vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-03-16T15:14:55+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2150Voir le groupe dans la liste des sample_sets, pour les utilisateurs2017-03-16T15:14:55+01:00Mathieu GiraudVoir le groupe dans la liste des sample_sets, pour les utilisateursCe serait intéressant de voir à quel groupe est chaque sample_set dans la liste.
Même si cela ne répond pas complètement à #2146, cela le ferait en partie, si on reprend le message de Jona :
> When I see the patient list, would there b...Ce serait intéressant de voir à quel groupe est chaque sample_set dans la liste.
Même si cela ne répond pas complètement à #2146, cela le ferait en partie, si on reprend le message de Jona :
> When I see the patient list, would there be a possibility of only viewing the samples of for example VLK 2014. Now, I see all the patients - of both projects - and *can’t see which patient belongs to which project.*
Mais... n'est-ce pas ce que nous voyons déjà, en tant qu'admin ?
Bref, ne suffirait-il pas de mettre la colonne visible pour tous, quitte à retravailler un peu ce qu'il y a dedans (ne pas afficher les groupes uXX) ?
@RyanHerb @mikael-sMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2149Upload de gros fichiers impossible sur vda2017-02-14T22:56:53+01:00Mikaël SalsonUpload de gros fichiers impossible sur vdaL'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est p...L'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est petite il n'y a pas de place suffisante et c'est probablement ça qui fait échouer l'upload.
Je ne sais pas s'il faut paramétrer nginx ou web2py (ou les deux). J'ai essayé d'ajouter la directive
```
client_body_temp_path /mnt/data/tmp;
proxy_temp_path /mnt/data/tmp;
```
dans la config Nginx, mais sans succès.2017-02-22https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2147Supprimer, -G, -g germlines, et promouvoir -g germlines/homo-sapiens.h2017-08-28T15:53:51+02:00Mathieu GiraudSupprimer, -G, -g germlines, et promouvoir -g germlines/homo-sapiens.hDans la discussion de #2134 :
> `-G` n'est qu'un raccourci pour des options qui sont désormais très avancées (et qu'on avait mis à un moment où on n'avait pas encore de fichier .g.)
Indépendamment de #2134, j'ai une très forte envi...Dans la discussion de #2134 :
> `-G` n'est qu'un raccourci pour des options qui sont désormais très avancées (et qu'on avait mis à un moment où on n'avait pas encore de fichier .g.)
Indépendamment de #2134, j'ai une très forte envie de supprimer `-G`, qui est un peu bizarre et dépend des noms de fichiers. L'option recommandée serait `-g`, et on peut toujours faire `-V` / `-D` / `-J` (plus les réglages de graines et autres) si besoin. C'est l'occasion de le faire, comme avec la prochaine release on change la ligne de commande en raison du `homo-sapiens.g`.
@mikael-s ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2144Tester buildBrowserGermline.py2023-03-02T17:12:33+01:00Mathieu GiraudTester buildBrowserGermline.pyZéro tests pour l'instant.
@mikael-sZéro tests pour l'instant.
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2142Séquences productives: limiter la recherche de codon stop à l'intérieur du gène2020-11-27T12:30:25+01:00Mathieu GiraudSéquences productives: limiter la recherche de codon stop à l'intérieur du gèneTâche extraite de #1824 :
> @mikael-s : attention au cas où on va séquencer jusqu'au vrai stop, mais est-ce possible ?
> @magiraud : C'est peut-être possible, selon le séquenceur, présent ou futur, et la préparation de la librairie :-...Tâche extraite de #1824 :
> @mikael-s : attention au cas où on va séquencer jusqu'au vrai stop, mais est-ce possible ?
> @magiraud : C'est peut-être possible, selon le séquenceur, présent ou futur, et la préparation de la librairie :-) ... et même pourquoi pas un stop en amont du V. On pourrait rajouter un substr bien senti, avant l'appel à hasInFrameStopCodon. Que fait ~repseq-IMGT ?
> @mikael-s : pour l'instant le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J (#2138), ce qui empêche de limiter la recherche de codon stop à une certaine zone.
Lien à voir avec #2138Algo 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2141Donner accès aux fichiers produit par les logiciels RepSeq utilisés par Vidjil2017-05-22T18:24:36+02:00Mikaël SalsonDonner accès aux fichiers produit par les logiciels RepSeq utilisés par VidjilDiscuté avec @magiraud et @RyanHerb : on veut pouvoir donner accès aux différents fichiers produits par les softs que nous lançons (c'est-à-dire pour l'instant Vidjil et MiXCR). Il n'y a a priori rien à cacher dans ces fichiers.Discuté avec @magiraud et @RyanHerb : on veut pouvoir donner accès aux différents fichiers produits par les softs que nous lançons (c'est-à-dire pour l'instant Vidjil et MiXCR). Il n'y a a priori rien à cacher dans ces fichiers.Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2140Donner toute la séquence en acides aminés2021-04-08T08:28:36+02:00Mikaël SalsonDonner toute la séquence en acides aminésSuite à #1372 on peut afficher les séquences en AA dans le segmenteur, mais juste sur le CDR3. Cependant cette fonctionnalité est réservée aux admins pour l'instant (avant le grand chamboulement dans le segmenteur #2137).
Fred aimerait v...Suite à #1372 on peut afficher les séquences en AA dans le segmenteur, mais juste sur le CDR3. Cependant cette fonctionnalité est réservée aux admins pour l'instant (avant le grand chamboulement dans le segmenteur #2137).
Fred aimerait voir la séquence complète en AA comme dans ~"repseq-IMGT".
cc @magiraud @RyanHerb @flothonimarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2138Le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J2020-10-14T11:10:04+02:00Mikaël SalsonLe FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du JEn l'état actuel, le FineSegmenter met le début du V à la position 1 de la séquence, et la fin du J à la dernière position de la séquence. Dans le cas d'un séquençage de produits de PCR ce n'est pas un problème. Avec de la capture ou du ...En l'état actuel, le FineSegmenter met le début du V à la position 1 de la séquence, et la fin du J à la dernière position de la séquence. Dans le cas d'un séquençage de produits de PCR ce n'est pas un problème. Avec de la capture ou du RNA-Seq (avec de longs reads), cela devient plus problématique.
La correction de ce bug aura aussi des conséquences pour la recherche du codon stop dans la séquence (voir #1824/#2142).
cc @magiraudAlgo 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2136Sélection flexible des features à afficher dans l'aligneur2021-04-08T08:28:57+02:00Mathieu GiraudSélection flexible des features à afficher dans l'aligneurSuite à #2135, AJAX IMGT et autres, il faudrait un moyen lorsqu'il y a "plein" de features, pour chosir celles qu'on veut.
@mikael-s @RyanHerbSuite à #2135, AJAX IMGT et autres, il faudrait un moyen lorsqu'il y a "plein" de features, pour chosir celles qu'on veut.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2135Visualiser FR1 et autres dans le client2021-04-08T08:27:52+02:00Mathieu GiraudVisualiser FR1 et autres dans le clientDemande de Fred à @flothoni et @mikael-s.
Voir aussi #1841Demande de Fred à @flothoni et @mikael-s.
Voir aussi #1841https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2134Permettre de ne lancer que certains germlines d'un fichier .germlines2017-12-04T14:55:54+01:00Mikaël SalsonPermettre de ne lancer que certains germlines d'un fichier .germlinesActuellement on a la possibilité de préciser soit un fichier `.germlines` dont tous les locus spécifiés seront analysés (sauf les incomplets si on n'a pas l'option `-i`), soit l'ensemble des fichiers « V » et l'ensemble des fichiers « J ...Actuellement on a la possibilité de préciser soit un fichier `.germlines` dont tous les locus spécifiés seront analysés (sauf les incomplets si on n'a pas l'option `-i`), soit l'ensemble des fichiers « V » et l'ensemble des fichiers « J » (et éventuellement D) sur la ligne de commande. Dans ce dernier cas, il s'agit d'un germline « custom » qui n'est donc pas assimilé à un germline reconnu et n'a pas d'espèces.
Il serait pratique de ne pouvoir sélectionner que quelques germlines au sein d'un fichier `.germlines`. Par exemple si je veux analyser les kappa avec les incomplets je pourrais faire `-g germline/homo-sapiens.germlines -? IGK,IGK+` (où le `?` est à remplacer par une lettre adéquate). Si je voulais préciser les fichiers V et J sur la ligne de commande, je perdrais la possibilité de séparer les complets des « inhabituels »
@magiraudAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2133Germlines de souris et de rat2017-12-04T14:55:54+01:00Mathieu GiraudGermlines de souris et de ratMettre tous les locus, et créer un fichier `germline/mus-musculus.g` et `germline/rattus-norvegicus.g`
@mikael-sMettre tous les locus, et créer un fichier `germline/mus-musculus.g` et `germline/rattus-norvegicus.g`
@mikael-sAlgo 2017.03Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2132Ranger les germlines par espèces (algo)2017-02-02T12:39:25+01:00Mathieu GiraudRanger les germlines par espèces (algo)Suite à #1987, pourrait-on faire un répertoire `germline/homo-sapiens` ?
J'ai l'impression que ce n'est pas si facile, plusieurs implications.
@mikael-sSuite à #1987, pourrait-on faire un répertoire `germline/homo-sapiens` ?
J'ai l'impression que ce n'est pas si facile, plusieurs implications.
@mikael-sAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2131Des workers meurent silencieusement2022-06-20T15:04:27+02:00Mikaël SalsonDes workers meurent silencieusementSur vda nous n'avons que deux workers en ce moment au lieu des 4 paramétrés. Qu'est-ce qui explique ces pertes ? Les workers ne sont pas supposés se relancer à leur décès ?
cc @magiraud @RyanHerbSur vda nous n'avons que deux workers en ce moment au lieu des 4 paramétrés. Qu'est-ce qui explique ces pertes ? Les workers ne sont pas supposés se relancer à leur décès ?
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2129Performance boost avec lazy_tables dans web2py2017-10-23T15:45:57+02:00Mikaël SalsonPerformance boost avec lazy_tables dans web2py[D'après la doc web2py](http://www.web2py.com/books/default/chapter/29/06/the-database-abstraction-layer#markmin_lazy_tables) le paramètre `lazy_tables` à la construction du DAL peut offrir de beaux gains de perfomance. À tester.
@Ryan...[D'après la doc web2py](http://www.web2py.com/books/default/chapter/29/06/the-database-abstraction-layer#markmin_lazy_tables) le paramètre `lazy_tables` à la construction du DAL peut offrir de beaux gains de perfomance. À tester.
@RyanHerb @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2127Ne pas utiliser innerHTML pour supprimer du contenu2017-04-25T15:10:40+02:00Ryan HerbertNe pas utiliser innerHTML pour supprimer du contenuEn rapport avec ce que disait @tydax concernant l'utilisation de `innerHTML = ""`
J'ai trouvé un benchmark à ce sujet: http://blog.stevenlevithan.com/archives/faster-than-innerhtml
Qui illustre que innerHTML est lent à la délétion ma...En rapport avec ce que disait @tydax concernant l'utilisation de `innerHTML = ""`
J'ai trouvé un benchmark à ce sujet: http://blog.stevenlevithan.com/archives/faster-than-innerhtml
Qui illustre que innerHTML est lent à la délétion mais rapide à la création. A savoir que dans notre code, on utilise plutôt innerHTML pour supprimer du contenu et les méthodes DOM/JQuery pour en créer.
@mikael-s @magiraud @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2122Les permissions ne sont pas vérifiées dans lors d'une édition de sequence_file2017-05-22T15:26:06+02:00Ryan HerbertLes permissions ne sont pas vérifiées dans lors d'une édition de sequence_fileLe traitement du formulaire d'édition de sequence_file ne vérifiait pas les permissions de l'utilisateur au moment d'attribuer le fichier à des sample_set.
Pour clarifier, il ne s'agit pas d'un bug dans les données affichées dans le f...Le traitement du formulaire d'édition de sequence_file ne vérifiait pas les permissions de l'utilisateur au moment d'attribuer le fichier à des sample_set.
Pour clarifier, il ne s'agit pas d'un bug dans les données affichées dans le formulaire, uniquement à la soumission du formulaire.
Il est possible de soumettre un formulaire d'édition de sequence_file avec des données non-présentes dans les options auto-complétées et d'ajouter le fichier à un patient/run auquel l'utilisateur ne devrait pas avoir accès.
@magiraud @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2121Recherche de séquence avec positions dégénérées / regexp2021-04-16T22:40:05+02:00Mathieu GiraudRecherche de séquence avec positions dégénérées / regexpCoucou @flothoni. Ce que tu as mis dans cd5a9975 peut être très intéressant : avoir des recherches dégénérées (et je comprends bien l'utilité pour les primers... #2043)... mais c'est une fonctionnalité nouvelle, qui peut avoir un impact ...Coucou @flothoni. Ce que tu as mis dans cd5a9975 peut être très intéressant : avoir des recherches dégénérées (et je comprends bien l'utilité pour les primers... #2043)... mais c'est une fonctionnalité nouvelle, qui peut avoir un impact sur les performance (des regexp partout au lieu d'un simple test), bref cela mérite un nouvelle branche `regexp` et qu'on en parle tranquillement, par exemple ici.
@mikael-s
Voir aussi #1693.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2120Génération du JSON : l'espace mémoire augmente de 50% à la fin de Vidjil2020-06-11T07:35:25+02:00Mikaël SalsonGénération du JSON : l'espace mémoire augmente de 50% à la fin de VidjilVoici en pièce jointe un graphique montrant la consommation mémoire de Vidjil sur un jeu de données. Le jeu de données n'est pas choisi au hasard, c'est celui qui a provoqué le plus grand pic de consommation mémoire sur vda depuis le déb...Voici en pièce jointe un graphique montrant la consommation mémoire de Vidjil sur un jeu de données. Le jeu de données n'est pas choisi au hasard, c'est celui qui a provoqué le plus grand pic de consommation mémoire sur vda depuis le début. Le jeu a cependant été restreint au premier million de séquences.
Le problème n'est ni dû à l'étape de KmerSegmentation (croissance régulière de la consommation mémoire, mais faible, due au stockage de nouvelles fenêtres) ni à celle de FineSegmentation (stabilité de l'utilisation mémoire), mais après :
* comparaison des fenêtres entre elles ?
* création du JSON ?
* …
Ce jeu de données se caractérise par une très grande proportion de fenêtres différentes (393 000 fenêtres pour 491 000 reads segmentés ou, pour le jeu complet 1,5M de fenêtres pour 1,9M de reads). Le jeu de données avec 1M de reads est sur le cloud (`data/vidjil_bug/issue-2120.fastq.gz`)
![mem](/uploads/d331ccbd532dce7f25e162c217b68a7c/mem.png)
@magiraudjson-exporthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2118Ascenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier so...2018-10-18T10:47:47+02:00Mikaël SalsonAscenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier sous ChromeLorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordina...Lorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordinateur d'Aurélie (Chrome 42) cela fait visiblement planter le thème de Windows.
@magiraud @RyanHerbWeb 2017.11Ryan HerbertRyan Herbert