vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-10-31T14:25:12+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2765Erreur serveur Demo L4 / multi-inc-xxx, fused file not found2017-10-31T14:25:12+01:00Ghost UserErreur serveur Demo L4 / multi-inc-xxx, fused file not foundEn testant l'app avec le jeux de données demo lil4 j'ai eu un message d'erreur"server error" renvoyé en cliquant sur multi+inc
![Screenshot-2017-10-31_Vidjil](/uploads/966cc6ded0624ada5f99c613161ab4a6/Screenshot-2017-10-31_Vidjil.png)
...En testant l'app avec le jeux de données demo lil4 j'ai eu un message d'erreur"server error" renvoyé en cliquant sur multi+inc
![Screenshot-2017-10-31_Vidjil](/uploads/966cc6ded0624ada5f99c613161ab4a6/Screenshot-2017-10-31_Vidjil.png)
et le meme message d'erreur pour Demo LIL 3 en cliquant sur "multi+inc+xxx"
![Screenshot-2017-10-31_Demo_LIL-L3__multi+inc+xxx_](/uploads/0e6d742b3fa18a6a988b98a95348c5fc/Screenshot-2017-10-31_Demo_LIL-L3__multi+inc+xxx_.png)
Je ne sais pas si c'est un bug lié au disk failure de la semaine dernière. En tout cas le message d'erreur pour etre plus explicite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2766Événement javascript, onclick / addEventListener, this / self2017-10-31T14:52:23+01:00Ghost UserÉvénement javascript, onclick / addEventListener, this / selfen javascript il existe 2 façons principale d'attacher un évènement à une balise html
en utilisant `divelem.onclick = function()` et `divelem.addEventListener('click', function())`.
dans le cadre d'une fonction anonyme les 2 méthodes ma...en javascript il existe 2 façons principale d'attacher un évènement à une balise html
en utilisant `divelem.onclick = function()` et `divelem.addEventListener('click', function())`.
dans le cadre d'une fonction anonyme les 2 méthodes marchent
```javascript
div.onclick = function () {
self.m.norm_input.value = ""
this.firstChild.checked=true;
self.m.clone(this.dataset.id).expected= this.dataset.expected_size;
self.m.compute_normalization(this.dataset.id, this.dataset.expected_size)
self.m.update()
};
```
```javascript
applyOldnormalization:function() {
self.m.norm_input.value = ""
this.firstChild.checked=true;
self.m.clone(this.dataset.id).expected= this.dataset.expected_size;
self.m.compute_normalization(this.dataset.id, this.dataset.expected_size)
self.m.update()
},
div.onclick = self.applyOldnormalization()
```
ce code ne marche pas le this est mal géré alors que :
```javascript
form_div_elem.addEventListener('click', self.applyOldnormalization, false);
```
l'evenement click est executé de façon adequat.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2767Vidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.2021-01-26T13:29:14+01:00Thonier FlorianVidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la ...Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la sequence brut. On voit bien qu'effectivement la séquence avec une identité la plus forte est le V4-59 (enfin les, mais les variations sont minimes). Cependant, l'algo ne les considère même pas. Pire, si on lui fournit un jeu de séquences dans lequel l'ensemble des IGHV ne contient que les V4-59, il trouve la séquence en `unseg`.
Pensant aux evaleurs qui pourraient être faussées par le nombre de séquences, j'ai laissé les autres séquences mais remplacé les A par des G pour fausser la détéction sur les autres segments (solution barbare) : idem, il ne retrouve pas les V4-59.
Dernier point : un caractère inadéquate dans le header des séquences v4-59. A priori non. (J'ai testé d'intervertir avec le header du v4-39)
Je n'ai pas d'explications...
@mikael-s @magiraudAlgo 2017.11Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2768Gaps affines pour le FineSegmenter2024-02-06T17:27:21+01:00Mathieu GiraudGaps affines pour le FineSegmenter#1368 s'est conclu fin 2016 par :
> Les gaps affines ne sont pas utilisés pour le FineSegmenter (...). Mais on n'en veut pas nécessairement : le FineSegmenter fait déjà les gaps de délétion à la fin.
Cette justification me semble désor...#1368 s'est conclu fin 2016 par :
> Les gaps affines ne sont pas utilisés pour le FineSegmenter (...). Mais on n'en veut pas nécessairement : le FineSegmenter fait déjà les gaps de délétion à la fin.
Cette justification me semble désormais fumeuse. Si on a des gaps affines, on pourrait aussi s'en servir pour les délétions qui ne sont pas aux extrémités dans le FineSegmenteur. En particulier, on pourrait avoir des délétions de 3 nucléotides ou d'autres choses qui apparaissent.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2769Est-ce raisonnable d'avoir load_backup sur le web ?2020-09-23T20:09:58+02:00Mathieu GiraudEst-ce raisonnable d'avoir load_backup sur le web ?Discussion avec @RyanHerb et @mikael-s
Vu #2352, ce n'est peut-être pas raisonnable d'avoir un bouton qui fait `load_backup`. On ne peut
- au minimum, mettre dans le texte affiché de vérifier les erreurs après coup
- ou récupérer e...Discussion avec @RyanHerb et @mikael-s
Vu #2352, ce n'est peut-être pas raisonnable d'avoir un bouton qui fait `load_backup`. On ne peut
- au minimum, mettre dans le texte affiché de vérifier les erreurs après coup
- ou récupérer et afficher les erreurs (une notification ne suffit pas...) mais dangereux, si cela loupe...
- ou pourquoi pas retirer le bouton... et documenter ce qu'il faut fairehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2770Boucle pour les notifications et appel récursif dans setTimeout()2018-10-11T10:40:24+02:00Mathieu GiraudBoucle pour les notifications et appel récursif dans setTimeout()Vu par @mikael-s :
est-ce que javascript gère correctement la récursivité terminale ? Sinon, trouver un autre moyen de faire la boucle à la fin de `main.js`.
https://stackoverflow.com/questions/16887061/javascript-recursive-timeout-callVu par @mikael-s :
est-ce que javascript gère correctement la récursivité terminale ? Sinon, trouver un autre moyen de faire la boucle à la fin de `main.js`.
https://stackoverflow.com/questions/16887061/javascript-recursive-timeout-callhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2771Le découpage des méthodes "update" est-il judicieux ?2017-11-08T09:47:11+01:00Ryan HerbertLe découpage des méthodes "update" est-il judicieux ?Les vues JS ont plusieurs méthodes de mise à jour:
- `update`
- `updateElem`
- `updateStyle`
- `updateElemStyle`
Ce découpage peut avoir beaucoup de sens pour optimiser l'application, et réduire le nombre d'opérations inutiles. Comm...Les vues JS ont plusieurs méthodes de mise à jour:
- `update`
- `updateElem`
- `updateStyle`
- `updateElemStyle`
Ce découpage peut avoir beaucoup de sens pour optimiser l'application, et réduire le nombre d'opérations inutiles. Comme par exemple, la sélection d'un clone n'affecte que son esthétique, donc on applique `updateElemStyle` pour indiquer aux vues de modifier le style du clone sélectionné.
En revanche, dans certaines situations, celà peut poser des problèmes. Je pense notamment à url.js, qui a besoin de connaître les changements de sélection de clones, ainsi que d'autres changements non-cosmetiques. Appliquer le même paradigme de `update` et `updateElemStyle`... pose un soucis de duplication des tâches. D'une part les deux méthodes seront les mêmes, mais appliquées à différents types de paramètres, et d'autre part on se retrouve avec une duplication de URL.pushState (problème similaire à #2438 ).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2772contenu du json retour de get_active_notification2018-10-11T10:40:24+02:00Ghost Usercontenu du json retour de get_active_notificationQuel est le format de `get_active_notification` ?Quel est le format de `get_active_notification` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2773Décalage dans les login de connexion2017-11-23T10:32:10+01:00Thonier FlorianDécalage dans les login de connexionUne bug étrange sur lequel je viens de tomber en utilisant l'interface internet.
Je me connecte en tant qu'utilisateur de `rennes` pour diverses manip. Je me déconnecte, et je tente de me reconnecter via mon compte `perso` : lorsque je...Une bug étrange sur lequel je viens de tomber en utilisant l'interface internet.
Je me connecte en tant qu'utilisateur de `rennes` pour diverses manip. Je me déconnecte, et je tente de me reconnecter via mon compte `perso` : lorsque je valide, je me retrouve connecté en tant qu'utilisateur de `rennes`.
Pensant à une erreur de ma part, je me déconnecte et reconnecte, pas moyen de passer sur mon compte, je suis à chaque fois connecter en tant que `rennes`, même si je prends bien soin de rentrer à la main les login/pwd.
J'ai tester de me connecter en tant que `demo`, et là je me retrouve enfin connecter en tant que `florian`
J'ai rechargé la page, et maintenant le bug a disparu. Je ne sais pas si le bug venait de mon browser ou de vidjil (server ou client).
Je met quand même une note pour archivage.
configuration : chromium; Version 62.0.3202.62 (Build officiel) Built on Ubuntu , running on Ubuntu 14.04 (64 bits)
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2774Tip of the day: image2017-11-20T15:13:20+01:00Mathieu GiraudTip of the day: imageSuite à #2582, afficher l'image qui est dans `doc/tips` si elle est présente.Suite à #2582, afficher l'image qui est dans `doc/tips` si elle est présente.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2775Tip of the day: format et récupération des données2017-11-17T14:52:59+01:00Ryan HerbertTip of the day: format et récupération des donnéesOn est d'accord pour utiliser du JSON, en revanche, ce que j'ai implémenté, et ce qui est préparé dans `doc/tips.js` ne fonctionneront pas ensemble.
La raison est que j'ai utilisé `$.getJSON` sans me rendre compte qu'il y avait déjà un ...On est d'accord pour utiliser du JSON, en revanche, ce que j'ai implémenté, et ce qui est préparé dans `doc/tips.js` ne fonctionneront pas ensemble.
La raison est que j'ai utilisé `$.getJSON` sans me rendre compte qu'il y avait déjà un fichier javascript avec les tips.
On peut utiliser la méthode `$.getJSON` ou bien importer le fichier `doc/tips.js`. L'avantage d'importer le fichier JS, est que le format est légèrement plus libre et permet les commentaires, les variables, etc. Mais fait usage d'une variable globale. L'avantage de `$.getJSON` est que la source de la donnée est plus libre (on pourrait facilement avoir une source centralisée des tips pour tous les serveurs), mais demanderait potentiellement à parser les sources des images.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2776Mettre à jour le tutoriel pour les TPs2017-11-20T19:18:05+01:00Mathieu GiraudMettre à jour le tutoriel pour les TPsQue mettre à jour dans le tutoriel ? Nouveautés 2016/17 ? Autres points ?
On le limite plutôt aux aspects clients. (Serveur: limiter à ce qui est accessible à partir du compte Demo ?).
@flothoni fait déjà une première passe, merci à toi...Que mettre à jour dans le tutoriel ? Nouveautés 2016/17 ? Autres points ?
On le limite plutôt aux aspects clients. (Serveur: limiter à ce qui est accessible à partir du compte Demo ?).
@flothoni fait déjà une première passe, merci à toi, et on en discute ce mercredi à 14h.
Voir aussi #2058 vdj#195 vdj#352Web 2017.112017-11-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2777API URL: plot, rendre le grid optionnel2017-11-19T22:15:41+01:00Mathieu GiraudAPI URL: plot, rendre le grid optionnel`?plot=gene_v,gene_j` devrait donner la même chose que `?plot=gene_v,gene_j,grid`. La forme compacte devrait être favorisée pour être affichée par `url.js`.`?plot=gene_v,gene_j` devrait donner la même chose que `?plot=gene_v,gene_j,grid`. La forme compacte devrait être favorisée pour être affichée par `url.js`.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2778Renommer `?sample_set_id=` en `?set=`2017-11-19T22:15:41+01:00Mathieu GiraudRenommer `?sample_set_id=` en `?set=`Voir #2095.Voir #2095.Web 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2780Ne mettre que set= et pas patient_id= en plus2017-11-19T22:15:41+01:00Mathieu GiraudNe mettre que set= et pas patient_id= en plusRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2781Renommer gene_v en v, gene_j en j, bikeshedding d'autres axes2017-11-19T21:58:15+01:00Mathieu GiraudRenommer gene_v en v, gene_j en j, bikeshedding d'autres axesC'est l'occasion de mettre des variables dans scatterplot.
Et aussi `size` au lieu de `Size` (ou autres noms...).C'est l'occasion de mettre des variables dans scatterplot.
Et aussi `size` au lieu de `Size` (ou autres noms...).Web 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2782Compare patients et URL API2018-03-21T18:50:45+01:00Mathieu GiraudCompare patients et URL APIWeb 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2783URL API: ne mettre "plot" que quand lorsque ce n'est pas le défaut2017-11-19T22:15:41+01:00Mathieu GiraudURL API: ne mettre "plot" que quand lorsque ce n'est pas le défautDiscuté tout à l'heure : ce serait bien de ne mettre les éléments que lorsqu'ils sont différents des valeurs par défaut. Je pense bien qu'on a même des tests qui vérifient cela :-)Discuté tout à l'heure : ce serait bien de ne mettre les éléments que lorsqu'ils sont différents des valeurs par défaut. Je pense bien qu'on a même des tests qui vérifient cela :-)Web 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2784Police de caractères2021-04-15T21:14:40+02:00Mathieu GiraudPolice de caractèresNos choix de polices/fontes (Ubuntu Medium, Ubuntu Light, Ubuntu Condensed) datent d'il y a plus de 3 ans : fd048819, 6382ead5. Voir aussi #1015.
À l'occasion d'un renouvellement de l'interface (#2245, #1740), ce serait l'occasion de ra...Nos choix de polices/fontes (Ubuntu Medium, Ubuntu Light, Ubuntu Condensed) datent d'il y a plus de 3 ans : fd048819, 6382ead5. Voir aussi #1015.
À l'occasion d'un renouvellement de l'interface (#2245, #1740), ce serait l'occasion de rafraichir l'ensemble et de choisir une (ou deux, mais plutôt une) famille de polices, libre, moderne, et avec suffisament de variantes.
Nouvelle contrainte par rapport à il y a trois ans : être aussi assez riche pour des scripts non-latins (ou avoir au moins une police complète en fallback pour ces scripts).
- https://blog.spoongraphics.co.uk/articles/the-best-free-alternatives-to-the-most-popular-fonts
- http://joelcrawfordsmith.com/closest-font/content/sans-serif
- https://www.fontsquirrel.comhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2785Mieux afficher les erreurs serveur et permettre aux utilisateurs de nous cont...2017-11-15T13:50:26+01:00Mathieu GiraudMieux afficher les erreurs serveur et permettre aux utilisateurs de nous contacterCi-dessous quelques exemples de pages 500 ou 502 obtenues récemment. Nous pouvons améliorer nos pages... par exemple, lors d'une 500, une formulation "Something went wrong on our end. Please <a href=...>contact us</a> if the problem pers...Ci-dessous quelques exemples de pages 500 ou 502 obtenues récemment. Nous pouvons améliorer nos pages... par exemple, lors d'une 500, une formulation "Something went wrong on our end. Please <a href=...>contact us</a> if the problem persists", idéalement avec le ticket lié.
Au passage :
- est-ce que nous récupérons bien toutes les erreurs serveur (dans `database.js`) ?
- est-ce que certaines erreurs client devraient avoir le même traitement ?
![gitlab-502](/uploads/810aeb5c17224b40799f00a41d248212/gitlab-502.png)
![ovh-server-error](/uploads/7877f53c16717cd36994bc47649765ec/ovh-server-error.png)
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2786tsne.js prend un peu de temps2022-06-17T12:39:29+02:00Thonier Floriantsne.js prend un peu de tempsEn regardant le tuto, j'ai remarqué que cette fonction ne marchait plus; En effet, le script rentre dans une boucle infinie.
Cela ce voit sur le sample `demo lil3`, avec le choix des `plot by similarity`. L'erreur retourne à la `ligne ...En regardant le tuto, j'ai remarqué que cette fonction ne marchait plus; En effet, le script rentre dans une boucle infinie.
Cela ce voit sur le sample `demo lil3`, avec le choix des `plot by similarity`. L'erreur retourne à la `ligne 332` ou bien `345`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2787plot by similarity and locus se comporte etrangement lorqu'il n'y a qu'un seu...2021-11-16T16:04:22+01:00Thonier Florianplot by similarity and locus se comporte etrangement lorqu'il n'y a qu'un seul cloneBon, le comporement consistant a faire ce plot lorsque l'on a un seul clones est déjà étrange (mais ca peut arriver suite a un filtre malencontreux, ne jugeons pas ...).
Dans ce cas, la boule correspondant au clone va s'agiter dans tous...Bon, le comporement consistant a faire ce plot lorsque l'on a un seul clones est déjà étrange (mais ca peut arriver suite a un filtre malencontreux, ne jugeons pas ...).
Dans ce cas, la boule correspondant au clone va s'agiter dans tous les sens en continue. Il faudrait plutôt avoir un message pour ce type particulier, et en plus la boule devrait ce retrouver dasn une positions fixe sur l'axe, en 0;0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2788Les axes ne devraient pas toujours mettre les 'undefined' à la valeur max2021-11-16T16:02:48+01:00Thonier FlorianLes axes ne devraient pas toujours mettre les 'undefined' à la valeur maxEn refaisant une passe sur le tuto, je me suis aperçu que la position des boules dans le "Compare two samples" était fausse.
Exemple : http://app.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=3241&config=25
Si on selectionne la vue (pre...En refaisant une passe sur le tuto, je me suis aperçu que la position des boules dans le "Compare two samples" était fausse.
Exemple : http://app.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=3241&config=25
Si on selectionne la vue (preset 9), on voit que tous les clones se retrouvent à 100% sur l'abscisse. Ces clones sont des clones n'ayant pas de valeur pour ce set, et au lieu de se retrouver à 0, ils sont à 100.
![Screen_Shot_2017-11-15_at_13.57.38](/uploads/78dfff7910fcb4637c3cf628dc1d4948/Screen_Shot_2017-11-15_at_13.57.38.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2789Short name et VDJ/VDDJ : réduire le seuil de 6 ?2018-08-07T09:13:28+02:00Thonier FlorianShort name et VDJ/VDDJ : réduire le seuil de 6 ?Je me suis aperçu que lors de l'affichage de clones avec des D en tandem, la transformation en short name ne ce fait pas sur l'insert `N-4b-3`, et peut-être aussi sur le `N-4a-4`.Je me suis aperçu que lors de l'affichage de clones avec des D en tandem, la transformation en short name ne ce fait pas sur l'insert `N-4b-3`, et peut-être aussi sur le `N-4a-4`.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2790Samples dans plusieurs sample sets et .analysis : documenter2017-11-17T13:30:45+01:00Mathieu GiraudSamples dans plusieurs sample sets et .analysis : documenterUn sample est dans un patient et un run.
Je mets un clone en rouge dans le patient (ou je merge des clones, ou je renomme un clone). Que devient-il dans le run ? Et après un nouveau fuse éventuel du run ?
Je sais qu'on en avait déjà dis...Un sample est dans un patient et un run.
Je mets un clone en rouge dans le patient (ou je merge des clones, ou je renomme un clone). Que devient-il dans le run ? Et après un nouveau fuse éventuel du run ?
Je sais qu'on en avait déjà discuté et décidé quand @RyanHerb et Marc avaient mis en place les sample sets. Il faut peut-être juste bien expliquer ce qu'il se passe et le documenter.
cc @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2791Le nom détaillé du clone disparait sur des petites résolutions2017-11-15T15:11:58+01:00Mathieu GiraudLe nom détaillé du clone disparait sur des petites résolutionsVu par @flothoni dans #2776, en parlant de ce qui se passe en `:hover` d'un clone :
> les noms ne s'affichent pas forcement en dessous du scatterplot, sur des fenetres redimensionnées plus petites. L'information est parfois tronquée, sa...Vu par @flothoni dans #2776, en parlant de ce qui se passe en `:hover` d'un clone :
> les noms ne s'affichent pas forcement en dessous du scatterplot, sur des fenetres redimensionnées plus petites. L'information est parfois tronquée, sans pour autant l'indiquer (par exemple il peut manquer l'information relative au segment J. On devrait avoir au moins des points de suspension pour avoir un indicateur visuel.
Le `div.focus.cloneName` de la barre d'état n'est effectivement pas visible quand la fenêtre n'est pas assez large (alors qu'il peut rester de la place).
Voir aussi #2245.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2792URL : rewrite nginx pour de belles URL2020-06-18T16:41:58+02:00Mathieu GiraudURL : rewrite nginx pour de belles URL`http://app.vidjil.org/1471#3?foo=bar`
devrait être renommé, après nginx, en
`http://app.vidjil.org/browser?set=1471&n=3&foo=bar`
Pas de ~bikeshedding ici, voir #2095 pour cela.
cc @RyanHerb`http://app.vidjil.org/1471#3?foo=bar`
devrait être renommé, après nginx, en
`http://app.vidjil.org/browser?set=1471&n=3&foo=bar`
Pas de ~bikeshedding ici, voir #2095 pour cela.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2793URL : /?set=1471 ouvre une page de la database sur le bon patient/run/set2018-10-02T18:08:17+02:00Mathieu GiraudURL : /?set=1471 ouvre une page de la database sur le bon patient/run/set`?set=1471` (ou même `http://app.vidjil.org/1471` après #2792), sans config, pourrait ouvrir la bonne page de la db.
Pas urgent du tout.
cc @RyanHerb`?set=1471` (ou même `http://app.vidjil.org/1471` après #2792), sans config, pourrait ouvrir la bonne page de la db.
Pas urgent du tout.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2794API URL: d'autres services utiles, côté serveur2017-11-16T12:30:27+01:00Mathieu GiraudAPI URL: d'autres services utiles, côté serveurAprès #2793, on pourrait imaginer d'autres adresses arrivant quelque part avec un retour de la db:
- `/runs`, `/patients` ?
- `?search=#Diagnosis`
- admins: adresse pour arriver sur certaines pages, type `users`, `debug` ou autre...Après #2793, on pourrait imaginer d'autres adresses arrivant quelque part avec un retour de la db:
- `/runs`, `/patients` ?
- `?search=#Diagnosis`
- admins: adresse pour arriver sur certaines pages, type `users`, `debug` ou autre...
(Pas de ~bikeshedding ici, on discute des services possibles.)
Est-ce que cela ne serait pas confus par rapport aux URL du client #1188 ?
cc @RyanHerb https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2795problème d'accès à vidjil ce matin.2017-11-16T10:19:34+01:00Ghost Userproblème d'accès à vidjil ce matin.app.vidjil.org et db.vidjil.prg semble inaccessible ce matin :
https://screenshots.firefox.com/4l0jDEyxuO6hIRAx/app.vidjil.org
![Capture_du_2017-11-16_09-19-49](/uploads/99d04d16f15b737e16c10eb2468c1b8b/Capture_du_2017-11-16_09-19-49.p...app.vidjil.org et db.vidjil.prg semble inaccessible ce matin :
https://screenshots.firefox.com/4l0jDEyxuO6hIRAx/app.vidjil.org
![Capture_du_2017-11-16_09-19-49](/uploads/99d04d16f15b737e16c10eb2468c1b8b/Capture_du_2017-11-16_09-19-49.png)
@magiraud @mikael-s @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2796URL: que se passe-t-il en mode déconnecté de la db, sans serveur ?2017-11-18T16:50:20+01:00Mathieu GiraudURL: que se passe-t-il en mode déconnecté de la db, sans serveur ?Fonctionne ? Sinon, on désactive `url.js` ?
cc @aurelBZH @RyanHerbFonctionne ? Sinon, on désactive `url.js` ?
cc @aurelBZH @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2797Mettre à jour (et renommer) format-analysis.org2018-09-07T08:06:36+02:00Mathieu GiraudMettre à jour (et renommer) format-analysis.orgWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2798Interaction avec bioinfos durant le workshop2017-11-29T09:16:55+01:00Mathieu GiraudInteraction avec bioinfos durant le workshop#1589 #2797 #2193
cc @RyanHerb @flothoni @aurelBZH#1589 #2797 #2193
cc @RyanHerb @flothoni @aurelBZHWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2799Less et couleurs en minuscules2019-02-05T19:00:54+01:00Mathieu GiraudLess et couleurs en minusculesChez moi, mon compilateur less voudrait mettre toutes les couleurs hex en minuscules.
@mikael-s : "Si c'est pareil chez tout le monde, on pourrait le pousser"
cc @RyanHerbChez moi, mon compilateur less voudrait mettre toutes les couleurs hex en minuscules.
@mikael-s : "Si c'est pareil chez tout le monde, on pourrait le pousser"
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2800Tip of the day: pouvoir voir le "next tip"2017-11-17T14:34:34+01:00Mathieu GiraudTip of the day: pouvoir voir le "next tip"cc @RyanHerbcc @RyanHerbMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2801Tip of the day : ne pas l'afficher si on n'est pas loggué2017-11-20T07:11:29+01:00Mathieu GiraudTip of the day : ne pas l'afficher si on n'est pas logguéSi on n'est pas loggué, on a le "tip of the day" qui arrive à la connexion. Or on est encore loin de pouvoir essayer : il faut se logguer puis aller chercher un résultat.
Idéalement, on aimerait afficher le "tip of the day" uniquement a...Si on n'est pas loggué, on a le "tip of the day" qui arrive à la connexion. Or on est encore loin de pouvoir essayer : il faut se logguer puis aller chercher un résultat.
Idéalement, on aimerait afficher le "tip of the day" uniquement après un `loadDataUrl`... mais qu'une seule fois par session, ce qui n'est peut-être pas simple.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2802Tip of the day : tips pour mettre en ligne2017-11-20T15:12:53+01:00Mathieu GiraudTip of the day : tips pour mettre en ligneProposition : d3f2ff5c, on met les tips T01 (même sans #2116/!107) , T02, T03 et T30, T31, T32.
Faire des images au moins pour T02 et T03 (300x300 pixels, comme pour `doc/tips/T01.png`)
cc @flothoni @aurelBZHProposition : d3f2ff5c, on met les tips T01 (même sans #2116/!107) , T02, T03 et T30, T31, T32.
Faire des images au moins pour T02 et T03 (300x300 pixels, comme pour `doc/tips/T01.png`)
cc @flothoni @aurelBZHWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2803Tip ot the day : 'tips.js' pas trouvé sur dev2017-11-17T17:42:11+01:00Mathieu GiraudTip ot the day : 'tips.js' pas trouvé sur devSur `dev`, j'ai un `missing tips.js` : @RyanHerb, as-tu une idée d'où cela peut venir ?Sur `dev`, j'ai un `missing tips.js` : @RyanHerb, as-tu une idée d'où cela peut venir ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2804Autocomplete.js et ES62021-09-23T12:16:06+02:00Mathieu GiraudAutocomplete.js et ES6`js/autocomplete.js: line 141, col 36, 'template literal syntax' is only available in ES6 (use 'esversion: 6').`
cc @RyanHerb`js/autocomplete.js: line 141, col 36, 'template literal syntax' is only available in ES6 (use 'esversion: 6').`
cc @RyanHerbWeb 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2805Export fasta : un test fonctionnel non externe échoue de manière non reproduc...2019-02-05T14:26:33+01:00Mathieu GiraudExport fasta : un test fonctionnel non externe échoue de manière non reproductibleComparer https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/40868 et https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/40870
Le premier a échoué :
```
1) Failure:
TestMultilocus#test_13_export_fasta [functional/test_multilocus.rb:206]:
sequence...Comparer https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/40868 et https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/40870
Le premier a échoué :
```
1) Failure:
TestMultilocus#test_13_export_fasta [functional/test_multilocus.rb:206]:
sequence
```
Le deuxième a fonctionné, sans aucune modification de codehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2806Changement de window.title2017-11-18T12:10:02+01:00Mathieu GiraudChangement de window.titleEn faisant !113 pour #2712, j'ai du faire f86c407.
Pourquoi `window.title` n'a pas changé à cet endroit-là ?
À partir de quand `window.title` vaut-il `analysis-example` dans `test_multilocus.rb` ?En faisant !113 pour #2712, j'ai du faire f86c407.
Pourquoi `window.title` n'a pas changé à cet endroit-là ?
À partir de quand `window.title` vaut-il `analysis-example` dans `test_multilocus.rb` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2807URL: le plot preset devrait être correctement initialisé, ou au moins non ini...2017-11-19T22:15:41+01:00Mathieu GiraudURL: le plot preset devrait être correctement initialisé, ou au moins non initialisé à 0Obtenu avec le preset 5 : http://feature-c-url-params.ci.vidjil.org/?data=analysis-example.vidjil&p=v,size,bar
Mais le preset n'est pas initialisé (c'est normal, le preset est juste une manière de mettre des axes x et y), il est à `0 V/...Obtenu avec le preset 5 : http://feature-c-url-params.ci.vidjil.org/?data=analysis-example.vidjil&p=v,size,bar
Mais le preset n'est pas initialisé (c'est normal, le preset est juste une manière de mettre des axes x et y), il est à `0 V/J gene`, ce qui est trompeur.
Idéalement, on aimerait voir le bon preset 5, mais c'est difficile.
Déjà, quelque chose qui induirait moins en erreur serait, lors du chargement d'une URL avec `plot`, de ne pas mettre le preset 0.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2808Avoir des sorties Watir plus explicites2020-11-13T19:29:32+01:00Mathieu GiraudAvoir des sorties Watir plus explicitesJe mets toujours beaucoup de temps à débugguer des choses détectées par Watir. Je dois sûrement progresser dans la compréhension de comment cela fonctionne... mais ne serait-ce possible d'avoir tout de même des sorties plus détaillées ? ...Je mets toujours beaucoup de temps à débugguer des choses détectées par Watir. Je dois sûrement progresser dans la compréhension de comment cela fonctionne... mais ne serait-ce possible d'avoir tout de même des sorties plus détaillées ? Je ne sais pas trop "en quoi", je suis probablement ~"*-too-vague", peut-être que l'un de vous aura des idées.
Je me demande au passage si les échecs lors du `setup` sont correctement transmis (j'ai l'impression qu'ils apparaissent lors des tests).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2809Un test external IMGT test_10bis_imgt_post échoue de temps en temps2019-10-29T14:33:25+01:00Mathieu GiraudUn test external IMGT test_10bis_imgt_post échoue de temps en tempsPour compléter #2465, on a aussi épisodiquement un `fail opening second IMGT` qui arrive.Pour compléter #2465, on a aussi épisodiquement un `fail opening second IMGT` qui arrive.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2810Multiple scatterplot : créer une seule fois sp22020-10-13T17:40:36+02:00Mathieu GiraudMultiple scatterplot : créer une seule fois sp2On devrait avoir une seule création de `sp2` (comme c'est le cas `graph` d'ailleurs).
Mais en faisant #2698, je n'y suis pas arrivé et j'ai laissé tomber. C'est maintenant dans !114.On devrait avoir une seule création de `sp2` (comme c'est le cas `graph` d'ailleurs).
Mais en faisant #2698, je n'y suis pas arrivé et j'ai laissé tomber. C'est maintenant dans !114.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2811Rajouter des tests fonctionnels pour les scatterplots multiples2017-11-20T07:56:02+01:00Mathieu GiraudRajouter des tests fonctionnels pour les scatterplots multiples- Charger successivement un fichier avec plusieurs samples puis un avec un seul sample. Vérifier que ce qu'il faut est présent. (C'est normalement bon depuis 72f67b3.)
- Éventuellement basculer entre sp2 et graph si on donne le bouton a...- Charger successivement un fichier avec plusieurs samples puis un avec un seul sample. Vérifier que ce qu'il faut est présent. (C'est normalement bon depuis 72f67b3.)
- Éventuellement basculer entre sp2 et graph si on donne le bouton accessible
- Vérifier que le scatterplot du haut fonctionne normalement (les tests touchent celui du bas...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2812Les axes "productivity" et "locus" sont mal affichés en mode bar2019-01-17T13:27:37+01:00Mathieu GiraudLes axes "productivity" et "locus" sont mal affichés en mode barhttp://app.vidjil.org/?patient=68&config=25 > changer l'axe x (fonctionne) > mode bar
> http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32&plot=productivity,j,bar
On voit "0 1 2" au lieu des labels texte "productive / not productive / no CDR3 ...http://app.vidjil.org/?patient=68&config=25 > changer l'axe x (fonctionne) > mode bar
> http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32&plot=productivity,j,bar
On voit "0 1 2" au lieu des labels texte "productive / not productive / no CDR3 ...".
cc @flothoni @RyanHerbWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2813Le preset "V/J alleles" ne fonctionne pas2017-11-20T12:20:07+01:00Mathieu GiraudLe preset "V/J alleles" ne fonctionne pascc @aurelBZH @RyanHerbcc @aurelBZH @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2814MiXCR et "clone average read length"2023-06-28T16:47:56+02:00Mathieu GiraudMiXCR et "clone average read length"@mikael-s, originellement dans #2704 :
> Discussion avec @RyanHerb et @magiraud :
>
> - A priori on a accès à la liste des reads dans MiXCR et donc on pourrait récupérer la longueur moyenne
>
> - En attendant on peut faire un hack sur...@mikael-s, originellement dans #2704 :
> Discussion avec @RyanHerb et @magiraud :
>
> - A priori on a accès à la liste des reads dans MiXCR et donc on pourrait récupérer la longueur moyenne
>
> - En attendant on peut faire un hack sur MiXCR (en mettant la longueur de la « consensus » ?)
Ok pour le hack pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2815Hover sur la quantité / + / - pourrait indiquer "xxx reads"2022-01-19T09:15:46+01:00Mathieu GiraudHover sur la quantité / + / - pourrait indiquer "xxx reads"Discuté ensemble. C'était le cas il y a un certain temps.Discuté ensemble. C'était le cas il y a un certain temps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2816Cluster devrait être grisé quand il est inutilisable2017-11-20T12:02:52+01:00Mathieu GiraudCluster devrait être grisé quand il est inutilisableVu par @aurelBZH : quand il y a zéro ou un clone, `cluster` devrait être crisé
(`align` est lui bien grisé)Vu par @aurelBZH : quand il y a zéro ou un clone, `cluster` devrait être crisé
(`align` est lui bien grisé)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2817Export SVG (plot) est incorrect en multi-locus sur une vue par locus2018-07-05T09:23:10+02:00Mikaël SalsonExport SVG (plot) est incorrect en multi-locus sur une vue par locusLorsqu'on est sur un patient avec plusieurs locus ([exemple](http://app.vidjil.org/browser/?set=25736&config=25)), le graph, par défaut, distingue les clones du locus actif et des autres locus.
Or l'export SVG du plot ne conserve pas ce...Lorsqu'on est sur un patient avec plusieurs locus ([exemple](http://app.vidjil.org/browser/?set=25736&config=25)), le graph, par défaut, distingue les clones du locus actif et des autres locus.
Or l'export SVG du plot ne conserve pas cette séparation et les clones des autres locus viennent squatter sur le plot, ce qui le rend en partie illisible.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2818Pouvoir effectuer des analyses de translocations sur des séquences arbitraires2022-04-07T11:38:16+02:00Ryan HerbertPouvoir effectuer des analyses de translocations sur des séquences arbitrairesDebré voudraient pouvoir saisir des séquences pour les passer comme des germlines au logiciel afin d'analyser les translocations.Debré voudraient pouvoir saisir des séquences pour les passer comme des germlines au logiciel afin d'analyser les translocations.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2819Export : donner les informations d'IMGT dans le rapport ?2018-04-05T10:22:40+02:00Mikaël SalsonExport : donner les informations d'IMGT dans le rapport ?Évoqué par @Aurelie lors du Vidjil Workshop : il serait bien d'exporter dans le rapport le % d'identité donné par IMGTÉvoqué par @Aurelie lors du Vidjil Workshop : il serait bien d'exporter dans le rapport le % d'identité donné par IMGThttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2820Détecter les primers dimers2023-06-28T18:28:32+02:00Mathieu GiraudDétecter les primers dimersMentionné par Aurélie ~"PAR-Debré" : les nouvelles amorces ~"ec-ngs" génèrent plus de dimers.
À controller.Mentionné par Aurélie ~"PAR-Debré" : les nouvelles amorces ~"ec-ngs" génèrent plus de dimers.
À controller.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2821La select box des axes n'affiche pas toujours la bonne valeur2021-11-16T16:48:00+01:00Ryan HerbertLa select box des axes n'affiche pas toujours la bonne valeurhttps://dev.vidjil.org/browser/?set=27&config=3&plot=tag,j,grid
L'axe sélectionné (et affiché) est l'axe `tag`, mais la selectbox de l'axe X affiche `locus`https://dev.vidjil.org/browser/?set=27&config=3&plot=tag,j,grid
L'axe sélectionné (et affiché) est l'axe `tag`, mais la selectbox de l'axe X affiche `locus`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2822Permettre de merger sur la séquence en AA2021-11-19T11:06:56+01:00Thonier FlorianPermettre de merger sur la séquence en AADans les options de merge, on pourrait imaginer transformer les clones pour permettre de suivre les clones présentant la même identité en AA et non plus en nt ?
Cas applicatif : recherche d'une même séquence en AA à travers divers pati...Dans les options de merge, on pourrait imaginer transformer les clones pour permettre de suivre les clones présentant la même identité en AA et non plus en nt ?
Cas applicatif : recherche d'une même séquence en AA à travers divers patients partageant une même maladiehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2823assert.equal et autres dans Watir ?2022-03-23T13:49:34+01:00Mathieu Giraudassert.equal et autres dans Watir ?On a beaucoup de tests type `assert ($b.scatterplot_x_legend(0, 2).text == "119"), "First legend should be 119"`
Serait-ce possible d'avoir des fonctions similaires à `assert.equal` de `QUnit`, pour mieux voir les causes d'échec ?On a beaucoup de tests type `assert ($b.scatterplot_x_legend(0, 2).text == "119"), "First legend should be 119"`
Serait-ce possible d'avoir des fonctions similaires à `assert.equal` de `QUnit`, pour mieux voir les causes d'échec ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2824Tutoriel : dire de filtrer par #Demo2020-09-28T00:25:09+02:00Mikaël SalsonTutoriel : dire de filtrer par #DemoQuand les gens ont plein d'échantillon, ils ne trouvent pas le Démo.Quand les gens ont plein d'échantillon, ils ne trouvent pas le Démo.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2825Coût du FineSegmenter : est-on trop généreux avec les mismatches ?2018-06-26T10:41:27+02:00Mikaël SalsonCoût du FineSegmenter : est-on trop généreux avec les mismatches ?Il y a certains cas où le nombre de mismatches, proches d'une extrémité semble important par rapport au nombre de matches.Il y a certains cas où le nombre de mismatches, proches d'une extrémité semble important par rapport au nombre de matches.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2826Pouvoir scroller le dialogue info2019-02-27T18:04:02+01:00Ryan HerbertPouvoir scroller le dialogue infoSi la résolution est trop basse le dialogue info (clones et samples) est trop petit, mais il n'est pas possible de scroller de manière horizontale.Si la résolution est trop basse le dialogue info (clones et samples) est trop petit, mais il n'est pas possible de scroller de manière horizontale.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2827Le 'spinner' de requête tourne en permanence2018-01-18T10:35:18+01:00Ryan HerbertLe 'spinner' de requête tourne en permanenceIl se peut que le Spinner qui indique qu'une requête est en cours reste affiché, alors qu'il n'y a plus de requête en coursIl se peut que le Spinner qui indique qu'une requête est en cours reste affiché, alors qu'il n'y a plus de requête en courshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2828Export csv AIRR depuis l'algo2018-10-24T16:16:47+02:00Mathieu GiraudExport csv AIRR depuis l'algoDai N. aurait été intéressé par une sortie csv de l'algo, "comme depuis le client".
Peut-être le .vidjil peut aussi lui convenir.Dai N. aurait été intéressé par une sortie csv de l'algo, "comme depuis le client".
Peut-être le .vidjil peut aussi lui convenir.Algo 2018.092018-10-27https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2829Permutation entre nombres de délétions ?2017-11-21T16:37:18+01:00Mathieu GiraudPermutation entre nombres de délétions ?Dai aurait une séquence où Vidjil donne `V3-11 1/../14 D 0/../6 J6` alors que IMGT donne `V3-11 1/../0 D 14/../6 J6`.Dai aurait une séquence où Vidjil donne `V3-11 1/../14 D 0/../6 J6` alors que IMGT donne `V3-11 1/../0 D 14/../6 J6`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2830Faire une médiane sur une normalisation multiple2018-12-28T10:10:31+01:00Ryan HerbertFaire une médiane sur une normalisation multipleSi j'ai bien compris, Marlène à trois sortes de spike-ins sur lesquels elle voudrais pouvoir normaliser avec une médiane des trois.Si j'ai bien compris, Marlène à trois sortes de spike-ins sur lesquels elle voudrais pouvoir normaliser avec une médiane des trois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2831bug lors des click sur les locus pour les switcher2019-01-10T15:21:23+01:00Thonier Florianbug lors des click sur les locus pour les switcherLorsque l'on click sur les locus (demo-lil3 , TP), les clones sont correctement caché, cependant, on n'a pas de retour sur la div du locus qui ne se grise pas.
En revanche, si on switch l'ensemble des locus (ds ce cas les TRG et les IG...Lorsque l'on click sur les locus (demo-lil3 , TP), les clones sont correctement caché, cependant, on n'a pas de retour sur la div du locus qui ne se grise pas.
En revanche, si on switch l'ensemble des locus (ds ce cas les TRG et les IGH), on a bien les div qui se grisent.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2832le graph timeline ne se remplit plus si on switch les locus2019-01-10T15:21:23+01:00Thonier Florianle graph timeline ne se remplit plus si on switch les locuslié à #2831 (possiblement).
Lorsque l'on switch tous les locus, on n'a plus de clones a afficher dnas la timeline.
*
si on click de nouveau pou ractiver un locus, le graph timeline ne se templit plus.
Verifier comment reproduire ce ...lié à #2831 (possiblement).
Lorsque l'on switch tous les locus, on n'a plus de clones a afficher dnas la timeline.
*
si on click de nouveau pou ractiver un locus, le graph timeline ne se templit plus.
Verifier comment reproduire ce bug car pas certain de la démarche.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2833le gif de chargement tourne en boucle2017-11-21T17:09:44+01:00Ghost Userle gif de chargement tourne en bouclele gif de chargement tourne en boucle durant toute l'utilisation de vidjille gif de chargement tourne en boucle durant toute l'utilisation de vidjilhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2834Explication sur les alerte en selected reads2017-11-21T17:10:24+01:00Thonier FlorianExplication sur les alerte en selected readsLors que l'on switch un locus dnas le demo (par exemple si on desactive le TRG), on ne voit plus que les IGH, qu irepresentent 20% des reads.
On se retrouve avec une alerte `!` sur le selected locus qui n'a aucun sens.Lors que l'on switch un locus dnas le demo (par exemple si on desactive le TRG), on ne voit plus que les IGH, qu irepresentent 20% des reads.
On se retrouve avec une alerte `!` sur le selected locus qui n'a aucun sens.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2835Barre de défilement dans le segmenteur sous Safari2021-11-26T11:47:44+01:00Ghost UserBarre de défilement dans le segmenteur sous Safarisous safari sur le mac de l'équipe la bar de défilement dans le segmenteur n'apparait passous safari sur le mac de l'équipe la bar de défilement dans le segmenteur n'apparait pas2021-11-19https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2836Profils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses2023-03-28T16:11:14+02:00Thonier FlorianProfils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre ...(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre les differents utilisateur d'un même groupe ( ~"LIL-Lille" compte inclure ces paramètre dans la descrition de leur protocole ! )
La solution la plus simple serait peut-être d'avoir un cookie qui gère les setting pour les enregistrer.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2838Pouvoir unifier le short_name et l'affichage des insert2018-08-07T09:13:18+02:00Thonier FlorianPouvoir unifier le short_name et l'affichage des insertUne remaque d'Aurélie à ~"LIL-Lille" lié à #2789: Elle trouve plus propre d'avoir une clone name où les insert sont unifié (remarque qui n'est pas partagé par Nathalie).
Du coup, on revient à ce qui était proposé au début de cette tâche...Une remaque d'Aurélie à ~"LIL-Lille" lié à #2789: Elle trouve plus propre d'avoir une clone name où les insert sont unifié (remarque qui n'est pas partagé par Nathalie).
Du coup, on revient à ce qui était proposé au début de cette tâche. On ne peux pas imaginer avec une autre option de setting pour ce format ?
PS : je creer une autre tâche que la #2789 car il s'agit ici de proposer une option dans le setting et non pas de la valeur seuil.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2839Tuto : déplacer l'utilisation des shortcut H et G2020-09-28T00:25:10+02:00Thonier FlorianTuto : déplacer l'utilisation des shortcut H et GAu cours du TP, plusieurs utilisateurs n'ont pas pu utiliser les shortcut H et G comme demandé car il n'y avait pas d'effet.
Si on recharge la page, on retrouve un fonctionnement normal.
La source du bug est peut-être a chercher dans...Au cours du TP, plusieurs utilisateurs n'ont pas pu utiliser les shortcut H et G comme demandé car il n'y avait pas d'effet.
Si on recharge la page, on retrouve un fonctionnement normal.
La source du bug est peut-être a chercher dans l'une des étapes du TPhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2840A quoi sert le bouton tag visibility ?2018-02-16T12:10:55+01:00Thonier FlorianA quoi sert le bouton tag visibility ?En dessous du slider de filter clone, nous avons un boutton `tag visibility`.
A priori il n'y a aucune action attachée à ce bouton, et aucun effet si on clique dessus.
S'agit-il d'une reminiscence du passé ou est-il sensé avoir une fo...En dessous du slider de filter clone, nous avons un boutton `tag visibility`.
A priori il n'y a aucune action attachée à ce bouton, et aucun effet si on clique dessus.
S'agit-il d'une reminiscence du passé ou est-il sensé avoir une fonction. Si tel est le cas, il n'est pas forcement très explicite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2841cluster par v/5' et j/3' ne marche qu'en partie2021-11-16T17:26:48+01:00Ghost Usercluster par v/5' et j/3' ne marche qu'en partieavec demo LIL 3 :
pour le v/5'
![Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3__tutorial___multi+inc+xxx_](/uploads/0ac9ce13d4646c865069515fb536c0fc/Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3__tutorial___multi+inc+xxx_.png)
pour le j/3'
![Screenshot-2017-11...avec demo LIL 3 :
pour le v/5'
![Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3__tutorial___multi+inc+xxx_](/uploads/0ac9ce13d4646c865069515fb536c0fc/Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3__tutorial___multi+inc+xxx_.png)
pour le j/3'
![Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3_j3__tutorial___multi+inc+xxx_](/uploads/005c0b5c0768717be5bbedc77cf587ae/Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3_j3__tutorial___multi+inc+xxx_.png)
le clustering par V/5'et j/3' ne marche pas completement, ca donne l'impression que le traitement commence, a le bon comportement puis s'arrète en cour de route.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2842le color by reste sur la dernière valeur selectionnée lors d'un reload de la ...2017-11-29T13:46:13+01:00Thonier Florianle color by reste sur la dernière valeur selectionnée lors d'un reload de la page (mais ne l'applique pas)Une remarque que je m'étais déjà faite (mais pas retrouvé de tâche la dessus...)
Si on choisit un `color by` et que l'on recharge la page, on reste sur cette valeur qui est selectionnée. A la rigueur ce n'est pas forcement dérangeant ( ...Une remarque que je m'étais déjà faite (mais pas retrouvé de tâche la dessus...)
Si on choisit un `color by` et que l'on recharge la page, on reste sur cette valeur qui est selectionnée. A la rigueur ce n'est pas forcement dérangeant ( cf #2836). Cependant, on montre cette valeur comme active, mais elle n'est pas appliquée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2843La valeur des paramètres n'est pas forcement celle appliquée lors d'un charge...2022-06-22T10:02:08+02:00Thonier FlorianLa valeur des paramètres n'est pas forcement celle appliquée lors d'un chargement d'analyselié à #2842:
lors d'un chargement d'un fichier et de son analyse, on se retrouve parfois avec les settings qui ont été enregistrés et sauvegardés dans le `analysis` (il me semble), cependant, on ne positionne pas les settings sur cett...lié à #2842:
lors d'un chargement d'un fichier et de son analyse, on se retrouve parfois avec les settings qui ont été enregistrés et sauvegardés dans le `analysis` (il me semble), cependant, on ne positionne pas les settings sur cette valeur ce qui provoque une discordance.
Il faut donc modifier lors du chargement d'une analyse la valeur du setting.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2845Un focus sur un clone mergé ne permet plus de voir ces sous-clone dans le grid2022-06-21T18:22:20+02:00Thonier FlorianUn focus sur un clone mergé ne permet plus de voir ces sous-clone dans le gridUne histoire de comportement a trancher avant de le corriger :
Un utilisateur a pris plusieurs clones qui ont été mergés. Dans un second temps, l'utilisateur a fait un focus/hide pour n'afficher que celui-ci. Cependant, l'utilisateur s...Une histoire de comportement a trancher avant de le corriger :
Un utilisateur a pris plusieurs clones qui ont été mergés. Dans un second temps, l'utilisateur a fait un focus/hide pour n'afficher que celui-ci. Cependant, l'utilisateur s'attend à pouvoir cliquer sur le clone et montrer tous ces sous-clones comme dans le grid classique.
J'imagine que l'on fait un filtre sur les clones lors d'un `hide`/`focus` qui empêche l'affichage de ces sous-clones non ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2846Le cluster par V ne marche pas2021-11-16T16:51:53+01:00Thonier FlorianLe cluster par V ne marche pasIl s'agit d'un bug vu au cours du TP.
Un simple refresh de la page permet de retrouvé un comportement normal.
Le `cluster by V` ne marche plus. Aucune idée de la raison, mais je présume encore qu'il s'agit d'un appel à une fonction tier...Il s'agit d'un bug vu au cours du TP.
Un simple refresh de la page permet de retrouvé un comportement normal.
Le `cluster by V` ne marche plus. Aucune idée de la raison, mais je présume encore qu'il s'agit d'un appel à une fonction tierce au cours du TP qui fait planté la suite.
A voir pour reproduire le comportement et isolé la fonction incriminée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2847Problème avec align quand on change de patient : `this.sequence` dans Segmen...2018-04-05T09:51:21+02:00Thonier FlorianProblème avec align quand on change de patient : `this.sequence` dans Segmenter n'est pas mise à jourUne remarque de ~"LIL-Lille" : de temps en temps, la fonction alignement ne fonctionne pas. Je présume qu'il doit s'agir d'un problème dnas l'accès au fichier CGI, ou bien d'un timeout dependant de leur réseau. Il faudrait avoir un log q...Une remarque de ~"LIL-Lille" : de temps en temps, la fonction alignement ne fonctionne pas. Je présume qu'il doit s'agir d'un problème dnas l'accès au fichier CGI, ou bien d'un timeout dependant de leur réseau. Il faudrait avoir un log qui correspond dans ce cas.
Sinon, rechercher l'origine de l'erreur, mais a priori completement aléatoire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2848Avoir l'info du login/logout toujours visible en haut à droite2020-11-19T12:02:20+01:00Thonier FlorianAvoir l'info du login/logout toujours visible en haut à droiteL'idée ici est de ne pas passer par l'ouverture de la DB pour se déconnecter. De plus, avoir une vue rapide sur l'utilisateur que l'on est (cas d'un labo avec un pc servant à plusieurs tech par exemple).
Cette information pourrait se t...L'idée ici est de ne pas passer par l'ouverture de la DB pour se déconnecter. De plus, avoir une vue rapide sur l'utilisateur que l'on est (cas d'un labo avec un pc servant à plusieurs tech par exemple).
Cette information pourrait se trouver dans la barre de menu, à droite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2849Incident 2017-11-22 : Upload impossible ?2018-02-16T12:10:55+01:00Mathieu GiraudIncident 2017-11-22 : Upload impossible ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2850clique sur les bouton cluster by n'enleve pas le clustering2017-11-22T10:19:12+01:00Ghost Userclique sur les bouton cluster by n'enleve pas le clusteringquand on clique sur cluster by v/5 ou j/3 le clustering se fait. Quand on reclique sur le meme bouton il ne se passe rien le meilleur comportement ne devrait il pas etre deuxieme clique annule le clustering ?quand on clique sur cluster by v/5 ou j/3 le clustering se fait. Quand on reclique sur le meme bouton il ne se passe rien le meilleur comportement ne devrait il pas etre deuxieme clique annule le clustering ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2851Coût de segmentation : pas de coût spécifique aux homopolymères par défaut2024-02-06T09:55:42+01:00Mikaël SalsonCoût de segmentation : pas de coût spécifique aux homopolymères par défautHistoriquement on a un coût dû aux homopolymères car à Lille, ils utilisent des séquenceurs Ion Torrent/Proton.
EM vient de faire une présentation disant qu'on loupe de `Dd3`, peut-être à cause des `GGGG`. Or nos coûts permettent effect...Historiquement on a un coût dû aux homopolymères car à Lille, ils utilisent des séquenceurs Ion Torrent/Proton.
EM vient de faire une présentation disant qu'on loupe de `Dd3`, peut-être à cause des `GGGG`. Or nos coûts permettent effectivement de passer beaucoup plus facilement à côté de ce genre de séquences.
Il n'y a pas de raison qu'on conserve ce coût spécifique.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2852"Satellites" et clustérisation2017-11-22T11:35:15+01:00Mathieu Giraud"Satellites" et clustérisationFred ~"Paris-Pitié" : à quel point des satellites sont-ils des artefacts ou de "intra-clonal" diversity ?
Voir aussi #1322.Fred ~"Paris-Pitié" : à quel point des satellites sont-ils des artefacts ou de "intra-clonal" diversity ?
Voir aussi #1322.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1013Bascule entre plusieurs jeux de données, on doit se souvenir des .analysis et...2019-03-19T18:38:25+01:00Vidjil TeamBascule entre plusieurs jeux de données, on doit se souvenir des .analysis et des paramètres d'affichage (nb de clones, vue en cours)En ce moment, si on fait des réglages (que ce soit des fusions de clones ou autre), on perd tout si on va voir un autre jeu de données.
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Faudrait-il sauvegarder dans .analysis les différents paramètres ?
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Doublon "Proposer de sauve...En ce moment, si on fait des réglages (que ce soit des fusions de clones ou autre), on perd tout si on va voir un autre jeu de données.
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Faudrait-il sauvegarder dans .analysis les différents paramètres ?
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Doublon "Proposer de sauvegarder l'analyse avant de changer de fichier (pour éviter de perdre des heures de travail)"
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Quand on bascule entre plusieurs jeux, cela doit être transparents, sans proposer à l'utilisateur (scénario: on discute de plusieurs patients, on fait des aller-retours entre 2-3 jeux... ce n'est qu'à la fin qu'on sauvegarde, ou toujours en arrière-plan ?)
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Voir aussi la tâche "Stockage des préférences" #878
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normalisé ou pas, avec quel clone
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/988Dégradé gris léger "résolution d'affichage" pour chaque sample2020-02-25T19:30:46+01:00Vidjil TeamDégradé gris léger "résolution d'affichage" pour chaque sampleAfficher une zone grise se terminant au plus bas du clone « top » (dépendant donc du nb de clones affichés).
(Et donc on comprend mieux comment fonctionne le slider : tout clone qui est à un point en dehors de ces zones grises est affic...Afficher une zone grise se terminant au plus bas du clone « top » (dépendant donc du nb de clones affichés).
(Et donc on comprend mieux comment fonctionne le slider : tout clone qui est à un point en dehors de ces zones grises est affiché.)
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Priorité remontée (question Alice de Rennes)
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Celle-là est moins facile. On t'expliquera demain.
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Ping aussi : comment faire cela si le top est par système ? #1382
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@Cyanael @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/971sélection rectangulaire sur le graph, pb si on dépasse du bord2018-11-20T09:22:02+01:00Vidjil Teamsélection rectangulaire sur le graph, pb si on dépasse du bordJe vois au moins un bug :
Si on dépasse du graphe, lacher le bouton ne fait rien.
Cela rend difficile (voire impossible) la sélection de paquets près du "bord"
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mvoui ?
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@RyanHerb @DuezJe vois au moins un bug :
Si on dépasse du graphe, lacher le bouton ne fait rien.
Cela rend difficile (voire impossible) la sélection de paquets près du "bord"
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mvoui ?
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/915Calculer valeur entière d'un k-mer à partir de la précédente et non pas recal...2020-02-21T21:20:02+01:00Vidjil TeamCalculer valeur entière d'un k-mer à partir de la précédente et non pas recalculer from scratchnon, difficile pour spaced seeds
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Même dans le cas d'une graine espacée, cela peut se faire en O(1), en stockant juste un buffer plein, sans les espaces, en faisant évoluer le buffer à chaque caractère, puis en appliquant le masque qu...non, difficile pour spaced seeds
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Même dans le cas d'une graine espacée, cela peut se faire en O(1), en stockant juste un buffer plein, sans les espaces, en faisant évoluer le buffer à chaque caractère, puis en appliquant le masque qu'il faut pour avoir la valeur. On passerait de O(nk) à O(n).
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kmerstore.h : getResults (rigolo, actuellement pas du tout la même implémentation pour Map et Array, pourquoi ?)
- buffer = (buffer << 2) && xx || yy
- kmer = buffer && zz
... mais après il reste dans kmer des trous à zéro.
Enlever ces zéros n'est pas si facile et revient, dans le cas le pire, en O(k).
Une autre solution est de laisser ces zéros, ce qui fait juste "gâcher" 4x d'espace par joker pour le ArrayKmerStore (et rien pour le MapKmerStore). Jouable, non ?
Mais seul un esprit supérieurement templatisé réussira à faire cela...
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(et le "gâchis" est le même que celui induit par les jokers dans Aho)
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> kmerstore.h : getResults (rigolo, actuellement pas du tout la même implémentation pour Map et Array, pourquoi ?)
eb031bf2 et f7f1690
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branch spaced
Ne marche pas encore
Voir par exemple
sh should-to-tap.sh multi-short-affects.should_get
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2853Différencier les réarrangements incomplets et pseudo-incomplets2018-12-12T10:52:33+01:00Mikaël SalsonDifférencier les réarrangements incomplets et pseudo-incompletsSuggéré par Dai lors du VW.
On pourrait effectivement différencier un vrai réarrangement incomplet (dans lequel on doit avoir la région amont du D) d'un pseudo-incomplet dans lequel le read est juste trop court ou il n'y a pas assez d'i...Suggéré par Dai lors du VW.
On pourrait effectivement différencier un vrai réarrangement incomplet (dans lequel on doit avoir la région amont du D) d'un pseudo-incomplet dans lequel le read est juste trop court ou il n'y a pas assez d'info pour trouver le V.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2854Tuto : questions et remarques diverses2017-11-22T12:55:30+01:00Tatiana RocherTuto : questions et remarques diversesCertaines options du tuto ont amenées des questions -> explication à mettre dans le tuto :
- A partir de quel seuil de read analysés apparait le panneau de chantier "attention" ? #2864
- A soit sert-il de cacher seulement les allèles *01...Certaines options du tuto ont amenées des questions -> explication à mettre dans le tuto :
- A partir de quel seuil de read analysés apparait le panneau de chantier "attention" ? #2864
- A soit sert-il de cacher seulement les allèles *01 ? #2863
- Pourquoi ces noms pour les couleurs ? #2862
- A quoi sert le '+' de IGH+ ? #2861
D'autres points sont plus sur le tuto lui même :
- les annotations dans la marge sont trop petites #2865
- le nom "read" est considéré comme masculin dans la communauté -> changer les accords #2866
- nous n'avons pas trouvé les clones V11-J3 hier (alors que @aurelBZH l'a fait sans problème la veille) #2867 https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2856Plusieurs configurations pour les coûts2017-11-27T18:44:26+01:00Mathieu GiraudPlusieurs configurations pour les coûtsJ'ai une vague impression que l'on entend deux objectifs contradictoires, qui peuvent dépendre des applications :
- d'un côté, on peut vouloir détecter plus de D (et donc 'plus longs') #1879, #2002, #2298
- de l'autre, on peut préférer...J'ai une vague impression que l'on entend deux objectifs contradictoires, qui peuvent dépendre des applications :
- d'un côté, on peut vouloir détecter plus de D (et donc 'plus longs') #1879, #2002, #2298
- de l'autre, on peut préférer que les V ne soient 'pas trop longs' au niveau de la jonction, #2124, #2825 (et #1408 #1412)
Cela me semblerait bizarre d'étendre au plus les D et de restreindre les V/J.
Si nous n'arrivons pas à tout faire en un seul coup/coût, peut-être qu'une solution serait d'avoir deux configurations (que ce soit ~"cpp-options" ou ~"server-config"). On pourrait en profiter pour être, d'un côté, vraiment stringeant, et, de l'autre, vraiment tolérant.
Au passage, nouveau label ~"cpp-costs", peut-être similaire à ~"bio-e-value", mais pas toujours. En tout cas certaines issues ~"cpp-finesegmenter" / ~"cpp-finesegmenter-D" ne sont pas ~"cpp-costs".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2857Rapport personnalisé2017-11-22T16:02:38+01:00Tatiana RocherRapport personnaliséDemandé en TP par Paris Debré :
Pouvoir avoir une liste à cocher pour sélectionner les infos à mettre dans le rapport.Demandé en TP par Paris Debré :
Pouvoir avoir une liste à cocher pour sélectionner les infos à mettre dans le rapport.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2858Rapport : découpage des séquences par IMGT et Vidjil2017-11-22T16:05:33+01:00Tatiana RocherRapport : découpage des séquences par IMGT et VidjilDemandé par Paris Debré :
Pourvoir avoir les découpages V-D-J de Vidjil et IMGT dans le rapport.Demandé par Paris Debré :
Pourvoir avoir les découpages V-D-J de Vidjil et IMGT dans le rapport.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2859Terminologie des locus : documenter le +2023-03-28T16:48:53+02:00Mathieu GiraudTerminologie des locus : documenter le +@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorial@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorialWeb 2021.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2860Avoir une probabilité, pour chaque nucléotide, d'être dans un V, un D ou un J2020-11-13T20:08:43+01:00Mikaël SalsonAvoir une probabilité, pour chaque nucléotide, d'être dans un V, un D ou un JAvec les discussions sur où doit -on arrêter un V, un D ou un J, je me pose la question de donner des réponses plus floues que cela.
On pourrait dire que tel nucléotide a 10% de chances d'être dans un D. Ensuite la webapp peut montrer c...Avec les discussions sur où doit -on arrêter un V, un D ou un J, je me pose la question de donner des réponses plus floues que cela.
On pourrait dire que tel nucléotide a 10% de chances d'être dans un D. Ensuite la webapp peut montrer cela (avec une couleur plus ou moins forte), et l'afficher différemment selon les préférences de l'utilisateur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2861Tuto : signification du '+' dans IGH+2017-11-23T00:05:56+01:00Tatiana RocherTuto : signification du '+' dans IGH+Expliquer ce que ça veut dire.Expliquer ce que ça veut dire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2862Tags et couleurs2019-10-21T15:05:46+02:00Tatiana RocherTags et couleursPourquoi nommer les couleurs `clone 1`, `clone 2`, ... ?
Cela fait poser des questions lors du tuto.Pourquoi nommer les couleurs `clone 1`, `clone 2`, ... ?
Cela fait poser des questions lors du tuto.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2863Tuto : allèle "only not *01"2020-09-28T00:25:10+02:00Tatiana RocherTuto : allèle "only not *01"Expliquer dans le tuto à quoi il sert de cacher seulement les allèles *01.Expliquer dans le tuto à quoi il sert de cacher seulement les allèles *01.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2864Doc/Tuto : à partir de quel seuil apparaissent les warnings ?2020-09-18T11:34:20+02:00Tatiana RocherDoc/Tuto : à partir de quel seuil apparaissent les warnings ?A expliquer dans la doc et dans le tuto.
Question posée par ~"PAR-Debré"A expliquer dans la doc et dans le tuto.
Question posée par ~"PAR-Debré"