vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-05-22T15:26:06+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2122Les permissions ne sont pas vérifiées dans lors d'une édition de sequence_file2017-05-22T15:26:06+02:00Ryan HerbertLes permissions ne sont pas vérifiées dans lors d'une édition de sequence_fileLe traitement du formulaire d'édition de sequence_file ne vérifiait pas les permissions de l'utilisateur au moment d'attribuer le fichier à des sample_set.
Pour clarifier, il ne s'agit pas d'un bug dans les données affichées dans le f...Le traitement du formulaire d'édition de sequence_file ne vérifiait pas les permissions de l'utilisateur au moment d'attribuer le fichier à des sample_set.
Pour clarifier, il ne s'agit pas d'un bug dans les données affichées dans le formulaire, uniquement à la soumission du formulaire.
Il est possible de soumettre un formulaire d'édition de sequence_file avec des données non-présentes dans les options auto-complétées et d'ajouter le fichier à un patient/run auquel l'utilisateur ne devrait pas avoir accès.
@magiraud @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2121Recherche de séquence avec positions dégénérées / regexp2021-04-16T22:40:05+02:00Mathieu GiraudRecherche de séquence avec positions dégénérées / regexpCoucou @flothoni. Ce que tu as mis dans cd5a9975 peut être très intéressant : avoir des recherches dégénérées (et je comprends bien l'utilité pour les primers... #2043)... mais c'est une fonctionnalité nouvelle, qui peut avoir un impact ...Coucou @flothoni. Ce que tu as mis dans cd5a9975 peut être très intéressant : avoir des recherches dégénérées (et je comprends bien l'utilité pour les primers... #2043)... mais c'est une fonctionnalité nouvelle, qui peut avoir un impact sur les performance (des regexp partout au lieu d'un simple test), bref cela mérite un nouvelle branche `regexp` et qu'on en parle tranquillement, par exemple ici.
@mikael-s
Voir aussi #1693.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2120Génération du JSON : l'espace mémoire augmente de 50% à la fin de Vidjil2020-06-11T07:35:25+02:00Mikaël SalsonGénération du JSON : l'espace mémoire augmente de 50% à la fin de VidjilVoici en pièce jointe un graphique montrant la consommation mémoire de Vidjil sur un jeu de données. Le jeu de données n'est pas choisi au hasard, c'est celui qui a provoqué le plus grand pic de consommation mémoire sur vda depuis le déb...Voici en pièce jointe un graphique montrant la consommation mémoire de Vidjil sur un jeu de données. Le jeu de données n'est pas choisi au hasard, c'est celui qui a provoqué le plus grand pic de consommation mémoire sur vda depuis le début. Le jeu a cependant été restreint au premier million de séquences.
Le problème n'est ni dû à l'étape de KmerSegmentation (croissance régulière de la consommation mémoire, mais faible, due au stockage de nouvelles fenêtres) ni à celle de FineSegmentation (stabilité de l'utilisation mémoire), mais après :
* comparaison des fenêtres entre elles ?
* création du JSON ?
* …
Ce jeu de données se caractérise par une très grande proportion de fenêtres différentes (393 000 fenêtres pour 491 000 reads segmentés ou, pour le jeu complet 1,5M de fenêtres pour 1,9M de reads). Le jeu de données avec 1M de reads est sur le cloud (`data/vidjil_bug/issue-2120.fastq.gz`)
![mem](/uploads/d331ccbd532dce7f25e162c217b68a7c/mem.png)
@magiraudjson-exporthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2118Ascenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier so...2018-10-18T10:47:47+02:00Mikaël SalsonAscenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier sous ChromeLorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordina...Lorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordinateur d'Aurélie (Chrome 42) cela fait visiblement planter le thème de Windows.
@magiraud @RyanHerbWeb 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2117Le soulignement des features ne fonctionne plus dans le segmenteur2017-01-23T11:26:22+01:00Mikaël SalsonLe soulignement des features ne fonctionne plus dans le segmenteurLorsqu'on sélectionne des séquences et qu'on utilise IMGT en post, les gènes/CDR3 ne sont plus soulignés quand on clique sur la checkbox.
Peut-être est-ce dû à l'apparition de la nouvelle icône sur la droite ?
@magiraud @RyanHerbLorsqu'on sélectionne des séquences et qu'on utilise IMGT en post, les gènes/CDR3 ne sont plus soulignés quand on clique sur la checkbox.
Peut-être est-ce dû à l'apparition de la nouvelle icône sur la droite ?
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2116Sélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateur2018-06-04T10:24:06+02:00Mikaël SalsonSélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateurExcellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite...Excellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite main (`cursor: pointer`).
Il me semble que c'est géré par D3. Je ne suis pas sûr que ce soit aussi simple que ça en a l'air.
@magiraud @RyanHerb @tydax @flothoni Web 2017.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2112Vérifier qu'un élément existe avant d'y accéder2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonVérifier qu'un élément existe avant d'y accéderNous avons plusieurs erreurs serveurs « AttributeError: 'NoneType' object has no attribute XXX »
@RyanHerb nous dit que la plupart des erreurs serveurs sont dues à des
> tentatives d'accès à des données inexistantes (des données sup...Nous avons plusieurs erreurs serveurs « AttributeError: 'NoneType' object has no attribute XXX »
@RyanHerb nous dit que la plupart des erreurs serveurs sont dues à des
> tentatives d'accès à des données inexistantes (des données supprimées par exemple) pour lesquels nous ne vérifions pas l'existance avant de demander les permissions que l'utilisateur connecté possède.
(cf. #2111)
> L'idéal dans le second cas est de choisir une action à accomplir si l'utilisateur n'a pas accès ou si l'objet n'existe pas et de toujours l'exécuter quelque-soit la nature de "l'erreur". Typiquement un message "access denied" ou un message de type 404.
@magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2111AttributeError: 'NoneType' object has no attribute id2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonAttributeError: 'NoneType' object has no attribute idOn vient d'avoir deux tickets sur log/index (des IP non connectées ?) : [ici](https://vda.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/24.23.190.21.2017-01-17.06-58-14.821d7e7f-a636-4493-bc96-30139f6fa6a4) et [là](https://vda.vidjil.org/admin/...On vient d'avoir deux tickets sur log/index (des IP non connectées ?) : [ici](https://vda.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/24.23.190.21.2017-01-17.06-58-14.821d7e7f-a636-4493-bc96-30139f6fa6a4) et [là](https://vda.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/77.201.130.19.2017-01-17.13-33-17.54630299-0fdf-4341-b358-ca2259fefbe4). Et de manière plus générale, il y a [pas mal de tickets](https://vda.vidjil.org/admin/default/errors/vidjil) dont l'erreur est « AttributeError: 'NoneType' object has no attribute XXX », où XXX peut varier.
Je ne sais pas si tout cela a une cause commune ou non (peut-être faut-il séparer la tâche).
@magiraud @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2109Le menu filter s'affiche partiellement2017-05-12T15:44:30+02:00Ghost UserLe menu filter s'affiche partiellementLe curseur permettant de faire varier le nombre de clone visualiser n'apparait pas avant d'avoir été cliqué par l'utilisateur.
Est ce un comportement voulu ? En tout cas je trouve cela peut claire. Je viens de découvrir qu'il existait.Le curseur permettant de faire varier le nombre de clone visualiser n'apparait pas avant d'avoir été cliqué par l'utilisateur.
Est ce un comportement voulu ? En tout cas je trouve cela peut claire. Je viens de découvrir qu'il existait.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2108Ne pas avoir de séquences IMGT dans le package vidjil-germline2017-01-18T11:06:12+01:00Mikaël SalsonNe pas avoir de séquences IMGT dans le package vidjil-germlineJ'ai l'impression que le paquet debian vidjil-germline contient quelques fichiers de séquences. Quand je fais un `tar tvf /home/vidjil-ci/archive/stable/source/vidjil-germline_2016.08.1.tar.xz`, je vois les fichiers de séquences associés...J'ai l'impression que le paquet debian vidjil-germline contient quelques fichiers de séquences. Quand je fais un `tar tvf /home/vidjil-ci/archive/stable/source/vidjil-germline_2016.08.1.tar.xz`, je vois les fichiers de séquences associés à la souris et au rat. Or ils ne devraient pas y être puisque soumis aux mêmes restrictions d'IMGT que les autres données.
Par ailleurs, dans le répertoire ` vidjil/packaging/germline/debian`je ne comprends pas quel fichier indique les fichiers qui seront inclus dans le paquet.
@RyanHerb @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2107Indication onlyV trompeuse sur anayse de capture2021-03-22T09:31:46+01:00Thonier FlorianIndication onlyV trompeuse sur anayse de captureSur un set issu d'analyses de Necker :
Sur 4 millions de séquences issus de capture, avec de nombreuses sondes autre que les J, on a une forte proportion de séquences faussement anotées "only V" suite à quelques Kmer éparses trouvés da...Sur un set issu d'analyses de Necker :
Sur 4 millions de séquences issus de capture, avec de nombreuses sondes autre que les J, on a une forte proportion de séquences faussement anotées "only V" suite à quelques Kmer éparses trouvés dans la séquence ( ~25% des reads sont concernés).
En détails, ceux-ci ne sont composés que de 5 ou 6 kmer répartis sur toute la longueur du read.
@magiraud @mikael-s Algo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2105Sur dev.vidjil.org le patient édité n'est pas celui attendu2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonSur dev.vidjil.org le patient édité n'est pas celui attenduQuand on va sur la liste patients sur dev.vidjil.org et qu'on cherche à éditer un patient (icône en forme de crayon). Le patient édité n'est pas le bon. Pas exemple si j'édite le premier, c'est en fait le second qui l'est. Si j'essaie le...Quand on va sur la liste patients sur dev.vidjil.org et qu'on cherche à éditer un patient (icône en forme de crayon). Le patient édité n'est pas le bon. Pas exemple si j'édite le premier, c'est en fait le second qui l'est. Si j'essaie le second, j'ai une erreur d'index dans la liste…
Ce bug ne semble pas toucher le serveur de prod.
@magiraud @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2104Liste de patients affiche <type 'type'> à la place de patients2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonListe de patients affiche <type 'type'> à la place de patientsSur test.vidjil.org et dev.vidjil.org, quand on va sur la page patient, tout en bas le nombre de patients est indiqué mais plutôt que d'avoir « 3 patients » on a « `3 <type 'type'>s` », ce qui est un peu moins clair ;)
@magiraud @Ryan...Sur test.vidjil.org et dev.vidjil.org, quand on va sur la page patient, tout en bas le nombre de patients est indiqué mais plutôt que d'avoir « 3 patients » on a « `3 <type 'type'>s` », ce qui est un peu moins clair ;)
@magiraud @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2103Supprimer les fichiers résultats lorsqu'on ré-uploade un fichier de séquences2017-05-22T14:41:14+02:00Mikaël SalsonSupprimer les fichiers résultats lorsqu'on ré-uploade un fichier de séquencesLorsqu'une utilisatrice lance un processus sur un fichier puis le réuploade, le contrôleur `get_data` pense que le fichier de séquences d'origine a été supprimé (ce qui n'est pas complètement faux).
Que faire dans ce cas-là ? Supprime...Lorsqu'une utilisatrice lance un processus sur un fichier puis le réuploade, le contrôleur `get_data` pense que le fichier de séquences d'origine a été supprimé (ce qui n'est pas complètement faux).
Que faire dans ce cas-là ? Supprimer le fichier fused ne suffit pas puisque les résultats restent attachés au même `sequence_file` (ce n'est que le `data_file` qui a changé dans le `sequence_file`, l'identifiant reste le même). Faut-il supprimer tous les fichiers résultats associés à ce fichier de séquence ?
Ou alors faut-il prévenir l'utilisatrice que le fichier ré-uploadé est le même que le fichier d'origine ? Mais comment le faire (sans attendre la fin de l'upload) ? Avec un SHA256 ? Côté client ?
Un ~"wont-fix" peut aussi être une solution. Il suffit de le savoir (et le documenter).
Problème identifié avec @RyanHerb et @flothoni dans le cadre de #2101.
@magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2102Téléchargement des fichiers fused et analyse2017-03-22T13:11:46+01:00Mikaël SalsonTéléchargement des fichiers fused et analyseIl est possible de télécharger un fichier fused depuis l'interface d'un sample set. Quand on sélectionne une config, un lien apparaît en bas à droite afin de télécharger le fichier fused ou son analyse. Or le fichier qui est proposé au t...Il est possible de télécharger un fichier fused depuis l'interface d'un sample set. Quand on sélectionne une config, un lien apparaît en bas à droite afin de télécharger le fichier fused ou son analyse. Or le fichier qui est proposé au téléchargement est celui directement stocké sur disque alors que le fichier proposé au client (lors de la visualisation à travers le browser) passe par le contrôleur `get_data` (de même que le fichier analyse passe par le contrôle `get_analysis`).
Il serait cohérent que les fichiers téléchargés soient les mêmes que ceux servis par le client et donc, que dans tous les cas les fichiers passent par le contrôleur correspondant (`get_data` ou `get_analysis`).
Discuté avec @flothoni et @RyanHerb en débuggant #2101.
@magiraudMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2101L'ensemble des clones est situé à l'origine sur l'axe X du graphique lorsqu'u...2017-07-05T09:15:55+02:00Thonier FlorianL'ensemble des clones est situé à l'origine sur l'axe X du graphique lorsqu'un fichier est réuploadé/suppriméMessage d' Aurélie CAILLAULT VENET qui vient d'avoir un bug d'affichage.
![bug_affichage](/uploads/1d0c81fda0d31ec79bf379e540a14da8/bug_affichage.png)
Je viens de chercher la source de l'erreur.
Celle-ci semble être dû a des erreu...Message d' Aurélie CAILLAULT VENET qui vient d'avoir un bug d'affichage.
![bug_affichage](/uploads/1d0c81fda0d31ec79bf379e540a14da8/bug_affichage.png)
Je viens de chercher la source de l'erreur.
Celle-ci semble être dû a des erreurs de calcul de d3js dans la position X sur l'axe des abscisses.
Elle n'existe pas à partir des fichier vidjil, ni en local, ni sur le serveur lui-même, qu'importe la branche.
J'ai trouvé une méthode pour corriger le graph et voir apparaitre celui-ci, mais c'est pas possible de la donner à nos utilisateurs. Il faut faire un drag&drop d'un point et le mettre dans l'espace de rangement sur le côté. Ainsi, les dates sont recalculées et les samples retrouvent bien leurs position.
Pour ce qui est la source de l'erreur, je crois l'avoir trouvée aussi.
Il me semble que l'un des échantillion n'a pas de timestamps renseigné pour le run (valeur "deleted" dans le m.sample.timestamp).
Je ne sais pas d'où sort cette valeur. Elle ne sont présentent nul part dans le fichier vidjil. A la place on a les dates de création des fichiers sur le serveur. Elle est retournée par le serveur non ?
Ceci expliquerait pourquoi à l'update de l'axe, qui ne fait lui pas appel au serveur, il retourne une valeur Nan pour ce point et passe outre.
Après, je suis incapable de savoir pourquoi côté serveur nous avons une données erroné qui est retournée.
Quid si un utilisateurs rentre un champs au format date incorrect ? C'est verifié avant validation ? Il peut en laisser un non rempli ?
Sûrement lié à #1220 ?
Je retourne chercher du côté de server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py. Je pense que k'erreur vient de là.
En attendant, comme le process est déjà etabli, il faut certainement qu'Aurélie lance de nouveau l'analyse du run, et en modifie les champs de date. Cependant, a-t-elle encore la main pour modifier après coup les données d'un "run". En impersonnate, je ne le vois pas.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2100Docker: fournir un bon moyen de changer certains mots de passe2017-10-25T04:12:33+02:00Ryan HerbertDocker: fournir un bon moyen de changer certains mots de passeLorsqu'on installe la vidjil il y a un certain nombre de mots de passe ou fichiers d'authentification/certificats qui sont créés, auxquels l'utilisateur doit fournir une entrée. Notamment le certificat ssl par défaut, et le mot de passe ...Lorsqu'on installe la vidjil il y a un certain nombre de mots de passe ou fichiers d'authentification/certificats qui sont créés, auxquels l'utilisateur doit fournir une entrée. Notamment le certificat ssl par défaut, et le mot de passe web2py.
Lors de la phase de build de l'image docker des valeurs par défaut ont dû être fournies car on n'a pas la main pour demander des entrées auprès de l'utilisateur.
Mais il n'y a pas encore de moyen facile pour les changer. Pour les certificats ssl il s'agirait d'ajouter un volume à la configuration docker-compose. Pour le mot de passe web2py il s'agirait de traiter le fichier parameters_443.py comme les autres fichiers de conf, comme conf.js et defs.py et fournir un script pour changer le mot de passe.
@mikael-s @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2099Construire jeu de données de clusterisation à partir des analyses cliniques2023-03-01T18:22:14+01:00Thonier FlorianConstruire jeu de données de clusterisation à partir des analyses cliniquesL'idée est de recupérer les analyses déjà faites par les cliniciens, notement les merges qu'ils ont pu faire, et de l'utiliser comme une base de comparaisons des différents algo de cluterisation dans vidjil ou le browser.
@magiraud @mi...L'idée est de recupérer les analyses déjà faites par les cliniciens, notement les merges qu'ils ont pu faire, et de l'utiliser comme une base de comparaisons des différents algo de cluterisation dans vidjil ou le browser.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2098<input> du menu "settings"2017-05-23T14:00:09+02:00Mathieu Giraud<input> du menu "settings"Vu avec @aurelBZH et @mikael-s suite à #1765 : les `<input>` du menu settings (au moins `size display` et `N regions`) sont un peu curieux :
- ils ne sont pas correctement initialisés;
- lorsqu'on clique sur le label, le modèle cha...Vu avec @aurelBZH et @mikael-s suite à #1765 : les `<input>` du menu settings (au moins `size display` et `N regions`) sont un peu curieux :
- ils ne sont pas correctement initialisés;
- lorsqu'on clique sur le label, le modèle change, mais pas les `<input>`.
En lien avec cela, est-ce que les boucles précédées de `var radio` dans `model.js` sont indispensables ? (Dupliquée un certain nombre de fois.)Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2097API/URL: ?clones=1,15,542017-03-17T23:54:02+01:00Mathieu GiraudAPI/URL: ?clones=1,15,54Comme discuté tout à l'heure, la première tâche pour @aurelBZH liée à #1188 serait de faire `?clones=1,15,54`
Pour l'instant voir comment les appels sont faits, voir aussi #2096.
@RyanHerb @mikael-sComme discuté tout à l'heure, la première tâche pour @aurelBZH liée à #1188 serait de faire `?clones=1,15,54`
Pour l'instant voir comment les appels sont faits, voir aussi #2096.
@RyanHerb @mikael-s