vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-03-12T14:53:48+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3790Tester les configs par défaut de modules/vidjil_utils.py2019-03-12T14:53:48+01:00Mathieu GiraudTester les configs par défaut de modules/vidjil_utils.py589a44b6a montre qu'on peut laisser des configs inutilisables longtemps.
Il faudrait tester les configs par défaut.
Voir aussi #1944.589a44b6a montre qu'on peut laisser des configs inutilisables longtemps.
Il faudrait tester les configs par défaut.
Voir aussi #1944.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3753Affichage du lien vers l'analyse d'un sample réassocié à un patient/run/set2019-03-11T16:20:36+01:00Anne de SeptenvilleAffichage du lien vers l'analyse d'un sample réassocié à un patient/run/setPour des samples déjà analysés, si j'associe ce sample à un patient à posteriori, le lien vers l'analyse n'apparait pas sur la page principale de la liste des patients.Pour des samples déjà analysés, si j'associe ce sample à un patient à posteriori, le lien vers l'analyse n'apparait pas sur la page principale de la liste des patients.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3786Combos ?2019-03-11T04:45:55+01:00Mathieu GiraudCombos ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3305Sortir un alignement multiple de reads d'un clone2019-03-08T17:52:08+01:00Mikaël SalsonSortir un alignement multiple de reads d'un clone(similaire mais différent de #1972)
En répondant à #3290 je me rends compte qu'il serait possible de sortir automatiquement (mais à la demande, en cliquant quelque part) un alignement multiple d'un échantillon aléatoire de reads d'un cl...(similaire mais différent de #1972)
En répondant à #3290 je me rends compte qu'il serait possible de sortir automatiquement (mais à la demande, en cliquant quelque part) un alignement multiple d'un échantillon aléatoire de reads d'un clone.
Il suffit de lancer `vidjil-algo` avec l'option `-FaW` sur le germline du clone considéré (c'est donc assez rapide) puis de lancer un alignement multiple. Ce lancement peut se faire de manière asynchrone de la même manière que se fait l'analyse (mystérieuse) de la contamination (cf. #1744).
C'est une première étape qui permettrait ensuite #1972. Cette étape permettrait déjà aux utilisatrices et utilisateurs de vérifier des données que lesquelles des doutes existent.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1582stanford-label-FaW.should_get et -t 1002019-03-08T17:27:59+01:00Vidjil Teamstanford-label-FaW.should_get et -t 100qu'est-ce ?
***
3e6ace0. Cela ne doit pas être bien grave, mais j'y suis pas arrivé en 5 minutes.
-t 100 change les fenêtres de S22
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@magiraud @mikael-squ'est-ce ?
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3e6ace0. Cela ne doit pas être bien grave, mais j'y suis pas arrivé en 5 minutes.
-t 100 change les fenêtres de S22
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3783Une séquence vide peut générer un bad_alloc ?2019-03-07T18:37:06+01:00Mathieu GiraudUne séquence vide peut générer un bad_alloc ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3780FineSegmenter donne Unexpected +TRBV/+TRBJ+down au lieu de VJ2019-03-06T19:44:59+01:00Mathieu GiraudFineSegmenter donne Unexpected +TRBV/+TRBJ+down au lieu de VJVient d'un rapport de ~"LIL\-Immuno".
Dans quelles conditions peut-on produire cela ? #2596 ? N'arrive plus avec le hack dans !78 ?Vient d'un rapport de ~"LIL\-Immuno".
Dans quelles conditions peut-on produire cela ? #2596 ? N'arrive plus avec le hack dans !78 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3058warnings et fuse : une entrée par sample2019-03-06T11:54:22+01:00Mathieu Giraudwarnings et fuse : une entrée par sampleDepuis #3029 :
http://app.vidjil.org/browser/?custom=29334&custom=35851&plot=size,sizeOtherSample,grid&clone=12
-> problème, un `undefined` est dans `m.clone(12).warn`. Je suppose qu'il est déjà dans le json, vient de ~"server-fuse" ?Depuis #3029 :
http://app.vidjil.org/browser/?custom=29334&custom=35851&plot=size,sizeOtherSample,grid&clone=12
-> problème, un `undefined` est dans `m.clone(12).warn`. Je suppose qu'il est déjà dans le json, vient de ~"server-fuse" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2596[Aho] Meilleure e-valeur avec xxx qu'avec une recombinaison classique2019-03-06T09:57:28+01:00Mikaël Salson[Aho] Meilleure e-valeur avec xxx qu'avec une recombinaison classiqueSur `should-vdj-tests/BRI_multi.should-vdj.fa` (par exemple) une séquence est segmentée en xxx au lieu de l'être en TRA+D. La e-valeur en xxx est 10^-109 contre 10^-100 en TRA+D.
Pourtant l'index load du xxx est bien plus élevé (3,7% con...Sur `should-vdj-tests/BRI_multi.should-vdj.fa` (par exemple) une séquence est segmentée en xxx au lieu de l'être en TRA+D. La e-valeur en xxx est 10^-109 contre 10^-100 en TRA+D.
Pourtant l'index load du xxx est bien plus élevé (3,7% contre 0,004%).
La séquence est :
```
>TRDV2*01 3/CGGAGG/19 TRAJ48*01 [TRA+D]
TGCAAAGAACCTGGCTGTACTTAAGATACTTGCACCATCAGAGAGAGATGAAGGGTCTTACTACTGTGCCTGTGACCGGAGGGAAATTAACCTTTGGGACTGGAACAAGACTCACCATCATACCCAGTAAGTTCTTCATCCTTGGTCAGGAAATCAGCCTGCATAAGATTCTGGGGA
```Heuristique 2.0Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3022Mettre à jour Demo-X52019-03-06T08:52:26+01:00Mathieu GiraudMettre à jour Demo-X5Aurait-on des systèmes / recombinaisons particulières qui mériteraient d'être dans `Demo-X5` ?Aurait-on des systèmes / recombinaisons particulières qui mériteraient d'être dans `Demo-X5` ?Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3777app/analyze: séquences de démo2019-03-06T08:52:26+01:00Mathieu Giraudapp/analyze: séquences de démoAvoir un bouton "examples" qui remplit la zone de texte avec quelque chose comme `Demo-X5` #3022.Avoir un bouton "examples" qui remplit la zone de texte avec quelque chose comme `Demo-X5` #3022.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3538Réflexion sur les lancements (post-)post-process2019-03-05T15:10:14+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur les lancements (post-)post-processOn a des choses à lancer après nos process: #1469 #1744 #3181 #1567
Certaines choses (#1469, #3181 ?) pourraient se lancent via le ~"server-fuse", d'autres vraiment après, parfois non systématiquement, sur demande de l'usager (#1744, ~"...On a des choses à lancer après nos process: #1469 #1744 #3181 #1567
Certaines choses (#1469, #3181 ?) pourraient se lancent via le ~"server-fuse", d'autres vraiment après, parfois non systématiquement, sur demande de l'usager (#1744, ~"app\-clonedb" plus poussé, #1567...). On devrait discuter d'un mécanisme pour au moins ce dernier cas.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3727Utilisation de getS() ou de la graîne avec Aho-Corasick2019-02-28T20:52:32+01:00Mikaël SalsonUtilisation de getS() ou de la graîne avec Aho-CorasickDans plusieurs endroits du code, notamment `KmerAffectAnalyser::getMaximum`, on utilise le span de la graîne. Or cette graîne peut être différente selon les germlines et selon le gène étudié. Ce n'est pas un problème dans !78 car on a u...Dans plusieurs endroits du code, notamment `KmerAffectAnalyser::getMaximum`, on utilise le span de la graîne. Or cette graîne peut être différente selon les germlines et selon le gène étudié. Ce n'est pas un problème dans !78 car on a un automate par germline et les graînes ne sont pas encore différenciées selon le gène. Mais cela pourrait poser problème plus tard (ou à d'autres endroits du code), notamment avec #1169.Heuristique 2.0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2595Segmentation avec un seul k-mer avec Aho-Corasick2019-02-28T20:52:32+01:00Mikaël SalsonSegmentation avec un seul k-mer avec Aho-CorasickLa version de Vidjil avec Aho-Corasick échoue sur un test dans `chimera-fake.should-get` sur cette séquence (qui est un faux mélange de TRG/TRD) :
> TCTTCCAACTTGGAAGGGAGAACGAAGTCAGTCACCAGGCTGACTGGGTCATCTGCTGAAGCCCAGAAGGTTACTCAAGCCCAGTCAT...La version de Vidjil avec Aho-Corasick échoue sur un test dans `chimera-fake.should-get` sur cette séquence (qui est un faux mélange de TRG/TRD) :
> TCTTCCAACTTGGAAGGGAGAACGAAGTCAGTCACCAGGCTGACTGGGTCATCTGCTGAAGCCCAGAAGGTTACTCAAGCCCAGTCATCAGTATCCATGCCAGTGAGGAAAGCAGTCACC
Or Vidjil segmente cette séquence en IGK et la chaîne d'affectations ressemble à cela :
```
# 11 - VJ 1 79 108 120 seed IGK SEG_- 1.858802e-01 1.858801e-01/1.009101e-07 _ _-k ? _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-K-K-K-K _ _ _ _ _ _-K-K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-K-K-K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
Il n'y a qu'un seul `-k`, et la e-valeur est très haute, mais ça passe tout juste. Pourquoi ?
1. L'index load est faible sur les J (0,013%), contre 1,048% auparavant (il n'y avait pas de distinction entre l'index load des V et des J).
2. La séquence est relativement courte (120nt).
3. Il a peu de séquences dans le fichier.
Bref, que faire ? On est (à peu près) contents de notre calcul de e-valeur. Avoir un index load séparé pour les V et les J semble plus pertinent. Faut-il allonger la séquence pour tricher et refaire passer la e-valeur au dessus du seuil fatidique ?Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2651Aho : quel index load pour le unexpected ?2019-02-28T20:52:32+01:00Mikaël SalsonAho : quel index load pour le unexpected ?Avec Aho, l'index load pour le undetermined est calculé pour le locus auquel on s'intéresse. C'est-à-dire que si on détecte une recombinaison Vh/Jg on aura l'index load des Vh uniquement pour la partie V et l'index load des Jg uniquement...Avec Aho, l'index load pour le undetermined est calculé pour le locus auquel on s'intéresse. C'est-à-dire que si on détecte une recombinaison Vh/Jg on aura l'index load des Vh uniquement pour la partie V et l'index load des Jg uniquement pour la partie J.
Avant on avait l'index load de tous les V/J ensemble. Peut-être serait-il mieux d'avoir l'index load de tous les V insérés d'un côté et tout l'index load des J insérés de l'autre. Sauf que ce n'est pas si simple… et pas forcément souhaitable. À terme le but est bien d'avoir un seul index avec tous les locus : c'est-à-dire la situation actuelle du unexpected.Heuristique 2.0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2576La vue user/info n'a pas de liens fonctionnels2019-02-28T14:30:16+01:00Ryan HerbertLa vue user/info n'a pas de liens fonctionnels@flothoni : On s'attendrai à pouvoir être redirigé vers la page du groupe et de pouvoir retirer l'utilisateur du groupe en question.
Sans ces liens, la page n'a qu'une fonction indicative.@flothoni : On s'attendrai à pouvoir être redirigé vers la page du groupe et de pouvoir retirer l'utilisateur du groupe en question.
Sans ces liens, la page n'a qu'une fonction indicative.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2268Compare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récente...2019-02-28T14:30:15+01:00Thonier FlorianCompare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récentes par configSeconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués ...Seconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués voire en 3 exemplaires. Nous avons effectivement relancé les analyses ce matin car nous avons fait des modifications dans les attributions fichiers FastQ-patients mais je n’avais pas remarqué les fois précédentes que Vidjil conservait les analyses précédentes. Est-ce normal ? N’alourdissons nous pas inutilement l’espace disque ? Nous avons volontairement écrasés l’analyse précédente et je trouve du coup que cela est plutôt source de confusion.
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Pour ce point, à savoir le fait d'avoir plusieurs entrées lors d'un compare sample pour un même point, c'est exacte aussi.
Je ne sais pas si c'est un comportement souhaité ou non. En regardant dans la doc, il y a bien une mention d'un tel comportement, mais je ne sais pas si ça rentre dans cette catégorie, sachant que lorsque une nouvelle analyse est effectuée, l'ancienne reste.
> Note that even when the input sequences are deleted, the server is still able to display the results of previous analyses
Si c'est un comportement souhaité, ne peut-on pas imaginé un bouton filtre pour n'afficher que la dernière analyse pour un set de données et rendre la selection plsu aisé dans la majorité des cas ?
Dans le cas contraire, je n'ai pas encore cherché l'origine du bug.
cc @RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2146Filtrer la liste des sample_sets par groupe2019-02-28T14:30:15+01:00Mikaël SalsonFiltrer la liste des sample_sets par groupeLorsqu'une personne appartient à plusieurs groupes, elle peut vouloir filtrer les résultats en fonction d'un groupe.
Demande de Jona, mais peut s'appliquer à d'autres.
cc @magiraud @RyanHerbLorsqu'une personne appartient à plusieurs groupes, elle peut vouloir filtrer les résultats en fonction d'un groupe.
Demande de Jona, mais peut s'appliquer à d'autres.
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2128Pas de confirmation avant la suppression d'un fichier de séquences2019-02-28T14:30:15+01:00Mikaël SalsonPas de confirmation avant la suppression d'un fichier de séquencesSur dev.vidjil.org, j'essaie de supprimer un fichier de séquences qui possède un résultat je clique donc sur la croix et j'ai le choix entre plusieurs possibilités :
1. Supprimer le fichier de séquences
2. Supprimer le fichier de séquen...Sur dev.vidjil.org, j'essaie de supprimer un fichier de séquences qui possède un résultat je clique donc sur la croix et j'ai le choix entre plusieurs possibilités :
1. Supprimer le fichier de séquences
2. Supprimer le fichier de séquences et le(s) fichier(s) de résultat
3. Annuler
Quand je clique sur 1. ou 2. l'action est effectuée. Auparavant une confirmation était demandée. Cette confirmation était-elle une précaution superfêtatoire ou utile ?
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3760Plus de tests should-vdj sur des séquences unexpected2019-02-28T14:16:33+01:00Mathieu GiraudPlus de tests should-vdj sur des séquences unexpectedDepuis !417, on peut tester des `xxx` dans les `.should-vdj`.
@mikael\-s : "certains existent probablement comme should-get, à déplacer"Depuis !417, on peut tester des `xxx` dans les `.should-vdj`.
@mikael\-s : "certains existent probablement comme should-get, à déplacer"