vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-10-05T19:10:28+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3520Calcul des clones supérieurs à 5%2018-10-05T19:10:28+02:00Ryan HerbertCalcul des clones supérieurs à 5%Le code dans [task.py: compute_extra](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/feature-s/more_stats_decorators/server/web2py/applications/vidjil/models/task.py#L94)
la partie qui calcule le nombre de clones supérieurs à 5% d'abondance...Le code dans [task.py: compute_extra](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/feature-s/more_stats_decorators/server/web2py/applications/vidjil/models/task.py#L94)
la partie qui calcule le nombre de clones supérieurs à 5% d'abondance ne semble pas donner le résultat que j'attendais.
Un peu d'aide serait la bienvenue :-)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3511Utilise-t-on l'heuristique de filtrage pour le locus unexpected ?2018-10-04T11:34:57+02:00Mikaël SalsonUtilise-t-on l'heuristique de filtrage pour le locus unexpected ?Je n'ai pas l'impressionJe n'ai pas l'impressionhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3509Comment afficher des axes quand ils sont disponibles ?2018-10-04T09:01:33+02:00Mathieu GiraudComment afficher des axes quand ils sont disponibles ?10c82fbc m'a fait penser que nous avons plusieurs axes qui ne sont pertinents uniquement une fois que certaines données sont disponibles. Voir les axes `hide`, dont `productivity_IMGT`.
- Avoir un mécanisme pour les afficher quand c'es...10c82fbc m'a fait penser que nous avons plusieurs axes qui ne sont pertinents uniquement une fois que certaines données sont disponibles. Voir les axes `hide`, dont `productivity_IMGT`.
- Avoir un mécanisme pour les afficher quand c'est bon ?
- et/ou faire comme pour tSNE : un preset qui les utilise, quitte à lancer quelque chose ? (pour cloneDB, lancer sur tout ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3505CloneDB : trier la liste des résultats par pourcentage décroissant2018-10-04T07:53:36+02:00Mikaël SalsonCloneDB : trier la liste des résultats par pourcentage décroissantPour l'instant tout est mélangé et qu'on a de longues listes on a envie de trouver rapidement les plus fortes occurrences.Pour l'instant tout est mélangé et qu'on a de longues listes on a envie de trouver rapidement les plus fortes occurrences.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2700Réduire les différences entre MODE_BAR et MODE_GRID2018-10-03T23:57:38+02:00Mathieu GiraudRéduire les différences entre MODE_BAR et MODE_GRIDY a-t-il des raisons autres qu'historiques qui fait qu'on a tant de différences/recopies entre les deux modes d'affichage ?
- dans `generic_axis.js`, `computeLabels` et `computeBarLabels` sont bien différents (je m'en suis rendu compt...Y a-t-il des raisons autres qu'historiques qui fait qu'on a tant de différences/recopies entre les deux modes d'affichage ?
- dans `generic_axis.js`, `computeLabels` et `computeBarLabels` sont bien différents (je m'en suis rendu compte en essayant de faire #2699, voir !91)
- dans `scatterplot.js`, similarités de codes entre `computeBarTab` utilise `axisX.posBarLabel
Dans `scatterplot.js`, au moment de faire le bar plot, on doit certes avoir une gestion différenciée de l'axe Y. Mais j'ai l'impression que tout ce qui touche l'axe X devrait être identique/générique (et #2394 serait alors naturel). Que ce soit en `BAR` ou en `GRID`, que ce soit en valeurs génériques ou numériques, on peut avoir (ou pas) des valeurs `?`, on a envie d'avoir du `nice_{floor,ceil}` #2699, on peut vouloir (ou pas) zoomer #2431.
cc @RyanHerbWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3402Aho : segmentation en DJ au lieu de VDJ2018-10-03T15:57:05+02:00Mikaël SalsonAho : segmentation en DJ au lieu de VDJSur le test simple `should-vdj-tests/igh-vdj.should-vdj.fa` on segmente en DJ au lieu de segmenter en VDJ.
```
>(IGHV1-18*01, IGHV1-18*04) 0//0 IGHD3-16*01 0//0 IGHJ4*01 [IGH]
agcctacatggagctgaggagcctgagatctgacgacacggccgtgtattactgtgcga...Sur le test simple `should-vdj-tests/igh-vdj.should-vdj.fa` on segmente en DJ au lieu de segmenter en VDJ.
```
>(IGHV1-18*01, IGHV1-18*04) 0//0 IGHD3-16*01 0//0 IGHJ4*01 [IGH]
agcctacatggagctgaggagcctgagatctgacgacacggccgtgtattactgtgcgagaga
gtattatgattacgtttgggggagttatgcttatacc
actactttgactactggggccaaggaaccctggtcaccgtctcctcag
```
En IGH :
```
IGH SEG_+ 1.339458e-30 2.318227e-129/1.339458e-30+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H ?+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
En IGH+ :
```
IGH+ SEG_+ 1.329853e-39 8.909570e-83/1.329853e-39 _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
Cela passe en IGH+ à cause du J, qui a pourtant autant d'affectations dans les deux cas. Mais la différence c'est que la fenêtre est plus proche du J en IGH+ qu'en IGH. La e-valeur est donc calculée sur une zone moins grande pour le J en IGH+ qu'en IGH, la e-valeur est donc moins élevée en IGH+ et IGH+ gagne.Heuristique 2.0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2168Mieux construire la pseudo-germline xxx en prenant aussi les gènes D2018-10-03T15:52:36+02:00Mathieu GiraudMieux construire la pseudo-germline xxx en prenant aussi les gènes DLes gènes `D` ne sont pour l'instant pas pris en compte.
Voir 3ea1027 et #2167.
@mikael-sLes gènes `D` ne sont pour l'instant pas pris en compte.
Voir 3ea1027 et #2167.
@mikael-sHeuristique 2.0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2793URL : /?set=1471 ouvre une page de la database sur le bon patient/run/set2018-10-02T18:08:17+02:00Mathieu GiraudURL : /?set=1471 ouvre une page de la database sur le bon patient/run/set`?set=1471` (ou même `http://app.vidjil.org/1471` après #2792), sans config, pourrait ouvrir la bonne page de la db.
Pas urgent du tout.
cc @RyanHerb`?set=1471` (ou même `http://app.vidjil.org/1471` après #2792), sans config, pourrait ouvrir la bonne page de la db.
Pas urgent du tout.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3494URL pour stats (serveur)2018-10-02T18:08:16+02:00Mathieu GiraudURL pour stats (serveur)Comme les url pour `compare`, on aimerait avoir des urls pour stats.
Mais pas tout de suite, avant c'est plus important de faire #2793.
cc @RyanHerbComme les url pour `compare`, on aimerait avoir des urls pour stats.
Mais pas tout de suite, avant c'est plus important de faire #2793.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3490Afficher les codons sur les séquences2018-09-27T18:47:36+02:00Mathieu GiraudAfficher les codons sur les séquencesSuite à #3325/!296, on aimerait pouvoir afficher les codons même quand on a n'a pas mis les germline genes... et peut-être sur plusieurs séquences, pas uniquement sur la premièreSuite à #3325/!296, on aimerait pouvoir afficher les codons même quand on a n'a pas mis les germline genes... et peut-être sur plusieurs séquences, pas uniquement sur la premièrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3484Add germline genes et désélection de clones2018-09-27T18:45:57+02:00Mathieu GiraudAdd germline genes et désélection de clonesLa désélection de tous les clones devrait aussi enlever les germlines genes.
(Et la désélection d'un clone ? Probablement pas, on peut avoir envie de faire d'autres choses avec les germline genes).La désélection de tous les clones devrait aussi enlever les germlines genes.
(Et la désélection d'un clone ? Probablement pas, on peut avoir envie de faire d'autres choses avec les germline genes).CLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3461Lazy_msa avec EndWithSomeDeletions2018-09-27T07:16:32+02:00Mathieu GiraudLazy_msa avec EndWithSomeDeletionsPlus général que #3332.
Pouvoir faire un alignement *multiple* avec certains blocs qui sautent.
1) Le calculer
2) Comment les afficher ? Par exemple :
```
V GACATCACGACTAGacatgctacg
read GACATCACGACTAGTTCATTCACACACATAC
J ...Plus général que #3332.
Pouvoir faire un alignement *multiple* avec certains blocs qui sautent.
1) Le calculer
2) Comment les afficher ? Par exemple :
```
V GACATCACGACTAGacatgctacg
read GACATCACGACTAGTTCATTCACACACATAC
J agtgtgagatACACACATAC
```
Cela fait furieusement penser à la sortie de `vdj_assign`.CLL-2018-septembreMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3486segmenter.js: typo dans highlightToString2018-09-26T21:33:53+02:00Mathieu Giraudsegmenter.js: typo dans highlightToString`highlightToString`: une typo `tooltipe` et non pas `tooltip` dans `if(typeof h.tooltipe != 'undefined') ``highlightToString`: une typo `tooltipe` et non pas `tooltip` dans `if(typeof h.tooltipe != 'undefined') `https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3177Export graph : ne pas le proposer si le graph n'est pas affiché2018-09-26T16:50:45+02:00Mikaël SalsonExport graph : ne pas le proposer si le graph n'est pas affichéLa visualisation du graph peut-être désactivée (c'est le cas par défaut quand il n'y a qu'un sample). Dans ce cas il ne faut pas permettre l'export SVG du graph puisqu'il échoue. Il faudrait en revanche proposer l'export du second scatte...La visualisation du graph peut-être désactivée (c'est le cas par défaut quand il n'y a qu'un sample). Dans ce cas il ne faut pas permettre l'export SVG du graph puisqu'il échoue. Il faudrait en revanche proposer l'export du second scatterplot.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2893Erreur serveur à la suppression de sample sets2018-09-24T15:53:02+02:00Mikaël SalsonErreur serveur à la suppression de sample setsRennes vient d'avoir des erreurs serveurs en supprimant un sample set : https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/93.93.153.226.2017-11-23.18-15-53.7611c430-63a0-429b-aeba-5a03cb7e9d51
C'était aussi le cas de [Monza](https://db....Rennes vient d'avoir des erreurs serveurs en supprimant un sample set : https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/93.93.153.226.2017-11-23.18-15-53.7611c430-63a0-429b-aeba-5a03cb7e9d51
C'était aussi le cas de [Monza](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/149.132.237.26.2017-11-22.14-58-43.1e393560-8065-4d7f-9485-b3deb6e57993) et de [Necker](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/164.2.255.244.2017-11-22.09-26-23.aef4127b-ec25-4be1-a641-45bdf3c6e5dc) il y a quelques jours.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3462vdj_assign : out_of_range2018-09-14T15:57:54+02:00Mathieu Giraudvdj_assign : out_of_rangeL'exemple donné en usage, en enlevant les deux premiers caractères du début de la séquence, donne un `out_of_range`
```
./vdj_assign GAGGACACAGCCGTGTATTTTTTCCCCTAGTGGTTGCCCCTTTGACTACTGGGGCCAGGGAACC ../../germline/homo-sapiens/IGH V J "I...L'exemple donné en usage, en enlevant les deux premiers caractères du début de la séquence, donne un `out_of_range`
```
./vdj_assign GAGGACACAGCCGTGTATTTTTTCCCCTAGTGGTTGCCCCTTTGACTACTGGGGCCAGGGAACC ../../germline/homo-sapiens/IGH V J "IGHV3-15*01" "IGHJ4*02"
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3168Warnings / qualité par type de manipulation ou même par utilisateur2018-09-14T12:07:14+02:00Mathieu GiraudWarnings / qualité par type de manipulation ou même par utilisateurPlus fort que #2875.
Profil par type de manipulation (sequenceur, données, ..) ou utilisateurPlus fort que #2875.
Profil par type de manipulation (sequenceur, données, ..) ou utilisateurhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3362À quoi sert le ref dans les fichiers .g / à quoi sert germline_id2018-09-07T09:43:25+02:00Mikaël SalsonÀ quoi sert le ref dans les fichiers .g / à quoi sert germline_idLors d'une mise à jour du germline il est nécessaire de mettre à jour les fichiers `.g` afin de faire passer le test `should-get-tests/11-get-saved-germline-id.should-get`.
Le champ `"ref"` des fichiers germlines renseigne une version p...Lors d'une mise à jour du germline il est nécessaire de mettre à jour les fichiers `.g` afin de faire passer le test `should-get-tests/11-get-saved-germline-id.should-get`.
Le champ `"ref"` des fichiers germlines renseigne une version précise des germlines. Pourquoi ? À quoi cela sert ? Je comprends qu'il soit nécessaire d'avoir une version minimale mais je ne vois pas l'utilité d'imposer une version (et de devoir la changer à chaque mise à jour des germlines).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3448Recevoir des mails un jour avant l'échéance des tâches2018-09-07T08:07:57+02:00Mathieu GiraudRecevoir des mails un jour avant l'échéance des tâchesEst-ce que cela fonctionne ?
https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab-ce/issues/27500
cc @mikael\-sEst-ce que cela fonctionne ?
https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab-ce/issues/27500
cc @mikael\-s2018-09-06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2797Mettre à jour (et renommer) format-analysis.org2018-09-07T08:06:36+02:00Mathieu GiraudMettre à jour (et renommer) format-analysis.orgWeb 2018.01