vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-06-20T17:14:16+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2366Environnement pour développer les tests QUnit2022-06-20T17:14:16+02:00Mathieu GiraudEnvironnement pour développer les tests QUnit@heto, dans #2093 :
> Je me permets de glisser ici quelques informations relatives à un point évoqué ce matin, elles sont assez simples mais autant les noter car elles pourront être utiles dans le futur : comment obtenir dans le navigat...@heto, dans #2093 :
> Je me permets de glisser ici quelques informations relatives à un point évoqué ce matin, elles sont assez simples mais autant les noter car elles pourront être utiles dans le futur : comment obtenir dans le navigateur une visualisation des données utilisées pour les tests unitaires (`data_test.js`).
>
> - charger les données de test dans la console d'une page vidjil (`json_data = {...}`)
> - lancer les instructions suivantes :
> - `m.parseJsonData(json_data, 100)`
> - `m.loadGermline()`
> - `m.initClones()`
>
> (ces fonctions sont en fait appelées au début d'une bonne partie des tests QUnit)
>
> Le scatterplot devrait faire apparaître les 5 clones de `json_data`.
Merci pour ces infos !
Ne pourrait-on pas créer une fonction `m.setupTests()` qui ferait tout cela tout seul ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2360axes: entiers2018-07-07T07:20:59+02:00Mathieu Giraudaxes: entiersLes longueurs de clones (et d’autres choses) sont entières. On ne doit pas voir de décimale dans les labels.
À voir si cela est correct actuellement ou s’il y a besoin de faire une classe spécifique pour les entiers.
cc @RyanHerbLes longueurs de clones (et d’autres choses) sont entières. On ne doit pas voir de décimale dans les labels.
À voir si cela est correct actuellement ou s’il y a besoin de faire une classe spécifique pour les entiers.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2359Limiter la mémoire allouée aux jobs lancés via les workers2021-11-22T13:51:54+01:00Mathieu GiraudLimiter la mémoire allouée aux jobs lancés via les workersEn complément de #2349, on pourrait limiter la quantité de mémoire par worker ou sur tous les workers. On aimerait ainsi que, même dans des cas non prévus, le serveur réponde toujours même si un process fait n'importe quoi.
Voir http://...En complément de #2349, on pourrait limiter la quantité de mémoire par worker ou sur tous les workers. On aimerait ainsi que, même dans des cas non prévus, le serveur réponde toujours même si un process fait n'importe quoi.
Voir http://coldattic.info/shvedsky/pro/blogs/a-foo-walks-into-a-bar/posts/40, qui discute longuement certaines possibilités.
(On pourrait d'ailleurs avoir une solution non universelle, et par exemple protéger MiXCR par un `ulimit` si cela fonctionne.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2356segmenteur, gènes VDJ : affichage des mutations par rapport aux gènes2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : affichage des mutations par rapport aux gènesPlus généralement que #2056, on souhaite traiter d'une manière paticulière les mutations des gènes VDJ.
Pour l'instant, quand on aligne des clones, on souligne les mutations dans les clones minoritaires, le premier clone (majoritaire) ét...Plus généralement que #2056, on souhaite traiter d'une manière paticulière les mutations des gènes VDJ.
Pour l'instant, quand on aligne des clones, on souligne les mutations dans les clones minoritaires, le premier clone (majoritaire) étant la référence.
Typiquement, c’est dans les clones qu’on souligne les mutations (même s’ils sont "majoritaires).
Avec #1925/#2137, ce sont lès gènes VDJ qui sont la référence. On pourrait même afficher de manière particulière (css) les mutations où tous les clones sont d'accord, mais pas avec le gène.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2355segmenteur, gènes VDJ : vue compressée, sur une même ligne2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : vue compressée, sur une même lignePour #1925/#2137, on peut déjà mettre les VDJ sur trois « lignes du segmenter » différentes.
Mais on pourrait aussi avoir une vue compressée, où V et J (voire D) sont sur la même ligne, pour gagner en lisibilité et/ou en espace vertical....Pour #1925/#2137, on peut déjà mettre les VDJ sur trois « lignes du segmenter » différentes.
Mais on pourrait aussi avoir une vue compressée, où V et J (voire D) sont sur la même ligne, pour gagner en lisibilité et/ou en espace vertical. Cela serait un cas particulier de #2354.
Ce serait assez agréable dès qu'il y a suffisament du N. Et voir comment cela se passe s’il y a un overlap : un `:hover` bien placé ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2354aligneur, gènes VDJ : position verticale2020-10-14T13:49:16+02:00Mathieu Giraudaligneur, gènes VDJ : position verticalePour #1925/#2137, surtout avec #2353, la question de la position verticale des gènes VDJ se pose.
Pour l’instant, les positions verticales dans le ~"client-segmenter" des clones sont fixes (tri par taille). On pourrait tout d’abord met...Pour #1925/#2137, surtout avec #2353, la question de la position verticale des gènes VDJ se pose.
Pour l’instant, les positions verticales dans le ~"client-segmenter" des clones sont fixes (tri par taille). On pourrait tout d’abord mettre les VDJ sous le clone, mais, vu #2353 les mettre ailleurs (tous en haut ? déplaçable ?). Voir aussi #2355.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2352Le contrôleur load_backup echoue2017-10-31T14:26:09+01:00Ryan HerbertLe contrôleur load_backup echoueLa fonction de restauration à partir d'un fichier csv échoue sur une clef étrangère.
`Traceback (most recent call last):
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/gluon/restricted.py", line 227, in restricted
exec ccode in environmen...La fonction de restauration à partir d'un fichier csv échoue sur une clef étrangère.
`Traceback (most recent call last):
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/gluon/restricted.py", line 227, in restricted
exec ccode in environment
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py", line 736, in <module>
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/gluon/globals.py", line 412, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py", line 182, in init_from_csv
db.import_from_csv_file(open(defs.DB_BACKUP_FILE, 'rb'))
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/gluon/packages/dal/pydal/base.py", line 1097, in import_from_csv_file
*args, **kwargs)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/gluon/packages/dal/pydal/objects.py", line 941, in import_from_csv_file
curr_id = self.insert(**dict(items))
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/gluon/packages/dal/pydal/objects.py", line 712, in insert
ret = self._db._adapter.insert(self, self._listify(fields))
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/gluon/packages/dal/pydal/adapters/base.py", line 739, in insert
raise e
IntegrityError: (1452, u'Cannot add or update a child row: a foreign key constraint fails (`vidjil`.`scheduler_run`, CONSTRAINT `scheduler_run_ibfk_1` FOREIGN KEY (`task_id`) REFERENCES `scheduler_task` (`id`) ON DELETE CASCADE)')`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2349Ne pas lancer plusieurs process gourmands en mémoire en même temps2020-01-21T17:34:41+01:00Mikaël SalsonNe pas lancer plusieurs process gourmands en mémoire en même tempsMiXCR est gourmand en mémoire et si plusieurs instances sont lancées en même temps cela peut mettre la VM en carafe (cf. vdj#396). Peut-on laisser les jobs MiXCR QUEUED tant que d'autres jobs MiXCR sont en train de tourner ?
@RyanHerb...MiXCR est gourmand en mémoire et si plusieurs instances sont lancées en même temps cela peut mettre la VM en carafe (cf. vdj#396). Peut-on laisser les jobs MiXCR QUEUED tant que d'autres jobs MiXCR sont en train de tourner ?
@RyanHerb penses-tu que cela soit possible ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2344Stocker les informations de pairage des chaînes / de single cell2019-12-13T12:23:51+01:00Mikaël SalsonStocker les informations de pairage des chaînes / de single cell#2318 parle de données avec des chaînes pairées mais nous n'avons pas de moyen de conserver le pairage dans le fichier (et ensuite dans l'affichage).
Il faut donc réfléchir à la manière d'adapter le format dans ce but.
cc @magiraud#2318 parle de données avec des chaînes pairées mais nous n'avons pas de moyen de conserver le pairage dans le fichier (et ensuite dans l'affichage).
Il faut donc réfléchir à la manière d'adapter le format dans ce but.
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2340Des url mal formées génèrent des erreurs serveur2022-06-20T17:02:55+02:00Mathieu GiraudDes url mal formées génèrent des erreurs serveurhttp://app.vidjil.org/?sample_set_id=bla&config=12 lève une `KeyError` non rattrapée
(alors que http://app.vidjil.org/?sample_set_id=1234567&config=12 est bien rattrapée)
cc @mikael-s @RyanHerbhttp://app.vidjil.org/?sample_set_id=bla&config=12 lève une `KeyError` non rattrapée
(alors que http://app.vidjil.org/?sample_set_id=1234567&config=12 est bien rattrapée)
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2339Table des utilisateurs : mettre des colonnes 'runs' et 'sets'2021-02-09T16:25:08+01:00Mathieu GiraudTable des utilisateurs : mettre des colonnes 'runs' et 'sets'En faisant le tour des utilisateurs, j'ai eu des sueurs froides en voyant un utilisateur avec 375 samples dans 1 seul patient... c'est juste qu'il fait des runs :-)
cc @mikael-s @RyanHerbEn faisant le tour des utilisateurs, j'ai eu des sueurs froides en voyant un utilisateur avec 375 samples dans 1 seul patient... c'est juste qu'il fait des runs :-)
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2334cloneDB : ontologie des maladies2017-12-04T11:46:13+01:00Thonier FloriancloneDB : ontologie des maladiesDiscussion avec Véronique à l'aéroport :
Il existe des ontologie des maladies, et ce au niveau européen et au niveau Français. D'expérience, elle conseille d'y réfléchir en amont pour flécher le choix des champs par les praticiens/ch...Discussion avec Véronique à l'aéroport :
Il existe des ontologie des maladies, et ce au niveau européen et au niveau Français. D'expérience, elle conseille d'y réfléchir en amont pour flécher le choix des champs par les praticiens/chercheurs et ne pas flooder la DB en meta-data.
Exemple : World Health Organization et NCBO en fournissent au niveau international.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2332clonedb: option pour partager ou non anonymement ses séquences2017-12-04T11:47:21+01:00Mathieu Giraudclonedb: option pour partager ou non anonymement ses séquencesÉvoqué lors de la discussion ~"ec-ngs".
Opt-in ? opt-out ? (Cela peut être aussi par mail, lors du deuxième mail, pour ne pas braquer tout de suite les ~"com-first-time-user")
cc @aurelBZH @flothoniÉvoqué lors de la discussion ~"ec-ngs".
Opt-in ? opt-out ? (Cela peut être aussi par mail, lors du deuxième mail, pour ne pas braquer tout de suite les ~"com-first-time-user")
cc @aurelBZH @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2331Le lien vers igmt peut être erroné avec du xxx2018-12-04T12:30:51+01:00Thonier FlorianLe lien vers igmt peut être erroné avec du xxxUn cas présenté par imgt d'une séquence IGH (particulière scFv) est ségmenté (non correctement vu #2318).
Cependant, nous le notons comme IGH, et lors d'un clique sur imgt, ça nous renvoie vers une page TR d'imgt.
```
>AB001733
atg...Un cas présenté par imgt d'une séquence IGH (particulière scFv) est ségmenté (non correctement vu #2318).
Cependant, nous le notons comme IGH, et lors d'un clique sur imgt, ça nous renvoie vers une page TR d'imgt.
```
>AB001733
atggaggtgcagctggtggagtctggaggaggcttgatccagcctggggggtccctgaga
ctctcctgtgcagcctctgggttcaccgtcagtagcaactacatgagctgggtccgccag
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gcagactccgtgaagggccgattcaccatctccagagacaattccaagaacacgctgtat
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tgtgattggggccaaggtaccctggtcaccgtgtcgagaggtggcggtggctcgggcggt
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ttgggacagacagtcaggatcacatgccaaggagacagcctcagaagctattatgcaagc
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ccctcagggatcccagaccgattctctggctccagctcaggaaacacagcttccttgacc
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ggtaaccatgtggtattcggcggagggaccaagctgaccgtcctaggtgcggccgcagaa
caaaaactcatctcagaagaggatctgaatggggccgcatag
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2329app/analyze : conserver lien entre séquence et dénomination2018-10-18T14:36:34+02:00Thonier Florianapp/analyze : conserver lien entre séquence et dénominationRemarque de Véronique :
> peux-t-on retrouver à partir d'une séquence retournée par l'app analysis la séquence d'origine ?
L'idée est de savoir si l'on met trois séquences sen même temps laquelle est laquelle dans le segmenteur.Remarque de Véronique :
> peux-t-on retrouver à partir d'une séquence retournée par l'app analysis la séquence d'origine ?
L'idée est de savoir si l'on met trois séquences sen même temps laquelle est laquelle dans le segmenteur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2326Export csv avec clusters2018-07-20T19:02:36+02:00Mathieu GiraudExport csv avec clustersMichael Svaton ~"PRA-Prague" se sert régulièrement de l'export csv (et fait du R ensuite).
L'export ne tient pas compte des clusters/merges : il aimerait avoir une colonne de plus pour les clusters.
cc @mikael-s @RyanHerbMichael Svaton ~"PRA-Prague" se sert régulièrement de l'export csv (et fait du R ensuite).
L'export ne tient pas compte des clusters/merges : il aimerait avoir une colonne de plus pour les clusters.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2324Bar plots en replicate2019-04-17T14:28:41+02:00Mathieu GiraudBar plots en replicateDans Arrest ~"repseq-Nikos", on peut voir un bar plot de deux expériences (au lieu d'une barre, il y a deux barres côte à côte). On peut même soustraire, comme Nikos le montre à ~"ec-ngs".
Faire cela de notre côté remettrait en cause no...Dans Arrest ~"repseq-Nikos", on peut voir un bar plot de deux expériences (au lieu d'une barre, il y a deux barres côte à côte). On peut même soustraire, comme Nikos le montre à ~"ec-ngs".
Faire cela de notre côté remettrait en cause notre modèle "un sample sélectionné" (mais #2299 aussi), mais surtout, afficherait un clone à deux endroits dans la même vue, ce qui changerait encore plus notre manière de naviguer. Bref, je mettrais bien ~"wont-fix".
cc @flothoni @aurelBZH @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2323Tests fonctionnels sur le serveur live pour détecter des incidents de prod2023-03-02T12:03:27+01:00Mathieu GiraudTests fonctionnels sur le serveur live pour détecter des incidents de prodOn en parlait il y a fort longtemps. Et il y a, dans browser/test/Makefile, un `make functional-rbx` (mais qui teste le client).
Plutôt tester des controlleurs (les tests serveur ?) en live.
cc @mikael-s @RyanHerbOn en parlait il y a fort longtemps. Et il y a, dans browser/test/Makefile, un `make functional-rbx` (mais qui teste le client).
Plutôt tester des controlleurs (les tests serveur ?) en live.
cc @mikael-s @RyanHerbThonier FlorianThonier Florian2021-01-18https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2322Redémarrer les workers de manière systématique après une mise en production2017-11-22T12:48:32+01:00Mikaël SalsonRedémarrer les workers de manière systématique après une mise en productionDiscuté pendant vdj#391.
@RyanHerb :
> Il s'agirait effectivement d'une erreur au moment de la lecture des models (tels que le db.py par exemple). Peut-être faudrait-il commencer à redémarrer les workers de manière systématique après u...Discuté pendant vdj#391.
@RyanHerb :
> Il s'agirait effectivement d'une erreur au moment de la lecture des models (tels que le db.py par exemple). Peut-être faudrait-il commencer à redémarrer les workers de manière systématique après une mise en production ?
Le problème est que `vidjil-ci` n'a pas les droits pour relancer les workers (je pense). Comment pourrait-on faire ?
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2316Être plus précis sur ce qui signifie "pas d'occurrence" dans CloneDB2018-04-12T15:36:59+02:00Mathieu GiraudÊtre plus précis sur ce qui signifie "pas d'occurrence" dans CloneDBMettre "no occurrence of sequence ACACCATAC... in cloneDB" quand il n'y a pas d'occurrences
cc @mikael-sMettre "no occurrence of sequence ACACCATAC... in cloneDB" quand il n'y a pas d'occurrences
cc @mikael-s