydax @mikael-s @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2195Inclure le .g dans le .vidjil2017-04-25T17:24:01+02:00Mathieu GiraudInclure le .g dans le .vidjilSuite à #2155 et en particulier ff70521, on pourrait se dire que plusieurs informations venant des `.g` sont à récupérer dans le `.vidjil`,
en particulier pour la tracabilité (qui est tout de même bien améliorée par #2155).
Ne pourra...Suite à #2155 et en particulier ff70521, on pourrait se dire que plusieurs informations venant des `.g` sont à récupérer dans le `.vidjil`,
en particulier pour la tracabilité (qui est tout de même bien améliorée par #2155).
Ne pourrait-on pas être plus général et embarquer le `.g`dans le `.vidjil` (et générer ce qu’il faut quand on vient de la ligne de commande) ? Mais cela ajouterait 5 Ko à chaque fichier `.vidjil`… Ou bien tout sauf `systems` (ce qui est dommage quand même).
cc @mikael-s @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2193API/URL: documenter, accès sur fichier distant2019-06-12T18:29:40+02:00Mathieu GiraudAPI/URL: documenter, accès sur fichier distantNe pas oublier de documenter les nouvelles fonctionnalités dans la section `Browser API` de `doc/dev.org`.
cc @mikael-s @RyanHerbNe pas oublier de documenter les nouvelles fonctionnalités dans la section `Browser API` de `doc/dev.org`.
cc @mikael-s @RyanHerbWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2192API/URL: être robuste à l'interprétation d'URL non correctement formées2019-11-21T17:01:02+01:00Mathieu GiraudAPI/URL: être robuste à l'interprétation d'URL non correctement forméesDans `model_loader.js`, pour l'analyse de l'URL, on a pas mal de choses qui peuvent être cassées si l'URL n'est pas bien formée, que ce soit des choses anciennes (`clones=tmp2[1].split(',')`) ou des choses mises récemment par @aurelBZH ...Dans `model_loader.js`, pour l'analyse de l'URL, on a pas mal de choses qui peuvent être cassées si l'URL n'est pas bien formée, que ce soit des choses anciennes (`clones=tmp2[1].split(',')`) ou des choses mises récemment par @aurelBZH (`sp.splitY=tmp2[1].split(',')[1]`).
L'URL venant "de l'extérieur", on devrait être robuste à des URL pas très bien formées, et charger le mieux possible et/ou mettre un warning, en tout cas ne pas faire tout planter.
(Quelque part, si quelqu'un donne`plot=axe`, ne devrait-on pas l'interpréter comme `plot=axe,axeypardefaut,grid` ? Voir aussi #2191.)
cc @aurelBZH @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2189Lever un warning si on utilise -3 avec des séquences non gappées2017-02-16T18:59:40+01:00Mathieu GiraudLever un warning si on utilise -3 avec des séquences non gappéesVoir discussion dans #2187.
cc @mikael-sVoir discussion dans #2187.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2186Retour à l'utilisateur lors de l'AJAX new clone2018-06-13T17:41:58+02:00Mathieu GiraudRetour à l'utilisateur lors de l'AJAX new clonePar exemple au même endroit / à côté de l'indicateur `#live-ajax` pour la db.
cc @mikael-s @RyanHerbPar exemple au même endroit / à côté de l'indicateur `#live-ajax` pour la db.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2177Reset analysis2023-06-30T11:13:40+02:00Ryan HerbertReset analysisIl se pourrait dans certains cas qu'un utilisateur veuille repartir au moins en partie depuis le dernier results_file.
Notamment en cas d'erreur logiciel, comme dans #2176
Voudrait-on donc proposer un bouton "reset" ou peut-être simple...Il se pourrait dans certains cas qu'un utilisateur veuille repartir au moins en partie depuis le dernier results_file.
Notamment en cas d'erreur logiciel, comme dans #2176
Voudrait-on donc proposer un bouton "reset" ou peut-être simplement exposer les changements de manière claire aux utilisateurs afin qu'ils puissent au minimum revert des changements à la main ?
cc @mikael-s @magiraud @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2174Features de séquences et axes : concepts et liens2020-10-14T11:29:54+02:00Mathieu GiraudFeatures de séquences et axes : concepts et liensDiscussion débutée avec @RyanHerb.
Nous avons deux concepts dont nous souhaitons améliorer la généricité :
* les "features" ~"client-segmenter" (quelque chose sur une portion de la séquence) #2136 #2137
* les "axes" ~"client-ax...Discussion débutée avec @RyanHerb.
Nous avons deux concepts dont nous souhaitons améliorer la généricité :
* les "features" ~"client-segmenter" (quelque chose sur une portion de la séquence) #2136 #2137
* les "axes" ~"client-axis" (une valeur pour un clone) #1471 #2175
Déjà, sommes-nous cohérents dans notre vocabulaire, entre *"feature"* et *"axe"* ? (Meilleur nom que "axe" ?) (#2136 parle-t-il de feature ou d'axes ?)
Est-ce que ce sont toujours deux concepts bien séparés ? Il y a parfois des liens entre ces concepts. C'est le cas de #2043 @flothoni : on peut calculer un axe à partir de feature. Longueur de N, entre deux primers... on pourrait en avoir d'autres (nombre de D, ...).
Et des features sur toute la séquence sont naturellement des axes... la description du format `.vidjil` indique :
```
// any feature to be highlighted in the sequence, with optional fields related to this feature:
// - "start"/"stop" : positions on the clone sequence (starting at 1)
// - "seq" : a sequence
// - "val" : a numerical value
// - "info" : a textual vlaue
"somefeature": { "start": 56, "stop": 61, "seq": "ACTGTA", "val": 145.7, "info": "analyzed with xyz" },
// Numerical or textual features concerning all the sequence or its analysis (such as 'evalue')
// can be provided by omitting "start" and "stop" elements.
"someotherfeature": {"val": 0.004521},
```
Ici on aimerait clairement pouvoir afficher `someotherfeature` comme un axe.
Mais ces deux concepts sont tout de même fort différents. Que nous évoquent-ils ? Quelque part, le ~client Vidjil n'est-il pas principalement un affichage de clones avec des features et des axes (et des samples) ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2171Permettre des OR dans les requêtes de recherche de sample sets ou samples2024-02-21T14:18:07+01:00Mathieu GiraudPermettre des OR dans les requêtes de recherche de sample sets ou samplesVoir dicussion soulevée par @flothoni dans #2170.
On souhaiterait éventuellement accepter des `OU` logiques dans requêtes (`advanced_filter` dans `modules/vijdil_utils.py`). Et d'autres choses (parenthèses ?) ? Discuter déjà de la syntax...Voir dicussion soulevée par @flothoni dans #2170.
On souhaiterait éventuellement accepter des `OU` logiques dans requêtes (`advanced_filter` dans `modules/vijdil_utils.py`). Et d'autres choses (parenthèses ?) ? Discuter déjà de la syntaxe.
cc @mikael-s @RyanHerb