vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-02-16T15:22:00+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2178'syntax error near unexpected token' lors d'un should-vdj2017-02-16T15:22:00+01:00Mathieu Giraud'syntax error near unexpected token' lors d'un should-vdj```
python should-vdj-to-tap.py should-vdj-tests/trd-dd2-dd3.should-vdj.fa
(...)
ok 4 # TODO #! ok - TRDD2*01 0//0 TRDD3*01 TODO
sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `('
sh: -c: line 0: `echo '>TRDV3*01_0//0_TRDD3*01 [T...```
python should-vdj-to-tap.py should-vdj-tests/trd-dd2-dd3.should-vdj.fa
(...)
ok 4 # TODO #! ok - TRDD2*01 0//0 TRDD3*01 TODO
sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `('
sh: -c: line 0: `echo '>TRDV3*01_0//0_TRDD3*01 [TRD+] TODO ! @50 @45 TRD UNSEG only V/5\' 1.043438e+01 1.174069e-25/1.043438e+01 ' | grep -E 'TRDV3[*]01.*0//0.*TRDD3[*]01.*!([*][[:digit:]]*)?.*@50([*][[:digit:]]*)?.*@45([*][[:digit:]]*)?.*TRD([*][[:digit:]]*)?.*UNSEG([*][[:digit:]]*)?.*only([*][[:digit:]]*)?.*V/5\'([*][[:digit:]]*)?.*1.043438e+01([*][[:digit:]]*)?.*1.174069e-25/1.043438e+0([*][[:digit:]]*)?' > /dev/null 2>&1'
```
cc @mikael-sMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2175Liste et segmenteur : affichage flexible d'axes2017-05-11T13:27:32+02:00Mathieu GiraudListe et segmenteur : affichage flexible d'axesOn en a déjà parlé plusieurs fois, mais on vient de se rendre compte avec @RyanHerb que cela pourrait être vraiment très général.
On souhaiterait pouvoir afficher n'importe quel axe dans la liste ou le segmenteur. Pour l'instant, à côté...On en a déjà parlé plusieurs fois, mais on vient de se rendre compte avec @RyanHerb que cela pourrait être vraiment très général.
On souhaiterait pouvoir afficher n'importe quel axe dans la liste ou le segmenteur. Pour l'instant, à côté du nom du clone, on affiche la taille, le tag, et éventuellement d'autres choses dans le segmenteur (notamment la productivité). On pourrait avoir des listes pour choisir les axes à afficher (et certians axes ont des affichages / contrôles particuliers, comme les étoiles de tag.
En lien avec #1763 et #2174.
cc @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2173Identifiants incomplets pour les germlines avec up/downstreams2017-02-10T17:52:48+01:00Mathieu GiraudIdentifiants incomplets pour les germlines avec up/downstreams@mikael-s, à propos de #2154 :
> http://vidjil.org/germlines/germline-39.tar.gz
Dans le diff entre 36 et 39 :
```
--- 36/TRDD_upstream.fa
+++ 39/homo-sapiens/TRDD_upstream.fa
->gb|TRDD2*01|M22153.1|HUMTCDC1:1-42 Human T-cel...@mikael-s, à propos de #2154 :
> http://vidjil.org/germlines/germline-39.tar.gz
Dans le diff entre 36 et 39 :
```
--- 36/TRDD_upstream.fa
+++ 39/homo-sapiens/TRDD_upstream.fa
->gb|TRDD2*01|M22153.1|HUMTCDC1:1-42 Human T-cell receptor germline delta-chain D-region DNA
+>M22153.1:1-42 Human T-cell receptor germline delta-chain D-region DNA
```
J'imagine que cela va poser des soucis ensuite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2169Un fichier deleted est encore téléchargeable2017-02-08T09:30:01+01:00Thonier FlorianUn fichier deleted est encore téléchargeableSuite de la remarque faite en #2149.
>@mikael-s
>Mikaël Salson
>Le bug d'Aurélie semble autre.
>Elle a chargé des fichiers, mais ils sont indiqués comme deleted dans la vue principale (et dans le champ infos à gauche), mais bien accom...Suite de la remarque faite en #2149.
>@mikael-s
>Mikaël Salson
>Le bug d'Aurélie semble autre.
>Elle a chargé des fichiers, mais ils sont indiqués comme deleted dans la vue principale (et dans le champ infos à gauche), mais bien accompagné de résultats. Pourtant, en me rendant sur la page patient, je peux bien télécharger le fichier correspondant (d'ailleurs on a un souci d'anonymisation dans ce cas car j'ai le nom complet, il s'agit ici d'une librairie test donc ce n'est pas très grave, mais c'est peut-être à revoir).
>Le comportement est bien différent de ce bug ci non ?
Je rajoute que je viens de lancé vidjil sur le fichier telechargé pour verifier si il s'agissait du bon fichier, avec les bons clones retrouvés. C'est le cas.
Avec les nouvelles modifications, nous sommes d'accord que si Aurélie avait rechargé les données, ça aurait MAJ l'analyse, la database et n'indiquerait plus 'deleted' ?
@mikael-s @RyanHerb @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2164Le nom du fichier n'est pas le bon après avoir "try again" quand l'upload echoue2021-11-04T17:44:33+01:00Ryan HerbertLe nom du fichier n'est pas le bon après avoir "try again" quand l'upload echoueLe titre du sequence_file est laissé comme "upload failed try again" après avoir cliqué sur "try again".
@magiraud @mikael-sLe titre du sequence_file est laissé comme "upload failed try again" après avoir cliqué sur "try again".
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2160Ajouter un clone: interface utilisateur et appel au segmenteur2017-03-01T08:33:03+01:00Mathieu GiraudAjouter un clone: interface utilisateur et appel au segmenteurSuite à #1921 :
* [x] interface utilisateur, un popup quelque part
* [x] lancer ~"segmenter-app" pour peupler le .js du clone en question
@mikael-s @RyanHerbSuite à #1921 :
* [x] interface utilisateur, un popup quelque part
* [x] lancer ~"segmenter-app" pour peupler le .js du clone en question
@mikael-s @RyanHerbArmand BourArmand Bourhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2158Mieux gérer les choses à faire avant la prochaine release2017-03-08T18:02:46+01:00Mathieu GiraudMieux gérer les choses à faire avant la prochaine releaseNous avons actuellement un test sur le ~cpp qui ne passe pas, 88c6e9240 lié à #2003.
Ce n'est pas sain d'avoir des tests qui ne passent pas : cela rend difficile le développement d'autres features, et on ne bénéficie pas beaucoup de ...Nous avons actuellement un test sur le ~cpp qui ne passe pas, 88c6e9240 lié à #2003.
Ce n'est pas sain d'avoir des tests qui ne passent pas : cela rend difficile le développement d'autres features, et on ne bénéficie pas beaucoup de l'intégration continue. Par définition, notre branche principale doit toujours passer les tests. Et puis une décision à un moment "on doit absolument fixer cela" peut évoluer quelques temps plus tard (je ne parle pas nécessairement de #2003).
Mais c'est fantastique d'identifier des bugs et de faire des tests qui ne vont pas marcher dans un premier temps. Pour les tests `should-get`, il y a la syntaxe `f1` qui permet d'ignorer un tel test, et des choses similaires pour les autres types de tests. Cependant, @mikael-s faisait justement remarquer, il y a quelque temps, qu'on peut oublier de tels tests, d'où 88c6e9240 qui casse le build mais qui permet de s'en souvenir.
Proposition de meilleur workflow pour cela, grâce à gitlab : *un bug "that should be fixed for the next release" conduit à un test ignoré avec une issue tagguée d'un milestone de la release.* Voir par exemple #2157 et la release %"Algo 2017.03". Et le build de dev doit *toujours* passer.
Pour l'instant cela s'appliquerait au ~cpp, où l'on fait des releases, mais on pourrait aussi utiliser des milestones pour des déploiements client / serveur, à moins qu'on préfère rester en intégration continue.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2154Le nouveau format de germlines casse les builds sur Jenkins2017-02-22T17:06:36+01:00Mikaël SalsonLe nouveau format de germlines casse les builds sur JenkinsLa raison : Vidjil-data n'a pas été mis à jour. Le build Vidjil-pkg récupère les germlines déjà créés, mais la hiérarchie des répertoires n'est plus la même. Et donc les tests unitaires browser échouent (par exemple).
Cela bloque le dép...La raison : Vidjil-data n'a pas été mis à jour. Le build Vidjil-pkg récupère les germlines déjà créés, mais la hiérarchie des répertoires n'est plus la même. Et donc les tests unitaires browser échouent (par exemple).
Cela bloque le déploiement de Vidjil-browser, il faut donc relancer Vidjil-data assez rapidement.
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2150Voir le groupe dans la liste des sample_sets, pour les utilisateurs2017-03-16T15:14:55+01:00Mathieu GiraudVoir le groupe dans la liste des sample_sets, pour les utilisateursCe serait intéressant de voir à quel groupe est chaque sample_set dans la liste.
Même si cela ne répond pas complètement à #2146, cela le ferait en partie, si on reprend le message de Jona :
> When I see the patient list, would there b...Ce serait intéressant de voir à quel groupe est chaque sample_set dans la liste.
Même si cela ne répond pas complètement à #2146, cela le ferait en partie, si on reprend le message de Jona :
> When I see the patient list, would there be a possibility of only viewing the samples of for example VLK 2014. Now, I see all the patients - of both projects - and *can’t see which patient belongs to which project.*
Mais... n'est-ce pas ce que nous voyons déjà, en tant qu'admin ?
Bref, ne suffirait-il pas de mettre la colonne visible pour tous, quitte à retravailler un peu ce qu'il y a dedans (ne pas afficher les groupes uXX) ?
@RyanHerb @mikael-sMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2149Upload de gros fichiers impossible sur vda2017-02-14T22:56:53+01:00Mikaël SalsonUpload de gros fichiers impossible sur vdaL'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est p...L'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est petite il n'y a pas de place suffisante et c'est probablement ça qui fait échouer l'upload.
Je ne sais pas s'il faut paramétrer nginx ou web2py (ou les deux). J'ai essayé d'ajouter la directive
```
client_body_temp_path /mnt/data/tmp;
proxy_temp_path /mnt/data/tmp;
```
dans la config Nginx, mais sans succès.2017-02-22https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2147Supprimer, -G, -g germlines, et promouvoir -g germlines/homo-sapiens.h2017-08-28T15:53:51+02:00Mathieu GiraudSupprimer, -G, -g germlines, et promouvoir -g germlines/homo-sapiens.hDans la discussion de #2134 :
> `-G` n'est qu'un raccourci pour des options qui sont désormais très avancées (et qu'on avait mis à un moment où on n'avait pas encore de fichier .g.)
Indépendamment de #2134, j'ai une très forte envi...Dans la discussion de #2134 :
> `-G` n'est qu'un raccourci pour des options qui sont désormais très avancées (et qu'on avait mis à un moment où on n'avait pas encore de fichier .g.)
Indépendamment de #2134, j'ai une très forte envie de supprimer `-G`, qui est un peu bizarre et dépend des noms de fichiers. L'option recommandée serait `-g`, et on peut toujours faire `-V` / `-D` / `-J` (plus les réglages de graines et autres) si besoin. C'est l'occasion de le faire, comme avec la prochaine release on change la ligne de commande en raison du `homo-sapiens.g`.
@mikael-s ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2144Tester buildBrowserGermline.py2023-03-02T17:12:33+01:00Mathieu GiraudTester buildBrowserGermline.pyZéro tests pour l'instant.
@mikael-sZéro tests pour l'instant.
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2140Donner toute la séquence en acides aminés2021-04-08T08:28:36+02:00Mikaël SalsonDonner toute la séquence en acides aminésSuite à #1372 on peut afficher les séquences en AA dans le segmenteur, mais juste sur le CDR3. Cependant cette fonctionnalité est réservée aux admins pour l'instant (avant le grand chamboulement dans le segmenteur #2137).
Fred aimerait v...Suite à #1372 on peut afficher les séquences en AA dans le segmenteur, mais juste sur le CDR3. Cependant cette fonctionnalité est réservée aux admins pour l'instant (avant le grand chamboulement dans le segmenteur #2137).
Fred aimerait voir la séquence complète en AA comme dans ~"repseq-IMGT".
cc @magiraud @RyanHerb @flothonimarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2136Sélection flexible des features à afficher dans l'aligneur2021-04-08T08:28:57+02:00Mathieu GiraudSélection flexible des features à afficher dans l'aligneurSuite à #2135, AJAX IMGT et autres, il faudrait un moyen lorsqu'il y a "plein" de features, pour chosir celles qu'on veut.
@mikael-s @RyanHerbSuite à #2135, AJAX IMGT et autres, il faudrait un moyen lorsqu'il y a "plein" de features, pour chosir celles qu'on veut.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2135Visualiser FR1 et autres dans le client2021-04-08T08:27:52+02:00Mathieu GiraudVisualiser FR1 et autres dans le clientDemande de Fred à @flothoni et @mikael-s.
Voir aussi #1841Demande de Fred à @flothoni et @mikael-s.
Voir aussi #1841https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2131Des workers meurent silencieusement2022-06-20T15:04:27+02:00Mikaël SalsonDes workers meurent silencieusementSur vda nous n'avons que deux workers en ce moment au lieu des 4 paramétrés. Qu'est-ce qui explique ces pertes ? Les workers ne sont pas supposés se relancer à leur décès ?
cc @magiraud @RyanHerbSur vda nous n'avons que deux workers en ce moment au lieu des 4 paramétrés. Qu'est-ce qui explique ces pertes ? Les workers ne sont pas supposés se relancer à leur décès ?
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2129Performance boost avec lazy_tables dans web2py2017-10-23T15:45:57+02:00Mikaël SalsonPerformance boost avec lazy_tables dans web2py[D'après la doc web2py](http://www.web2py.com/books/default/chapter/29/06/the-database-abstraction-layer#markmin_lazy_tables) le paramètre `lazy_tables` à la construction du DAL peut offrir de beaux gains de perfomance. À tester.
@Ryan...[D'après la doc web2py](http://www.web2py.com/books/default/chapter/29/06/the-database-abstraction-layer#markmin_lazy_tables) le paramètre `lazy_tables` à la construction du DAL peut offrir de beaux gains de perfomance. À tester.
@RyanHerb @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2127Ne pas utiliser innerHTML pour supprimer du contenu2017-04-25T15:10:40+02:00Ryan HerbertNe pas utiliser innerHTML pour supprimer du contenuEn rapport avec ce que disait @tydax concernant l'utilisation de `innerHTML = ""`
J'ai trouvé un benchmark à ce sujet: http://blog.stevenlevithan.com/archives/faster-than-innerhtml
Qui illustre que innerHTML est lent à la délétion ma...En rapport avec ce que disait @tydax concernant l'utilisation de `innerHTML = ""`
J'ai trouvé un benchmark à ce sujet: http://blog.stevenlevithan.com/archives/faster-than-innerhtml
Qui illustre que innerHTML est lent à la délétion mais rapide à la création. A savoir que dans notre code, on utilise plutôt innerHTML pour supprimer du contenu et les méthodes DOM/JQuery pour en créer.
@mikael-s @magiraud @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2122Les permissions ne sont pas vérifiées dans lors d'une édition de sequence_file2017-05-22T15:26:06+02:00Ryan HerbertLes permissions ne sont pas vérifiées dans lors d'une édition de sequence_fileLe traitement du formulaire d'édition de sequence_file ne vérifiait pas les permissions de l'utilisateur au moment d'attribuer le fichier à des sample_set.
Pour clarifier, il ne s'agit pas d'un bug dans les données affichées dans le f...Le traitement du formulaire d'édition de sequence_file ne vérifiait pas les permissions de l'utilisateur au moment d'attribuer le fichier à des sample_set.
Pour clarifier, il ne s'agit pas d'un bug dans les données affichées dans le formulaire, uniquement à la soumission du formulaire.
Il est possible de soumettre un formulaire d'édition de sequence_file avec des données non-présentes dans les options auto-complétées et d'ajouter le fichier à un patient/run auquel l'utilisateur ne devrait pas avoir accès.
@magiraud @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2121Recherche de séquence avec positions dégénérées / regexp2021-04-16T22:40:05+02:00Mathieu GiraudRecherche de séquence avec positions dégénérées / regexpCoucou @flothoni. Ce que tu as mis dans cd5a9975 peut être très intéressant : avoir des recherches dégénérées (et je comprends bien l'utilité pour les primers... #2043)... mais c'est une fonctionnalité nouvelle, qui peut avoir un impact ...Coucou @flothoni. Ce que tu as mis dans cd5a9975 peut être très intéressant : avoir des recherches dégénérées (et je comprends bien l'utilité pour les primers... #2043)... mais c'est une fonctionnalité nouvelle, qui peut avoir un impact sur les performance (des regexp partout au lieu d'un simple test), bref cela mérite un nouvelle branche `regexp` et qu'on en parle tranquillement, par exemple ici.
@mikael-s
Voir aussi #1693.