vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-01-25T09:40:58+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5018Alignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correct2023-01-25T09:40:58+01:00Mikaël SalsonAlignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correctQuand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoi...Quand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoie bien des tirets pour toutes les séquences.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5001Graph timeline, pas de mise à jour de l'aspect des lignes après séléction par...2022-04-27T14:02:41+02:00Thonier FlorianGraph timeline, pas de mise à jour de l'aspect des lignes après séléction par labelUn cas clair ici: https://app.vidjil.org/48803-25? (mais valable partout).
On ouvre la page, on clique sur l'étiquette `IGH D7` dans le scatterplot.
On devrait voir toutes les lignes correspondantes dans timeline changer pour se mettre...Un cas clair ici: https://app.vidjil.org/48803-25? (mais valable partout).
On ouvre la page, on clique sur l'étiquette `IGH D7` dans le scatterplot.
On devrait voir toutes les lignes correspondantes dans timeline changer pour se mettre en pointillées, or ce n'est pas le cas.
Si on survole les lignes, les clonotypes dans le scatterplot ou bien la liste de clones, nous avons bien une mise à jour correct qui se fait alors.
Probablement un refresh manquant lors de la sélection par l'étiquette.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4945La qualité ne s'affiche pas dans l'aligneur2022-02-02T17:23:25+01:00Thonier FlorianLa qualité ne s'affiche pas dans l'aligneurCeci n'est pas valable pour toutes les analyses, mais on en trouve une occurrence reproductible [ici](https://app.vidjil.org/49850-25?).
Je me demande si ce n'est pas lié à la présence d'un seul locus. J'ai un vague souvenir d'un compor...Ceci n'est pas valable pour toutes les analyses, mais on en trouve une occurrence reproductible [ici](https://app.vidjil.org/49850-25?).
Je me demande si ce n'est pas lié à la présence d'un seul locus. J'ai un vague souvenir d'un comportement anormal dans ces cas là...
Il y a parfois une erreur dans la console, mais comme elle n'est pas constante, je ne sais pas si c'est lié. c'est quelque chose du genre `getElementById return null`.
De plus, on a aussi un effet de bord avec une mauvaise positions des mutations en cas d'alignement. La mutation est toujours décalé d'une position comme sur l'image.
![Screenshot_20220202_163346](/uploads/35190b042421aa6627a3be4eb401d9c8/Screenshot_20220202_163346.png)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4893Erreur de clé étrangère sur sample_set_membership2021-11-03T18:25:14+01:00Mikaël SalsonErreur de clé étrangère sur sample_set_membershipOn a eu deux erreurs serveurs consécutives avec le message :
```
<class 'gluon.contrib.pymysql.err.IntegrityError'> (1452, u'Cannot add or update a child row: a foreign key constraint fails (`vidjil`.`sample_set_membership`, CONSTRAIN...On a eu deux erreurs serveurs consécutives avec le message :
```
<class 'gluon.contrib.pymysql.err.IntegrityError'> (1452, u'Cannot add or update a child row: a foreign key constraint fails (`vidjil`.`sample_set_membership`, CONSTRAINT `sample_set_membership_ibfk_1` FOREIGN KEY (`sample_set_id`) REFERENCES `sample_set` (`id`) ON DELETE SET NULL)')
```
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/file.py", line 564, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/file.py", line 310, in submit
link_to_sample_sets(fid, id_dict)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/file.py", line 55, in link_to_sample_sets
db.sample_set_membership.bulk_insert(arr)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/objects.py", line 874, in bulk_insert
self, [el.op_values() for el in data])
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/adapters/base.py", line 795, in bulk_insert
return [self.insert(table, item) for item in items]
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/adapters/base.py", line 487, in insert
raise e
```
Utilisatrice 344, le 3/11 à 18h15 et 18h16.
Investiguer sur quel sample set cela s'est produit et pourquoi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4892Aligneur, disparition des clonotype lors d'une suppression2021-10-29T16:12:31+02:00Thonier FlorianAligneur, disparition des clonotype lors d'une suppressionLorsque l'on supprime un clonotype de la liste de l’aligneur, les descriptions à gauche disparaissent. Elles réapparaissent si on bouge un peu les séquence.
Probablement juste un refresh nécessaire.Lorsque l'on supprime un clonotype de la liste de l’aligneur, les descriptions à gauche disparaissent. Elles réapparaissent si on bouge un peu les séquence.
Probablement juste un refresh nécessaire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4834Notification indésirable2021-09-09T18:54:32+02:00Mikaël SalsonNotification indésirableLa notification « Maintenance starts at 17:30 » m'est affichée alors que sa date d'expiration est le 8/09.La notification « Maintenance starts at 17:30 » m'est affichée alors que sa date d'expiration est le 8/09.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4833Erreurs client .js2021-09-09T18:42:05+02:00Mathieu GiraudErreurs client .jsSur vidjil.log, on voit fréquemment des rapports d'erreur client pour `scatterplot.updateClone()` et `ScatterPlot.pdateCloneSize`
ping #3745Sur vidjil.log, on voit fréquemment des rapports d'erreur client pour `scatterplot.updateClone()` et `ScatterPlot.pdateCloneSize`
ping #3745https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4798Impossible de faire des compare entre sets2021-06-15T10:10:13+02:00Thonier FlorianImpossible de faire des compare entre setsIl semble qu'il y ai un problème dans la dernière release pour faire des compare sample entre sets.
Je viens de tester de reproduire le bug remonté et il est entièrement reproductible.
Nous avons dans ce cas la variable `sample_set_id`...Il semble qu'il y ai un problème dans la dernière release pour faire des compare sample entre sets.
Je viens de tester de reproduire le bug remonté et il est entièrement reproductible.
Nous avons dans ce cas la variable `sample_set_id` qui reste à `None`, contrairement au cas ou nous passons depuis l'intérieur d'un set.
Cette valeur None provoque une erreur dans l'appel à `myUrl.loadCustomUrl(db, { 'sample_set_id':None })`.
Nous avons probablement touché à ce point lors de l'ajout de la possibilité d'ouvrir un résultat seul.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4794Plus de redimensionnement de la grille/graph2021-09-10T11:44:29+02:00Mikaël SalsonPlus de redimensionnement de la grille/graphJ'avais constaté il y a quelques semaines qu'on ne peut plus redimensionner la grille ou le graphique (ce qui était possible en déplaçant l'axe horizontal qui les sépare).
Si c'est volontaire, j'ai loupé cela, car c'est très gênant sur u...J'avais constaté il y a quelques semaines qu'on ne peut plus redimensionner la grille ou le graphique (ce qui était possible en déplaçant l'axe horizontal qui les sépare).
Si c'est volontaire, j'ai loupé cela, car c'est très gênant sur un petit écran, a fortiori maintenant que l'aligneur prend plus de place.
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4790Les clones ne sont plus affichés dans l'aligneur si on passe par une url2021-05-07T11:34:54+02:00Thonier FlorianLes clones ne sont plus affichés dans l'aligneur si on passe par une urlJe viens de m'apercevoir que si nous passons par une url, les séquences des clones ne sont pas affichées dans l'aligneur. En revanche, nous avons bien les autres informations dessus (noms, tailles, ...).
Au chargement, on les voit brièv...Je viens de m'apercevoir que si nous passons par une url, les séquences des clones ne sont pas affichées dans l'aligneur. En revanche, nous avons bien les autres informations dessus (noms, tailles, ...).
Au chargement, on les voit brièvement apparaître avant de disparaître lors du chargement des graphiques. Probablement un nettoyage fait au cour de l'initialisation de ces vues qui efface les séquences.
Exemple sur LIL-L3: https://app.vidjil.org/3241-32?patient=68&clone=4,5,112,124
Aucune erreur dans les logs, et aucun moyen de contourner le problème sans désélectionner les clonotypes.
cc @magiraud @Zeudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4789Bug des clones de distributions parfois non cachés2021-05-07T15:01:30+02:00Thonier FlorianBug des clones de distributions parfois non cachésSuite à la release, je viens de tombé sur un bug embêtant. Les clones de distributions reste présents sur le graph.
Sur demo-LIL-L3: https://app.vidjil.org/3241-25?plot=primers,J/3%27%20gene,bar
Si on switch entre le preset 4 (genesca...Suite à la release, je viens de tombé sur un bug embêtant. Les clones de distributions reste présents sur le graph.
Sur demo-LIL-L3: https://app.vidjil.org/3241-25?plot=primers,J/3%27%20gene,bar
Si on switch entre le preset 4 (genescan) et 15 (primers), on a les clones de distributions qui reste visibles sans bouger.
Le bug semble n'être présent que lorsque je switch du preset 4 au 15. Pour tous les autres, ils s'effacent.
Le preset 4 est le seul a affiché des clones de distributions pour le moment.
PS; **non c'est aussi valable si on passe de 4 à 5** par exemple, les deux étant en mode `bar`, mais ça disparaît si entre les deux on passe en mode scatterplot (par exemple le preset 1).
Il n'y a pas d'erreur dans la console.
Je ne sais pas si provoqué par la nouvelle release web `2021.05`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4779Sélection rectangulaire de clone undefined sélectionne trop de clones2021-04-29T09:53:08+02:00Mikaël SalsonSélection rectangulaire de clone undefined sélectionne trop de clonesIci : https://health.vidjil.org/2518-2?clone=1220
Quand on sélectionne le clone 1220 via une sélection rectangulaire (en ne prenant que celui-ci), on se retrouve avec 1+58273 clones (!). En le sélectionnant en cliquant uniquement sur lu...Ici : https://health.vidjil.org/2518-2?clone=1220
Quand on sélectionne le clone 1220 via une sélection rectangulaire (en ne prenant que celui-ci), on se retrouve avec 1+58273 clones (!). En le sélectionnant en cliquant uniquement sur lui on a bien qu'un seul clone.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4753Warning s'affiche sur un coverage faible alors que ce n'est pas le coverage p...2021-04-08T18:56:34+02:00Mikaël SalsonWarning s'affiche sur un coverage faible alors que ce n'est pas le coverage pris par fuseSur un sample set avec plusieurs échantillons, dans l'un des échantillons le clone principal a un coverage faible. Du coup le warning est affiché alors que ce n'est pas la séquence consensus prise par le fuse. Le warning induit ici en er...Sur un sample set avec plusieurs échantillons, dans l'un des échantillons le clone principal a un coverage faible. Du coup le warning est affiché alors que ce n'est pas la séquence consensus prise par le fuse. Le warning induit ici en erreur.
https://app.vidjil.org/31213-2?clone=0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4718Export des données : exporter les sample sets dans l'ordre de leur création2022-02-09T14:42:05+01:00Mikaël SalsonExport des données : exporter les sample sets dans l'ordre de leur créationAprès l'export de données de certains utilisateurs (vdj#1166), les sample sets ne sont pas dans l'ordre de leur création mais dans un ordre qui semble arbitraire.Après l'export de données de certains utilisateurs (vdj#1166), les sample sets ne sont pas dans l'ordre de leur création mais dans un ordre qui semble arbitraire.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4709Erreur sur la variable system2021-02-19T15:36:25+01:00Thonier FlorianErreur sur la variable systemJ'ai fait hier quelques essais sur les focntion du `crossdomain.js` et je suis tombé sur une erreur, que ce soit sur app ou mon localhost. J'ai parfois la variable system qui n'est pas défini et dans ce cas on ne peut pas envoyé les doné...J'ai fait hier quelques essais sur les focntion du `crossdomain.js` et je suis tombé sur une erreur, que ce soit sur app ou mon localhost. J'ai parfois la variable system qui n'est pas défini et dans ce cas on ne peut pas envoyé les donénes à desservices tiers.
Pour résoudre rapidement le souci, il suffit de changer de sample et ça repart.
Mais on peut reproduire le bug en faisant des sélation de clones. Je n'ai pas encore reproduit exactement la marche pour cette reproduction.
Je regarde un peu plus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4671Erreurs Javascript sur le scatterplot : Cannot set property 's' of undefined2021-04-23T14:02:53+02:00Mikaël SalsonErreurs Javascript sur le scatterplot : Cannot set property 's' of undefinedDe nombreux utilisateurs ont eu ces derniers temps l'erreur suivante :
```
/client/: TypeError: Cannot set property 's' of undefined
at ScatterPlot.updateCloneSize (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:890:16)
at ScatterPlo...De nombreux utilisateurs ont eu ces derniers temps l'erreur suivante :
```
/client/: TypeError: Cannot set property 's' of undefined
at ScatterPlot.updateCloneSize (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:890:16)
at ScatterPlot.updateClone (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:914:22)
at ScatterPlot.updateClones (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:827:18)
at ScatterPlot.update (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:791:18)
at ScatterPlot.resize (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:567:14)
at https://app.vidjil.org/js/view.js:318:22
```
Première occurrence du message le 13/10 (peut-être existait-il avant sous une forme légèrement différente). Elle est survenue chez 14 utilisateurs différents de différents labos.
/cc @duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4618Configuration apparaissant plusieurs fois dans les résultats2020-12-19T13:36:32+01:00Thonier FlorianConfiguration apparaissant plusieurs fois dans les résultatsJe viens de lancer des analyses sur des données d'un run avec la confid `multi+inc`. Je vois plusieurs fois celle-ci apparaître dans les boutons d'accès rapide au résultats.
Sur ce run, j'ai d'abord mis quelques fichiers demo, puis j'a...Je viens de lancer des analyses sur des données d'un run avec la confid `multi+inc`. Je vois plusieurs fois celle-ci apparaître dans les boutons d'accès rapide au résultats.
Sur ce run, j'ai d'abord mis quelques fichiers demo, puis j'ai lancé les analyse avec la config, puis ensuite j'ai modifier ces samples pour les rajouter à un individu.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4585My Account : corriger le compte des samples et le remettre en prod2020-12-10T09:17:28+01:00Mathieu GiraudMy Account : corriger le compte des samples et le remettre en prodSur `dev`, en tant que `user_15`, j'ai uploadé 1 nouveau set avec 4 samples.
My Account m'affiche "sets: 2 (samples: 2)" (j'avais un autre set auparavant).
Surtout, je vois partout un même nombre de "samples" que les sets...
Pour ne pa...Sur `dev`, en tant que `user_15`, j'ai uploadé 1 nouveau set avec 4 samples.
My Account m'affiche "sets: 2 (samples: 2)" (j'avais un autre set auparavant).
Surtout, je vois partout un même nombre de "samples" que les sets...
Pour ne pas bloquer #4562, on pourrait mettre ces infos en dev-mode.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4555Fenêtre info ne s'ouvre pas sur d'anciens samples (avec un custom)2020-11-06T10:59:26+01:00Mikaël SalsonFenêtre info ne s'ouvre pas sur d'anciens samples (avec un custom)Ici https://app.vidjil.org/browser/?custom=2909 la fenêtre info ne s'ouvre pas avec l'erreur :
```
TypeError: this.diversity[key][time].toFixed is not a function
```Ici https://app.vidjil.org/browser/?custom=2909 la fenêtre info ne s'ouvre pas avec l'erreur :
```
TypeError: this.diversity[key][time].toFixed is not a function
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4554Fuse de fichier avec des windows mix de 50 et 60 nt2020-11-06T11:01:24+01:00Thonier FlorianFuse de fichier avec des windows mix de 50 et 60 ntUne question me vient. En routine il y a de cela un temps fort fort lointain, on avait des windows de taille 50, et maintenant nous sommes passé à 60.
Dans ce cas, les nouvelles analyses ne devrait pas être compatible lors du fuse non ?...Une question me vient. En routine il y a de cela un temps fort fort lointain, on avait des windows de taille 50, et maintenant nous sommes passé à 60.
Dans ce cas, les nouvelles analyses ne devrait pas être compatible lors du fuse non ?
De plus, est-ce que l'on test réellement ces comportements de mix inter-version ? Dans le cadre des tests COFRAC des hôpitaux ?