vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-10-17T17:35:15+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2730EC-NGS Lille : social / repas du mardi soir2017-10-17T17:35:15+02:00Mathieu GiraudEC-NGS Lille : social / repas du mardi soirFlore à Lille sur la grand place ? Un autre de la grand place ?
Un trip boat sur la Deule + repas au Quesnoy ou à Wambrechies ? (Je n'arrive pas à retrouver cela, sur http://www.isnor.fr/, mais je crois que c'était possible)Flore à Lille sur la grand place ? Un autre de la grand place ?
Un trip boat sur la Deule + repas au Quesnoy ou à Wambrechies ? (Je n'arrive pas à retrouver cela, sur http://www.isnor.fr/, mais je crois que c'était possible)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2731Arrondis sur les axes floats2017-11-23T14:53:50+01:00Mathieu GiraudArrondis sur les axes floatsVu par @flothoni dans #2703 :
> on a des labels de 278.15, 312,57, ...
Que l'axe soit entier ou flottant, c'est ici un mauvais affichage, 278, 312 est plus lisible (et même 280, 310, voir #2699).
Par contre, si l'axe va de 278.01 à 27...Vu par @flothoni dans #2703 :
> on a des labels de 278.15, 312,57, ...
Que l'axe soit entier ou flottant, c'est ici un mauvais affichage, 278, 312 est plus lisible (et même 280, 310, voir #2699).
Par contre, si l'axe va de 278.01 à 278.74, c'est normal d'afficher deux chiffres après la virgule.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2732Traitement des options : refactorer vidjil.cpp avec CLI112018-06-27T16:54:12+02:00Mathieu GiraudTraitement des options : refactorer vidjil.cpp avec CLI11Séparé de #926.
Demande déjà à mieux évaluer CLI (sur `align`, ou d'autres choses) en utilisant des choses plus complexes comme les groupes.Séparé de #926.
Demande déjà à mieux évaluer CLI (sur `align`, ou d'autres choses) en utilisant des choses plus complexes comme les groupes.Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2733encodeURIComponent typo dans le code2017-10-19T14:53:22+02:00Thonier FlorianencodeURIComponent typo dans le codeUne toute petit erreur de typo dans le fichier `database.js` ligne 1106Une toute petit erreur de typo dans le fichier `database.js` ligne 1106https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2736fuse avec un fichier inexistant (deleted)2021-11-16T16:44:40+01:00Thonier Florianfuse avec un fichier inexistant (deleted)Demande de ~"Paris-Pitié" sur un de leur sample.
Après diverse manipulations sur leurs samples (erreur de fichier loadé et autre), ils ont tenté de supprimer tous les fichiers qui étaient présent et de relancer l'analyse.
Le souci c'e...Demande de ~"Paris-Pitié" sur un de leur sample.
Après diverse manipulations sur leurs samples (erreur de fichier loadé et autre), ils ont tenté de supprimer tous les fichiers qui étaient présent et de relancer l'analyse.
Le souci c'est que le fuse se lance avec en argument une liste entière de fichiers de résultats. Et parmi ceux-ci, il y en a un qui n'existe pas.
Deux points :
* Je ne sais pas pourquoi la liste est longue de près de 36 fichiers (qui existe toujours). Il s'agit des fichiers du set auquel il appartient, mais si on lance par la vue patient il ne devrait pas les inclure non ?
* Je ne sais pas pourquoi ce fichier qui n'existe plus est toujours dans la liste.
@mikael-s ou @RyanHerb : Vous qui avez un accès "direct" à la base vous pouvez m'éclairer svp ?
* Le patient : https://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=25216&config=26
* Le fichier inexistant incriminé : `/mnt/data/prod/result/results/results_file.data_file.8527084d8ad5abb9.3033303730332e7669646a696c.txt`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2737CLI: Définir des options longues2020-08-27T12:05:53+02:00Mathieu GiraudCLI: Définir des options longuesAprès #2732, on pourra définir des options longues comme `--seed` en plus de (ou au lieu de) `-s`.
Cela peut être l'occasion de faire du rangement.Après #2732, on pourra définir des options longues comme `--seed` en plus de (ou au lieu de) `-s`.
Cela peut être l'occasion de faire du rangement.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2738CLI: personnaliser la chaîne d’aide2018-06-19T12:28:43+02:00Mathieu GiraudCLI: personnaliser la chaîne d’aideBloque #2732.
Peut-être du ~bikeshedding . Le rendu du `-h` dans !105 me gène pour certains types : pour `-V TEXT ...` ou `-o TEXT=./out/`, on s’attendrait à voir plutôt `-V FILE` et `-o PATH`.
Bloque #2732.
Peut-être du ~bikeshedding . Le rendu du `-h` dans !105 me gène pour certains types : pour `-V TEXT ...` ou `-o TEXT=./out/`, on s’attendrait à voir plutôt `-V FILE` et `-o PATH`.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2739CLI: options numériques et autres2019-03-21T09:13:12+01:00Mathieu GiraudCLI: options numériques et autresBloque #2732.
Pour l’instant, CLI11 refuse les options type `-1`, `-2`, `-3`, `-4`, `-#`, `-!`, `-%`.
Est-ce une question liée à une POSIX-itude ou quelque chose de similaire ?
On pourrait
- avoir d’autres noms d'options, probableme...Bloque #2732.
Pour l’instant, CLI11 refuse les options type `-1`, `-2`, `-3`, `-4`, `-#`, `-!`, `-%`.
Est-ce une question liée à une POSIX-itude ou quelque chose de similaire ?
On pourrait
- avoir d’autres noms d'options, probablement longs #2737
- ou bien, pour conserver nos configs, tests, et être rétro-compatible, patcher CLI11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2740CLI: définir et utiliser ->advanced()2019-03-21T09:10:49+01:00Mathieu GiraudCLI: définir et utiliser ->advanced()Bloque #2732.
Les options `-h` / `-H` sont assez pertinentes, on ne veut pas montrer toujours toutes les options.
Pour retrouver cela en restant dans l'esprit de CLI11, on pourrait définir une `Option *advanced()` qui mettrait un flag ...Bloque #2732.
Les options `-h` / `-H` sont assez pertinentes, on ne veut pas montrer toujours toutes les options.
Pour retrouver cela en restant dans l'esprit de CLI11, on pourrait définir une `Option *advanced()` qui mettrait un flag `advanced` aux options en question.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2741CLI: valeurs NO_LIMIT2018-06-19T12:28:42+02:00Mathieu GiraudCLI: valeurs NO_LIMITBloque #2732.
Plusieurs options utilisent `atoi_NO_LIMIT`ou `atof_NO_LIMIT` pour accepter la chaîne `all`.
Pourrait-on faire un `Option *` qui se charge de cela, ou un autre mécanisme générique ?
Notons qu'on ne peut pas transformer la...Bloque #2732.
Plusieurs options utilisent `atoi_NO_LIMIT`ou `atof_NO_LIMIT` pour accepter la chaîne `all`.
Pourrait-on faire un `Option *` qui se charge de cela, ou un autre mécanisme générique ?
Notons qu'on ne peut pas transformer la valeur en `NO_LIMIT_VALUE` en `NO_LIMIT`, car c'est après la conversion. On devra probablement toucher au callback.Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2742CLI: pouvoir ordonner les groupes d'options dans le -h2018-06-17T17:23:40+02:00Mathieu GiraudCLI: pouvoir ordonner les groupes d'options dans le -hBloque #2732.
Les groupes d’options sont par ordre alphabétique. Nous voulons avoir un ordre plus pertinent. Au pire, si on n'arrive pas, on mettra des 1/2/3 sur les groupes.Bloque #2732.
Les groupes d’options sont par ordre alphabétique. Nous voulons avoir un ordre plus pertinent. Au pire, si on n'arrive pas, on mettra des 1/2/3 sur les groupes.Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2743Passer avec la souris sur les séquences du segmenteur supprime la vue des mut...2022-05-12T11:06:47+02:00Mathieu GiraudPasser avec la souris sur les séquences du segmenteur supprime la vue des mutationsRapporté par Aurélie ~"LIL-Lille" ce matin: lors d'un certain `:hover`, la couleur rouge s'enlève.
Je ne suis pas sûr d'avoir bien compris, je n'ai pas réussi à reproduire de mon côté.
@RyanHerb avait des idées à ce propos (update du se...Rapporté par Aurélie ~"LIL-Lille" ce matin: lors d'un certain `:hover`, la couleur rouge s'enlève.
Je ne suis pas sûr d'avoir bien compris, je n'ai pas réussi à reproduire de mon côté.
@RyanHerb avait des idées à ce propos (update du segmenteur et highlights ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2746Refactoriser views/{patient,run,sample_set}/index.html dans une unique vue2018-03-21T19:04:39+01:00Mathieu GiraudRefactoriser views/{patient,run,sample_set}/index.html dans une unique vueLa vue `index` des trois types de `sample_set` est très similaire. Idéalement, on aimerait n'avoir que celle de `sample_set`, avec des colonnes pouvant changer suivant le type.
Par contre, il parait normal (quoique) qu'il y ait pour cha...La vue `index` des trois types de `sample_set` est très similaire. Idéalement, on aimerait n'avoir que celle de `sample_set`, avec des colonnes pouvant changer suivant le type.
Par contre, il parait normal (quoique) qu'il y ait pour chaque type de `sample_set` un `add` / `edit` / `delete` / `confirm`, ces vues sont plus restreintes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2749CLI11: callback sur options2018-06-19T12:28:41+02:00Mathieu GiraudCLI11: callback sur optionsSerait plus propre pour #2732.
Il reste dans !105 un certain nombre d'options non faites, comme `-A`, `-z`, `-f`, `-C`... Ces options ont en commun de faire plusieurs choses, elles ont une à quelques lignes de code. À chaque fois, on po...Serait plus propre pour #2732.
Il reste dans !105 un certain nombre d'options non faites, comme `-A`, `-z`, `-f`, `-C`... Ces options ont en commun de faire plusieurs choses, elles ont une à quelques lignes de code. À chaque fois, on pourrait stocker la valeur puis la traiter dans le `options: post-processing`, comme cela est fait pour `cmd`.
Mais ce n'est pas propre. Idéalement, on aimerait donner une fonction callback (en lambda expression) pour faire directement, dans le `add_option`, ce qu'on veut : une option est définie à un et un seul endroit.
Apparement c'est possible pour le `add_flag`, via `add_flag_function`. Le faire donc déjà pour `-A`.
Puis trouver un gourou des templates et autres pour comprendre si on peut aussi définir un `add_option_function` pour les autres.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2751La selection par les labels de certains axes est fausse2018-08-09T14:12:06+02:00Thonier FlorianLa selection par les labels de certains axes est fausseSuite à #2116 et !107, je me suis aperçu que certaines séléctions (qu isont dorenavent misent en avant par le pointeur) ne retourne pas des séléctions adéquates.
* le preset 2 (Vgene/Nlength) selectionne par exemple l'ensemble des clones...Suite à #2116 et !107, je me suis aperçu que certaines séléctions (qu isont dorenavent misent en avant par le pointeur) ne retourne pas des séléctions adéquates.
* le preset 2 (Vgene/Nlength) selectionne par exemple l'ensemble des clones si on clique sur plus ou moins n'importe lequel des labels Nlength.
* Il en va de même pour l'ensemble des axes numériques, avec parfois un simple décalage (clone consensus length en histogramme), ou parfois une séléction completement aléatoire ().
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2752Message d'alerte non diffusé vers https2021-11-16T16:05:49+01:00Thonier FlorianMessage d'alerte non diffusé vers httpsJe me suis aperçu d'une erreur hier.
Lorsque l'on met un message d'erreur sur le serveur (le bandeau jaune) lorsque le serveur est tombé, celui-ci ne s'affiche pas si on passe par le `https`. Dans ce cas si on a une fenêtre qui s'ouvre ...Je me suis aperçu d'une erreur hier.
Lorsque l'on met un message d'erreur sur le serveur (le bandeau jaune) lorsque le serveur est tombé, celui-ci ne s'affiche pas si on passe par le `https`. Dans ce cas si on a une fenêtre qui s'ouvre distant qu'il y a un problème avec le certificat `ssl`, et donc il doit stopper le chargement avant d’afficher le bandeau.
Cette erreur est d'autant plus dérangeante qu'elle stipule à l'utilisateur de changer ou mettre à jour son navigateur internet (et le rend quelque part responsable, à tort). Clapier vient de me tléphoner en me disant que justement ils ne comprenait pas pourquoi ils avaient cette erreur.
Une idée de comment passer outre cette erreur ?
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2755Documenter l'utilisation de Docker2017-12-13T09:31:43+01:00Mathieu GiraudDocumenter l'utilisation de Docker`doc/server.org` pourrait contenir des infos sur l'installation Docker.
Il faudra d'ailleurs un jour qu'on fasse une journée tutorial Docker pour tous, puis qu'on communique sur cette installation.`doc/server.org` pourrait contenir des infos sur l'installation Docker.
Il faudra d'ailleurs un jour qu'on fasse une journée tutorial Docker pour tous, puis qu'on communique sur cette installation.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2756Docker: Avoir un volume pour les certificats SSL2019-11-22T13:42:37+01:00Ryan HerbertDocker: Avoir un volume pour les certificats SSLA l'installation de vidjil, on génère un certificat SSL "self-signed" mais ce n'est pas désirable pour un environnement de production. Actuellement le seul moyen de mettre les certificats dans le container nginx est de s'y connecter pour...A l'installation de vidjil, on génère un certificat SSL "self-signed" mais ce n'est pas désirable pour un environnement de production. Actuellement le seul moyen de mettre les certificats dans le container nginx est de s'y connecter pour l'importer, ou rebuild l'image avec le certificat "baked in" (cf. vdj#521).
Avec un volume monté vers l'extérieur, l'opération deviendrait bien plus simple.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2760Envoyer des mails (Vidjil morning, tickets) dans le dock2020-04-23T20:09:04+02:00Mathieu GiraudEnvoyer des mails (Vidjil morning, tickets) dans le dockÀ récupérer sur le `cron` de `vda`À récupérer sur le `cron` de `vda`prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2764Erreur lors de la suppression d'un sample2018-03-13T15:52:59+01:00Mikaël SalsonErreur lors de la suppression d'un sampleUn utilisateur a eu des erreurs serveurs lors de la suppression d'un sample set : https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/164.2.255.244.2017-10-27.14-19-19.1155f8b0-c89a-4a13-b33b-28ecdd947f3fUn utilisateur a eu des erreurs serveurs lors de la suppression d'un sample set : https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/164.2.255.244.2017-10-27.14-19-19.1155f8b0-c89a-4a13-b33b-28ecdd947f3fRyan HerbertRyan Herbert