vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-04-19T18:42:09+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4713Pouvoir régler par conf.js le healthcare2021-04-19T18:42:09+02:00Mathieu GiraudPouvoir régler par conf.js le healthcare
Faire mieux que !925/!927 en faisant dépendre cela d'une variable dans `conf.js`.
Penser d'indiquer aussi est hébergé le serveur et qui sont les administrateurs du système
(serveurs in-lab ou VidjilNet).
Faire mieux que !925/!927 en faisant dépendre cela d'une variable dans `conf.js`.
Penser d'indiquer aussi est hébergé le serveur et qui sont les administrateurs du système
(serveurs in-lab ou VidjilNet).Web 2021.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4710Traduction AA : s'arrêter à la fin du J / au début de V2021-05-05T15:26:31+02:00Mathieu GiraudTraduction AA : s'arrêter à la fin du J / au début de VDepuis !705, on a bien ces donnéesDepuis !705, on a bien ces donnéesWeb 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4703Bouton pour accéder directement au "compare sample " d'un seul sample2021-04-20T09:48:51+02:00Mathieu GiraudBouton pour accéder directement au "compare sample " d'un seul sampleRéflexion dans #2442. Une première solution simple, discutée aujourd'hui
cc @flothoni @duezRéflexion dans #2442. Une première solution simple, discutée aujourd'hui
cc @flothoni @duezWeb 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4692-u/-U + --gz : sortir des fichiers .fa.gz2021-02-17T20:18:08+01:00Mathieu Giraud-u/-U + --gz : sortir des fichiers .fa.gzVenant d'une remarque de @flothoni (vdj#1200)
> met-on les options pour la compression ?
Pour l'instant `--gz` n'a pas d'impact sur `-u` /`-U`.
Pour `--filter-reads`, ce n'est pas critique dans les cas où l'on a "que" quelques centaine...Venant d'une remarque de @flothoni (vdj#1200)
> met-on les options pour la compression ?
Pour l'instant `--gz` n'a pas d'impact sur `-u` /`-U`.
Pour `--filter-reads`, ce n'est pas critique dans les cas où l'on a "que" quelques centaines/milliers de reads. Mais en général cela pourrait être intéressant.Web 2021.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4675Afficher les raisons de non-productivité dans le client2021-04-14T19:04:45+02:00Mathieu GiraudAfficher les raisons de non-productivité dans le clientSuite à #4599 et #4674.
Déjà ~"!-reflexion" : comment veut-on l'afficher ?
cc @flothoniSuite à #4599 et #4674.
Déjà ~"!-reflexion" : comment veut-on l'afficher ?
cc @flothoniWeb 2021.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4605Scatterplot : les légendes des locus sont sous les icônes2021-04-14T17:02:42+02:00Mikaël SalsonScatterplot : les légendes des locus sont sous les icônesQuand il y a beaucoup de locus, ça devient illisible.
Exemple : https://app.vidjil.org/41633-25
Ni @duez ni @flothoni n'ont souvenir de modifs dans ce sens. @magiraud ?Quand il y a beaucoup de locus, ça devient illisible.
Exemple : https://app.vidjil.org/41633-25
Ni @duez ni @flothoni n'ont souvenir de modifs dans ce sens. @magiraud ?Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4587My Account et ailleurs : terme "job" → "process"2020-12-30T10:07:16+01:00Mathieu GiraudMy Account et ailleurs : terme "job" → "process"Pour #4562
Est-ce que "job" est le bon terme ? (à la fois "my jobs" et "34 jobs last months")
- Dans la page d'un set, on dit "run the selected configuration"...
- Dans http://www.vidjil.org/doc/user/#samples-and-pre-processes, on p...Pour #4562
Est-ce que "job" est le bon terme ? (à la fois "my jobs" et "34 jobs last months")
- Dans la page d'un set, on dit "run the selected configuration"...
- Dans http://www.vidjil.org/doc/user/#samples-and-pre-processes, on parle de "task", de "processing"...Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4575Faire un template de release/déploiement web2021-08-13T10:08:22+02:00Mathieu GiraudFaire un template de release/déploiement webÀ partir de la description de #4574, une fois que ce sera finiÀ partir de la description de #4574, une fois que ce sera finiWeb 2021.052020-12-11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4568Stocker 'color_by' dans les préférences2021-04-14T17:28:21+02:00Mathieu GiraudStocker 'color_by' dans les préférencesÉvoqué ce matin, serait utile pour ~"Paris-Pitié".Évoqué ce matin, serait utile pour ~"Paris-Pitié".Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4542Tester la partie serveur du tutorial (en ci, ou sur un serveur live)2021-05-05T15:26:57+02:00Mathieu GiraudTester la partie serveur du tutorial (en ci, ou sur un serveur live)Suite à !812.
Déjà en ~"dev-ci" (puis, on verra ensuite, sur serveur live, cas particulier de #2323).Suite à !812.
Déjà en ~"dev-ci" (puis, on verra ensuite, sur serveur live, cas particulier de #2323).Web 2021.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4224Avoir des screenshot par cypress pour les glisser dans le manuel, le tutoriel...2021-05-05T15:20:46+02:00Thonier FlorianAvoir des screenshot par cypress pour les glisser dans le manuel, le tutoriel, le web et les slidesJe suis en train d'expliquer une démarche pour choisir la config à un utilisateur (au passage nous n'avons pas ce poitn décrit dans la doc). Et avoir une illustration m'aiderait probablement pour ne pas écrire un pavé.
Je viens de m'ap...Je suis en train d'expliquer une démarche pour choisir la config à un utilisateur (au passage nous n'avons pas ce poitn décrit dans la doc). Et avoir une illustration m'aiderait probablement pour ne pas écrire un pavé.
Je viens de m'apercevoir que watir a une option pour faire des [screenshot](http://watir.com/guides/screenshots/) inclut par défaut. J'imagine qu'il serait intéressant à certains endroit bien placer de pouvoir générer des screenshot qui seront ensuite exploiter comme illustration dans le tuto/manuel.
Il faudrait imaginer un job en plus dans le CI pour ensuite exporter les images, voir pour faire des crop automatiques de celle-ci pour se concentrer sur la partie intéréssante.Web 2021.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3646Document normalize_reads in doc/vidjil-format.md2023-03-28T16:34:30+02:00Mathieu GiraudDocument normalize_reads in doc/vidjil-format.md#3645#3645Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2859Terminologie des locus : documenter le +2023-03-28T16:48:53+02:00Mathieu GiraudTerminologie des locus : documenter le +@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorial@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorialWeb 2021.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2477CORS: Le lien logout ne fonctionne pas quand le client et le serveur ne sont ...2021-04-15T20:44:25+02:00Mikaël SalsonCORS: Le lien logout ne fonctionne pas quand le client et le serveur ne sont pas au même endroitSur dev.vidjil.org se logger et cliquer sur logout.
On a alors une notification contenant du code HTML qui s'affiche (pour autant on est bien déloggé) (au lieu d'être redirigé).Sur dev.vidjil.org se logger et cliquer sur logout.
On a alors une notification contenant du code HTML qui s'affiche (pour autant on est bien déloggé) (au lieu d'être redirigé).Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2442Afficher un échantillon sans l'impact des autres échantillons2022-05-17T11:59:25+02:00Mathieu GiraudAfficher un échantillon sans l'impact des autres échantillonsUn échange avec Aurélie ~"LIL-Lille" a fait ressortir que le même échantillon (par exemple de diagnostic) est affiché différemment lorsqu'il est accompagné d'autres échantillons (par exemple de suivi).
C'est un point attendu vu le fonct...Un échange avec Aurélie ~"LIL-Lille" a fait ressortir que le même échantillon (par exemple de diagnostic) est affiché différemment lorsqu'il est accompagné d'autres échantillons (par exemple de suivi).
C'est un point attendu vu le fonctionnement de ~"server-fuse" , mais cela peut être trompeur pour l'usager (en particulier sur la qualification "polyclonal" d'un échantillon). @RyanHerb, pourrais-tu mettre la capture transmise par Aurélie (je ne la retrouve pas) ?
Laisse-t-on cela ainsi ? Aurait-on un moyen simple de voir un échantillon sans l'influence des autres ? Recalculer un top local, avoir un autre fonctionnement du slider ? Marquer d'une certaine manière certains clones dans le fuse ?Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2043Avoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux featu...2021-04-15T18:38:01+02:00Thonier FlorianAvoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux features quelconquesDemande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait...Demande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait de replacer les positions des primers relative pour chaque segment, et donc de faire un nouveau calcul a peu près similaire à celui de la longueur des CDR3.
Pour ça il faut lister les primers pour chaque locus et leur positions relatives. Soit il y a la possibilité de faire ça dans l'algo directement (pas flexible du tout), soit il est possible de faire ça dans le browser.
L'avantage du browser repose sur la non redondance de l’information, et la possibilité de switcher à la volée entre les différents type de primers (biomed2, bientôt biomed3), et pourquoi pas imaginer des primers en dev ou tiers aussi (fourni dans ce cas par l'utilisateur dans un format adapté).
@magiraud @mikael-sWeb 2021.05Thonier FlorianThonier Florian2021-03-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1976Couleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()2021-03-17T14:14:12+01:00Vidjil TeamCouleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle ser...Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle serait contente d'un color by locus, mais d'autres veulent d'autre chose.
Pb: les camemberts sont 'forcément' en 'color by locus'
***
Une solution possible : garder les mêmes couleurs que le "color by", et ne pas colorer les camemberts si on n'est pas en color by locus.
→ 1 seul jeu de couleur dans le rapport
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Le camembert du color by locus en niveaux de gris va être illisible. Ça ne me choque pas que les courbes soient colorées par tag et les camemberts par locus (surtout qu'il y a la légende pour les camemberts). Cela peut valoir le coup de marquer comment ont été colorées les courbes à côté du graphe pour lever toute ambiguité.
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@DuezWeb 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5155Follow-up from "Draft: Py4web; apply mulitple changes to backend server code."2023-11-06T15:04:09+01:00THONIER FlorianFollow-up from "Draft: Py4web; apply mulitple changes to backend server code."The following discussion from !1338 should be addressed:
- [ ] @fthonier started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1338#note_862390):
> Supprimer aussi les règles associées.The following discussion from !1338 should be addressed:
- [ ] @fthonier started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1338#note_862390):
> Supprimer aussi les règles associées.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5143Add D primers in the set of primers2023-05-11T17:49:33+02:00Mikaël SalsonAdd D primers in the set of primersAs requested by ~"NAN - Nantes" during 2023 Vidjil day.
Beware to the prioritization of primers (V/J primers should have the priority over D).As requested by ~"NAN - Nantes" during 2023 Vidjil day.
Beware to the prioritization of primers (V/J primers should have the priority over D).Web 2023.10THONIER FlorianTHONIER Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5140Show percentage by locus in addition that by sample2023-06-29T14:57:42+02:00THONIER FlorianShow percentage by locus in addition that by sampleA feature asked by some users: Be able to show percentage of clonotype inside his own locus in the client.
An alternative inside scatterplot exist with preset 17; locus by size, but not in list of clonotype.
Warning, a locus with only ...A feature asked by some users: Be able to show percentage of clonotype inside his own locus in the client.
An alternative inside scatterplot exist with preset 17; locus by size, but not in list of clonotype.
Warning, a locus with only few reads (wet lab/sequencing failure) can easily have a clonotype at a high level.Web 2023.10THONIER FlorianTHONIER Florian