vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-02-28T12:40:32+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3094Le filtrage par tag n'est pas cohérent entre la liste des sample sets et le c...2019-02-28T12:40:32+01:00Mikaël SalsonLe filtrage par tag n'est pas cohérent entre la liste des sample sets et le compare samplesSi je filtre par `#demo` dans la liste des patients, j'obtiens des résultats. Si je clique ensuite sur *compare samples/patients* je n'obtiens plus rien car le tag n'est pas présent dans les samples, mais dans les samples sets.
Je pense ...Si je filtre par `#demo` dans la liste des patients, j'obtiens des résultats. Si je clique ensuite sur *compare samples/patients* je n'obtiens plus rien car le tag n'est pas présent dans les samples, mais dans les samples sets.
Je pense que dans ce cas le compare samples devrait afficher tous les samples contenus dans les sample sets `#demo`
À l'inverse, si on recherche un tag présent dans un sample et non dans un sample set, la recherche sur la page patient ne donnera pas le sample set qui contient ce sample, mais le *compare samples* donnera bien le sample (essayer avec le tag #test par exemple).
Je ne sais pas si ce que je viens de décrire n'est vrai que pour les tags ou pour toute chaîne recherchée.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2937Savoir quand on a mis à jour les sets2019-02-28T12:40:32+01:00Mathieu GiraudSavoir quand on a mis à jour les setsDiscuté avec @RyanHerb, je me l'étais aussi souvent dit récemment.
Quand on arrive sur une liste de patients/runs/sets, on aimerait savoir quand a été mis à jour chaque set. Que ce soit quand on fait du ~"server-admin" (savoir quand est...Discuté avec @RyanHerb, je me l'étais aussi souvent dit récemment.
Quand on arrive sur une liste de patients/runs/sets, on aimerait savoir quand a été mis à jour chaque set. Que ce soit quand on fait du ~"server-admin" (savoir quand est-ce que l'on a touché à tel ou tel set)... mais même en routine. Si on a travaillé récemment sur certains sets en ajoutant des fichiers, c'est normal qu'on aie à en discuter en réunion patients ou autre juste après. Au passage, sur ~"dev-gitlab", ma vue par défaut est souvent le `Last updated`...
Le tri actuel, par ordre de création de patient, est peu pertinent dans le passé (surtout qu'on ne voit pas quand les patients ont été créés, ce qui pourrait aussi être une info intéressante.)
Pistes à discuter :
- avoir une colonne `last updated` qui indique la dernière action faite sur un set (upload, run, save analysis, et même un ~"server-fuse" implicite ?). Est-ce que cette colonne devrait être calculée à partir de notres infos (hum, ~"server-speed" ?) ou une nouvelle colonne ?
- l'afficher sur la liste des sets
- pouvoir trier par la colonne
- et peut-être même que... le tri par cette colonne pourrait être la vue par défaut ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2886Le menu help n'est pas accessible en mode serveur2019-02-28T12:40:31+01:00Mikaël SalsonLe menu help n'est pas accessible en mode serveurSi on a la fenêtre modale du serveur qui est affichée, on ne peut pas accéder à l'aide, ce qui est dommage. Le menu d'aide devrait avoir un z-index plus élevé.Si on a la fenêtre modale du serveur qui est affichée, on ne peut pas accéder à l'aide, ce qui est dommage. Le menu d'aide devrait avoir un z-index plus élevé.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1989Un pre-process en timeout apparaît toujours running2019-02-28T12:40:31+01:00Vidjil TeamUn pre-process en timeout apparaît toujours runningLorsqu'un pre-process est timeout, l'interface web affiche toujours le process comme en cours (avec la petite icone qui tourne). Et on ne peut pas le relancer (mais pour ça cf. #1960 )
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@nobodyLorsqu'un pre-process est timeout, l'interface web affiche toujours le process comme en cours (avec la petite icone qui tourne). Et on ne peut pas le relancer (mais pour ça cf. #1960 )
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1817Indicateur de progression / tâches en cours pour ce qui est lancé par task.py2019-02-28T12:40:31+01:00Vidjil TeamIndicateur de progression / tâches en cours pour ce qui est lancé par task.pyPour les grosse tâches qui durent longtemps (10 min → 2/3 heures), ce serait bien d’avoir un RUNNING (40%).
Voir par exemple http://web2py.com/books/default/chapter/29/04/the-core#Reporting-progress-percentages dans la doc web2py avec `s...Pour les grosse tâches qui durent longtemps (10 min → 2/3 heures), ce serait bien d’avoir un RUNNING (40%).
Voir par exemple http://web2py.com/books/default/chapter/29/04/the-core#Reporting-progress-percentages dans la doc web2py avec `sync_output`.
Mais bof, suppose de perdre la stdout… Ou bien pas de !clear, mais un parsing maison de la stdout, quitte à faire évoluer cette stdout du C++ ?
Et ensuite, c’est difficile de prédire le temps total. Peut-être, pour Vidjil, plutôt `RUNNING 1 (40%)` puis `RUNNING 2 (30%)` ou `CLUSTERING` ou autre chose.
(Et cela dépend du soft, MiXCR ce sera autre chose...)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3541Filtrage sur le nom uniquement par défaut2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonFiltrage sur le nom uniquement par défautIndépendamment de la question du timeout (#3535), se pose l question du filtre qui recherche dans plusieurs champs, ce qui peut être coûteux (de mémoire)
1. Est-ce bien le cas ?
2. Ne pourrait-on pas par défaut chercher dans le nom du s...Indépendamment de la question du timeout (#3535), se pose l question du filtre qui recherche dans plusieurs champs, ce qui peut être coûteux (de mémoire)
1. Est-ce bien le cas ?
2. Ne pourrait-on pas par défaut chercher dans le nom du sample pour accélérer le filtrage ? (cela semble être la recherche la plus fréquente) On pourrait conserver une option pour filtrer dans plus de champs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3422Auto-complétion des sample sets : augmenter la limite de 10 résultats et la r...2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonAuto-complétion des sample sets : augmenter la limite de 10 résultats et la rendre claireLa limite de 10 résultats peut être un peu courte (cf. #3420). On pourrait l'augmenter (c'est simple) mais il faudrait aussi la rendre claire : on doit savoir qu'on ne voit que X résultats mais qu'en fait il en existe d'autres.La limite de 10 résultats peut être un peu courte (cf. #3420). On pourrait l'augmenter (c'est simple) mais il faudrait aussi la rendre claire : on doit savoir qu'on ne voit que X résultats mais qu'en fait il en existe d'autres.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3407Décoration des champs du contrôleur multi samples2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonDécoration des champs du contrôleur multi samplesPour #2235, #2875Pour #2235, #2875Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3375La page des logs est trop longue à charger : la paginer2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonLa page des logs est trop longue à charger : la paginer@RyanHerb le mécanisme utilisé pour la liste des sample sets est-il généralisable facilement ?
En lien avec #3374@RyanHerb le mécanisme utilisé pour la liste des sample sets est-il généralisable facilement ?
En lien avec #3374https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3324L'icône "run" n'est pas assez claire2019-02-28T12:39:27+01:00Mathieu GiraudL'icône "run" n'est pas assez claireJe me suis encore fait avoir en pensant que je n'avais pas accès au "run" alors que c'est juste le bouton qui a changé.
Le bouton engrenage fait plus penser à "paramètres". Un bouton "play" serait peut-être plus adapté, avec un texte cl...Je me suis encore fait avoir en pensant que je n'avais pas accès au "run" alors que c'est juste le bouton qui a changé.
Le bouton engrenage fait plus penser à "paramètres". Un bouton "play" serait peut-être plus adapté, avec un texte clair ("go", "process" car on ne veut pas "run"...).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1577db_layout.html: avoir des onglets avec les derniers sets consultés ?2019-02-28T12:39:27+01:00Vidjil Teamdb_layout.html: avoir des onglets avec les derniers sets consultés ?On se ballade dans certains onglets (liste des patients, et pour les admins, les autres onglets), mais ce n'est pas facile de revenir sur le patient en cours.
Ce serait pratique d'avoir quelque chose type "patients John Doe (578) ...On se ballade dans certains onglets (liste des patients, et pour les admins, les autres onglets), mais ce n'est pas facile de revenir sur le patient en cours.
Ce serait pratique d'avoir quelque chose type "patients John Doe (578) - - - configs"
(et cela éviterait souvent d'avoir une requête 'liste des patients' :)
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D'ailleurs, il n'y a pas de notion de "patient en cours" vu de la database, mais bon, on va dire que c'est le dernier pour lequel on a fait afficher un .vidjil.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1520Liste des sets : info si les calculs sont finis ou pas2019-02-28T12:39:27+01:00Vidjil TeamListe des sets : info si les calculs sont finis ou pasLorsqu'on a lancé beaucoup de calculs (disons sur 70 patients par exemple), on aimerait savoir si c'est fini ou pas, ou au moins quels patients on pourrait consulter. Une manière simple de visualiser cela serait d'avoir un petit indicate...Lorsqu'on a lancé beaucoup de calculs (disons sur 70 patients par exemple), on aimerait savoir si c'est fini ou pas, ou au moins quels patients on pourrait consulter. Une manière simple de visualiser cela serait d'avoir un petit indicateur dans la liste des configs de chaque patient lorsque la config est en train de tourner.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1386Sauvegarder la position de l'ascenseur sur chaque liste patient/run/set2019-02-28T12:39:27+01:00Vidjil TeamSauvegarder la position de l'ascenseur sur chaque liste patient/run/setQuand on a beaucoup de patients (que ce soit pour l'admin, ou déjà maintenant pour Lille), on est souvent "en bas" de la liste. On visualise un patient, on revient à la liste... et il faut revenir en bas.
Est-ce possible de se souvenir ...Quand on a beaucoup de patients (que ce soit pour l'admin, ou déjà maintenant pour Lille), on est souvent "en bas" de la liste. On visualise un patient, on revient à la liste... et il faut revenir en bas.
Est-ce possible de se souvenir de la position de l'ascenseur ?
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moins important, avec patients récents en hauthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3712Débordement en dehors des div sur les listes patients/runs2019-02-28T12:38:04+01:00Thonier FlorianDébordement en dehors des div sur les listes patients/runsSur la page patients, je remarque que les boutons pour changer de page sont coupé car ils sortent/débordent.
![Screenshot_20190207_173802](/uploads/0eced809ff645a2ea9e4fae8333ae1ed/Screenshot_20190207_173802.png)Sur la page patients, je remarque que les boutons pour changer de page sont coupé car ils sortent/débordent.
![Screenshot_20190207_173802](/uploads/0eced809ff645a2ea9e4fae8333ae1ed/Screenshot_20190207_173802.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3687Champ de recherche sur la page d'un sample set : utiliser l'autocomplétion2019-02-28T12:38:04+01:00Mikaël SalsonChamp de recherche sur la page d'un sample set : utiliser l'autocomplétionL'autocomplétion est disponible lorsqu'on ajoute un sample à un sample set en revanche si on cherche tout simplement un sample set précis qu'on veut consulter, il n'y a pas d'autocomplétion.
C'est dommage, et j'imagine que l'effort devra...L'autocomplétion est disponible lorsqu'on ajoute un sample à un sample set en revanche si on cherche tout simplement un sample set précis qu'on veut consulter, il n'y a pas d'autocomplétion.
C'est dommage, et j'imagine que l'effort devrait être minime pour avoir accès également à cette autocomplétion.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3124La touche TAB valide l'autocomplétion du set2019-02-28T12:38:03+01:00Mikaël SalsonLa touche TAB valide l'autocomplétion du setLorsqu'on ajoute un sample, on peut ajoute des sets qui sont spécifiques à ce sample.
Pour passer d'un champ à l'autre dans un formulaire il est habituel d'utilisé la tabulation. Mais quand on arrive sur le champ dédié au set, appuyez su...Lorsqu'on ajoute un sample, on peut ajoute des sets qui sont spécifiques à ce sample.
Pour passer d'un champ à l'autre dans un formulaire il est habituel d'utilisé la tabulation. Mais quand on arrive sur le champ dédié au set, appuyez sur TAB a pour effet de valider le premier élément de la liste (pour peu qu'elle ait déjà été chargée). Rappuyer sur TAB… renouvelle le processus. Si bien qu'il n'est pas possible de quitter ce champ en appuyant sur TAB.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3412Compare sample : depuis la liste globale pour une même config on ne voit que ...2019-02-27T19:12:31+01:00Mikaël SalsonCompare sample : depuis la liste globale pour une même config on ne voit que le plus ancien résultatProblème soulevé ici : #3410.
Pour cette utilisatrice (214) lorsqu'on cherche P9 sur la page des patients et qu'on fait un compare samples, on ne voit que 4 résultats, dont deux pour le patient `P9 P9` : un en IGH et un en multi+inc.
M...Problème soulevé ici : #3410.
Pour cette utilisatrice (214) lorsqu'on cherche P9 sur la page des patients et qu'on fait un compare samples, on ne voit que 4 résultats, dont deux pour le patient `P9 P9` : un en IGH et un en multi+inc.
Mais lorsqu'on va sur le patient `P9 P9` (27495) et qu'on fait un compare samples on voit 4 résultats : 3 en IGH et 1 en multi+inc.
De plus le seul résultat IGH vu dans le 1er cas est le plus ancien. Récupère-t-on uniquement un seul résultat par config ?
@RyanHerb ça te dit quelque chose ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2826Pouvoir scroller le dialogue info2019-02-27T18:04:02+01:00Ryan HerbertPouvoir scroller le dialogue infoSi la résolution est trop basse le dialogue info (clones et samples) est trop petit, mais il n'est pas possible de scroller de manière horizontale.Si la résolution est trop basse le dialogue info (clones et samples) est trop petit, mais il n'est pas possible de scroller de manière horizontale.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3749Read merger: INAB tool ?2019-02-26T15:19:10+01:00Mathieu GiraudRead merger: INAB tool ?See #3219.
Nika ~"Paris\-Pitié" already did some tests.
- Requires CDR3 in the R1/R2 overlap. This could not be applied to every user.
- Is their code open-source ? Fotis will check.See #3219.
Nika ~"Paris\-Pitié" already did some tests.
- Requires CDR3 in the R1/R2 overlap. This could not be applied to every user.
- Is their code open-source ? Fotis will check.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3747Option to keep only productive recombinations2019-02-26T13:50:47+01:00Mathieu GiraudOption to keep only productive recombinationsAsked by ~"THE\-Thessaloniki"Asked by ~"THE\-Thessaloniki"