vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-11-22T22:18:51+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2873Utilisation de IGoR sur quelques séquences pour affichage dans le client2017-11-22T22:18:51+01:00Mathieu GiraudUtilisation de IGoR sur quelques séquences pour affichage dans le clientDiscuté avec Thierry.
Prendre la probabilité `--Pgen` et éventuellement les scénarios `--scenarios`, en partant des modèles qu'ils proposent (TRA, TRB, IGH).
On pourrait, soit de notre côté, soit avec eux, soit eux :
- déjà fai...Discuté avec Thierry.
Prendre la probabilité `--Pgen` et éventuellement les scénarios `--scenarios`, en partant des modèles qu'ils proposent (TRA, TRB, IGH).
On pourrait, soit de notre côté, soit avec eux, soit eux :
- déjà faire un script wrapper encodant dans un `.vidjil` et
- éventuellement, avoir directement une sortie `.vidjil` à l'intérieur de IGoR.
vdj#513
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2872Tips : shift-click pour cacher tous les locus sauf un2017-11-22T12:57:04+01:00Tatiana RocherTips : shift-click pour cacher tous les locus sauf unA rajouter dans les tips.A rajouter dans les tips.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2870Mieux expliquer le "cluster" sur le client2017-11-22T13:00:23+01:00Tatiana RocherMieux expliquer le "cluster" sur le clientLors du tuto, Aurélie a eu une petite conversation avec Sofie (Helsinki) pour lui expliquer dans quels cas elle utilisait le bouton cluster.
Lors des présentations auprès d'utilisateurs, on ne fait que leur dire que c'est à eux, biologis...Lors du tuto, Aurélie a eu une petite conversation avec Sofie (Helsinki) pour lui expliquer dans quels cas elle utilisait le bouton cluster.
Lors des présentations auprès d'utilisateurs, on ne fait que leur dire que c'est à eux, biologistes, de faire le cluster. Les nouveaux utilisateurs pourraient être perdus.
Est ce qu'on pourrait rajouter des exemples de cluster, ou demander à quelqu'un de le faire ? Ou autre idée
?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2868Mapper la touche "echap" pour fermer le menu patient2020-11-13T19:34:33+01:00Tatiana RocherMapper la touche "echap" pour fermer le menu patienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2867Tuto : clone V11-J3 introuvable2020-09-18T11:34:20+02:00Tatiana RocherTuto : clone V11-J3 introuvable@aurelBZH indique qu'il faut remplacer par V9-J3, comme ailleurs dans le TP.@aurelBZH indique qu'il faut remplacer par V9-J3, comme ailleurs dans le TP.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2866Tuto : le nom "read" est masculin2017-11-22T12:56:35+01:00Tatiana RocherTuto : le nom "read" est masculinChanger les accords dans la tuto.Changer les accords dans la tuto.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2864Doc/Tuto : à partir de quel seuil apparaissent les warnings ?2020-09-18T11:34:20+02:00Tatiana RocherDoc/Tuto : à partir de quel seuil apparaissent les warnings ?A expliquer dans la doc et dans le tuto.
Question posée par ~"PAR-Debré"A expliquer dans la doc et dans le tuto.
Question posée par ~"PAR-Debré"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2862Tags et couleurs2019-10-21T15:05:46+02:00Tatiana RocherTags et couleursPourquoi nommer les couleurs `clone 1`, `clone 2`, ... ?
Cela fait poser des questions lors du tuto.Pourquoi nommer les couleurs `clone 1`, `clone 2`, ... ?
Cela fait poser des questions lors du tuto.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2860Avoir une probabilité, pour chaque nucléotide, d'être dans un V, un D ou un J2020-11-13T20:08:43+01:00Mikaël SalsonAvoir une probabilité, pour chaque nucléotide, d'être dans un V, un D ou un JAvec les discussions sur où doit -on arrêter un V, un D ou un J, je me pose la question de donner des réponses plus floues que cela.
On pourrait dire que tel nucléotide a 10% de chances d'être dans un D. Ensuite la webapp peut montrer c...Avec les discussions sur où doit -on arrêter un V, un D ou un J, je me pose la question de donner des réponses plus floues que cela.
On pourrait dire que tel nucléotide a 10% de chances d'être dans un D. Ensuite la webapp peut montrer cela (avec une couleur plus ou moins forte), et l'afficher différemment selon les préférences de l'utilisateur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2856Plusieurs configurations pour les coûts2017-11-27T18:44:26+01:00Mathieu GiraudPlusieurs configurations pour les coûtsJ'ai une vague impression que l'on entend deux objectifs contradictoires, qui peuvent dépendre des applications :
- d'un côté, on peut vouloir détecter plus de D (et donc 'plus longs') #1879, #2002, #2298
- de l'autre, on peut préférer...J'ai une vague impression que l'on entend deux objectifs contradictoires, qui peuvent dépendre des applications :
- d'un côté, on peut vouloir détecter plus de D (et donc 'plus longs') #1879, #2002, #2298
- de l'autre, on peut préférer que les V ne soient 'pas trop longs' au niveau de la jonction, #2124, #2825 (et #1408 #1412)
Cela me semblerait bizarre d'étendre au plus les D et de restreindre les V/J.
Si nous n'arrivons pas à tout faire en un seul coup/coût, peut-être qu'une solution serait d'avoir deux configurations (que ce soit ~"cpp-options" ou ~"server-config"). On pourrait en profiter pour être, d'un côté, vraiment stringeant, et, de l'autre, vraiment tolérant.
Au passage, nouveau label ~"cpp-costs", peut-être similaire à ~"bio-e-value", mais pas toujours. En tout cas certaines issues ~"cpp-finesegmenter" / ~"cpp-finesegmenter-D" ne sont pas ~"cpp-costs".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2853Différencier les réarrangements incomplets et pseudo-incomplets2018-12-12T10:52:33+01:00Mikaël SalsonDifférencier les réarrangements incomplets et pseudo-incompletsSuggéré par Dai lors du VW.
On pourrait effectivement différencier un vrai réarrangement incomplet (dans lequel on doit avoir la région amont du D) d'un pseudo-incomplet dans lequel le read est juste trop court ou il n'y a pas assez d'i...Suggéré par Dai lors du VW.
On pourrait effectivement différencier un vrai réarrangement incomplet (dans lequel on doit avoir la région amont du D) d'un pseudo-incomplet dans lequel le read est juste trop court ou il n'y a pas assez d'info pour trouver le V.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2852"Satellites" et clustérisation2017-11-22T11:35:15+01:00Mathieu Giraud"Satellites" et clustérisationFred ~"Paris-Pitié" : à quel point des satellites sont-ils des artefacts ou de "intra-clonal" diversity ?
Voir aussi #1322.Fred ~"Paris-Pitié" : à quel point des satellites sont-ils des artefacts ou de "intra-clonal" diversity ?
Voir aussi #1322.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2850clique sur les bouton cluster by n'enleve pas le clustering2017-11-22T10:19:12+01:00Ghost Userclique sur les bouton cluster by n'enleve pas le clusteringquand on clique sur cluster by v/5 ou j/3 le clustering se fait. Quand on reclique sur le meme bouton il ne se passe rien le meilleur comportement ne devrait il pas etre deuxieme clique annule le clustering ?quand on clique sur cluster by v/5 ou j/3 le clustering se fait. Quand on reclique sur le meme bouton il ne se passe rien le meilleur comportement ne devrait il pas etre deuxieme clique annule le clustering ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2845Un focus sur un clone mergé ne permet plus de voir ces sous-clone dans le grid2022-06-21T18:22:20+02:00Thonier FlorianUn focus sur un clone mergé ne permet plus de voir ces sous-clone dans le gridUne histoire de comportement a trancher avant de le corriger :
Un utilisateur a pris plusieurs clones qui ont été mergés. Dans un second temps, l'utilisateur a fait un focus/hide pour n'afficher que celui-ci. Cependant, l'utilisateur s...Une histoire de comportement a trancher avant de le corriger :
Un utilisateur a pris plusieurs clones qui ont été mergés. Dans un second temps, l'utilisateur a fait un focus/hide pour n'afficher que celui-ci. Cependant, l'utilisateur s'attend à pouvoir cliquer sur le clone et montrer tous ces sous-clones comme dans le grid classique.
J'imagine que l'on fait un filtre sur les clones lors d'un `hide`/`focus` qui empêche l'affichage de ces sous-clones non ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2842le color by reste sur la dernière valeur selectionnée lors d'un reload de la ...2017-11-29T13:46:13+01:00Thonier Florianle color by reste sur la dernière valeur selectionnée lors d'un reload de la page (mais ne l'applique pas)Une remarque que je m'étais déjà faite (mais pas retrouvé de tâche la dessus...)
Si on choisit un `color by` et que l'on recharge la page, on reste sur cette valeur qui est selectionnée. A la rigueur ce n'est pas forcement dérangeant ( ...Une remarque que je m'étais déjà faite (mais pas retrouvé de tâche la dessus...)
Si on choisit un `color by` et que l'on recharge la page, on reste sur cette valeur qui est selectionnée. A la rigueur ce n'est pas forcement dérangeant ( cf #2836). Cependant, on montre cette valeur comme active, mais elle n'est pas appliquée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2837Casser un cluster devrait faire hériter aux clones la sélection et le focus2018-04-18T09:01:34+02:00Ghost UserCasser un cluster devrait faire hériter aux clones la sélection et le focusQuand on fait un focus sur un cluster et qu'on dégroupe les clones contenus dans le cluster, ils n'apparaissent pas car ils ne sont pas considerés comme focus. Devrait on considerer les clones contenus dans le cluster dans le focus ?Quand on fait un focus sur un cluster et qu'on dégroupe les clones contenus dans le cluster, ils n'apparaissent pas car ils ne sont pas considerés comme focus. Devrait on considerer les clones contenus dans le cluster dans le focus ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2836Profils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses2023-03-28T16:11:14+02:00Thonier FlorianProfils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre ...(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre les differents utilisateur d'un même groupe ( ~"LIL-Lille" compte inclure ces paramètre dans la descrition de leur protocole ! )
La solution la plus simple serait peut-être d'avoir un cookie qui gère les setting pour les enregistrer.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2834Explication sur les alerte en selected reads2017-11-21T17:10:24+01:00Thonier FlorianExplication sur les alerte en selected readsLors que l'on switch un locus dnas le demo (par exemple si on desactive le TRG), on ne voit plus que les IGH, qu irepresentent 20% des reads.
On se retrouve avec une alerte `!` sur le selected locus qui n'a aucun sens.Lors que l'on switch un locus dnas le demo (par exemple si on desactive le TRG), on ne voit plus que les IGH, qu irepresentent 20% des reads.
On se retrouve avec une alerte `!` sur le selected locus qui n'a aucun sens.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2832le graph timeline ne se remplit plus si on switch les locus2019-01-10T15:21:23+01:00Thonier Florianle graph timeline ne se remplit plus si on switch les locuslié à #2831 (possiblement).
Lorsque l'on switch tous les locus, on n'a plus de clones a afficher dnas la timeline.
*
si on click de nouveau pou ractiver un locus, le graph timeline ne se templit plus.
Verifier comment reproduire ce ...lié à #2831 (possiblement).
Lorsque l'on switch tous les locus, on n'a plus de clones a afficher dnas la timeline.
*
si on click de nouveau pou ractiver un locus, le graph timeline ne se templit plus.
Verifier comment reproduire ce bug car pas certain de la démarche.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2831bug lors des click sur les locus pour les switcher2019-01-10T15:21:23+01:00Thonier Florianbug lors des click sur les locus pour les switcherLorsque l'on click sur les locus (demo-lil3 , TP), les clones sont correctement caché, cependant, on n'a pas de retour sur la div du locus qui ne se grise pas.
En revanche, si on switch l'ensemble des locus (ds ce cas les TRG et les IG...Lorsque l'on click sur les locus (demo-lil3 , TP), les clones sont correctement caché, cependant, on n'a pas de retour sur la div du locus qui ne se grise pas.
En revanche, si on switch l'ensemble des locus (ds ce cas les TRG et les IGH), on a bien les div qui se grisent.