vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-11-23T15:29:21+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2580Recherche sur la jonction et pas que le CDR32021-11-23T15:29:21+01:00Mathieu GiraudRecherche sur la jonction et pas que le CDR3Vu ensemble à Douai.Vu ensemble à Douai.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2563lisibilité liste clone2021-11-26T13:46:14+01:00Ghost Userlisibilité liste cloneLorsqu'on clic sur le symbole étoile d'un clone de la liste un pop up apparait. Si on quite le pop up il ne disparait pas et il n'y a aucun lien visuel entre le pop up et le clone dans la liste. IL peut donc etre dificile de faire un lie...Lorsqu'on clic sur le symbole étoile d'un clone de la liste un pop up apparait. Si on quite le pop up il ne disparait pas et il n'y a aucun lien visuel entre le pop up et le clone dans la liste. IL peut donc etre dificile de faire un lien entre le pop up et un clone de la liste.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2501segmenteur : l'alignement/send to ne fonctionne pas avec les séquences germin...2017-08-30T12:12:30+02:00Mikaël Salsonsegmenteur : l'alignement/send to ne fonctionne pas avec les séquences germinalesDiscuté avec @aurelBZH : quand les séquences germinales sont dans le segmenteur, l'alignement ou le send to ne prend en compte que les séquences des **clones**.
Il faut modifier les fonctions `sendTo` et `align` de `segmenter.js` (avec ...Discuté avec @aurelBZH : quand les séquences germinales sont dans le segmenteur, l'alignement ou le send to ne prend en compte que les séquences des **clones**.
Il faut modifier les fonctions `sendTo` et `align` de `segmenter.js` (avec certainement de la factorisation à faire).
Est-ce que cela fix #2460 ? (poke @magiraud)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2423Cacher graph_menu quand le graphe est caché2021-11-23T16:56:11+01:00Ghost UserCacher graph_menu quand le graphe est cachéL'élément `graph_menu` (en haut à droite de `visu2`, avec les "...") est visible même quand on remonte `visu-separator` jusqu'en haut pour cacher le graphe.L'élément `graph_menu` (en haut à droite de `visu2`, avec les "...") est visible même quand on remonte `visu-separator` jusqu'en haut pour cacher le graphe.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2410Corriger les tests unitaires2017-05-10T07:26:55+02:00Mikaël SalsonCorriger les tests unitairesMaintenant que Nightmare est en place (merci @RyanHerb ! cf #2272) les tests unitaires du client peuvent être lancés normalement. Cependant ils échouent (notamment à cause d'une propriété `pos`).
Ça serait bien qu'on retrouve une situat...Maintenant que Nightmare est en place (merci @RyanHerb ! cf #2272) les tests unitaires du client peuvent être lancés normalement. Cependant ils échouent (notamment à cause d'une propriété `pos`).
Ça serait bien qu'on retrouve une situation normale afin que les tests fonctionnels soient lancés et les branches déployées sur les environnements de test.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2409Documenter jshint et nightmare dans dev.org2017-05-10T06:51:48+02:00Mathieu GiraudDocumenter jshint et nightmare dans dev.orget retirer phantomjset retirer phantomjsRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2395Axes : pretty pour locus2017-05-09T12:09:12+02:00Mathieu GiraudAxes : pretty pour locusVu avec @heto / @RyanHerb : le 'pretty' de locus devrait être ce qui affiche la jolie boîte coloréeVu avec @heto / @RyanHerb : le 'pretty' de locus devrait être ce qui affiche la jolie boîte coloréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2393print() à la python32022-01-26T11:44:23+01:00Mathieu Giraudprint() à la python3Discussion avec @aurelBZH et @RyanHerb : sans attendre #1345, faire un `from __future__ import print_function`Discussion avec @aurelBZH et @RyanHerb : sans attendre #1345, faire un `from __future__ import print_function`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2297CGI d'alignement introuvable en https2017-06-07T13:53:56+02:00Thonier FlorianCGI d'alignement introuvable en httpsBug découvert par Aurélie Caillault-Vennet:
En fonction de l'accès en http ou https, le CGI de l'alignement est introuvable.
De plus, dans mon cas, j'ai un pop-up qui me l'indique, et dans le cas de Lille la machine se met a mouliner...Bug découvert par Aurélie Caillault-Vennet:
En fonction de l'accès en http ou https, le CGI de l'alignement est introuvable.
De plus, dans mon cas, j'ai un pop-up qui me l'indique, et dans le cas de Lille la machine se met a mouliner. J'attends confirmation pour ce second point
cc @RyanHerb @mikael-s @magiraudMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2295La recherche de patients prend trop de temps2024-02-06T11:57:47+01:00Mikaël SalsonLa recherche de patients prend trop de tempsJe n'arrive pas à rechercher dans la liste patient car la recherche prend trop de temps (plus de 16 secondes !).
cc @magiraud @RyanHerbJe n'arrive pas à rechercher dans la liste patient car la recherche prend trop de temps (plus de 16 secondes !).
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2268Compare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récente...2019-02-28T14:30:15+01:00Thonier FlorianCompare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récentes par configSeconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués ...Seconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués voire en 3 exemplaires. Nous avons effectivement relancé les analyses ce matin car nous avons fait des modifications dans les attributions fichiers FastQ-patients mais je n’avais pas remarqué les fois précédentes que Vidjil conservait les analyses précédentes. Est-ce normal ? N’alourdissons nous pas inutilement l’espace disque ? Nous avons volontairement écrasés l’analyse précédente et je trouve du coup que cela est plutôt source de confusion.
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Pour ce point, à savoir le fait d'avoir plusieurs entrées lors d'un compare sample pour un même point, c'est exacte aussi.
Je ne sais pas si c'est un comportement souhaité ou non. En regardant dans la doc, il y a bien une mention d'un tel comportement, mais je ne sais pas si ça rentre dans cette catégorie, sachant que lorsque une nouvelle analyse est effectuée, l'ancienne reste.
> Note that even when the input sequences are deleted, the server is still able to display the results of previous analyses
Si c'est un comportement souhaité, ne peut-on pas imaginé un bouton filtre pour n'afficher que la dernière analyse pour un set de données et rendre la selection plsu aisé dans la majorité des cas ?
Dans le cas contraire, je n'ai pas encore cherché l'origine du bug.
cc @RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2231Le :hover sur les histogrammes reste trop longtemps2021-11-23T16:55:16+01:00Mathieu GiraudLe :hover sur les histogrammes reste trop longtempsQuand on passe en :hover en `MODE_BAR`, tout le rectangle est noir, mais il le reste un peu trop longtemps après qu'on ait quitté le :hover (contrairement au `MODE_GRID` où la bulle revient tout de suite en couleur)
cc @RyanHerb @mikael-sQuand on passe en :hover en `MODE_BAR`, tout le rectangle est noir, mais il le reste un peu trop longtemps après qu'on ait quitté le :hover (contrairement au `MODE_GRID` où la bulle revient tout de suite en couleur)
cc @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2228Déplacer focus et hide dans model.js, et les tester2017-03-15T16:38:40+01:00Mathieu GiraudDéplacer focus et hide dans model.js, et les testerSuite à #2227.
Voir #2201.Suite à #2227.
Voir #2201.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2153Supprimer GERMLINES_REGULAR / _INCOMPLETE suite à -i ?2019-02-12T13:57:51+01:00Mathieu GiraudSupprimer GERMLINES_REGULAR / _INCOMPLETE suite à -i ?Dans ce qui arrive bientôt :
```
-c clones -g germline/homo-sapiens.g -i -2 -3 data/Stanford_S22.fasta # (basic usage, detect the locus for each read, including unusual/unexpected recombinations)
-c clones -g germline/hom...Dans ce qui arrive bientôt :
```
-c clones -g germline/homo-sapiens.g -i -2 -3 data/Stanford_S22.fasta # (basic usage, detect the locus for each read, including unusual/unexpected recombinations)
-c clones -g germline/homo-sapiens.g:IGH -3 data/Stanford_S22.fasta # (restrict to IGH complete locus)
```
J'aimerais supprimer `-i` (le mettre par défaut) : le mécanisme de filter est plus générique (`:IGH` ou `:IGH,IGH+`) , et l'interaction entre `-i` et le filter est confuse (actuellement `:IGH,IGH+` ne sélectionne pas `IGH+` si on ne met pas `-i`...)
Dans mes rêves les plus fous, je voudrais même supprimer `-2` et le mettre par défaut, mais non, ce n'est pas raisonnable et c'est une porte-dans-le-nez. @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2146Filtrer la liste des sample_sets par groupe2019-02-28T14:30:15+01:00Mikaël SalsonFiltrer la liste des sample_sets par groupeLorsqu'une personne appartient à plusieurs groupes, elle peut vouloir filtrer les résultats en fonction d'un groupe.
Demande de Jona, mais peut s'appliquer à d'autres.
cc @magiraud @RyanHerbLorsqu'une personne appartient à plusieurs groupes, elle peut vouloir filtrer les résultats en fonction d'un groupe.
Demande de Jona, mais peut s'appliquer à d'autres.
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2140Donner toute la séquence en acides aminés2021-04-08T08:28:36+02:00Mikaël SalsonDonner toute la séquence en acides aminésSuite à #1372 on peut afficher les séquences en AA dans le segmenteur, mais juste sur le CDR3. Cependant cette fonctionnalité est réservée aux admins pour l'instant (avant le grand chamboulement dans le segmenteur #2137).
Fred aimerait v...Suite à #1372 on peut afficher les séquences en AA dans le segmenteur, mais juste sur le CDR3. Cependant cette fonctionnalité est réservée aux admins pour l'instant (avant le grand chamboulement dans le segmenteur #2137).
Fred aimerait voir la séquence complète en AA comme dans ~"repseq-IMGT".
cc @magiraud @RyanHerb @flothonimarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2129Performance boost avec lazy_tables dans web2py2017-10-23T15:45:57+02:00Mikaël SalsonPerformance boost avec lazy_tables dans web2py[D'après la doc web2py](http://www.web2py.com/books/default/chapter/29/06/the-database-abstraction-layer#markmin_lazy_tables) le paramètre `lazy_tables` à la construction du DAL peut offrir de beaux gains de perfomance. À tester.
@Ryan...[D'après la doc web2py](http://www.web2py.com/books/default/chapter/29/06/the-database-abstraction-layer#markmin_lazy_tables) le paramètre `lazy_tables` à la construction du DAL peut offrir de beaux gains de perfomance. À tester.
@RyanHerb @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2118Ascenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier so...2018-10-18T10:47:47+02:00Mikaël SalsonAscenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier sous ChromeLorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordina...Lorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordinateur d'Aurélie (Chrome 42) cela fait visiblement planter le thème de Windows.
@magiraud @RyanHerbWeb 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2116Sélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateur2018-06-04T10:24:06+02:00Mikaël SalsonSélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateurExcellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite...Excellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite main (`cursor: pointer`).
Il me semble que c'est géré par D3. Je ne suis pas sûr que ce soit aussi simple que ça en a l'air.
@magiraud @RyanHerb @tydax @flothoni Web 2017.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2108Ne pas avoir de séquences IMGT dans le package vidjil-germline2017-01-18T11:06:12+01:00Mikaël SalsonNe pas avoir de séquences IMGT dans le package vidjil-germlineJ'ai l'impression que le paquet debian vidjil-germline contient quelques fichiers de séquences. Quand je fais un `tar tvf /home/vidjil-ci/archive/stable/source/vidjil-germline_2016.08.1.tar.xz`, je vois les fichiers de séquences associés...J'ai l'impression que le paquet debian vidjil-germline contient quelques fichiers de séquences. Quand je fais un `tar tvf /home/vidjil-ci/archive/stable/source/vidjil-germline_2016.08.1.tar.xz`, je vois les fichiers de séquences associés à la souris et au rat. Or ils ne devraient pas y être puisque soumis aux mêmes restrictions d'IMGT que les autres données.
Par ailleurs, dans le répertoire ` vidjil/packaging/germline/debian`je ne comprends pas quel fichier indique les fichiers qui seront inclus dans le paquet.
@RyanHerb @magiraudRyan HerbertRyan Herbert