vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-10-25T04:12:33+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2100Docker: fournir un bon moyen de changer certains mots de passe2017-10-25T04:12:33+02:00Ryan HerbertDocker: fournir un bon moyen de changer certains mots de passeLorsqu'on installe la vidjil il y a un certain nombre de mots de passe ou fichiers d'authentification/certificats qui sont créés, auxquels l'utilisateur doit fournir une entrée. Notamment le certificat ssl par défaut, et le mot de passe ...Lorsqu'on installe la vidjil il y a un certain nombre de mots de passe ou fichiers d'authentification/certificats qui sont créés, auxquels l'utilisateur doit fournir une entrée. Notamment le certificat ssl par défaut, et le mot de passe web2py.
Lors de la phase de build de l'image docker des valeurs par défaut ont dû être fournies car on n'a pas la main pour demander des entrées auprès de l'utilisateur.
Mais il n'y a pas encore de moyen facile pour les changer. Pour les certificats ssl il s'agirait d'ajouter un volume à la configuration docker-compose. Pour le mot de passe web2py il s'agirait de traiter le fichier parameters_443.py comme les autres fichiers de conf, comme conf.js et defs.py et fournir un script pour changer le mot de passe.
@mikael-s @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1950Trouver une autre méthode de scheduling, indépendante de web2py2022-06-20T11:59:42+02:00Vidjil TeamTrouver une autre méthode de scheduling, indépendante de web2py(Discuté lors de la Rando 2016)
Un scheduler idéal devrait pouvoir avoir :
1) des priorités fines (petits jobs passent devant gros jobs) (et aussi users Platinium :-)
2) une suspension de tâches
3) une assignation fine de certains (gr...(Discuté lors de la Rando 2016)
Un scheduler idéal devrait pouvoir avoir :
1) des priorités fines (petits jobs passent devant gros jobs) (et aussi users Platinium :-)
2) une suspension de tâches
3) une assignation fine de certains (groupes de) workers à certaines tâches
2) ou 3) permettrait de lancer des choses annexes et rapides (type FineSegmenter ou compare patients ou ...) même si des gros Vidjil (ou autres) tournent
Enfin, penser tout cela dans le cadre d'un "noeud de calcul", possiblement indépendant du serveur web. Le serveur de calcul ne reçoit que des lignes de commande à exécuter et à accès aux fichiers nécessaires par un montage.
Rien d'urgent, à réfléchir posément dans les prochains mois.
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Task spooler: http://vicerveza.homeunix.net/~viric/soft/ts/ présente les fonctionnalités majeures que nous cherchons (tâches interdépendantes, changement d'ordre dans la file, etc), mais n'a pas d'API pour s'en servir en réseau.
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1949Quand on a le choix entre plusieurs points, choisit-on vraiment la représenta...2019-08-20T10:39:36+02:00Vidjil TeamQuand on a le choix entre plusieurs points, choisit-on vraiment la représentative la plus pertinente ?Sur ce patient : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2206&config=26
La représentative affichée pour le 2è clone au diagnostic est une séquence de 112bp. Il s'agit de la séquence trouvée au premier point de suivi (et non au d...Sur ce patient : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2206&config=26
La représentative affichée pour le 2è clone au diagnostic est une séquence de 112bp. Il s'agit de la séquence trouvée au premier point de suivi (et non au diag). Pourquoi est-elle prise ? Car ce clone est le top 1 au fu1, alors qu'il est top 2 au diag. Mais le fu1 est très peu segmenté et donc ce top 1 représente 91 reads au fu1 contre plus de 20 000 au diag.
Devrait-on prendre la représentative du point avec le plus de reads ? avec la représentative la plus longue ?
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0d40d04 point avec le plus de reads
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Tâche rouverte, le commit a été réverté (8d6525b)
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@Duez @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1752Expliciter le N dans le nom de la séquence, noms courts/longs2016-11-29T14:40:13+01:00Vidjil TeamExpliciter le N dans le nom de la séquence, noms courts/longsÀ l'export FASTA (dans le browser) ou dans la sortie Vidjil on n'a pas directement le nom du N mais le nombre de nucléotides ajoutés. C'est une information pourtant pertinente qu'il peut être intéressant d'afficher (pas forcément tout le...À l'export FASTA (dans le browser) ou dans la sortie Vidjil on n'a pas directement le nom du N mais le nombre de nucléotides ajoutés. C'est une information pourtant pertinente qu'il peut être intéressant d'afficher (pas forcément tout le temps).
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C++:
- La sortie standard explicite déjà le ?
- Idem pour les fichiers out/seq/clone.fa-*
Par contre, le "name" dans le .vidjil, affiché dans le browser, est plus court (mais on a bien sûr toutes les infos dans le "seg")
Mais on a déjà des limites sur ce name (affiché dans la liste de clones, où cela déborde déjà trop. Un nom comme IGHV3-23*01 -6/1/-4 IGHD1-1*01 -5/12/-4 IGHJ5*02 est déjà illisible sur écran de portable...
La désignation complète serait IGHV3-23*01 -6/T/-4 IGHD1-1*01 -5/CCCACGTGGGGG/-4 IGHJ5*02
Que faire ? Définir un nom court (pour la plupart du temps dans le browser) et un nom long (export fasta, rapport, ...) ? Voire faire cela en *responsive* ? Et/ou le nom long quand :hover ?
D'ailleurs, si on fait un nom court, cela me titille depuis longtemps d'avoir un nom vraiment plus court, comme
IGHV3-23*01 6/1/4 D1-1*01 5/12/4 J5*02
voire, sans les allèles
IGHV3-23 6/1/4 D1-1 5/12/4 J5
(le gène est bien IGHD1-1)
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Dans le browser les noms dépassent du cadre même sur un 22 pouces, et même dans le segmenter. Il faudrait réfléchir à mettre une barre déroulante horizontale à la limite.
Le nom long en hoover ne changera pas le fait qu'il débordera malheureusement.
En revanche, pour les export, cela ne coûte rien d'insérer des noms long. Autrement, laisser le choix à la discrétion de l'utilisateur via une option.
Sinon, j'étais tombé sur ça il y a déjà quelques temps. Pour un humain, c'est complètement illisible, et ça demande des transformations. Ça a déjà 6 ou 7 ans, et j'ai l'impression que personne ne l'utilise non ? Des fois que ça vous donne des idées. (PMC2706371)
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> Le nom long en hoover ne changera pas le fait qu'il débordera malheureusement.
En :hover, ce n'est pas grave si cela déborde (cela peut être plus un "tooltip", s'affiche au bout de une seconde, et écrit plus petit aussi). Et le nom long peut aussi être dans la barre centrale, en bas (qui a besoin d'être redesignée pour avoir un peu plus de place).
> En revanche, pour les export, cela ne coûte rien d'insérer des noms long.
Oui
> PMC2706371
Rigolo, merci ! Effectivement, cela n'a pas l'air d'être utilisé, mais on devrait le regarder de plus près.
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285d3bd : C++, on n'exporte plus que le nom long (qui était déjà calculé). Cela simplifie et nettoie le code.
3a04570..a07b463 et suivants: browser, .getShortName() fait les transformations nécessaires
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1745Run / SampleSet / Tags ?2017-02-08T13:45:15+01:00Vidjil TeamRun / SampleSet / Tags ?Évoqué vendredi dernier au CHR, puis en audio avec Marc, puis rediscuté.
Pour voir des contaminations et rentrer plus facilement les fichiers.
Quelques possibilités :
- créer un objet Run
- créer un SampleSet, un Run comme un Pati...Évoqué vendredi dernier au CHR, puis en audio avec Marc, puis rediscuté.
Pour voir des contaminations et rentrer plus facilement les fichiers.
Quelques possibilités :
- créer un objet Run
- créer un SampleSet, un Run comme un Patient a un SampleSet
- juste créer des Tags associés à chaque Sample
Dans tous les cas, un Sample pourrait être affecté à zéro (!) ou un Run et zéro ou un Patient. (Voire à plusieurs, approche Tags...)
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Et le browser peut limiter utilement les délires d'informaticiens qu'on pourrait avoir (comme transformer un Run en Patient :-)
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On en discute vendredi 4, idées bienvenues.
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ping
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Table inheritance ? http://thadeusb.com/weblog/2010/1/4/table_inheritance_with_web2py_dal
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Consiste en une copie brute ? Peut-être pas super propre…
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Le sample set est déployé sur http://dev.vidjil.org et http://test.vidjil.org.
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1735KmerSegmenter++ juste avant le FineSegmenter2018-02-23T09:35:28+01:00Vidjil TeamKmerSegmenter++ juste avant le FineSegmenterIdée de Marc lors de l'audio du 13 novembre, faisant écho à des trucs dont on avait parlé il y a un certain temps.
Faire un KmerSegmenter++ (ou MidSegmenter, ou ...) dont le but est d'identifier le V ou J (ou au moins de restreindre le ...Idée de Marc lors de l'audio du 13 novembre, faisant écho à des trucs dont on avait parlé il y a un certain temps.
Faire un KmerSegmenter++ (ou MidSegmenter, ou ...) dont le but est d'identifier le V ou J (ou au moins de restreindre le choix à quelques V/J, ou au moins les V), pour alléger le FineSegmenter.
Ce Segmenter serait lancé juste avant le FineSegmenter sur les représentatives (On n'a pas à alourdir le KmerSegmenter par défaut).
Voir aussi les commentaires de "accélérer le FineSegmenter"
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Ah si seulement le AffectAnalyser était templaté pour pouvoir gérer ça simplement.
Oh wait…
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Au passage, il est confirmé que -c germlines lance un Kmer avant un Fine, pour ne pas avoir à tester toutes les germlines (vidjil.cpp:1518).
Par contre, pas de Kmer relancé pour l'instant avant le Fine sur les représentatives, mais je pense que le faire serait négligeable en temps.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1731Distribuer (ou packager) Vidjil / Docker2019-11-22T13:44:17+01:00Vidjil TeamDistribuer (ou packager) Vidjil / DockerDe toute façon : avoir un README décrivant les dépendances. Un(e) admin peut toujours vouloir installer les paquets à la main.
Distribuer une VM
- inconvénient : on ne peut pas séparer les aspects serveurs, calculs et visualisation. To...De toute façon : avoir un README décrivant les dépendances. Un(e) admin peut toujours vouloir installer les paquets à la main.
Distribuer une VM
- inconvénient : on ne peut pas séparer les aspects serveurs, calculs et visualisation. Tout est fait sur la même machine, ce qui en terme de répartition de charge, ou d'organisation d'un cluster de calcul peut être compliqué
Package deb/rpm
- avantage : relativement facile à installer
- inconvénients : sous distrib/OS exotiques ? il faut être root
Docker
- inconvénient : Docker n'est pas installé partout. Pour une plateforme bioinfo cela peut poser problème. Cela va surtout dépendre de la popularité de Docker.
***
VM : de toute façon on doit le faire pour le CHR
Mais autant documenter le plus possible (README, voire deb/rpm)
***
Mentionné par Rayan pour Mirkwood : https://github.com/lh3/proot-wrapper
« C'est un moyen pour diffuser des environnements complets, à la virtual machine, mais sans avoir besoin d'être root ou d'avoir par ex. VMWare ou Virtualbox installé.
Trop beau pour être vrai? Pourtant Heng Li n'a pas réputation d'endosser n'importe quelle technologie (il n'a pas adopté docker par exemple).
A jeter un oeil.. cela pourrait être une solution idéale pour mirkwood si j'en crois la description. »
***
Avis de Heng Li (auteur de plusieurs logiciels de Bioinfo) : https://lh3.github.io/2015/04/25/a-few-hours-with-docker/
« I am particularly against dockerizing easy-to-compile tools such as velvet and bwa or well packaged tools such as spades. Another large fraction of tools in C/C++ can be compiled to statically linked binaries or shipped with necessary dynamic libraries (see salifish). While not ideal, these are still better solutions than docker. Docker will be needed for some tools with complex dependencies, but I predict most of such tools will be abandoned by users unless they are substantially better than other competitors, which rarely happens in practice. »
***
On en reparle en juin, pour éventuellement un travail en septembre/octobre.
***
(Live from JOBIM) J-F Gibrat (directeur de l'IFB) dit que Docker est une solution en train de s'imposer. Il y a un dépot à Genouest (Rennes), c'est ce qu'évoquait Guillaume ?
***
Guillaume O. ne doit pas connaître ce qui se fait chez Genouest, mais plutôt généralement à Inria, donc ici à Inria Rennes. Après, peut-être que Genouest utilise le Docker d'Inria Rennes...
***
Guillaume O. :
> Il faut solliciter Charly Maupetit (charly.maupetit@inria.fr).
Ryan, tu pourras le contacter quand tu auras déjà un Docker un peu avancé qui tourne.
***
GenOuest : https://docker-ui.genouest.org/app/#/
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1724SEG_METHOD_ONE : séquences non recombinées, usages2022-02-25T18:21:15+01:00Vidjil TeamSEG_METHOD_ONE : séquences non recombinées, usages
Utilisations :
- (voir Sarah) détecter les `IGHC=*.fa` (même si le read n'est pas assez long) + quantification relative
- détecter les V / J sans détecter les recombinaisons
- détecter en RNA-Seq ou capture d'autres choses : CD, ......
Utilisations :
- (voir Sarah) détecter les `IGHC=*.fa` (même si le read n'est pas assez long) + quantification relative
- détecter les V / J sans détecter les recombinaisons
- détecter en RNA-Seq ou capture d'autres choses : CD, ... #1801
- détecter des adaptateurs mal enlevés #1669
- standards / spikes ? ~"user-request"
(Anciens commentaires ci-dessous, implémenté depuis... 2018 !)
> Cela me tente très fort d'avoir une méthode expérimentale pour retrouver des reads matchant *une* séquence dans une germline de référence, non recombinée.
>
> Implémentation proposée (temps estimé : moins qu'un chapitre d'HdR :)
> - en KmerSegmenter, récupérer simplement le k-mer maximum + test e-valeur + extraction d'une fenêtre *centrée* les k-mers détectés. Selon ce qu'on prend comme taille de fenêtre, on fera plus ou moins n'importe quoi. (edit: mieux, minimizers, voir #2643)
> - éventuellement continuer en FineSegmenter avec une DP standard pour identifier la séquence.
>
> On s'éloigne du dogme, "Vidjil analyse les recombinaisons"... mais on reste focus sur choses immuno. Mais il ne faut pas recoder Blast/Yass :-)Algo 2022.01Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1643Changer germline/gens : marqueur visuel/dynamique2021-10-21T17:42:13+02:00Vidjil TeamChanger germline/gens : marqueur visuel/dynamiqueTrouver un marqueur visuel pour signifier qu'un clone a été modifié.
***
Pour l'instant, ce que tu as mis (étoile dans l'info) suffira. On en reparlera quand on mettra à jour l'ensemble des icônes.
***
@flothoniTrouver un marqueur visuel pour signifier qu'un clone a été modifié.
***
Pour l'instant, ce que tu as mis (étoile dans l'info) suffira. On en reparlera quand on mettra à jour l'ensemble des icônes.
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1635Renommer le clone "other"2016-11-29T14:38:50+01:00Vidjil TeamRenommer le clone "other"other ne veut pas dire grand chose et est parfois mal compris : est-ce que c'est autre chose que du VDJ ? d'autres locus ? du bruit ?
On pourrait mettre :
1. clones 101...xxx
2. clones < xxx %
3. lower/lowest clones
Dans les cas 1 et 2 l...other ne veut pas dire grand chose et est parfois mal compris : est-ce que c'est autre chose que du VDJ ? d'autres locus ? du bruit ?
On pourrait mettre :
1. clones 101...xxx
2. clones < xxx %
3. lower/lowest clones
Dans les cas 1 et 2 les nombres doivent être mis à jour automatiquement quand on modifie le nombre de clones affichés.
Il y a aussi une tâche pour séparer le clone other, mais déjà on peut renommer le clone actuel, ce n'est pas très compliqué :)
***
Oui, bonne idée !
> 1. clones 101...xxx
> 2. clones < xxx %
"clones below 0.02%" serait vraiment classe. Mais le soucis est que le % dépend des locus affichés... (ou même "TRG clones below 0.02%", tâche "other par locus")
2bis. clones < 4 reads ?
> 3. lower/lowest clones
ou bien "other clones" :-)
(un jour, on fera un top par système, mais c'est quasi orthogonal)
***
mmm... tout est fait dans le browser, avec plusieurs tests .id = "other", cela va être l'occasion de rendre cela plus propre :-)
***
Cela a été rendu plus propre... mais c'est orthogonal.
Pour afficher ce que l'on veut, il suffit de jouer sur le "name".
Pb: c'est en fait les clones qui ne sont pas affichés.
Si on fait un "search", un "filter by tag", le other récupère tous les autres.
La description "clones below ...." n'est pas suffisante.
Dans ce cas, il faudrait vraiment séparer, "clones below..." d'un côté et "hidden/filtered clones" de l'autre.
***
cd03a46. Renommé. Un jour, on pourra séparer mieux.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1588Récupérer des données par FTP/HTTP/NFS ou autre2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamRécupérer des données par FTP/HTTP/NFS ou autreLe serveur doit pouvoir récupérer des fichiers à distance (par FTP/HTTP). La première étape est d'avoir un contrôleur qui permet ça (pour que des scripts puissent y accéder au moins). Ensuite on pourrait l'exposer dans l'interface (file/...Le serveur doit pouvoir récupérer des fichiers à distance (par FTP/HTTP). La première étape est d'avoir un contrôleur qui permet ça (pour que des scripts puissent y accéder au moins). Ensuite on pourrait l'exposer dans l'interface (file/edit_form).
***
Marc avait l'air motivé, merci :)
***
Et on peut avoir deux versions : une qui récupère le fichier à l'URL donnée et l'autre qui ne stocke que l'URL.
Ensuite Vidjil sera lancé directement avec l'URL : ça marche déjà en utilisant la puissance de bash (sh ?) :
./vidjil -e all -G germline/IGH <(wget -O - -q http://www.vidjil.org/seqs/Stanford_S22.fasta)
(le -e all est là pour éviter l'estimation du nombre de reads)
***
Discuté à l'instant : pour que l'e-value fonctionne, on pourrait
- soit wrapper dans un scipt shell pour vraiment avoir le fichier
- soit avoir un nb de reads par défaut (1 milllion)
- soit estimer ce nb de reads de l'extérieur (taille du fichier), et le passer en ligne de commande
L'estimation peut être à la louche, à un facteur 10 ou 100 près :)
***
@DuezWeb 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1585Plot : avoir une légendre pour certains axes ?2016-11-29T14:38:14+01:00Vidjil TeamPlot : avoir une légendre pour certains axes ?Qu'on soit en grid ou en bar plot, on n'a pas de légende pour les axes
Ce n'est effectivement pas la peine pour un gène/allèle V/D/J ou pour un locus, on voit bien ce que c'est. Mais on a maintenant plein d'autres variables... on oublie...Qu'on soit en grid ou en bar plot, on n'a pas de légende pour les axes
Ce n'est effectivement pas la peine pour un gène/allèle V/D/J ou pour un locus, on voit bien ce que c'est. Mais on a maintenant plein d'autres variables... on oublie vite ce qu'on a sélectionné.
Bref, faudrait-il mettre des légendes ? Ce serait alors redondant avec le mini-menu plot, qui est très élégant.
***
Excellent !
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1561.vidjil : pouvoir stocker plusieurs gènes D2020-12-11T13:11:20+01:00Vidjil Team.vidjil : pouvoir stocker plusieurs gènes DLe fichier .vidjil ne permet de stocker qu'un gène 5', « 4' » et 3'. On pourrait en avoir plusieurs (c'est au moins vrai pour le « 4' », mais tant qu'à le gérer pour celui-là autant le faire pour les autres aussi). Ça veut dire avoir des...Le fichier .vidjil ne permet de stocker qu'un gène 5', « 4' » et 3'. On pourrait en avoir plusieurs (c'est au moins vrai pour le « 4' », mais tant qu'à le gérer pour celui-là autant le faire pour les autres aussi). Ça veut dire avoir des listes pour "5", "4" et "3" ( avec les "start" et "end" à l'intérieur) ?
D'ailleurs le nombre de délétions n'est jamais stocké explicitement dans un champ à part : il apparaît dans le nom de la segmentation mais c'est tout. Une occasion pour l'ajouter ?
***
évoqué vendredi dernier. Pas facile, faire du 4b (et éventuellement 4c ?)
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1554Pourcentages par système en bas à droite2023-06-29T14:59:02+02:00Vidjil TeamPourcentages par système en bas à droitepas si simple
getPrintableSize() est défini dans clone.js, ok si tous les clones viennent du même système.
Que faire si on sélectionne des clones de plusieurs systèmes différents ? (Dans ce cas, n'avoir que le % global ?) (sauf si même...pas si simple
getPrintableSize() est défini dans clone.js, ok si tous les clones viennent du même système.
Que faire si on sélectionne des clones de plusieurs systèmes différents ? (Dans ce cas, n'avoir que le % global ?) (sauf si même groupe de système)
***
Bof… c'est une infomation qu'on a si on se concentre sur un seul système. Et si on commence à afficher plein de pourcentages (global, par système, par système similaires…) ça va commencer à ne plus être très lisible (et pourquoi l'afficher ici mais pas dans la liste ?).
***
à inclure dans la réflexion sur en bas à droite.
C'est fait pour l'instant s'il y a qu'un système, à voir si cela pourrait être amélioré.
***
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=297&config=11 sélectionner le clone avec l'intron.
C'est sur deux lignes (ce qui décale le segmenteur), pas super lisible et on se retrouve avec trois pourcentages dont on ne comprend pas bien à quoi ils correspondent
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1553Changer le germline d'un clone2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil TeamChanger le germline d'un cloneCela permettrait de répondre à plusieurs questions :
- bouger des clones mal affectés, en récupérer (xxx > IGH+)
- et ignorer vraiment des clones dont on ne veut pas (un locus > xxx)
1) Si c'est dans le .analysis, est-ce que l'info pa...Cela permettrait de répondre à plusieurs questions :
- bouger des clones mal affectés, en récupérer (xxx > IGH+)
- et ignorer vraiment des clones dont on ne veut pas (un locus > xxx)
1) Si c'est dans le .analysis, est-ce que l'info passe bien ?
2) Quelle procédure pour changer ? (réfléchir aussi au changement de V / de J, peut-être dans le info)
***
pour 2), le germline apparait maintenant dans getInfoHtml, ce serait le bon endroit pour avoir un bouton pour éditer
***
Marc : « en soit c'est facile, mais ça change toutes les stats et il faudrait la sauvegarder ou rejouer le changement »
***
Marc : « il crée la liste des gènes en fonction des gènes réellement utilisés. C'est fait à chaque fois qu'on change de germline. Il faudrait relancer la fonction qui calcule cela quand on change le germline d'un clone. »
***
Dépend de « changer les gènes V/D/J d'un clone » : https://www.producteev.com/workspace/t/555b3f53b1fa09245f000000
***
Vu ensemble : ok, bien, n'afficher les listes déroulantes que lorsqu'on clique sur un bouton "edit" dans la barre de titre "segmentation"
***
fait.
***
voir les changments de stats induits
***
Parfait, merci !
***
e105a41: Je viens de faire en sorte que le bouton ne soit visible que lorsqu'on est en mode développement (faire Ctrl-A). J'ai en effet besoin de mettre à jour le browser sur rbx et d'utiliser master.
***
Oups... tu as commité des choses aujourd'hui dans "florian", mais sans récupérer avant ce que j'avais mis dans "master" hier... cela sent le conflit lorsque tu vas devoir merger...
***
Euh... en fait non, ton dernier commit 9b1ea5b est bien une reprise de ce qui est dans master... mais c'est bizarre, ce n'est pas un commit de merge. On en discutera demain.
***
... en tout cas c'est très joli comme cela !
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1535Sélection par colonne/ligne et clones invisibles2016-11-29T14:37:35+01:00Vidjil TeamSélection par colonne/ligne et clones invisiblesActuellement, la sélection par colonne/ligne sélectionne aussi les clones pas visibles (par exemple parce que le top est trop bas, mais peut-être aussi filter ?).
Discuter ensemble avant de changer, voir si ce qui est souhaitable ou non...Actuellement, la sélection par colonne/ligne sélectionne aussi les clones pas visibles (par exemple parce que le top est trop bas, mais peut-être aussi filter ?).
Discuter ensemble avant de changer, voir si ce qui est souhaitable ou non.
***
commit a6f43b
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1525Pertinence du “day after first sample” par défaut ?2016-11-29T14:37:27+01:00Vidjil TeamPertinence du “day after first sample” par défaut ?On a plein de jeux de données pour lesquels les dates de sample sont bidons. Du coup l'échelle donnée sur le graph n'est pas informative et un utilisateur ne connaissant pas bien le browser ne saura pas à quoi correspondent ces points. E...On a plein de jeux de données pour lesquels les dates de sample sont bidons. Du coup l'échelle donnée sur le graph n'est pas informative et un utilisateur ne connaissant pas bien le browser ne saura pas à quoi correspondent ces points. Exemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=394&config=25 on a trois +3 ce qui nous donne zéro information.
***
Mmm... mais pour nos utilisateurs MRD (Lille, Rennes), c'est le bon choix par défaut.
Ne faudrait-il pas plutôt rendre la date optionnelle, et ne faire que "day after first sample" que s'il y a des dates ? (Comme d'hab, cela pose le pb de la transition, mais c'est un autre pb)
***
Enfin nos utilisateurs MRD ne font pas de la MRD (pour l'instant)… Quel pourcentage des patients avec au moins 2 points sont en MRD ? à part nos patients pour l'article, je ne suis pas sûr qu'on en ait. Les patients de Rennes non plus n'ont pas l'info : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=219&config=11 ou http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=214&config=22
On peut toujours changer le statut obligatoire de la date mais maintenant que les utilisateurs sont habitués à la mettre, ils risquent de continuer.
***
J'ai l'impression que c'est fait, non ?
***
depuis 9aa52e6, s'il manque une date, ce n'est plus "day after first sample"
***
Hmm… non même s'il y a une date (qui semble bidon) il y a des cas où on affiche le nom du sample. Ex : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=481&config=26 (il y a bien des dates de sample, mais ce sont les deux mêmes). Perso, ça me convient. Et on a toujours le day after first sample dans les cas où les dates sont bien renseignées : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=7
***
C'était déjà le cas avant : si les différences de dates sont < 2 jours, c'est que c'est bidon, on n'affiche pas les dates (et on ne time-scale pas l'axe X)
graph.js :
/* only if there are enough different dates */
if ((deltas.min >= 0) && (deltas.max >= 2))
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Aaah… ce qui avait motivé ma tâche c'était ce jeu : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=394&config=25
La différence est de 3 jours :)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1448Séparation serveurs : app (html/js) // vda2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamSéparation serveurs : app (html/js) // vdaFaudrait-il séparer (physiquement, virtuellement) les serveurs ?
- un qui ne fait que la db + browser
- un autre pour upload / vidjil, qui peut éventuellement ramer, mais qui ne bloque pas l'interaction des users avec la db et le b...Faudrait-il séparer (physiquement, virtuellement) les serveurs ?
- un qui ne fait que la db + browser
- un autre pour upload / vidjil, qui peut éventuellement ramer, mais qui ne bloque pas l'interaction des users avec la db et le browser
Juste une réflexion, on ne va pas se lancer là-dedans pour l'instant ! Et en plus, en production, ce n'est même pas dit que nos pb d'efficacité soient si importants, typiquement dans un hôpital il y aura 1 ou 2 utilisateurs, pas 100 simultanés :)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1447Upload et 'Could not connect to database'2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamUpload et 'Could not connect to database'Ce matin, j'ai eu un certain nombre de "Could not connect to database, please retry"... alors que la seule opération en cours était de l'upload par Lille. Massif certes, mais normalement ce n'est toujours que 2 fichiers à la fois. (Quoiq...Ce matin, j'ai eu un certain nombre de "Could not connect to database, please retry"... alors que la seule opération en cours était de l'upload par Lille. Massif certes, mais normalement ce n'est toujours que 2 fichiers à la fois. (Quoique, si plusieurs clients...)
Serait-ce souhaitable et possible d'isoler un peu plus l'upload côté serveur ?
Dans des workers dédiés ? Une autre solution ?
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En repassant sur le serveur un peu plus tard, alors que celui-ci travaille bcp (plusieurs vidjil lancés, d'autres en attentes), mais pas d'upload, cela fonctionne bien mieux...
C'est une impression de ma part ou c'est vraiment l'upload qui est le facteur limitant pouvant ralentir le serveur ?
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baissé. Sera fermé mi mai, on a moins de soucis en ce moment ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1418Sous-sélection des clones et segmenter2016-11-29T14:36:03+01:00Vidjil TeamSous-sélection des clones et segmenter(Yann, 10 février)
Quand on a plein de clones sélectionnés, on aimerait parfois pouvoir sélectionner une partie de ces clones, les mettre ensemble / les aligner, sans désélectionner le reste, et peut-être chosir de les merger.
Pas évid...(Yann, 10 février)
Quand on a plein de clones sélectionnés, on aimerait parfois pouvoir sélectionner une partie de ces clones, les mettre ensemble / les aligner, sans désélectionner le reste, et peut-être chosir de les merger.
Pas évident, bonne interaction à trouver, à réfléchir encore
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Avec "focus", on a une bonne manière d'étudier plus en détail une sélection, quitte à changer les axes pour cette sélection ensuite.
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@nobody