vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-05-20T12:51:49+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3918Intitulés des colonnes lors d'export csv de multiples samples2019-05-20T12:51:49+02:00Anne de SeptenvilleIntitulés des colonnes lors d'export csv de multiples samplesLors de l'export csv depuis une vue multiple (set ou run ou patients avec plusieurs samples...), l'intitulé des colonnes n'est pas explicite, car elles sont simplement numérotées (reads_x et ratio_x). Le tableau perd alors beaucoup en li...Lors de l'export csv depuis une vue multiple (set ou run ou patients avec plusieurs samples...), l'intitulé des colonnes n'est pas explicite, car elles sont simplement numérotées (reads_x et ratio_x). Le tableau perd alors beaucoup en lisibilité. C'est dommage car j'aimerais l'utiliser plus souvent.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3917lien « to ARResT/AssignSubsets »2019-10-04T14:46:42+02:00Mikaël Salsonlien « to ARResT/AssignSubsets »cf #3334.
Où l'ajouter ? La barre du bas commence à avoir pas mal de « to … ».cf #3334.
Où l'ajouter ? La barre du bas commence à avoir pas mal de « to … ».Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3916Comparer les temps de vidjil-algo à travers les releases, en relançant tout2020-05-07T08:23:34+02:00Mathieu GiraudComparer les temps de vidjil-algo à travers les releases, en relançant toutComplémentaire à #2257.Complémentaire à #2257.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3914Release 2019.052019-05-17T16:13:13+02:00Mathieu GiraudRelease 2019.05Ce jeudi/vendredi ?
Avec #3866/!464 (grosse demande) et !468.
cc @flothoniCe jeudi/vendredi ?
Avec #3866/!464 (grosse demande) et !468.
cc @flothoniMikaël SalsonMikaël Salson2019-05-17https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3913Changement d'API pour V-QUEST2019-06-03T14:00:23+02:00Mikaël SalsonChangement d'API pour V-QUESTLes noms des paramètres ont changé. Ce sera mis en prod d'ici 2 semaines.
Voir ici les changements : http://www.imgt.org/IMGT_vquest/share/textes/V-QUEST-program-version%203.5.0.pdf
Cela concerne notre bouton d'envoi à IMGT et de récup...Les noms des paramètres ont changé. Ce sera mis en prod d'ici 2 semaines.
Voir ici les changements : http://www.imgt.org/IMGT_vquest/share/textes/V-QUEST-program-version%203.5.0.pdf
Cela concerne notre bouton d'envoi à IMGT et de récupération.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3912Normalized ratios and hiding a locus2019-06-12T14:21:10+02:00Mathieu GiraudNormalized ratios and hiding a locusDiscussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothon...Discussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothoni @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3911Fusion de reads avec Flash2020-03-20T12:20:57+01:00Mathieu GiraudFusion de reads avec FlashSuite à #3219, on part donc avec Flash.
@flothoni :
> Je vais donc rajouter flash2 (GPLv3) sur le serveur. Je fais un test sur dev avant pour vérifier la manipulation sur docker.Suite à #3219, on part donc avec Flash.
@flothoni :
> Je vais donc rajouter flash2 (GPLv3) sur le serveur. Je fais un test sur dev avant pour vérifier la manipulation sur docker.Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3910Avoir des germline de poulet2021-04-08T16:06:18+02:00Thonier FlorianAvoir des germline de pouletUn utilisateur souhaite utilisé vidjil pour analysé des système immunitaire de poulet.
Plus particulièrement des Ig obtenues par RNAseq.
Je propose une réponse sur le pad. Mais dans ce cas, qu'elle est notre procédure ?
On donne un dé...Un utilisateur souhaite utilisé vidjil pour analysé des système immunitaire de poulet.
Plus particulièrement des Ig obtenues par RNAseq.
Je propose une réponse sur le pad. Mais dans ce cas, qu'elle est notre procédure ?
On donne un délai je présume pour le temps qu'aqcuerir ses données ?
Dans ce cas on demande à l'utilisateur des données déjà annoter pour faire une première compraison de l'algo que l'on puisse ajouter ?
Question subsidiaire : Comment on l'intègre au serveur via docker ? Il faut modifier les fichier à la main, ou bien on modifie le git, l'image et on pull ?
cc @mikael\-s @magiraudAlgo 2021.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3909unordered_map vs map2019-04-26T13:56:59+02:00Mathieu Giraudunordered_map vs mapSuite à !468, voire si d'autres endroits ne bénéficieraient pas d'une `unordered_map`.
https://www.geeksforgeeks.org/map-vs-unordered_map-c/Suite à !468, voire si d'autres endroits ne bénéficieraient pas d'une `unordered_map`.
https://www.geeksforgeeks.org/map-vs-unordered_map-c/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3907Vérifier qu'un pre-process a le bon nombre de fichiers avant de le soumettre/...2020-03-09T11:58:41+01:00Mikaël SalsonVérifier qu'un pre-process a le bon nombre de fichiers avant de le soumettre/lancerUn peu discuté dans vdj#868 : on peut choisir un pre-process et ne pas sélectionner tous les fichiers sans que le formumlaire se plaigne.
De plus on peut imaginer la situation où l'upload d'un des deux fichiers plante.
Bref il faut vér...Un peu discuté dans vdj#868 : on peut choisir un pre-process et ne pas sélectionner tous les fichiers sans que le formumlaire se plaigne.
De plus on peut imaginer la situation où l'upload d'un des deux fichiers plante.
Bref il faut vérifier que le bon nombre de fichiers requis est dispo à la soumission et avant de lancer le pre-processMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3906Stéréotypie CDR3, en général2020-11-20T17:04:06+01:00Mathieu GiraudStéréotypie CDR3, en généralExtrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques ave...Extrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques avec ~"client\-warning" ?
(Différent de #1726 !)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3904Clustériser sur la représentative et non pas sur la fenêtre2020-12-16T15:49:35+01:00Mathieu GiraudClustériser sur la représentative et non pas sur la fenêtreÉvoqué avec @mikael\-s ce midi.Évoqué avec @mikael\-s ce midi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3903Plus de clones dans le client : limites ?2019-09-04T10:50:14+02:00Mathieu GiraudPlus de clones dans le client : limites ?Tâche extraite de #2236 pour ne garder que les aspects ~client des endroits où on pourrait vouloir plus de clones (#2236, #3855, #2344). Quelle est notre limite ? (Actuellement c'est pas 100, mais plutôt plusieurs centaines ? Jusqu'à ou ...Tâche extraite de #2236 pour ne garder que les aspects ~client des endroits où on pourrait vouloir plus de clones (#2236, #3855, #2344). Quelle est notre limite ? (Actuellement c'est pas 100, mais plutôt plusieurs centaines ? Jusqu'à ou peut-on aller ? Est-ce que c'est l'affichage ou juste la mise en mémoire qui est problématique ?
Vieux commentaire extrait de #2236 :
> Bref, si on souhaite avoir plus de clones, quelle est la limite ? Ce n'est pas 100 d'ailleurs, en multi-samples c'est souvent 400-700... Qu'est-ce qui bloque au-delà ? Affichage ? d3.js ? Est-ce qu'on pourrait mettre plus de clones sans alourdir le client ? Par exemple s'ils ne seraient pas tous affichés, mais qu'on pourrait tout de même par filtre/recherche pour tomber dessus ? 1000 clones, 10000 clones, plus, tous ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3902Genescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le clien...2020-04-23T19:04:14+02:00Mathieu GiraudGenescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le client : fuse.py / distributionsCas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats...Cas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats" pourrait répondre à cela (et à beaucoup plus), mais ici on se concentre sur voir cela dans le ~client actuel. Se limiter au Genescan répondrait à la demande utilisateur et permet de bien baliser ce qu'on aurait à faire.
Traiter cela permettrait de contourner, dans certains cas, les serpents de mer #2236 #2506. Ces smaller clones seraient bien sur tous les clones restant.
Si on s'y met (mais il faut déjà discuter pour savoir si on y va):
- on respecterait strictement le format stats#199 pour compatibilité future avec ~"app\-stats".
- qui produirait les distributions ? ~cpp ou ~"server\-fuse" ?
- affichage ~"client\-bar" : un peu de travail à faire, mais jouable
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3901Faire une première config spike/MRD de test2023-06-28T17:34:41+02:00Mathieu GiraudFaire une première config spike/MRD de testvidjil#3838
Prendre le script de Joao ?
Un autre "jouet" (par exemple divise par 2 IGH mais pas TRG) ?vidjil#3838
Prendre le script de Joao ?
Un autre "jouet" (par exemple divise par 2 IGH mais pas TRG) ?Web 2023.10Thonier FlorianThonier Florian2021-09-24https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3900Absence du nom du fichier dans la page "edit sample"2019-04-05T12:19:56+02:00Anne de SeptenvilleAbsence du nom du fichier dans la page "edit sample"Quand on ouvre la page "edit sample" il n'y a nulle part un rappel du nom du sample (nom du fichier). L'absence du nom du fichier peut être source d'erreur, surtout quand on traite une liste un peu importante.Quand on ouvre la page "edit sample" il n'y a nulle part un rappel du nom du sample (nom du fichier). L'absence du nom du fichier peut être source d'erreur, surtout quand on traite une liste un peu importante.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3898Erreur dans le calcul de certain coverage2019-04-05T10:15:36+02:00Thonier FlorianErreur dans le calcul de certain coverageJe viens de regarder des données : https://app.vidjil.org/index.html?custom=53049&custom=54345&clone=43,82
Il s'agit du même clone avec une variation dasn le strectch de A. donc en lisant les tableaux de coverage de l'un et de l'autre, j...Je viens de regarder des données : https://app.vidjil.org/index.html?custom=53049&custom=54345&clone=43,82
Il s'agit du même clone avec une variation dasn le strectch de A. donc en lisant les tableaux de coverage de l'un et de l'autre, j'ai eu un doute.
|_average_read_length | 251 | 251 |
|:---------------------:|:-----:|:------:|
|_coverage_info |119 bp (51% of 251.0 bp) | 129 bp (51% of 251.0 bp)|
|_coverage | 0.51792| 0.51394|
En comparant les deux tableaux, j'ai remarqué que `129 gt 119`, pourtant, le coverage est en sens inverse. En faisant le calcul, il se trouve que c'est le premier qui est faux, 119 étant moins que la moitié que 251... On devrait donc avoir pour être précis `47,4103585657` dans la première colonne.
Je ne sais pas à quoi cette variation est dûe. Elle est présente dans le .vidjilhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3897Cas particulier d'un clone retrouvé dans une analyse2019-04-04T18:03:31+02:00Thonier FlorianCas particulier d'un clone retrouvé dans une analyseDésolé pour le nom, il n'est pas très parlant.
@Patrick a remonté une information sur un clone qui avait un problème de dénomination, et qui pouvait l’intéressé car il apparaissait/disparaissait/réapparaissait: https://app.vidjil.org/?...Désolé pour le nom, il n'est pas très parlant.
@Patrick a remonté une information sur un clone qui avait un problème de dénomination, et qui pouvait l’intéressé car il apparaissait/disparaissait/réapparaissait: https://app.vidjil.org/?set=30814&config=25&clone=94
Le souci c'est que ce clone à une séquence consensus très courte, environ 50% de la longueur moyenne. Point positif, on lève bien une alerte.
J'ai voulu regarder de plus près ce clone. J'ai exploité la nouvelle fonction `get_reads` pour obtenir un fichier se concentrant sur ses reads.
En regardant de plus près, on voit que toutes les séquences ont une première partie commune, sur les 60nt en 5', mais complètement différentes sur le reste, avec énormément de stretch de A. (voici le [fichier extrait](/uploads/0c8581c5f6ecd879c49270bffee86876/seq_patrick.fastq)).
J'ai alors voulu jouer avec pour comprendre les affectations, rallonger les fenêtres, ...
```
>seq1
ATCGATTTTCTGCAGAGAGGCTGACAGTGCTCGGTAAGAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTCCGGAGAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAAAACAACAATAAAGAACATAAAACTATTCTGAATGTTAAAGAGACAAAAAAACAAATAATATAGAAGATAATATTACGAGGATACAGTAGAGTAATCTAGACATAGCAAAGTAAAACAGGACCAAGAAGGTTGGG
# 18 + VJ 1 18 23 251 seed TRB SEG_+ 1.972121e-08 5.559703e-16/1.972121e-08+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B _ _ _ _ _ _ _ _+b+b+b+b+b+b+b+b _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
#>seq1 + VJ 1 18 23 251 w55/10 seed TRB SEG_+ 1.972121e-08 5.559703e-16/1.972121e-08
```
On peut donc voir que l'on n'a que quelques nt vus comme V et J, sur 251nt. Je pense donc qu'il s'agit d'un artefact.
Si j'essaye de rallonger la fenêtre, je n'ai pas le résultat escompté car il m'indique qu'il shift la fenêtre, probablement trop proche en 5'. Je me retrouve donc quoi qu'il arrive avec la même fenêtre.
Quoi qu'il en soit, je ne sais pas quoi faire de cette séquence. Je peux l'ajouter dans un test, mais que devrait-on y mettre ? On ne devrait pas la ressortir comme un clone avec si peu d'affectations de kmer ?
cc @magiraud @mikael\-s @Patrickhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3896Ameliorer l'interaction avec des sample dans la vue timeline2021-11-22T14:34:47+01:00Thonier FlorianAmeliorer l'interaction avec des sample dans la vue timelinePour le moment, nous avons seulement moyen de cacher les samples en les déplaçant par drag n drop. Ce n'est pas optimal, surtout quand on arrive à de grands nombres de samples tel que nous en avons maintenant dans les runs.
Du coup, je...Pour le moment, nous avons seulement moyen de cacher les samples en les déplaçant par drag n drop. Ce n'est pas optimal, surtout quand on arrive à de grands nombres de samples tel que nous en avons maintenant dans les runs.
Du coup, je pense qu'il faut rajouter une interaction sur les noms de samples pour que l'on puisse les cacher par des clics directement dessus.
* Quelle combinaison ? juste un double clic, ctrl+clic ?
* Pouvoir cacher tous les autres par un shift+clic comme sur les locus (que l'on pourrait d’ailleurs implémenter aussi sur les tags).
* Afficher le nombre de samples cachés au lieu des points de suspension.
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3895Comparer dans le client beaucoup de samples d'un coup2019-12-13T12:26:11+01:00Mathieu GiraudComparer dans le client beaucoup de samples d'un coup@Anne, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960 :
> la visualisation par run est aussi un peu longue à ouvrir et pas très facile à manier (65 samples dans mon dernier run)
Oui ! C'est dommage. Nous avons des c...@Anne, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960 :
> la visualisation par run est aussi un peu longue à ouvrir et pas très facile à manier (65 samples dans mon dernier run)
Oui ! C'est dommage. Nous avons des choses en cours de développement pour avoir une vue d'ensemble sur un run via une page du ~server (~"server\-qc\-stats"), mais on pourrait se demander ce qu'on pourrait voir depuis le ~client.
L'axe `number of samples sharing each clone` peut être utile. Voir par exemple http://app.vidjil.org/?set=30982&config=2&plot=v,nbSamples,grid&clone=7,25,166 , ici au moins trois clones se trouvent dans au moins 10 samples.
Y aurait-il un moyen de mieux voir cela ?
- limiter le ~"client\-graph" ? À un moment, on n'affichait qu'au plus 20 samples (mais c'était ~"server\-fuse"). Cela pourrait être une limitation soft, ou les données sont présentes et on se contente de cacher (dans l'épingle à droite) des choses (serait-ce plus rapide ?)
- enlever complètement le ~"client\-graph" ? (mais comment indiquer clairement qu'on visualise alors un sample ? mettre en valeur le nom du sample en haut à gauche ?)
- avoir par défaut une vue ~"client\-grid" avec l'axe `nbSamples` ? (~"!\-easy") Si on enlève le ~"client\-graph", on pourrait avoir cette vue en plus de la ~"client\-grid" habituelle.
- avoir une autre vue faite pour cela, qui remplace le ~client-graph et qui donne un "résumé" lisible (type #1887) ? (~"!\-hard")
cc @flothoni @mikael\-s
~"client\-axis"