vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-05-10T06:51:49+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2398axes/colonnes: .label, :hover2017-05-10T06:51:49+02:00Mathieu Giraudaxes/colonnes: .label, :hover@RyanHerb@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2397Axes/colonne: "back to default"2021-11-23T17:13:27+01:00Mathieu GiraudAxes/colonne: "back to default"Vu avec @heto et @RyanHerbVu avec @heto et @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2396Axes/colonne: recréer productif/IMGT2022-04-08T12:04:08+02:00Mathieu GiraudAxes/colonne: recréer productif/IMGTMettre les valeurs toIMGT dans des axes.
Voir aussi #2387
Vu avec @RyanHerb @hetoMettre les valeurs toIMGT dans des axes.
Voir aussi #2387
Vu avec @RyanHerb @hetoWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2395Axes : pretty pour locus2017-05-09T12:09:12+02:00Mathieu GiraudAxes : pretty pour locusVu avec @heto / @RyanHerb : le 'pretty' de locus devrait être ce qui affiche la jolie boîte coloréeVu avec @heto / @RyanHerb : le 'pretty' de locus devrait être ce qui affiche la jolie boîte coloréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2391Les tests échouent avec PhantomJS2017-05-09T14:05:03+02:00Ryan HerbertLes tests échouent avec PhantomJScf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/builds/5006
Le soucis étant que ce n'est pas le cas quand les tests sont lancés dans un navigateur.
Quelqu'un aurait-il de l'expérience avec le remote-debugger de PhantomJS ?cf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/builds/5006
Le soucis étant que ce n'est pas le cas quand les tests sont lancés dans un navigateur.
Quelqu'un aurait-il de l'expérience avec le remote-debugger de PhantomJS ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2390Désélection du clone lors d'un clic sur la taille dans le segmenteur2017-06-15T13:13:03+02:00Ghost UserDésélection du clone lors d'un clic sur la taille dans le segmenteurRemarqué il y a quelques temps ; c'est un comportement assez étrange mais manifestement volontaire puisque le code qui en est la cause est assez explicite :
```js
div_elem.getElementsByClassName("sizeBox")[0]
.onclick = function (...Remarqué il y a quelques temps ; c'est un comportement assez étrange mais manifestement volontaire puisque le code qui en est la cause est assez explicite :
```js
div_elem.getElementsByClassName("sizeBox")[0]
.onclick = function (e) {
clone.unselect();
}
```
et identique à celui de la `delBox` (la croix à gauche).
Deux questions donc :
- est-ce bien un fonctionnement prévu ?
- si oui, faut-il le maintenir sur toutes les `axisBox` qui vont se trouver à cet endroit ?Web 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2389Regarder dynprog.cpp et segment.cpp2018-02-23T09:28:27+01:00Mathieu GiraudRegarder dynprog.cpp et segment.cpp@Berveglieri_Nicolas et @eelkhatib, vous avez maintenant accès au git de vidjil avec le code.
Comme discuté tout à l"heure, je vous invite à :
- installer vidjil (`algo/`)
- tester le module qui utilse la programmation dynamique...@Berveglieri_Nicolas et @eelkhatib, vous avez maintenant accès au git de vidjil avec le code.
Comme discuté tout à l"heure, je vous invite à :
- installer vidjil (`algo/`)
- tester le module qui utilse la programmation dynamique : par exemple `./vidjil -c segment -g germline/homo-sapiens.g data/segment_S22.fa`
- regarder en détail `algo/core/dynprog.cpp`, et, dans `algo/core/segment.cpp`, `align_against_collection()`. Faire en particulier des `printf` ou autre chose pour bien être conscient de ce qui se passe dans `align_against_collection()` et/ou dans `DynProg`.
Voir #2080https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2387Spans inutiles dans le segmenteur et/ou la liste2017-05-22T14:26:53+02:00Ghost UserSpans inutiles dans le segmenteur et/ou la liste#2175 -> certains spans créés dans `list.dev_elem` ou `segmenter.div_elem` perdront sans doute leur utilité (comme `productive_info` ou `Vindentity_info` manifestement).
A surveiller donc le moment venu#2175 -> certains spans créés dans `list.dev_elem` ou `segmenter.div_elem` perdront sans doute leur utilité (comme `productive_info` ou `Vindentity_info` manifestement).
A surveiller donc le moment venuhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2386Deux clics nécessaires sur "Log in" dans Firefox2017-06-09T11:19:41+02:00Ghost UserDeux clics nécessaires sur "Log in" dans FirefoxLors de la connexion depuis la première page, je dois toujours cliquer deux fois sur le bouton Log in. La première fois il change simplement de forme et la page ne bouge pas.Lors de la connexion depuis la première page, je dois toujours cliquer deux fois sur le bouton Log in. La première fois il change simplement de forme et la page ne bouge pas.Web 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2384Séquences germinales non définies2021-11-09T11:48:30+01:00Ghost UserSéquences germinales non définiesQue ce soit en local ou dans l'application `m.germlineJ.allele["IGHJ1*01"].seq` ou quelque soit l'allèle renvoie "unknow sequence".Que ce soit en local ou dans l'application `m.germlineJ.allele["IGHJ1*01"].seq` ou quelque soit l'allèle renvoie "unknow sequence".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2383Presser Ctrl et un chiffre change la vue sur la grille2017-05-22T17:30:21+02:00Mikaël SalsonPresser Ctrl et un chiffre change la vue sur la grilleLa grille possède des raccourcis pour changer de vue (avec les chiffres de 0 à 9, puis avec Shift puis les chiffres). Or, faire un Ctrl+Shift+0 (remettre le zoom à 100% sous FF) lance la vue correspondant à Shift+0 (t-SNE) ce qui est trè...La grille possède des raccourcis pour changer de vue (avec les chiffres de 0 à 9, puis avec Shift puis les chiffres). Or, faire un Ctrl+Shift+0 (remettre le zoom à 100% sous FF) lance la vue correspondant à Shift+0 (t-SNE) ce qui est très lourd (dans tous les sens du terme).
Bref si la touche Ctrl ou Alt est enfoncée on ne devrait pas lancer les raccourcis si ces touches ne sont pas attendues.Web 2017.05Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2382Sélection de texte par le navigateur lors d'une sélection multiple avec Ctrl2021-11-08T12:12:35+01:00Ghost UserSélection de texte par le navigateur lors d'une sélection multiple avec CtrlLa touche Ctrl (+ clic) permet de sélectionner plusieurs clones, que ce soit avec le graphe, le scatterplot ou la liste. Cependant, une sélection automatique de texte (surlignage en bleu) vient perturber ce fonctionnement dans le cas de ...La touche Ctrl (+ clic) permet de sélectionner plusieurs clones, que ce soit avec le graphe, le scatterplot ou la liste. Cependant, une sélection automatique de texte (surlignage en bleu) vient perturber ce fonctionnement dans le cas de la liste, tout au moins dans Firefox.
Il existe peut-être un moyen d'éviter ce comportement du navigateur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2381La page de modification d'un utilisateur n'existe plus2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonLa page de modification d'un utilisateur n'existe plusLe contrôleur `/user/edit` renvoie une 404 (similaire à #2350 ?). On y accède via la liste des utilisateurs, avec l'icône de modification présente sur chaque ligne.
Est-il testé ?Le contrôleur `/user/edit` renvoie une 404 (similaire à #2350 ?). On y accède via la liste des utilisateurs, avec l'icône de modification présente sur chaque ligne.
Est-il testé ?Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2380"export *.vidjil incorrect, contenu vide"2021-11-08T12:12:38+01:00Thonier Florian"export *.vidjil incorrect, contenu vide"Un bug qui m'est apparu sur quelques fichiers sans explication ni reproductibilité.
J'ai voulu télécharger les fichiers *.vidjil et *.analysis de Rennes pour les analyser localement via des scripts perso. JE me suis aperçu alors que je...Un bug qui m'est apparu sur quelques fichiers sans explication ni reproductibilité.
J'ai voulu télécharger les fichiers *.vidjil et *.analysis de Rennes pour les analyser localement via des scripts perso. JE me suis aperçu alors que je téléchargeai bien des fichiers vidjil, mais que ceux-ci n'était que des armature vides, avec les bons champs initiaux, mais aucunes informations dedans, par exemple le champ clone renvoyait "null", ...
Lorsque je m'en suis rendu compte, j'ai re-téléchargé ceux-ci sans souci.
La procédure que j'ai suivi était peut-être peu orthodoxe. J'ai ouvert le premier patient de la liste, cliquer sur les boutons vidjil/analysis en bas de la fenêtre pour les télécharger. Cela ouvre donc deux pop-up d’interactions. Comme sur firefox il faut cliquer dessus et attendre quelques secondes avant de pouvoir faire son choix ouvrir/enregistrer (mesure de sécurité), j'ai passer tous les patients via les flèche droite/gauche, et répété la procédure à l'identique jusqu'à avoir une quarantaine de pop-up pour la globalité de mes patients et de leurs fichiers. J'ai alors cliqué sur tous les pop-up pour enregistrer les fichiers.
Je ne suis pas certain que l'erreur venait de cette méthode, j'ai essayé sans succès de la reproduire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2377Axes: mauvais labels pour NumericAxis en histogramme2017-05-02T14:37:27+02:00Mathieu GiraudAxes: mauvais labels pour NumericAxis en histogrammeSuite à #1471.
Par exemple sur preset 7. Alterner entre grid et bar. Les labels en grid sont corrects, pas ceux en bar.
cc @RyanHerbSuite à #1471.
Par exemple sur preset 7. Alterner entre grid et bar. Les labels en grid sont corrects, pas ceux en bar.
cc @RyanHerbWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2376Axes: histogramme et allèles2017-04-14T17:51:56+02:00Mathieu GiraudAxes: histogramme et allèlesJuste pour dire que suite à #1471, c'est beaucoup plus joli qu'avant : les histogrammes fonctionnent avec un axe x "J allele".
cc @RyanHerbJuste pour dire que suite à #1471, c'est beaucoup plus joli qu'avant : les histogrammes fonctionnent avec un axe x "J allele".
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2375Axes: soucis sur histogramme2017-05-05T10:28:42+02:00Mathieu GiraudAxes: soucis sur histogrammehttp://app.vidjil.org/browser/?patient=146&config=26
preset 4, comparer avec ce qui est sur dev depuis #1471.
cc @RyanHerbhttp://app.vidjil.org/browser/?patient=146&config=26
preset 4, comparer avec ce qui est sur dev depuis #1471.
cc @RyanHerbWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2374Axes: renverser l'axe des Y2017-05-02T14:38:11+02:00Mathieu GiraudAxes: renverser l'axe des YSuite à #1471, l'axe des Y n'est plus dans le même sens qu'avant.
Voir par exemple les presets 2 et 9 (mais aussi 3) : on s'attend à ce que les plus basses valeurs soient en bas.
cc @RyanHerbSuite à #1471, l'axe des Y n'est plus dans le même sens qu'avant.
Voir par exemple les presets 2 et 9 (mais aussi 3) : on s'attend à ce que les plus basses valeurs soient en bas.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2373Coloration des clones dans le rapport monitreur2017-04-14T13:18:06+02:00Ryan HerbertColoration des clones dans le rapport monitreurAurélie nous dit qu'elle voudrait avoir une meilleure coloration des clones dans le rapport moniteur car elle ne s'y retrouve pas toujours.
Deux propositions:
- enlever la coloration par locus du pie chart pour colorier les clones sans...Aurélie nous dit qu'elle voudrait avoir une meilleure coloration des clones dans le rapport moniteur car elle ne s'y retrouve pas toujours.
Deux propositions:
- enlever la coloration par locus du pie chart pour colorier les clones sans créer d'incohérence
- tout colorier par locus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2372PhantomJS n'est plus maintenu.2017-10-06T13:48:27+02:00Ryan HerbertPhantomJS n'est plus maintenu.Google ont annoncé Chrome en Headless, donc la personne qui maintenait à elle seule PhantomJS renonce au développement.
https://groups.google.com/forum/m/#!topic/phantomjs/9aI5d-LDuNEGoogle ont annoncé Chrome en Headless, donc la personne qui maintenait à elle seule PhantomJS renonce au développement.
https://groups.google.com/forum/m/#!topic/phantomjs/9aI5d-LDuNEWeb 2017.09