vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-02-22T13:15:47+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3743Pouvoir colorer suivant l'evolution d'un clone2019-02-22T13:15:47+01:00Thonier FlorianPouvoir colorer suivant l'evolution d'un cloneEn réfléchissant sur #3742, je me rend compte qu'il pourrait être intéressant d'avoir une coloration en fonction de l’expansion/régression d'un clones dans le mix du répertoire.
C'est valable et assez simple si nous avons 2 samples, mai...En réfléchissant sur #3742, je me rend compte qu'il pourrait être intéressant d'avoir une coloration en fonction de l’expansion/régression d'un clones dans le mix du répertoire.
C'est valable et assez simple si nous avons 2 samples, mais tout de suite beaucoup plus compliqué si nous en avons d'avantage.
En tout cas l'idée est de voir aisément si un clone passe de 0.01 % à 0.1%, voir même plus, voir l'inverse, voir si il n'est plus présent du tout.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3739Retirer les `using namespace std`2019-02-14T22:15:55+01:00Mathieu GiraudRetirer les `using namespace std`Vu par #3738.
https://stackoverflow.com/questions/1452721/why-is-using-namespace-std-considered-bad-practice
https://www.geeksforgeeks.org/using-namespace-std-considered-bad-practice/Vu par #3738.
https://stackoverflow.com/questions/1452721/why-is-using-namespace-std-considered-bad-practice
https://www.geeksforgeeks.org/using-namespace-std-considered-bad-practice/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3737Afficher dans la grid des clones en carrés ou autre2019-02-14T20:14:03+01:00Mathieu GiraudAfficher dans la grid des clones en carrés ou autreExtrait de #3735 et #2603. Pas de discussion bio ici, uniquement graphique.
Saurait-on afficher des clones différemment dans le ~"client\-grid" ? En gardant la couleur mais en changeant la forme ?
Par exemple :
- carré pivoté à 45°
- c...Extrait de #3735 et #2603. Pas de discussion bio ici, uniquement graphique.
Saurait-on afficher des clones différemment dans le ~"client\-grid" ? En gardant la couleur mais en changeant la forme ?
Par exemple :
- carré pivoté à 45°
- carré
- rond évidé
- triangle
- hexagone
- étoile avec beaucoup de branches
Pas sûr qu'on voie toutes ces choses quand les clones sont petits...
Et que pourrait-on imaginer de similaire lorsqu'on est en ~"client\-bar", voire sur le ~"client\-graph" ?
Utilisation des pointillés dans un trait ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3181Lancer CloneDB depuis fuse.py ou en offline2019-02-14T18:19:54+01:00Mathieu GiraudLancer CloneDB depuis fuse.py ou en offlineExtrait de #2312 et clonedb#1 :
> Lancer la cloneDB sur tous les clones côté client peut être une mauvaise idée ! (à voir si on le fait dans le `fuse.py`).
Pourquoi pas... mais dans ce cas, pas de check sur la contamination intra-run #...Extrait de #2312 et clonedb#1 :
> Lancer la cloneDB sur tous les clones côté client peut être une mauvaise idée ! (à voir si on le fait dans le `fuse.py`).
Pourquoi pas... mais dans ce cas, pas de check sur la contamination intra-run #1744 (qui pourrait être fait séparément).
À voir aussi comment on indique que cela a été fait "à une certain moment" (et donc, si on revient plus tard, pas forcément à jour). Et/ou relancer périodiquement CloneDB sur le serveur ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3734Réflexion sur chart.js2019-02-13T13:11:46+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur chart.jsÉvoqué à l'occasion de stats#233/stats#235 : utilisera-t-on un jour chart.js à la place de d3.js dans vidjil ?
Pas du tout à l'ordre du jour pour l'instant, à discuter dans 6-12 mois en fonction de l'expérience qui aura été acquise sur ...Évoqué à l'occasion de stats#233/stats#235 : utilisera-t-on un jour chart.js à la place de d3.js dans vidjil ?
Pas du tout à l'ordre du jour pour l'instant, à discuter dans 6-12 mois en fonction de l'expérience qui aura été acquise sur ~"app\-stats".
cc @flothoni 2020-02-13https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3732Output files depuis client ?2019-02-13T10:49:20+01:00Mathieu GiraudOutput files depuis client ?De @flothoni : ajouter sous le menu "download output files", en pensant notamment à #1469.
On n'est pas sûr de l'utilité, à voir.De @flothoni : ajouter sous le menu "download output files", en pensant notamment à #1469.
On n'est pas sûr de l'utilité, à voir.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2601Retravailler un alignement global en détectant les parties mal alignées2019-02-13T08:57:29+01:00Mathieu GiraudRetravailler un alignement global en détectant les parties mal alignéesPour aller plus loin que #2599, on souhaite détecter, dans un alignement, des parties mal alignées et mes remplacer par un bloc non aligné (typiquement le bloc grisé de #2599).
Mais plus simplement, on pourrait lancer un `SemiGlobalTran...Pour aller plus loin que #2599, on souhaite détecter, dans un alignement, des parties mal alignées et mes remplacer par un bloc non aligné (typiquement le bloc grisé de #2599).
Mais plus simplement, on pourrait lancer un `SemiGlobalTrans` (ou ...) comme il le faut et compléter en collant le bloc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3724Supprimer KMER_INDEX ?2019-02-12T22:26:33+01:00Mathieu GiraudSupprimer KMER_INDEX ?Faudra-t-il un jour supprimer `KMER_INDEX` ?
Attendre déjà de voir !78 et les conséquences. Proposition : même si on décide de supprimer, attendre minimum 6 mois, si ce n'est 12, après la release incluant !78.Faudra-t-il un jour supprimer `KMER_INDEX` ?
Attendre déjà de voir !78 et les conséquences. Proposition : même si on décide de supprimer, attendre minimum 6 mois, si ce n'est 12, après la release incluant !78.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3726AFFECT_UNKNOWN à la fin des affectations avec Aho et probas2019-02-12T14:36:35+01:00Mathieu GiraudAFFECT_UNKNOWN à la fin des affectations avec Aho et probasDepuis !78, tant qu'on a un automate par germline avec des graines fixes, on a `k` affectations `_` à la fin.
Est-ce que cela pourrait fausser nos calculs de p-valeur sur les J ? @mikael\-s : "peut-être, mais l'index load sur les J a te...Depuis !78, tant qu'on a un automate par germline avec des graines fixes, on a `k` affectations `_` à la fin.
Est-ce que cela pourrait fausser nos calculs de p-valeur sur les J ? @mikael\-s : "peut-être, mais l'index load sur les J a tellement baissé qu'on ne le verrait probablement pas". À voir en tout cas.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3725Savoir si une germline est incomplète ou pas ?2019-02-12T14:03:15+01:00Mathieu GiraudSavoir si une germline est incomplète ou pas ?Il y a des occurrences de `code.find("+")` dans `core/germlines.cpp` et dans `core/segment.cpp` (et 5bc753ee).
Avoir explicitement un attribut `Germlines.regular` ?
Voir vieille tâche #2153 ? Dépassé par #1169 voire #3377 ?Il y a des occurrences de `code.find("+")` dans `core/germlines.cpp` et dans `core/segment.cpp` (et 5bc753ee).
Avoir explicitement un attribut `Germlines.regular` ?
Voir vieille tâche #2153 ? Dépassé par #1169 voire #3377 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2153Supprimer GERMLINES_REGULAR / _INCOMPLETE suite à -i ?2019-02-12T13:57:51+01:00Mathieu GiraudSupprimer GERMLINES_REGULAR / _INCOMPLETE suite à -i ?Dans ce qui arrive bientôt :
```
-c clones -g germline/homo-sapiens.g -i -2 -3 data/Stanford_S22.fasta # (basic usage, detect the locus for each read, including unusual/unexpected recombinations)
-c clones -g germline/hom...Dans ce qui arrive bientôt :
```
-c clones -g germline/homo-sapiens.g -i -2 -3 data/Stanford_S22.fasta # (basic usage, detect the locus for each read, including unusual/unexpected recombinations)
-c clones -g germline/homo-sapiens.g:IGH -3 data/Stanford_S22.fasta # (restrict to IGH complete locus)
```
J'aimerais supprimer `-i` (le mettre par défaut) : le mécanisme de filter est plus générique (`:IGH` ou `:IGH,IGH+`) , et l'interaction entre `-i` et le filter est confuse (actuellement `:IGH,IGH+` ne sélectionne pas `IGH+` si on ne met pas `-i`...)
Dans mes rêves les plus fous, je voudrais même supprimer `-2` et le mettre par défaut, mais non, ce n'est pas raisonnable et c'est une porte-dans-le-nez. @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3723Releases algo sur page gitlab ?2019-02-12T13:30:27+01:00Mathieu GiraudReleases algo sur page gitlab ?On peut désormais afficher les releases dans gitlab : https://docs.gitlab.com/ce/user/project/releases/index.html
Utile pour nous ?
Suite à #3002.On peut désormais afficher les releases dans gitlab : https://docs.gitlab.com/ce/user/project/releases/index.html
Utile pour nous ?
Suite à #3002.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3717CloneDB : les sample sets peuvent être redondants2019-02-11T19:20:59+01:00Mikaël SalsonCloneDB : les sample sets peuvent être redondantsUn échantillon d'un patient peut être présent dans un run également. Forcément l'échantillon apparaîtra à travers son patient et son run. Il n'y a pas vraiment de solution à cela : il n'y a pas vraiment de raison de privilégier un type d...Un échantillon d'un patient peut être présent dans un run également. Forcément l'échantillon apparaîtra à travers son patient et son run. Il n'y a pas vraiment de solution à cela : il n'y a pas vraiment de raison de privilégier un type de sample set par rapport à un autre mais on pourrait montrer les résultats par sample set, ce qui laisse l'utilisateur la possibilité d'aller voir ce qui les intéresse.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3720CloneDB : lien pour lancer un compare sample2019-02-11T19:02:21+01:00Mikaël SalsonCloneDB : lien pour lancer un compare sampleDans les résultats de la cloneDB, pour chaque sample set indiqué on pourrait ajouter un lien pour lancer un compare sample (le hic étant qu'on ne pourrait faire qu'un compare "sample set" puisqu'on n'a pas vraiment l'identité du sample c...Dans les résultats de la cloneDB, pour chaque sample set indiqué on pourrait ajouter un lien pour lancer un compare sample (le hic étant qu'on ne pourrait faire qu'un compare "sample set" puisqu'on n'a pas vraiment l'identité du sample concerné).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3504Axe cloneDB en logarithmique2019-02-11T12:28:49+01:00Mathieu GiraudAxe cloneDB en logarithmiqueDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2431#note_122423 :
![clonedb_trg](/uploads/6793d40c014f91c74b5b38223314f4a1/clonedb_trg.png)
![clonedb_kde](/uploads/a25d36980a3d6bd83bdf400752e530d7/clonedb_kde.png)
Indépendamment...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2431#note_122423 :
![clonedb_trg](/uploads/6793d40c014f91c74b5b38223314f4a1/clonedb_trg.png)
![clonedb_kde](/uploads/a25d36980a3d6bd83bdf400752e530d7/clonedb_kde.png)
Indépendamment de #2431, un affichage en log serait pertinent pour CloneDB. Même sur le graphe du bas, on souhaite pouvoir distinguer les clones à 0, à 1 et à 100.
Voir #2363 : ici on s'attendrait à un axe 0 / 1 / 10 / 100 / ...
(En attendant, on pourrait transformer 0 en 0.2 pour que cela ne buggue pas, hum...)
Question secondaire : quelle est l'url / la manip pour avoir ces données ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3713Champs ajout patient/run/sample bloqué lors de l'ajout d'échantillon2019-02-08T17:09:07+01:00Thonier FlorianChamps ajout patient/run/sample bloqué lors de l'ajout d'échantillonJe me suis rendu compte aujourd'hui qu'il n'est plus possible de cliquer sur la dernière zone d'input à l'ajout des samples.
Cette zone est celle qui permet d'associer les patients, run ou sets.
Je n'ai pas d'explication.Je me suis rendu compte aujourd'hui qu'il n'est plus possible de cliquer sur la dernière zone d'input à l'ajout des samples.
Cette zone est celle qui permet d'associer les patients, run ou sets.
Je n'ai pas d'explication.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3074Compilation des fichiers CSS : less dynamique ?2019-02-05T19:19:31+01:00Mikaël SalsonCompilation des fichiers CSS : less dynamique ?Discuté avec @RyanHerb : quelle est notre politique ?
Je pense qu'il faut malgré tout continuer à commiter les fichiers CSS si on veut que des gens qui pullent le dépôt aient un client directement utilisable (sans avoir à utiliser `less...Discuté avec @RyanHerb : quelle est notre politique ?
Je pense qu'il faut malgré tout continuer à commiter les fichiers CSS si on veut que des gens qui pullent le dépôt aient un client directement utilisable (sans avoir à utiliser `less`).
Dans ce cas, quand on développe on n'est pas obligé de toujours les commiter. Par contre au moment du merge, les fichiers CSS doivent être à jour (pourrait-on automatiser cela ?).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3710Ascenseur de la liste des clones curieux sous FF2019-02-05T19:09:49+01:00Mathieu GiraudAscenseur de la liste des clones curieux sous FFJ'ai un léger liseré rouge au lieu de l'ascenseur sous FF. Mais on le voit tout de même, et au `:hover` on le voit normalement. Je ne suis même pas sûr que ce soit un bug, c'est peut-être juste le style de FF.J'ai un léger liseré rouge au lieu de l'ascenseur sous FF. Mais on le voit tout de même, et au `:hover` on le voit normalement. Je ne suis même pas sûr que ce soit un bug, c'est peut-être juste le style de FF.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3704css et règles -{moz,webkit}-*2019-02-05T19:03:26+01:00Mathieu Giraudcss et règles -{moz,webkit}-*Avec `make` dans `browser/css`, j'ai, comme d'habitude, des changements insiginifiants que je ne commite pas. Mais je vois également une série de :
```diff
- width: calc(100% - 6px + 6px);
+ width: -moz-calc(100% - 12px);
+ width: -w...Avec `make` dans `browser/css`, j'ai, comme d'habitude, des changements insiginifiants que je ne commite pas. Mais je vois également une série de :
```diff
- width: calc(100% - 6px + 6px);
+ width: -moz-calc(100% - 12px);
+ width: -webkit-calc(100% - 12px);
+ width: calc(100% - 12px);
```
Est-ce des choses decompatibilité pré-CSS3 ? Ping #1077.
Si c'est inutile, y-aurait-il des options à `lessc` pour ne pas générer cela et être plus reproductible ?
Ping #2799.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3703Documenter les variables d'environnement2019-02-05T12:13:39+01:00Mathieu GiraudDocumenter les variables d'environnementUne réflexion en faisant !400 :
on devrait documnter dans `dev.{org,md}` les variables d'environnement ~"dev\-gitlab" (idéalement quelqu'un devrait avoir toutes les infos pour forker et configurer un gitlab).Une réflexion en faisant !400 :
on devrait documnter dans `dev.{org,md}` les variables d'environnement ~"dev\-gitlab" (idéalement quelqu'un devrait avoir toutes les infos pour forker et configurer un gitlab).