vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-28T16:05:13+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5040Pas de liste de clones ?2023-03-28T16:05:13+02:00Mathieu GiraudPas de liste de clones ?
https://app.vidjil.org/3241-25?
![image](/uploads/8ddc9f0e95407ea7655b0aecdb99cae5/image.png)
https://app.vidjil.org/3241-25?
![image](/uploads/8ddc9f0e95407ea7655b0aecdb99cae5/image.png)Web 2022.12Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5118Warnings view; unknown warnings are not shown2023-03-28T16:00:55+02:00THONIER FlorianWarnings view; unknown warnings are not shownIf I open a file from Nantes with warnings from their scripts, their are not shown in the warnings view.If I open a file from Nantes with warnings from their scripts, their are not shown in the warnings view.Web 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5128Missing image for diversity measures in the documentation2023-03-22T18:05:13+01:00Mikaël SalsonMissing image for diversity measures in the documentationSee here: https://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indices
The image filename is `diversity_splitted_by_locus.png` but, indeed, it doesn't exist on the repository.
The reference to the figure was included in !1151...See here: https://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indices
The image filename is `diversity_splitted_by_locus.png` but, indeed, it doesn't exist on the repository.
The reference to the figure was included in !1151.
@flothoni can you include this image?Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5083Faire un point sur tSNE, puis doc2023-03-21T16:52:04+01:00Mathieu GiraudFaire un point sur tSNE, puis docWeb 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5114similarity: être en Global2023-03-09T14:32:58+01:00Mathieu Giraudsimilarity: être en Globalhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5016Les branches en doc/ font échouer le CI (gitlab-ci.yml)2023-03-02T17:54:49+01:00Thonier FlorianLes branches en doc/ font échouer le CI (gitlab-ci.yml)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5105Run multiple pre/post fuse process in the same time2023-03-02T17:14:28+01:00Thonier FlorianRun multiple pre/post fuse process in the same timeAdd a way to make call to multiple script for prefuse/postfuse.Add a way to make call to multiple script for prefuse/postfuse.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2144Tester buildBrowserGermline.py2023-03-02T17:12:33+01:00Mathieu GiraudTester buildBrowserGermline.pyZéro tests pour l'instant.
@mikael-sZéro tests pour l'instant.
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2204clone.js: factoriser getSize() et getSize2()2023-03-02T15:36:35+01:00Mathieu Giraudclone.js: factoriser getSize() et getSize2()Et clarifier la normalisation.
cc @mikael-sEt clarifier la normalisation.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3982Certains log de preprocess ne sont pas accessibles2023-03-02T15:12:20+01:00Thonier FlorianCertains log de preprocess ne sont pas accessiblesJE regarde un patient qui a une analyse en failed. J'ai voulu voir le log du preprocess mais j'ai un panel blanc qui s'affiche au lieu du log attendu.
Le patient concerné est le 33782, et son premier sample (au moment ou j'écris ces lig...JE regarde un patient qui a une analyse en failed. J'ai voulu voir le log du preprocess mais j'ai un panel blanc qui s'affiche au lieu du log attendu.
Le patient concerné est le 33782, et son premier sample (au moment ou j'écris ces lignes).
Je ne sais pas encore la raison de l'échec de l'analyse, ni celle de l'affichage du log.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2087Monitorer la vitesse de download/upload2023-03-02T08:22:40+01:00Mathieu GiraudMonitorer la vitesse de download/uploadParfois les serveurs sont lents (vidjil/vdj#341, vidjil/vdj#342).
Il faudrait monitorer aussi la vitesse de up/download (ou déjà le temps que prennent certaines requêtes).
@mikael-s @flothoni @RyanHerbParfois les serveurs sont lents (vidjil/vdj#341, vidjil/vdj#342).
Il faudrait monitorer aussi la vitesse de up/download (ou déjà le temps que prennent certaines requêtes).
@mikael-s @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2099Construire jeu de données de clusterisation à partir des analyses cliniques2023-03-01T18:22:14+01:00Thonier FlorianConstruire jeu de données de clusterisation à partir des analyses cliniquesL'idée est de recupérer les analyses déjà faites par les cliniciens, notement les merges qu'ils ont pu faire, et de l'utiliser comme une base de comparaisons des différents algo de cluterisation dans vidjil ou le browser.
@magiraud @mi...L'idée est de recupérer les analyses déjà faites par les cliniciens, notement les merges qu'ils ont pu faire, et de l'utiliser comme une base de comparaisons des différents algo de cluterisation dans vidjil ou le browser.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2074Documenter ?/?2023-03-01T18:16:19+01:00Mathieu GiraudDocumenter ?/?http://www.vidjil.org/doc/user.html ne mentionne pas `?/?`.
D'ailleurs, il n'y a quasiment rien sur ~client-grid, voir aussi #2060.
@mikael-shttp://www.vidjil.org/doc/user.html ne mentionne pas `?/?`.
D'ailleurs, il n'y a quasiment rien sur ~client-grid, voir aussi #2060.
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2283app/analyze: mauvais affichage lorsqu'il n'y a que des séquences non segmentées2023-03-01T17:09:18+01:00Mathieu Giraudapp/analyze: mauvais affichage lorsqu'il n'y a que des séquences non segmentéesLa grid à droite n'affiche rien si on lance sur ~"app-analyze"
```
>vdfgdfg
AACACAAAA
>dfgdfg
ACACGTGT
```
Alors que si on rajoute une séquence segmentable, tout fonctionne, les séquences apparaissent en `xxx`.
cc @mikael-sLa grid à droite n'affiche rien si on lance sur ~"app-analyze"
```
>vdfgdfg
AACACAAAA
>dfgdfg
ACACGTGT
```
Alors que si on rajoute une séquence segmentable, tout fonctionne, les séquences apparaissent en `xxx`.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1607Des e-valeurs sont supérieures à 12023-03-01T17:05:07+01:00Vidjil TeamDes e-valeurs sont supérieures à 1Pour moi, elles ne pouvaient pas être supérieures à 1 pourtant quand on va ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=614&config=25 on a deux i orange et les deux e-valeurs sont supérieures à 1.
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Le patient a été supprimé....Pour moi, elles ne pouvaient pas être supérieures à 1 pourtant quand on va ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=614&config=25 on a deux i orange et les deux e-valeurs sont supérieures à 1.
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Le patient a été supprimé... à voir si on peut le refaire sur un autre fichier, et surtout sur la nouvelle version. En attendant, la séquence en question est dans notable, et elle donne une e-valeur correcte seule.
***
Ici on en a aussi : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2 : e-valeur de 568 pour le clone en J3
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2042Conserver l'url suite à un login2023-03-01T17:04:11+01:00Mathieu GiraudConserver l'url suite à un loginSi j'accède à une URL de type http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=1803&config=35 sans être loggué, je tombe sur la page de login.
Après le login, ce serait bien d'accéder directement à la page voulue. Ce n'est pas le cas act...Si j'accède à une URL de type http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=1803&config=35 sans être loggué, je tombe sur la page de login.
Après le login, ce serait bien d'accéder directement à la page voulue. Ce n'est pas le cas actuellement, au moins pour les comptes admin.
@mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2511exportFasta: ne pas faire de choses particulières selon les germlines2023-03-01T17:02:47+01:00Mathieu GiraudexportFasta: ne pas faire de choses particulières selon les germlinesVu avec @mikael-s et @aurelBZH : la construction de `exportFasta` fait des choses trop dépendantes des germlines particulières.
Déjà utiliser la/les liste(s) plate(s) de #2487, en attendant mieux.Vu avec @mikael-s et @aurelBZH : la construction de `exportFasta` fait des choses trop dépendantes des germlines particulières.
Déjà utiliser la/les liste(s) plate(s) de #2487, en attendant mieux.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2520On a moins de 100 clones avec la config MiXCR2023-03-01T16:59:27+01:00Mikaël SalsonOn a moins de 100 clones avec la config MiXCRDemande de Anne :
> Pour les analyse MiXCR je n'ai pas compris pourquoi quand on demande via le filtre de visualiser 100 clones, l'interface en affiche systématiquement moins de 100, même en mettant le curseur à fond.
@RyanHerb une idée ?Demande de Anne :
> Pour les analyse MiXCR je n'ai pas compris pourquoi quand on demande via le filtre de visualiser 100 clones, l'interface en affiche systématiquement moins de 100, même en mettant le curseur à fond.
@RyanHerb une idée ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2513Comment déplacer efficacement un élément dans le DOM ?2023-03-01T16:58:21+01:00Mathieu GiraudComment déplacer efficacement un élément dans le DOM ?Voir #1740.
Discussion avec @heto
`.insertAfter` ? `.appendChild` ?Voir #1740.
Discussion avec @heto
`.insertAfter` ? `.appendChild` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2515Permettre de changer la taille entre différents éléments du responsive2023-03-01T16:57:17+01:00Mathieu GiraudPermettre de changer la taille entre différents éléments du responsiveVu avec @heto
Suite à #2500, que ce soit entre les panels A/B/C voire entre les vues dans un panel, on aimerait pouvoir avoir un séparateur déplaçable (avec certaines contraintes comme les 400px). Mais ce n'est pas le plus important po...Vu avec @heto
Suite à #2500, que ce soit entre les panels A/B/C voire entre les vues dans un panel, on aimerait pouvoir avoir un séparateur déplaçable (avec certaines contraintes comme les 400px). Mais ce n'est pas le plus important pour l'instant.