vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-08-28T15:57:38+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2551Faire marcher 'algo/tools' avec la réorganisation Fasta/BAM2017-08-28T15:57:38+02:00Mathieu GiraudFaire marcher 'algo/tools' avec la réorganisation Fasta/BAMSuite à !67, les programmes de `algo/tools` ne compilent plus.Suite à !67, les programmes de `algo/tools` ne compilent plus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2549Sequence unexpected composé de deux fois le même segment2020-05-30T13:27:20+02:00Thonier FlorianSequence unexpected composé de deux fois le même segmentJe viens de lancer une première analyses pour un user. Les résultats ne sont pas probants mais c'était prévu par l'user (reads de 75 nt pour analyser de l'IGH, [résultats](http://app.vidjil.org/browser/?sample_set_id=24139&config=25)).
...Je viens de lancer une première analyses pour un user. Les résultats ne sont pas probants mais c'était prévu par l'user (reads de 75 nt pour analyser de l'IGH, [résultats](http://app.vidjil.org/browser/?sample_set_id=24139&config=25)).
Le souci que j'ai, c'est que quasiment toutes les séquences sont en unxecpeted, et que que celles-ci sont composées de deux fois le même segment alors qu'il s'agit simplement d'un seul segment continu splitté en seg5 et seg3.
Je met ici une séquence type en exemple : [unexpected.fasta](/uploads/65915ddfdc94f6b4ceddac71efba895c/unexpected.fasta)
Il y a la partie seg5, la seg3, et le segment brut.
Lorsque l'on aligne ces trois séquences (seaview, algo clustalO pour ma part), on se rend compte qu'il s'agit en fait du même segment. Il comporte beaucoup d'erreurs cela dit au niveau de la jonction.
Pour ce qui est du fichier, je vais le relancer en multi+inc seulement avant de répondre à l'utilisateur, mais je trouve ce cas de séquences intéressant à partager tout de même.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2548Il manque le premier et dernier axe dans le mod_bar (notament le preset 4)2023-06-29T10:04:03+02:00Thonier FlorianIl manque le premier et dernier axe dans le mod_bar (notament le preset 4)Suite à la correction du bug #2540. @mikael-s c'est aperçu d'un bug:
>En testant sur l'environnement de review j'ai l'impression qu'il manque le premier label (et la ligne correspondante) pour le preset 4 (par exemple) : http://feature-...Suite à la correction du bug #2540. @mikael-s c'est aperçu d'un bug:
>En testant sur l'environnement de review j'ai l'impression qu'il manque le premier label (et la ligne correspondante) pour le preset 4 (par exemple) : http://feature-c-2540-axe-preset-concensus-length.ci.vidjil.org/?data=analysis-example.vidjil
@flothoni
>En effet, il semble manqué l'axe avec une valeur à 0.
Cependant, en remontant pour faire un bisect, je ne trouve pas dans les releases de situation ou ça marche.
Pour rappel, la configuration du preset 4 est `clone average length` par `size`, en représentation `mode_bar`.
C'est d'ailleurs ce dernier point qui pose problème. Quelque soit le preset, dès qu'il s'agit d'un mode bar, j'ai le bug.
Au passage, @mikael-s et @RyanHerb me disait hier qu'il n'avait pas le bug sur certaines release. J'ai pensé à reloader mon cache, mais ça ne marche pas plus. Etiez-vous bien en mode bar ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2545Documenter vmi.js et vmi_mocker.js2023-03-01T15:39:01+01:00Mathieu GiraudDocumenter vmi.js et vmi_mocker.js2017-06-30https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2543Les tests unitaires sur la sélection multiple ne passent pas sous FF452021-11-23T16:36:01+01:00Mikaël SalsonLes tests unitaires sur la sélection multiple ne passent pas sous FF45FF45 est mon navigateur et voici les résultats que j'ai sur ces tests :
```
the selected clone is 'unseg sequence' (test5)@ 147 ms
Expected: "unseg sequence"
Result: "test1"
three clones are selected@ 157 ms
Expected: 3
Result: 0
the...FF45 est mon navigateur et voici les résultats que j'ai sur ces tests :
```
the selected clone is 'unseg sequence' (test5)@ 147 ms
Expected: "unseg sequence"
Result: "test1"
three clones are selected@ 157 ms
Expected: 3
Result: 0
the selected clones are test{1,2,4}@ 158 ms
Expected: [0, 1, 3]
Result: []
```
À quoi est-ce dû ? Quelle est la compatibilité de ces tests ?
cc @hetohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2542Clones qui n'apparaissent pas dans un compare samples2021-11-16T17:32:37+01:00Mikaël SalsonClones qui n'apparaissent pas dans un compare samples~"KIE-Kiel" nous remonte un problème où les clones n'apparaissent pas dans des compare samples (par exemple ici : http://app.vidjil.org/?custom=26292&custom=26293&custom=26294&custom=26295 en se connectant avec l'utilisateur 27).
Je n'a...~"KIE-Kiel" nous remonte un problème où les clones n'apparaissent pas dans des compare samples (par exemple ici : http://app.vidjil.org/?custom=26292&custom=26293&custom=26294&custom=26295 en se connectant avec l'utilisateur 27).
Je n'arrive pas à reproduire ce problème. Quelqu'un l'a ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2540Erreur taille de l'axe dans le preset 32017-10-06T13:59:17+02:00Thonier FlorianErreur taille de l'axe dans le preset 3Un mail nous préviens qu'il y a une erreur depuis peu sur la taille des axes en représentation du preset 3 (clone consensus length/locus).
Je viens de vérifier, et oui il y a en effet des erreur sur la taille.
Je regarde ça de plus prè...Un mail nous préviens qu'il y a une erreur depuis peu sur la taille des axes en représentation du preset 3 (clone consensus length/locus).
Je viens de vérifier, et oui il y a en effet des erreur sur la taille.
Je regarde ça de plus près.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2539Nom de clone renommé invisible dans la liste2021-11-26T15:53:06+01:00Ghost UserNom de clone renommé invisible dans la listeLorsqu'on renomme un clone dans la liste par quelque chose commençant par le caractère `<`, le nom ne s'affiche plus.
Il apparaît tout de même dans le segmenteur et en hover, mais pas dans la `nameBox` de la liste.
Je m'en suis aperçu ...Lorsqu'on renomme un clone dans la liste par quelque chose commençant par le caractère `<`, le nom ne s'affiche plus.
Il apparaît tout de même dans le segmenteur et en hover, mais pas dans la `nameBox` de la liste.
Je m'en suis aperçu pour ce caractère, mais peut-être que d'autres peuvent également provoquer des résultats inattendus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2538Explication des droits d'accès pour les utilisateurs2023-03-01T16:50:16+01:00Mathieu GiraudExplication des droits d'accès pour les utilisateursY a-t-il dans `user.org` une mention des droits ? Et dans le ~client ?
cc @flothoniY a-t-il dans `user.org` une mention des droits ? Et dans le ~client ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2537Échecs de process Vidjil et Fuse2017-06-20T14:44:33+02:00Mikaël SalsonÉchecs de process Vidjil et FuseJe viens de voir dans le `vidjil-debug.log` des échecs pour Prague :
```
2017-06-20 12:27:19 <> None ERROR task.py:534 [26142] c2: 'fuse' FAILED - /mnt/data/prod/result/tmp/out-026142//026142-24015.fused
[…]
2017-06-20 12:27:08 ...Je viens de voir dans le `vidjil-debug.log` des échecs pour Prague :
```
2017-06-20 12:27:19 <> None ERROR task.py:534 [26142] c2: 'fuse' FAILED - /mnt/data/prod/result/tmp/out-026142//026142-24015.fused
[…]
2017-06-20 12:27:08 <> None ERROR task.py:232 [26141] c2: Vidjil FAILED - /mnt/data/prod/result/tmp/out-026141/
```
Peux-tu regarder @flothoni ?
De manière générale, n'hésite pas à jeter un œil au vidjil-debug régulièrement, voir si tout va bien (ça m'arrive aussi de cliquer aléatoirement sur un échantillon pour regarder s'il n'y a rien de bizarre).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2536Faut-il maintenir un groupe vide2017-06-15T14:58:37+02:00Thonier FlorianFaut-il maintenir un groupe videVoilà le situation actuelle :
Un hôpital à 2 groupes, ingénieurs (avec l'ensemble des droits) et techniciens (sans le droits de sauvegarder les analyses)
Le premier comporte plusieurs membres, le second un seul.
On me demande de donne...Voilà le situation actuelle :
Un hôpital à 2 groupes, ingénieurs (avec l'ensemble des droits) et techniciens (sans le droits de sauvegarder les analyses)
Le premier comporte plusieurs membres, le second un seul.
On me demande de donner tous les droits à ce dernier membre. La question est donc de savoir si il vaut mieux que je déplace ce membre dans le groupe ingé qui ont tous les droits, et laisser un groupe vide derrière moi, ou bien de donner le droit manquant à ce second groupe, mais poser des soucis si un nouveau membre s'y rajoute.
Perso, je penche pour la première option. Vous êtes d'accord ?
@mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2535Documenter ce qu'il faut pour un nouveau serveur2020-08-27T12:01:37+02:00Mathieu GiraudDocumenter ce qu'il faut pour un nouveau serveurVoir vdj#6 et vdj#330.
Je crois bien qu'il y avait quelque part des documents pour expliquer ce dont on avait besoin pour un nouveau serveur (que tu avais fait @flothoni à Necker, ou peut-être @RyanHerb) ?
Est-ce tout dans `doc/server....Voir vdj#6 et vdj#330.
Je crois bien qu'il y avait quelque part des documents pour expliquer ce dont on avait besoin pour un nouveau serveur (que tu avais fait @flothoni à Necker, ou peut-être @RyanHerb) ?
Est-ce tout dans `doc/server.org` ? D'autres documents ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2528Positionnement précis des vues2021-11-23T15:17:22+01:00Mathieu GiraudPositionnement précis des vues@heto : on pourrait, avec des overlays, afficher précisément la zone du panel où la vue serait ajoutée. (Voire choisir la zone, avec du drag et drop, ~"!-hard").
Pas le plus urgent pour l'instant.@heto : on pourrait, avec des overlays, afficher précisément la zone du panel où la vue serait ajoutée. (Voire choisir la zone, avec du drag et drop, ~"!-hard").
Pas le plus urgent pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2525"Vidjil is loading": Le bouton login fonctionne-t-il du premier coup ?2018-04-13T15:56:03+02:00Mathieu Giraud"Vidjil is loading": Le bouton login fonctionne-t-il du premier coup ?Aurélie nous signale qu'elle doit parfois cliquer deux fois pour s'identifier... (et j'ai aussi parfois cette impression, sans être vraiment sûr). Est-ce en lien avec #1113 ?
Ou avec des lenteurs du serveur ? Dans ce cas, faire un reto...Aurélie nous signale qu'elle doit parfois cliquer deux fois pour s'identifier... (et j'ai aussi parfois cette impression, sans être vraiment sûr). Est-ce en lien avec #1113 ?
Ou avec des lenteurs du serveur ? Dans ce cas, faire un retour à l'utilisateur qu'un chargement est en cours ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2524Fichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.html2017-07-05T10:46:36+02:00Mathieu GiraudFichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.htmlÉvoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce ...Évoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce type de fichiers.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2523Fichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/...2018-03-06T16:22:03+01:00Mathieu GiraudFichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/index.htmlActuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'es...Actuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'est possible), et/ou une indication quelque part comme quoi ce fichier est "network" (si c'est possible).
prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2522Avoir un retour à l'utilisateur lorsqu'on choisit un fichier "network"2017-07-12T15:09:50+02:00Mathieu GiraudAvoir un retour à l'utilisateur lorsqu'on choisit un fichier "network"Discuté avec Aurélie ce matin.
En mode "network", la sélection d'un fichier dans la fenêtre jstree n'est pas suffisante. Ce serait intéressant (et cohérent avec ce qui se fait sur un fichier habiutel) de recopier le nom du fichier sélect...Discuté avec Aurélie ce matin.
En mode "network", la sélection d'un fichier dans la fenêtre jstree n'est pas suffisante. Ce serait intéressant (et cohérent avec ce qui se fait sur un fichier habiutel) de recopier le nom du fichier sélectionné quelque part.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2521Mettre les noms de famille dans les logs2017-07-07T15:46:09+02:00Mikaël SalsonMettre les noms de famille dans les logsDans les logs, les actions des utilisateurs sont enregistrées avec leur prénom. Mais c'est ambigu (cf. #2518 où il y avait ambiguité sur Aurélie).Dans les logs, les actions des utilisateurs sont enregistrées avec leur prénom. Mais c'est ambigu (cf. #2518 où il y avait ambiguité sur Aurélie).Web 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2520On a moins de 100 clones avec la config MiXCR2023-03-01T16:59:27+01:00Mikaël SalsonOn a moins de 100 clones avec la config MiXCRDemande de Anne :
> Pour les analyse MiXCR je n'ai pas compris pourquoi quand on demande via le filtre de visualiser 100 clones, l'interface en affiche systématiquement moins de 100, même en mettant le curseur à fond.
@RyanHerb une idée ?Demande de Anne :
> Pour les analyse MiXCR je n'ai pas compris pourquoi quand on demande via le filtre de visualiser 100 clones, l'interface en affiche systématiquement moins de 100, même en mettant le curseur à fond.
@RyanHerb une idée ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2519Restes de "patient" pour les sample sets2017-09-12T17:29:01+02:00Mathieu GiraudRestes de "patient" pour les sample setsSuite à #2512, est-ce que quelqu'un peut m'éclairer sur les restes de `patient` dans les vues `sample_set/` ?
---
`sample_set/all.html`
```
{{if auth.can_create_patient():}}
sample_set/all.html-<span class="button2" onclick="db....Suite à #2512, est-ce que quelqu'un peut m'éclairer sur les restes de `patient` dans les vues `sample_set/` ?
---
`sample_set/all.html`
```
{{if auth.can_create_patient():}}
sample_set/all.html-<span class="button2" onclick="db.call('{{=helper.get_add_route()}}')"> + new {{=helper.get_type_display()}} </span>
```
Le droit `create_patient` signifie-t-il bien qu'on a le droit de créer tout type de sample sets ? Il faudrait dans ce cas mettre à jour la doc et renommer ce qui est visible en "create sample sets (patients, runs, ...)"
---
`sample_set/custom.html`
```
<td class="column_200"> patient </td>
```
à changer ?
---
`sample_set/index.html`
```
<td> <a {{if row.sequence_file.data_file == None :}} {{=XML("class='inactive' title='file is missing' ")}}
{{else:}} href="{{=URL('patient','download', scheme='https',
```
Euh ?
---
`sample_set/permission.html`
```
{{if not auth.can_modify_patient(request.vars["id"]) :}}
<div>you need admin access on this patient if you want to change permission </div>
```
Euh ? Permission générique de modifier un sample_set ?
---
cc @RyanHerb, @mikael-s