vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-02-18T11:12:24+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3683Avoir des champs search dans certaines dropdown2022-02-18T11:12:24+01:00Thonier FlorianAvoir des champs search dans certaines dropdownQuand je souhaite faire un `impersonnate`, il est toujours embêtant de devoir d'abords aller chercher dans la listes des users afin de récupérer l'id de celui-ci pour ensuite dérouler toute la liste.
On pourrait assez aisément trouver u...Quand je souhaite faire un `impersonnate`, il est toujours embêtant de devoir d'abords aller chercher dans la listes des users afin de récupérer l'id de celui-ci pour ensuite dérouler toute la liste.
On pourrait assez aisément trouver un système pour avoir un champs de `search` qui filtrerai dynamiquement les données de la liste. Je sais qu'il y a `bootstrap-select` qui fait ça très bien et très facilement. Mais je ne sais pas si ça fonctionne sans avoir la lib bootstrap. Il existe peut-être d'autres options du même genre.
cc @magiraud et @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4953cypress, flèche droite/gauche, ne fonctionne pas juste avec FF2022-02-18T12:01:37+01:00Mathieu Giraudcypress, flèche droite/gauche, ne fonctionne pas juste avec FFDepuis !1102:
> test_graph: les appuis sur les touches flèches ne fonctionne pas. JE ne vois pas de solution pour celle-ci. Nous n'avons pas d'erreur sur l'action en elle même, mais comme elle ne provoque aucune action, le reste du t...Depuis !1102:
> test_graph: les appuis sur les touches flèches ne fonctionne pas. JE ne vois pas de solution pour celle-ci. Nous n'avons pas d'erreur sur l'action en elle même, mais comme elle ne provoque aucune action, le reste du test ne trouve pas les bonnes valeurs. (...)
> Pour le test graph, j'ai ignoré le test dans le cas ou nous sommes sur firefox. Je ne sais pas pourquoi le keydown n'est pas correctement pris en charge, mais c'est une constante et je n'ai pas trouvé de solution.
@mikael-s: "c'est documenté ?"
@flothoni : "non, mais pas facile d'arriver à un exemple minimal. En tout cas je peux bypasser"
@mikael-s : "dépend du composant du focus ?"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4511Utiliser un framework javascript ?2022-02-19T14:21:20+01:00Mathieu GiraudUtiliser un framework javascript ?Mentionné ces derniers temps à la fois avec @duez et @flothoni, et discussion qui date de plusieurs années : prend-on un jour une décision d'utiliser un framework ? (curieux qu'il n'y ait pas déjà d'autres issues là-dessus).
- Bootstra...Mentionné ces derniers temps à la fois avec @duez et @flothoni, et discussion qui date de plusieurs années : prend-on un jour une décision d'utiliser un framework ? (curieux qu'il n'y ait pas déjà d'autres issues là-dessus).
- Bootstrap (a priori non)
- Angular
- React
- Vue
- ...
Pourquoi pas, mais décision lourde à débattre / comparer les possibilités / ...
Les choses déjà actées :
- chart.js est en cours d'évaluation par ~"app-stats", on verra si on l'utilise plus largement
- pour le côté responsive/gestion des vues, en ce moment ~"vmi-responsive"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4956Récupérer pour gitlab des artefacts XML JUnit avec QUnit ?2022-02-23T15:02:23+01:00Mathieu GiraudRécupérer pour gitlab des artefacts XML JUnit avec QUnit ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2901Tester en Cypress? les tests QUnit2022-02-23T16:09:19+01:00Mathieu GiraudTester en Cypress? les tests QUnitÉvoqué avec @mikael-s à propos de #2899 : on pourrait faire un script Watir qui lance les tests unitaires, comme ce que fait `nightmare.js`
- nightmare est bien plus léger, a priori on le garde...
- mais d'un autre côté, cela pourrait ...Évoqué avec @mikael-s à propos de #2899 : on pourrait faire un script Watir qui lance les tests unitaires, comme ce que fait `nightmare.js`
- nightmare est bien plus léger, a priori on le garde...
- mais d'un autre côté, cela pourrait étendre notre couverture de tests... c'est le pendant de #2900 pour le ~client
Ce stage de test viendrait peut-être en dernier pour ne pas ralentir nos pipelines usuels.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4957Drop slave ubuntu-legacy + browser dans tutorial2022-02-25T17:38:57+01:00Mathieu GiraudDrop slave ubuntu-legacy + browser dans tutorialSuite à vidjil!1135Suite à vidjil!1135https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4883Migrer à Typescript ?2022-02-25T17:43:59+01:00Mathieu GiraudMigrer à Typescript ?cc @duez @flothonicc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4944Analyse chaîne légère et mutation R1102022-03-04T13:00:26+01:00Anne de SeptenvilleAnalyse chaîne légère et mutation R110Il a été montré que dans la LLC, (Maity et al, PNAS 2020 ; Nadeu et al, Blood 2020), la présence d'une mutation R110 sur la chaine légère lambda VL3-21 était associée à une sévérité accrue de la maladie. Cette mutation (G>C) se trouve à ...Il a été montré que dans la LLC, (Maity et al, PNAS 2020 ; Nadeu et al, Blood 2020), la présence d'une mutation R110 sur la chaine légère lambda VL3-21 était associée à une sévérité accrue de la maladie. Cette mutation (G>C) se trouve à la jonction entre le J et la partie constante.
Par conséquent, nous aimerions analyser des séquences de chaînes légères sur vidjil, pour détecter la présence de cette mutation. dans un premier temps, avec des fastq ne contenant que des chaînes légères (au moins lambda, ou kappa + lambda), et dans l'idéal à terme, à partir de fastq contenant les IGH + les IGL.
Après un premier test, je vois qu'il y a un problème d'analyse de la productivité sur les clones lambda que j'ai importés.
Je voudrais aussi pouvoir analyser des fastq IGH + IGL, mais il me semble qu'avec les paramètres actuels de Vidjil, les clones IGH vont représenter la très grande majorité des 100 premiers clones et que je ne pourrai pas visualiser mes clones lambda, srutotu que pour l'instant ma PCR est peu efficace. Est-ce possible de remédier à cela d'une manière ou d'une autre ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4959Follow-up from "Resolve "Clones de distribution : le filtrage par locus ne fo...2022-03-08T11:43:31+01:00Thonier FlorianFollow-up from "Resolve "Clones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pas""The following discussion from !1078 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1078#note_591444): (+1 comment)
> Devrait fonctionné maintenant;
>
> L...The following discussion from !1078 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1078#note_591444): (+1 comment)
> Devrait fonctionné maintenant;
>
> Les clones sont splittés par locus.
>
> On peut donc cacher les clones de distribs en switchant le locus. Pour l'instant, il sont toujours présent dans la liste, mais je peux aussi les cacher (c'est même probablement préférable).
>
> NB: Il faut donc mettre à jour la config pour rajouter les locus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4961Compilation de programmes externes destinés à être utilisés dans un Docker2022-03-08T12:05:24+01:00Mathieu GiraudCompilation de programmes externes destinés à être utilisés dans un DockerVu par @flothoni à l'occasion de !1141 : un programme compilé sur une machine hôte n'est pas forcément exécutable dans le container. Que faire ? Compiler dans le docker ? Avoir des bonnes options de cross-compilation ?
Voir #3556Vu par @flothoni à l'occasion de !1141 : un programme compilé sur une machine hôte n'est pas forcément exécutable dans le container. Que faire ? Compiler dans le docker ? Avoir des bonnes options de cross-compilation ?
Voir #3556https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3556Docker : documenter l'installation de programmes externes dans `/opt` ou aill...2022-03-08T12:05:24+01:00Mathieu GiraudDocker : documenter l'installation de programmes externes dans `/opt` ou ailleursSuite à 9ce7a54c51
cc @RyanHerb @flothoniSuite à 9ce7a54c51
cc @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1818Priorités pour les tâches2022-03-09T11:24:49+01:00Vidjil TeamPriorités pour les tâchesLes fichiers de Sarah (4 Go RNA Seq) demandent souvent autour de 2h chacun (x 2, R1+R2)
J’ai par exemple relancé il y a quelques jours 16 jobs… et cela fait donc 32h / 3workers = 11 heures.
C’est dommage de bloquer tout le monde pendant ...Les fichiers de Sarah (4 Go RNA Seq) demandent souvent autour de 2h chacun (x 2, R1+R2)
J’ai par exemple relancé il y a quelques jours 16 jobs… et cela fait donc 32h / 3workers = 11 heures.
C’est dommage de bloquer tout le monde pendant ce temps.
Idéalement, il faudrait une priorité inverse au temps attendu de calcul (mais j’ai l’impression qu’il n’y a pas de priorités explicites dans web2py…)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4346http://www.vidjil.org/releases/vidjil-algo-latest.tar.gz2022-03-16T11:25:53+01:00Mathieu Giraudhttp://www.vidjil.org/releases/vidjil-algo-latest.tar.gz
Sur www.vidjil.org/releases, les `-latest` dataient de 2019.05. Je les ai modifié à la main, mais mettre cela dans ~"dev-cd".
Sur www.vidjil.org/releases, les `-latest` dataient de 2019.05. Je les ai modifié à la main, mais mettre cela dans ~"dev-cd".Algo 2022.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4965Maintenance régulière autodelete=True ?2022-03-18T11:19:57+01:00Mathieu GiraudMaintenance régulière autodelete=True ?Suggestion de @duez.
Avant de le faire, a-t-on une idée du nombre de fichiers concernés ?Suggestion de @duez.
Avant de le faire, a-t-on une idée du nombre de fichiers concernés ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4966Problème d'upload : indications et lancement des analyses2022-03-21T11:45:47+01:00Anne de SeptenvilleProblème d'upload : indications et lancement des analysesJe pense qu'il y avait déjà eu une issue à ce sujet mais je ne l'ai pas retrouvée :
Ce matin la technicienne ne s'est pas aperçu que l'upload des fastq s'était interrompu ou a eu un problème, pour je ne sais quelle raison.
- Il n'...Je pense qu'il y avait déjà eu une issue à ce sujet mais je ne l'ai pas retrouvée :
Ce matin la technicienne ne s'est pas aperçu que l'upload des fastq s'était interrompu ou a eu un problème, pour je ne sais quelle raison.
- Il n'y a qu'un patient sur les 48 qui semble avoir eu R1 + R2
- Une majorité de patient semble n'avoir qu'un des 2 fichiers, il est écrit "waiting file" dans le pre-process mais l'analyse IGH s'est quand même lancé, donnant des résultats aberrants (une poignée de reads analysés seulement)
- une dizaine de patients pour lesquels aucun fastq n'a été reçu : le pre-process indique "queued" et l'analyse indique "PREPROCESS"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4573Page principale du serveur : trier les sets par ordre de mise à jour ?2022-03-23T13:40:13+01:00Mathieu GiraudPage principale du serveur : trier les sets par ordre de mise à jour ?Évoqué ce matin : la vue actuelle de la page principale affiche suivant l'ordre de création.
Certes, la recherche, surtout quand elle est efficace depuis !832, permet d'aller chercher facilement n'importe quel set.
Mais bon, si un patie...Évoqué ce matin : la vue actuelle de la page principale affiche suivant l'ordre de création.
Certes, la recherche, surtout quand elle est efficace depuis !832, permet d'aller chercher facilement n'importe quel set.
Mais bon, si un patient créé il y a un an a désormais un point ~"bio-mrd", il est probable qu'on va "souvent" en parler dans les jours à venir: il pourrait apparâitre tout en haut. Plus généralement, "mis à jour" pourrait dire "sample ajouté" ou bien "analyse enregistrée".
Dans ~"dev-gitlab", ma vue par défaut est un tri avec les issues/MR updatées récemment en premier... mais certes, on peut changer le tri.
On pourrait aussi ici permettre plusieurs tris... mais même en faisant cela, j'ai une vague impression qu'un ordre par défaut "last updated" serait en général plus pertinent qu'un ordre "last created". Autres avis bienvenus.
cc @flothoni @duez @mikael-smarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4964Tests cypress, reproductibilité2022-03-23T13:47:26+01:00Mathieu GiraudTests cypress, reproductibilitéDepuis !1143 :
> le repro montre 5 échecs sur 180 lancement, clairement identifiablesDepuis !1143 :
> le repro montre 5 échecs sur 180 lancement, clairement identifiableshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4958Tutorial en cypress2022-03-23T13:48:02+01:00Mathieu GiraudTutorial en cypress
Après le ~"com-vw-vidjil-workshop" ?
Après le ~"com-vw-vidjil-workshop" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4974colorGeneratorIndex() et color-blind2022-04-01T11:29:21+02:00Mathieu GiraudcolorGeneratorIndex() et color-blindraised by @duezraised by @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4977rapport: si clonotype vide, n'apparaît pas2022-04-06T14:24:54+02:00Mathieu Giraudrapport: si clonotype vide, n'apparaît pasmarc duezmarc duez