vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-06-21T10:14:14+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3937Rapport monitor : mettre les informations de chaque sample2019-06-21T10:14:14+02:00Mikaël SalsonRapport monitor : mettre les informations de chaque sampleDemande de NG ~"LIL-Lille" : elle veut avoir les infos de chaque sample sous les yeux. Il peut y avoir des informations pertinentes dans un sample pour le suivi.Demande de NG ~"LIL-Lille" : elle veut avoir les infos de chaque sample sous les yeux. Il peut y avoir des informations pertinentes dans un sample pour le suivi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3935Compare samples : trier par ordre chronologique2019-06-20T18:17:48+02:00Mikaël SalsonCompare samples : trier par ordre chronologiqueDemandé par NG ~"LIL-Lille" : elle fait un compare samples mais voudrait que les samples soient triés dans l'ordre chronologique (je pense que pour l'instant c'est fonction de l'ID).
Peut-être pas systématique ? Une case à cocher ?Demandé par NG ~"LIL-Lille" : elle fait un compare samples mais voudrait que les samples soient triés dans l'ordre chronologique (je pense que pour l'instant c'est fonction de l'ID).
Peut-être pas systématique ? Une case à cocher ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3932Documentation développeur : réorganiser2019-08-02T11:54:42+02:00Mathieu GiraudDocumentation développeur : réorganiserOn a de la ~doc développeur à améliorer (#2193 / #3931).
`dev.org` est à passer en `.md`, mais aussi probablement à mettre à jour et réorganiser... séparer déjà au moins algo/web ? Je me porte volontaire pour une première passe.
Puis r...On a de la ~doc développeur à améliorer (#2193 / #3931).
`dev.org` est à passer en `.md`, mais aussi probablement à mettre à jour et réorganiser... séparer déjà au moins algo/web ? Je me porte volontaire pour une première passe.
Puis réorganiser/mettre à jour chaque partie
- [ ] algo
- [ ] client
- [ ] serveur/packaging https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3931Documenter config.addons2020-01-15T18:57:50+01:00Mathieu GiraudDocumenter config.addonsSuite à !481 / #3929Suite à !481 / #3929https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3928Monitor et dock2019-06-12T14:37:52+02:00Mathieu GiraudMonitor et dockA-t-on ce qu'il faut dans les docks pour reporter au moniteur ?
#3926A-t-on ce qu'il faut dans les docks pour reporter au moniteur ?
#3926https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3924app/analyze, mise à jour html et vmi2019-06-05T11:36:16+02:00Mathieu Giraudapp/analyze, mise à jour html et vmiSi je ne me trompe pas, ~"app-analyze" prend tout le `.js` du ~client principal.
Mais `segmenter_page.html` (qui serait à renommer) n'a pas été touché depuis longtemps. Le mettre en ~"vmi-responsive".
cc @flothoniSi je ne me trompe pas, ~"app-analyze" prend tout le `.js` du ~client principal.
Mais `segmenter_page.html` (qui serait à renommer) n'a pas été touché depuis longtemps. Le mettre en ~"vmi-responsive".
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3919Déploiement de feature-g/, intégration dans feature-a/2020-10-20T18:21:34+02:00Mathieu GiraudDéploiement de feature-g/, intégration dans feature-a/Actuellement, à chaque push. Mettre en manuel + une date : est-ce bien cette date qu'on va utiliser à la place de `germline_id` ?Actuellement, à chaque push. Mettre en manuel + une date : est-ce bien cette date qu'on va utiliser à la place de `germline_id` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3918Intitulés des colonnes lors d'export csv de multiples samples2019-05-20T12:51:49+02:00Anne de SeptenvilleIntitulés des colonnes lors d'export csv de multiples samplesLors de l'export csv depuis une vue multiple (set ou run ou patients avec plusieurs samples...), l'intitulé des colonnes n'est pas explicite, car elles sont simplement numérotées (reads_x et ratio_x). Le tableau perd alors beaucoup en li...Lors de l'export csv depuis une vue multiple (set ou run ou patients avec plusieurs samples...), l'intitulé des colonnes n'est pas explicite, car elles sont simplement numérotées (reads_x et ratio_x). Le tableau perd alors beaucoup en lisibilité. C'est dommage car j'aimerais l'utiliser plus souvent.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3912Normalized ratios and hiding a locus2019-06-12T14:21:10+02:00Mathieu GiraudNormalized ratios and hiding a locusDiscussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothon...Discussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothoni @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3906Stéréotypie CDR3, en général2020-11-20T17:04:06+01:00Mathieu GiraudStéréotypie CDR3, en généralExtrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques ave...Extrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques avec ~"client\-warning" ?
(Différent de #1726 !)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3903Plus de clones dans le client : limites ?2019-09-04T10:50:14+02:00Mathieu GiraudPlus de clones dans le client : limites ?Tâche extraite de #2236 pour ne garder que les aspects ~client des endroits où on pourrait vouloir plus de clones (#2236, #3855, #2344). Quelle est notre limite ? (Actuellement c'est pas 100, mais plutôt plusieurs centaines ? Jusqu'à ou ...Tâche extraite de #2236 pour ne garder que les aspects ~client des endroits où on pourrait vouloir plus de clones (#2236, #3855, #2344). Quelle est notre limite ? (Actuellement c'est pas 100, mais plutôt plusieurs centaines ? Jusqu'à ou peut-on aller ? Est-ce que c'est l'affichage ou juste la mise en mémoire qui est problématique ?
Vieux commentaire extrait de #2236 :
> Bref, si on souhaite avoir plus de clones, quelle est la limite ? Ce n'est pas 100 d'ailleurs, en multi-samples c'est souvent 400-700... Qu'est-ce qui bloque au-delà ? Affichage ? d3.js ? Est-ce qu'on pourrait mettre plus de clones sans alourdir le client ? Par exemple s'ils ne seraient pas tous affichés, mais qu'on pourrait tout de même par filtre/recherche pour tomber dessus ? 1000 clones, 10000 clones, plus, tous ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3901Faire une première config spike/MRD de test2023-06-28T17:34:41+02:00Mathieu GiraudFaire une première config spike/MRD de testvidjil#3838
Prendre le script de Joao ?
Un autre "jouet" (par exemple divise par 2 IGH mais pas TRG) ?vidjil#3838
Prendre le script de Joao ?
Un autre "jouet" (par exemple divise par 2 IGH mais pas TRG) ?Web 2023.10Thonier FlorianThonier Florian2021-09-24https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3900Absence du nom du fichier dans la page "edit sample"2019-04-05T12:19:56+02:00Anne de SeptenvilleAbsence du nom du fichier dans la page "edit sample"Quand on ouvre la page "edit sample" il n'y a nulle part un rappel du nom du sample (nom du fichier). L'absence du nom du fichier peut être source d'erreur, surtout quand on traite une liste un peu importante.Quand on ouvre la page "edit sample" il n'y a nulle part un rappel du nom du sample (nom du fichier). L'absence du nom du fichier peut être source d'erreur, surtout quand on traite une liste un peu importante.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3897Cas particulier d'un clone retrouvé dans une analyse2019-04-04T18:03:31+02:00Thonier FlorianCas particulier d'un clone retrouvé dans une analyseDésolé pour le nom, il n'est pas très parlant.
@Patrick a remonté une information sur un clone qui avait un problème de dénomination, et qui pouvait l’intéressé car il apparaissait/disparaissait/réapparaissait: https://app.vidjil.org/?...Désolé pour le nom, il n'est pas très parlant.
@Patrick a remonté une information sur un clone qui avait un problème de dénomination, et qui pouvait l’intéressé car il apparaissait/disparaissait/réapparaissait: https://app.vidjil.org/?set=30814&config=25&clone=94
Le souci c'est que ce clone à une séquence consensus très courte, environ 50% de la longueur moyenne. Point positif, on lève bien une alerte.
J'ai voulu regarder de plus près ce clone. J'ai exploité la nouvelle fonction `get_reads` pour obtenir un fichier se concentrant sur ses reads.
En regardant de plus près, on voit que toutes les séquences ont une première partie commune, sur les 60nt en 5', mais complètement différentes sur le reste, avec énormément de stretch de A. (voici le [fichier extrait](/uploads/0c8581c5f6ecd879c49270bffee86876/seq_patrick.fastq)).
J'ai alors voulu jouer avec pour comprendre les affectations, rallonger les fenêtres, ...
```
>seq1
ATCGATTTTCTGCAGAGAGGCTGACAGTGCTCGGTAAGAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTCCGGAGAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAAAACAACAATAAAGAACATAAAACTATTCTGAATGTTAAAGAGACAAAAAAACAAATAATATAGAAGATAATATTACGAGGATACAGTAGAGTAATCTAGACATAGCAAAGTAAAACAGGACCAAGAAGGTTGGG
# 18 + VJ 1 18 23 251 seed TRB SEG_+ 1.972121e-08 5.559703e-16/1.972121e-08+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B _ _ _ _ _ _ _ _+b+b+b+b+b+b+b+b _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
#>seq1 + VJ 1 18 23 251 w55/10 seed TRB SEG_+ 1.972121e-08 5.559703e-16/1.972121e-08
```
On peut donc voir que l'on n'a que quelques nt vus comme V et J, sur 251nt. Je pense donc qu'il s'agit d'un artefact.
Si j'essaye de rallonger la fenêtre, je n'ai pas le résultat escompté car il m'indique qu'il shift la fenêtre, probablement trop proche en 5'. Je me retrouve donc quoi qu'il arrive avec la même fenêtre.
Quoi qu'il en soit, je ne sais pas quoi faire de cette séquence. Je peux l'ajouter dans un test, mais que devrait-on y mettre ? On ne devrait pas la ressortir comme un clone avec si peu d'affectations de kmer ?
cc @magiraud @mikael\-s @Patrickhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3896Ameliorer l'interaction avec des sample dans la vue timeline2021-11-22T14:34:47+01:00Thonier FlorianAmeliorer l'interaction avec des sample dans la vue timelinePour le moment, nous avons seulement moyen de cacher les samples en les déplaçant par drag n drop. Ce n'est pas optimal, surtout quand on arrive à de grands nombres de samples tel que nous en avons maintenant dans les runs.
Du coup, je...Pour le moment, nous avons seulement moyen de cacher les samples en les déplaçant par drag n drop. Ce n'est pas optimal, surtout quand on arrive à de grands nombres de samples tel que nous en avons maintenant dans les runs.
Du coup, je pense qu'il faut rajouter une interaction sur les noms de samples pour que l'on puisse les cacher par des clics directement dessus.
* Quelle combinaison ? juste un double clic, ctrl+clic ?
* Pouvoir cacher tous les autres par un shift+clic comme sur les locus (que l'on pourrait d’ailleurs implémenter aussi sur les tags).
* Afficher le nombre de samples cachés au lieu des points de suspension.
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3884Flex2020-08-27T12:20:21+02:00Mathieu GiraudFlexcc @flothoni
https://css-tricks.com/snippets/css/a-guide-to-flexbox/cc @flothoni
https://css-tricks.com/snippets/css/a-guide-to-flexbox/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3869Indiquer si on regarde un run/patient/set (par le background)2019-03-25T12:05:24+01:00Thonier FlorianIndiquer si on regarde un run/patient/set (par le background)Je pense qu'un fond sur le nom du run/set/setting est assez simple à mettre en place.
On pourrait simplement utiliser le même code couleur que pour les patients/runs/sets.Je pense qu'un fond sur le nom du run/set/setting est assez simple à mettre en place.
On pourrait simplement utiliser le même code couleur que pour les patients/runs/sets.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3859Boîte search et focus/hide2019-10-24T12:58:05+02:00Mathieu GiraudBoîte search et focus/hideQuelle avait été la raison pour laquelle le `(focus on filtered clones)` était mis dans la boîte search ? Peut-être était-ce juste pour être à côté de la croix de fermeture ?
Séparer cela (avec un endroit où on indique clairement qu'on ...Quelle avait été la raison pour laquelle le `(focus on filtered clones)` était mis dans la boîte search ? Peut-être était-ce juste pour être à côté de la croix de fermeture ?
Séparer cela (avec un endroit où on indique clairement qu'on est en focus) permettrait de libérer la boîte search quand on est en focus.
Ping #2245.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3852Grep reads et vidjil-algo : le fichier résultant peut mélanger FASTA et FASTQ2019-03-21T09:04:50+01:00Mikaël SalsonGrep reads et vidjil-algo : le fichier résultant peut mélanger FASTA et FASTQIl s'agit du fichier produit pour chaque clone de Vidjil-algo. Il contient également la séquence de la fenêtre et la séquence consensus. Ces deux séquence sont ajoutées au format fasta alors qu'il y a des chances que le fichier de reads ...Il s'agit du fichier produit pour chaque clone de Vidjil-algo. Il contient également la séquence de la fenêtre et la séquence consensus. Ces deux séquence sont ajoutées au format fasta alors qu'il y a des chances que le fichier de reads soit au format FASTQ (et donc dans ce cas les reads seront sortis en FASTQ).
Ce mélange de format empêche toute analyse par un autre logiciel sans manipulation manuelle.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3851Pouvoir montrer quelques stats de répertoires depuis l'interface2021-01-27T10:43:51+01:00Thonier FlorianPouvoir montrer quelques stats de répertoires depuis l'interfacel'issue #3848 est centrée sur les indices de diversité que l'on peux calculer et comment. Ici je souhaite d'avantage parler de la méthode pour les afficher dans l'interface.
Faut-il rajouter une item dans la barre menu pour permettre d'...l'issue #3848 est centrée sur les indices de diversité que l'on peux calculer et comment. Ici je souhaite d'avantage parler de la méthode pour les afficher dans l'interface.
Faut-il rajouter une item dans la barre menu pour permettre d'afficher/calculer ces indices, Morisita en tête (#3830).