vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-02-28T12:39:28+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3541Filtrage sur le nom uniquement par défaut2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonFiltrage sur le nom uniquement par défautIndépendamment de la question du timeout (#3535), se pose l question du filtre qui recherche dans plusieurs champs, ce qui peut être coûteux (de mémoire)
1. Est-ce bien le cas ?
2. Ne pourrait-on pas par défaut chercher dans le nom du s...Indépendamment de la question du timeout (#3535), se pose l question du filtre qui recherche dans plusieurs champs, ce qui peut être coûteux (de mémoire)
1. Est-ce bien le cas ?
2. Ne pourrait-on pas par défaut chercher dans le nom du sample pour accélérer le filtrage ? (cela semble être la recherche la plus fréquente) On pourrait conserver une option pour filtrer dans plus de champs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3532Décorateur ligne : mieux centrer / afficher texte2018-10-08T11:00:44+02:00Mathieu GiraudDécorateur ligne : mieux centrer / afficher texteSuite à #3455.Suite à #3455.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3529Versions de librairies python entre nos installations/celles des autres2018-10-05T19:26:16+02:00Ryan HerbertVersions de librairies python entre nos installations/celles des autresLors de l'installation de vdb, la version spécifiée de uWSGI ne compilait pas (changement de version d'Ubuntu?), que doit-on faire vis-à-vis de notre fichier `requirements.txt` et des versions spécifées dedans (est-il envisageable de sim...Lors de l'installation de vdb, la version spécifiée de uWSGI ne compilait pas (changement de version d'Ubuntu?), que doit-on faire vis-à-vis de notre fichier `requirements.txt` et des versions spécifées dedans (est-il envisageable de simplement retirer les versions pour demander la version la plus récente qui est compatible ?).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3520Calcul des clones supérieurs à 5%2018-10-05T19:10:28+02:00Ryan HerbertCalcul des clones supérieurs à 5%Le code dans [task.py: compute_extra](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/feature-s/more_stats_decorators/server/web2py/applications/vidjil/models/task.py#L94)
la partie qui calcule le nombre de clones supérieurs à 5% d'abondance...Le code dans [task.py: compute_extra](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/feature-s/more_stats_decorators/server/web2py/applications/vidjil/models/task.py#L94)
la partie qui calcule le nombre de clones supérieurs à 5% d'abondance ne semble pas donner le résultat que j'attendais.
Un peu d'aide serait la bienvenue :-)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3511Utilise-t-on l'heuristique de filtrage pour le locus unexpected ?2018-10-04T11:34:57+02:00Mikaël SalsonUtilise-t-on l'heuristique de filtrage pour le locus unexpected ?Je n'ai pas l'impressionJe n'ai pas l'impressionhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3510StatsQC; afficher plus d'informations sur le clone majoritaire2022-07-26T10:04:14+02:00Thonier FlorianStatsQC; afficher plus d'informations sur le clone majoritaireL'idée serait d'ajouter un hover dessus. En profiter pour afficher son nom complet, et aussi un minimum d'info:
* nom complet (minimum)
* locus
* nombre de reads
* pourcentagesL'idée serait d'ajouter un hover dessus. En profiter pour afficher son nom complet, et aussi un minimum d'info:
* nom complet (minimum)
* locus
* nombre de reads
* pourcentageshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3509Comment afficher des axes quand ils sont disponibles ?2018-10-04T09:01:33+02:00Mathieu GiraudComment afficher des axes quand ils sont disponibles ?10c82fbc m'a fait penser que nous avons plusieurs axes qui ne sont pertinents uniquement une fois que certaines données sont disponibles. Voir les axes `hide`, dont `productivity_IMGT`.
- Avoir un mécanisme pour les afficher quand c'es...10c82fbc m'a fait penser que nous avons plusieurs axes qui ne sont pertinents uniquement une fois que certaines données sont disponibles. Voir les axes `hide`, dont `productivity_IMGT`.
- Avoir un mécanisme pour les afficher quand c'est bon ?
- et/ou faire comme pour tSNE : un preset qui les utilise, quitte à lancer quelque chose ? (pour cloneDB, lancer sur tout ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3508Axe log pouvant basculer en non-log ?2021-02-19T08:16:10+01:00Mathieu GiraudAxe log pouvant basculer en non-log ?Depuis #3504 :
> il y a d'autres données où les occurrences sont faibles et où une échelle log serait trompeuse
Mmmm... en général je trouverais cela douteux, mais oui, en particulier sur des valeurs entières, c'est quelque chose qui p...Depuis #3504 :
> il y a d'autres données où les occurrences sont faibles et où une échelle log serait trompeuse
Mmmm... en général je trouverais cela douteux, mais oui, en particulier sur des valeurs entières, c'est quelque chose qui peut arriver. Un log pour des valeurs entières entre 1 et 10 n'est pas très joli.
On pourrait avoir un axe qui soit log en général et, non-log tant que c'est, par exemple, entre 0 et 20.
Voir aussi #2363.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3501Aho : retirer les hack2024-03-26T12:09:05+01:00Mikaël SalsonAho : retirer les hack5bc753eeae et 5ccd2ec7345bc753eeae et 5ccd2ec734Heuristique 2.0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3494URL pour stats (serveur)2018-10-02T18:08:16+02:00Mathieu GiraudURL pour stats (serveur)Comme les url pour `compare`, on aimerait avoir des urls pour stats.
Mais pas tout de suite, avant c'est plus important de faire #2793.
cc @RyanHerbComme les url pour `compare`, on aimerait avoir des urls pour stats.
Mais pas tout de suite, avant c'est plus important de faire #2793.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3493Stats et icône de relance2024-02-14T10:49:13+01:00Mathieu GiraudStats et icône de relanceÀ terme, il faudra
- si les stats sont déjà présents, ne pas la mettre
- et, à l'appui, avoir un retour utilisateur, idéalement `RUNNING` (peut-être sous forme d'icône #3324)
En attendant, il apparait sage de la mettre en commentair...À terme, il faudra
- si les stats sont déjà présents, ne pas la mettre
- et, à l'appui, avoir un retour utilisateur, idéalement `RUNNING` (peut-être sous forme d'icône #3324)
En attendant, il apparait sage de la mettre en commentaire.
Vérifier aussi qu'elle fait un ~"server\-fuse" en sortie.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3490Afficher les codons sur les séquences2018-09-27T18:47:36+02:00Mathieu GiraudAfficher les codons sur les séquencesSuite à #3325/!296, on aimerait pouvoir afficher les codons même quand on a n'a pas mis les germline genes... et peut-être sur plusieurs séquences, pas uniquement sur la premièreSuite à #3325/!296, on aimerait pouvoir afficher les codons même quand on a n'a pas mis les germline genes... et peut-être sur plusieurs séquences, pas uniquement sur la premièrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3482Pouvoir couper les accès sur le serveur2021-04-30T13:34:12+02:00Mathieu GiraudPouvoir couper les accès sur le serveurMalgré des annonces et des headers annonçant une coupure à 16h, un utilisateur était en train à 16h25 de créer des patients et d'uploader.
Solution utilisée : arrêter `uwgsi.emperor`.
Avoir une moyen, au niveau du ~server, de couper to...Malgré des annonces et des headers annonçant une coupure à 16h, un utilisateur était en train à 16h25 de créer des patients et d'uploader.
Solution utilisée : arrêter `uwgsi.emperor`.
Avoir une moyen, au niveau du ~server, de couper tous les accès/controlleurs ? Idéalement pour les utilisateurs et pas pour les admins ? Peut-être cela peut se faire au niveau d'un décorateur ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3481cgi et docker2019-11-22T13:35:35+01:00Mathieu Giraudcgi et dockerMettre les cgi dans le dock server
cc @RyanHerbMettre les cgi dans le dock server
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3468Artefacts JUnit .xml pour browser-unit2019-11-22T18:42:58+01:00Mathieu GiraudArtefacts JUnit .xml pour browser-unitSuite à #3444.
https://github.com/JamesMGreene/qunit-reporter-junit ?Suite à #3444.
https://github.com/JamesMGreene/qunit-reporter-junit ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3467Artefacts JUnit .xml pour algo-shouldvdj2019-11-22T18:42:58+01:00Mathieu GiraudArtefacts JUnit .xml pour algo-shouldvdjSuite à #3444.
Directement depuis `should-vdj-to-tap.py` ? Par exemple en reprenant du code de `should.py` ?
Ou via un script qui prend les `.tap` #3466 ?Suite à #3444.
Directement depuis `should-vdj-to-tap.py` ? Par exemple en reprenant du code de `should.py` ?
Ou via un script qui prend les `.tap` #3466 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3466Artefacts JUnit xml pour algo-unit2019-11-22T18:42:58+01:00Mathieu GiraudArtefacts JUnit xml pour algo-unitSuite à #3444.
Directement depuis `testing.cpp` ? Ou via un script qui prend les `.tap` ?Suite à #3444.
Directement depuis `testing.cpp` ? Ou via un script qui prend les `.tap` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3464Export SVG, et tester les exports SVG+PNG2021-03-30T09:18:28+02:00Mathieu GiraudExport SVG, et tester les exports SVG+PNGFait suite à !287.
Reverter partiellement 3eb36527ac et donner une possibilité d'export en .svg, en plus du .png.Fait suite à !287.
Reverter partiellement 3eb36527ac et donner une possibilité d'export en .svg, en plus du .png.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3458Point sur les problèmes rencontré avec docker2019-01-10T15:21:23+01:00Thonier FlorianPoint sur les problèmes rencontré avec dockerPour faire une passe sur la doc et tester cette implémentation que nous proposons aux utilisateurs, j'ai joué dernièrement avec docker pour lancer un serveur vidjil. Voici mes remarques et problèmes rencontrés pour le moment.
- je n'a...Pour faire une passe sur la doc et tester cette implémentation que nous proposons aux utilisateurs, j'ai joué dernièrement avec docker pour lancer un serveur vidjil. Voici mes remarques et problèmes rencontrés pour le moment.
- je n'arrive pas a faire marcher `vidjil-algo` out-of-the-box. Il se lance bien sur certains fichier, mais il est incapable de me trouver des clones sur ceux-ci.
- pour certaines configurations, il plante (erreur `seed 9s` inconnue pour "multi+inc" par exemple). (lié à #3460)
- les configurations ne sont pas accessibles aux gens si on ne les mets pas dans la liste. Celles-ci sont pourtant bien accessible au groupe public. JE ne sais pas d'où vient l'erreur.
- je n'ai du coup pas pris le temps de chercher comment placer pear sur un volume spécifique et de le paramétrer dans les preprocess.
- Une bizarrerie inexpliqué: au premier lancement, il affichait un seul worker dispo. Maintenant il en montre 3. l'erreur ne s'est jamais représentée.
- j'ai lorsque je rafraîchi la page une erreur "files are not available" qui apparaît. Je n'ai pas encore remonté la piste (et cela semble lié aussi un modal server error).
- dernier point: sans explication ni reproductibilité, j'ai la BD qui a dû disparaître. Lors d'un relancement du docker, elle n'était plus accessible. Il a fallu que je réinitialise celle-ci (init bd). Le load backup ne fonctionnant pas non plus;
J'essaye de dégrossir ça dans la journée, et sinon je créerait les tâches qui correspondent.
cc @RyanHerb @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3456Widget liste des locus2018-10-08T10:59:19+02:00Mathieu GiraudWidget liste des locusVoir #3407.
La liste des locus qui apparaissent.
Pour l'instant en texte, "IGH TRD+ TRG".
On rediscutera pour le widget.
Probablement à faire en même temps que #3453.Voir #3407.
La liste des locus qui apparaissent.
Pour l'instant en texte, "IGH TRD+ TRG".
On rediscutera pour le widget.
Probablement à faire en même temps que #3453.