vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-09-15T19:18:34+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2370axes: pouvoir afficher n'importe quel axe comme couleur2021-09-15T19:18:34+02:00Mathieu Giraudaxes: pouvoir afficher n'importe quel axe comme couleurExtrait de #1471.
Pourra-t-on utiliser n'importe quel axe comme couleur ?
Déjà le faire pour NumericAxes #3678.Extrait de #1471.
Pourra-t-on utiliser n'importe quel axe comme couleur ?
Déjà le faire pour NumericAxes #3678.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2367axes: déplacer available_axis quelque part2017-04-14T18:00:29+02:00Mathieu Giraudaxes: déplacer available_axis quelque partExtrait de #2362
> déplacer available_axis quelque part (`axis.js` ?)
Comme discuté hier, les axes sont indépendants du scatterplot. On pourrait être dans une situation sans scatterplot, et accéder aux axes, typiquement pour #2175.
O...Extrait de #2362
> déplacer available_axis quelque part (`axis.js` ?)
Comme discuté hier, les axes sont indépendants du scatterplot. On pourrait être dans une situation sans scatterplot, et accéder aux axes, typiquement pour #2175.
On n’a pas trop envie que ce soit une variable globale… quoi alors ? Dans le modèle ?
Peut-être qu’il faut lier cela à `clone.js`. Certes, les axes sont génériques (vu `GenericAxis()`, on pourrait faire des axes avec autre chose que des clones), mais pour l’instant tous les axes définis sont bien des axes de clones. (Si on fait un jour d’autre axes, ils pourront être dans d’autres avalaible_axis… ailleurs).
Si possible, ce serait bien de faire cela cette semaine pour que @heto puisse partir dessus pour #2175.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2365axes: tailles des clones, avec deux valeurs particulières 0 et +2024-01-19T18:39:16+01:00Mathieu Giraudaxes: tailles des clones, avec deux valeurs particulières 0 et +Lorsqu'il y a 0 read ou peu de reads, ce sont des valeurs particulières (voir `sizeQ` dans `clone.js`).
Peut-être les afficher de manière particulière, comme pour #2363 et #2364.
cc @RyanHerbLorsqu'il y a 0 read ou peu de reads, ce sont des valeurs particulières (voir `sizeQ` dans `clone.js`).
Peut-être les afficher de manière particulière, comme pour #2363 et #2364.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2364axes: affichage de la valeur particulière '?' (ou '0' pour log)2021-09-29T17:21:04+02:00Mathieu Giraudaxes: affichage de la valeur particulière '?' (ou '0' pour log)Afficher de manière particulière '?' pour qu'on distingue mieux des autres valeurs.
Par exemple en cassant la ligne et/ou en décalant légèrement pour qu'il y ait plus d'espace.
(voire ajouter un label vide après '?').Afficher de manière particulière '?' pour qu'on distingue mieux des autres valeurs.
Par exemple en cassant la ligne et/ou en décalant légèrement pour qu'il y ait plus d'espace.
(voire ajouter un label vide après '?').Web 2021.11marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2363Axes: logarithmes et 02020-07-28T11:58:06+02:00Mathieu GiraudAxes: logarithmes et 0Vérifier ce qu’il se passe avec des valeurs à 0.
L’afficher de manière particulière (un 0, coupé du reste, comme dans #2364 ?)
cc @RyanHerbVérifier ce qu’il se passe avec des valeurs à 0.
L’afficher de manière particulière (un 0, coupé du reste, comme dans #2364 ?)
cc @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2362axes: bikeshedding2017-04-14T18:00:59+02:00Mathieu Giraudaxes: bikesheddingJuste des suggestions stupides :-)
- renommer CustomAxis en NumericAxis
- generic-axis.js → axis-generic.js
- custom-axis.js → axis-numeric.js
- germline-axis.js → axis-germline.js
- déplacer available_axis quelque part (axis.js ?)Juste des suggestions stupides :-)
- renommer CustomAxis en NumericAxis
- generic-axis.js → axis-generic.js
- custom-axis.js → axis-numeric.js
- germline-axis.js → axis-germline.js
- déplacer available_axis quelque part (axis.js ?)Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2361axes: factoriser encore un peu available_axis2017-09-15T13:42:23+02:00Mathieu Giraudaxes: factoriser encore un peu available_axisVu ce matin avec @RyanHerb. En particulier pour les bar plots.
Et si possible, pour les germline pour les grids... mais tant pis si ce n'est pas possible.Vu ce matin avec @RyanHerb. En particulier pour les bar plots.
Et si possible, pour les germline pour les grids... mais tant pis si ce n'est pas possible.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2357segmenteur, gènes VDJ : quels objets créer ?2017-05-15T17:27:02+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : quels objets créer ?Réflexion technique pour #1925/#2137. Comment rajouter les gènes VDJ dans le segmenteur ?
- **Créer des clones.** Ces clones seraient créés (et supprimés) à la volée.
Non quantifiables (type #1921), mais aussi non affichées dans liste/...Réflexion technique pour #1925/#2137. Comment rajouter les gènes VDJ dans le segmenteur ?
- **Créer des clones.** Ces clones seraient créés (et supprimés) à la volée.
Non quantifiables (type #1921), mais aussi non affichées dans liste/plot/graphe. Peut-être même non sélectionnables et non sélectionnés (mais le segmenteur les affiche). En tout cas cela permet une vue uniforme clones/gènes, les séquences s'affichent naturellement dans le segmenteur, modulo #2354/#2355. C'est l’occasion (pas facile) d’aller au bout de #1921 et de faire que les "clones" sont des objets génériques affichés ou pas dans certaines vues. Voir aussi ce qui s'affiche "à gauche" de la séquence (#1763/#2175).
- **Étendre highlight.**
Ce qui concerne ci-dessus les vues autre que le segmenteur ne se retrouve pas (mais on perd la possibilité d’utiliser les gènes VDJ dans d'autres vues.). Pour l'instant les highlights sont attachés à un clone : #2354/#2355 demandent alors une refonte complète (pas facile) de l'affichage des highlights (ce qui peut être une bonne chose), mais on risque de perdre la signification d'un highlight. Nécessite #1982 (quoique, si ce sont des séquenes de même taille), mais pas de soucis pour #1763/#2175.
- **Créer un nouvel objet à la fois pour les clones et les gènes VDJ.**
Cet objet "sequence" pourrait ressembler à un highlight étendu (mais les highlights resteraient par clone/gène VDJ, plus cohérent). Uniformise l'affichage des séquences comme dans la première solution mais ne nécessite pas de gérer les autres vues à la #1921. Demande tout de même de réfléchir à #1763/#2175.
Dans tous les cas, implique une certaine dose de ~"dev-refactor".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2353segmenteur, gènes VDJ : pas qu’un seul VDJ par séquence2024-01-19T18:33:56+01:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : pas qu’un seul VDJ par séquencePour #1925/#2137, on veut déjà afficher les V/D/J le plus proches.
Mais aussi :
- avec un clone sélectionné : pouvoir sélectionner d’autres V/D/J (typiquement les 2è/3è pour voir les différences)
- plusieurs clones sélectionnés : cert...Pour #1925/#2137, on veut déjà afficher les V/D/J le plus proches.
Mais aussi :
- avec un clone sélectionné : pouvoir sélectionner d’autres V/D/J (typiquement les 2è/3è pour voir les différences)
- plusieurs clones sélectionnés : certains V/D/J peuvent être communs, et on peut vouloir ne les afficher qu’une seule foishttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2351Comment désactiver un compte ? Le retirer d'un groupe ?2020-06-10T22:16:52+02:00Mikaël SalsonComment désactiver un compte ? Le retirer d'un groupe ?Discussion avec @flothoni à propos d'un compte utilisateur à désactiver :
> pour le compte […] qui doit être
> désactivé, on peux se contenter de lui retirer les droits d'accès à tous
> les groupes sans pour autant lui effacé son c...Discussion avec @flothoni à propos d'un compte utilisateur à désactiver :
> pour le compte […] qui doit être
> désactivé, on peux se contenter de lui retirer les droits d'accès à tous
> les groupes sans pour autant lui effacé son compte non ? Cela assure un
> backup si pour une raison ou une autre elle revient à avoir besoin d'un
> accès à son compte ?
>
> En fait, ça me pose une seconde question. Si elle est dans plusieurs
> groupes, le sien et celui de [son hôpital], comment sont réattribué ses
> fichiers si on l’efface ou la supprime du compte de [son hôpital]?
Quel processus pour désactiver un compte ? Le supprimer du groupe de son hôpital ne permettrait plus à son hôpital d'accéder aux fichiers uploadés par l'utilisatrice. On ne peut pas retirer tout droit à l'utilisatrice car les droits pertinents ici sont ceux du groupe.
Faut-il supprimer son mot de passe pour empêcher toute connection ?
@RyanHerb, expert des groupes ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2350Pas d'accès aux permissions d'un sample set/patient2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonPas d'accès aux permissions d'un sample set/patientL'icône permission à côté de chaque sample set renvoie vers le contrôleur `sample_set/permission` qui produit une erreur 404.L'icône permission à côté de chaque sample set renvoie vers le contrôleur `sample_set/permission` qui produit une erreur 404.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2348Identifier clairement qu'on est sur le serveur de secours2017-12-04T09:10:30+01:00Mathieu GiraudIdentifier clairement qu'on est sur le serveur de secoursSuite à vdj#397, il y a des cas où le ~client va se connecter sur un serveur de secours.
Il faut que ce soit très clair pour les utilisateurs qu'ils ne sont pas sur le serveur principal. Le fond du bandeau pourrait par exemple passer en ...Suite à vdj#397, il y a des cas où le ~client va se connecter sur un serveur de secours.
Il faut que ce soit très clair pour les utilisateurs qu'ils ne sont pas sur le serveur principal. Le fond du bandeau pourrait par exemple passer en jaune, et/ou une notification "persistante" en haut (par exemple à la place de Vidjil(beta)).
Voir aussi #2152.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2347Corriger les tests fonctionnels sur le nom des clones2017-11-18T12:30:32+01:00Mikaël SalsonCorriger les tests fonctionnels sur le nom des clonesPar ma faute, les tests fonctionnels du client semblaient passer (alors que ce n'est pas le cas). Suite à !15 je pense qu'il faut adapter les tests.
Voici les tests qui échouent (il y en a d'autres qui plantent mais c'est à cause de vdj...Par ma faute, les tests fonctionnels du client semblaient passer (alors que ce n'est pas le cas). Suite à !15 je pense qu'il faut adapter les tests.
Voici les tests qui échouent (il y en a d'autres qui plantent mais c'est à cause de vdj#396).
```
1) Failure:
TestMultilocus#test_05_focus_in_list [test_multilocus.rb:102]:
>> Clone name is not correct in focus div
2) Failure:
TestMultilocus#test_05_focus_in_scatterplot [test_multilocus.rb:102]:
>> Clone name is not correct in focus div
```
@heto : pas besoin d'installer watir & co (il y a des problèmes de compatibilité avec les versions récentes de Firefox). Tu peux te contenter de corriger les tests et de voir si Gitlab-CI est content.
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2346Incident 2017-04-08: vda inaccessible2017-05-22T15:25:32+02:00Mathieu GiraudIncident 2017-04-08: vda inaccessible(1:21) Moniteur perdu. Le ping répond, mais pas de ssh.
Dans ce genre de situation, contacte-t-on Cyrille directement ? A-t-on un moyen de mieux diagnostiquer sur l'interface openstack et/ou de la rebooter à distance ?
cc @mikael-s...(1:21) Moniteur perdu. Le ping répond, mais pas de ssh.
Dans ce genre de situation, contacte-t-on Cyrille directement ? A-t-on un moyen de mieux diagnostiquer sur l'interface openstack et/ou de la rebooter à distance ?
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2345vidjil n'est plus accessible2017-05-22T15:25:32+02:00Thonier Florianvidjil n'est plus accessibleIl semblerait que le site vidjil ne soit plus accessible.
On n'a plus accès à la page DB.
C'est le serveur qui a sauté ou une problème d'URL ?
Du coup, je me rend compte que dans ces cas là, on ne peux même pas mettre d'indication ...Il semblerait que le site vidjil ne soit plus accessible.
On n'a plus accès à la page DB.
C'est le serveur qui a sauté ou une problème d'URL ?
Du coup, je me rend compte que dans ces cas là, on ne peux même pas mettre d'indication sur la page d'acceuil non ?
@magiraud @mikael-s @RyanHerbMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2343Le status du pre-process n'est pas retiré après avoir désélectionné le pre-pr...2017-05-22T15:26:06+02:00Ryan HerbertLe status du pre-process n'est pas retiré après avoir désélectionné le pre-process en éditant le sample.Pfiou, un peu verbeux comme titre.
Suite à #2341 j'ai réalisé que si pour une raison X j'édite un sample qui comprenait un pre_process pour en retirer la valeur du pre_process, on perd les infos quant à quel pre_process était référencé...Pfiou, un peu verbeux comme titre.
Suite à #2341 j'ai réalisé que si pour une raison X j'édite un sample qui comprenait un pre_process pour en retirer la valeur du pre_process, on perd les infos quant à quel pre_process était référencé, mais le status du job reste.
@magiraud @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2342Sélection de clones renommés impossible dans la liste2017-11-22T12:49:04+01:00Ghost UserSélection de clones renommés impossible dans la listeUne fois qu'un clone est renommé, il ne semble plus possible de le sélectionner par un clic dans la liste.
La sélection via le graphe ou les cercles fonctionne cependant.
cc @mikael-s @magiraud @RyanHerbUne fois qu'un clone est renommé, il ne semble plus possible de le sélectionner par un clic dans la liste.
La sélection via le graphe ou les cercles fonctionne cependant.
cc @mikael-s @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2341Des pre-process pensent être QUEUED… sans l'être réellement2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonDes pre-process pensent être QUEUED… sans l'être réellementPatient 5438 : 3 pré-process apparaissent QUEUED (depuis hier soir) alors qu'aucun ne l'est selon l'interface d'admin…
cc @magiraud @flothoniPatient 5438 : 3 pré-process apparaissent QUEUED (depuis hier soir) alors qu'aucun ne l'est selon l'interface d'admin…
cc @magiraud @flothoniWeb 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2338refactorer .getHtmlInfo2017-04-08T19:01:51+02:00Mathieu Giraudrefactorer .getHtmlInfoBeaucoup de `<tr colspan...` plus ou moins identiques.
Beaucoup de `<tr colspan...` plus ou moins identiques.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2336Renommer « merge » ou « cluster »2019-04-08T14:13:20+02:00Mathieu GiraudRenommer « merge » ou « cluster »Nous avons deux mots différents pour la même chose : « merge » (le bouton favori de nos utilisateurs) et « cluster » (le menu, changé par #2335).
Ce serait bien d’uniformiser, et cela aiderait à comprendre que le menu fait des choses si...Nous avons deux mots différents pour la même chose : « merge » (le bouton favori de nos utilisateurs) et « cluster » (le menu, changé par #2335).
Ce serait bien d’uniformiser, et cela aiderait à comprendre que le menu fait des choses similaires au bouton.
- remplacer « merge » par « cluster » : cohérent, mais risque de perturber les utilisateurs. Il faudra une notification.
- remplacer « cluster » par « merge » : un peu plus bizarre « merge by J’ », mais on peut s’y faire. Mvouais.
cc @mikael-s @flothoni @RyanHerb Web 2017.05