vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-12-10T10:56:36+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4087Perte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junction2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudPerte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junctionVu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.Vu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4086Améliorer l'efficacité de la liste2019-12-06T16:37:41+01:00Mikaël SalsonAméliorer l'efficacité de la liste@duez : "Lorsqu'on fait un updateElem sur la liste on consulte le DOM pour regarder s'il faut changer des choses : c'est coûteux. L'idée serait de stocker le `div` comme un attribut pour n'accéder au DOM que s'il faut réellement modifier...@duez : "Lorsqu'on fait un updateElem sur la liste on consulte le DOM pour regarder s'il faut changer des choses : c'est coûteux. L'idée serait de stocker le `div` comme un attribut pour n'accéder au DOM que s'il faut réellement modifier l'élément" [Marc n'hésite pas à corriger si j'ai fait un contre sens]https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4085Améliorer l'efficacité de l'aligneur2021-04-08T08:31:50+02:00Mikaël SalsonAméliorer l'efficacité de l'aligneurLorsqu'on sélectionne beaucoup de clones, le segmenteur rame pour les ajouter.
@duez a des idées pour améliorer cela. L'idée serait de précharger toutes les séquences dans le segmenteur (le volume de données et la quantité de tags me fa...Lorsqu'on sélectionne beaucoup de clones, le segmenteur rame pour les ajouter.
@duez a des idées pour améliorer cela. L'idée serait de précharger toutes les séquences dans le segmenteur (le volume de données et la quantité de tags me fait un peu peur, mais Marc a l'air serein !) pour éviter d'avoir à ajouter (et supprimer) plein de choses à la volée.
Des tests à mener, déjà pour voir si une machine modeste tient bien le choc en insérant tout d'un coup.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4084Simplifier les smartUpdate()2019-12-04T15:35:20+01:00Mathieu GiraudSimplifier les smartUpdate()@duez : "les trois fonctions, il pourrait y en avoir déjà deux. Demande du ~"dev-refactor" à plusieurs endroits"@duez : "les trois fonctions, il pourrait y en avoir déjà deux. Demande du ~"dev-refactor" à plusieurs endroits"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4083Pouvoir identifier les vues2019-12-04T15:33:23+01:00Mathieu GiraudPouvoir identifier les vuesSouhaité par @duez
- plusieurs sp ou autres
- debug, important d'afficher des choses
Un type ? Un id ?Souhaité par @duez
- plusieurs sp ou autres
- debug, important d'afficher des choses
Un type ? Un id ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4082Tests fonctionnels client : diminuer (voire supprimer ?) le retry2019-12-04T15:32:57+01:00Mikaël SalsonTests fonctionnels client : diminuer (voire supprimer ?) le retryLe retry est à 2 sur ces tests (donc lancés max 3 fois). La raison est notamment qu'on lançait tous les tests sur tous les navigateurs en même temps. Ce n'est plus le cas. D'autre part une MR récente a aussi amélioré la reproductibilité ...Le retry est à 2 sur ces tests (donc lancés max 3 fois). La raison est notamment qu'on lançait tous les tests sur tous les navigateurs en même temps. Ce n'est plus le cas. D'autre part une MR récente a aussi amélioré la reproductibilité de ces tests (!534).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4081Largeur pour germline en axis2019-12-04T15:29:25+01:00Mathieu GiraudLargeur pour germline en axisVu par @duez : le dénominateur est incorrect, barres trop fines quand l'axe est germlineVu par @duez : le dénominateur est incorrect, barres trop fines quand l'axe est germlinehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4080CloneDB sur clones ayant déjà des warnings2019-12-03T17:50:49+01:00Mathieu GiraudCloneDB sur clones ayant déjà des warningsQuand un clone a déjà un ~"client-warning" , on n'a pas de retour visuel quand on a un match de ~"app-clonedb" dessus. Par exemple, depuis !550 :
> https://vdd.vidjil.org/browser/?set=26912&config=25&clone=8 avec le plus gros clone en I...Quand un clone a déjà un ~"client-warning" , on n'a pas de retour visuel quand on a un match de ~"app-clonedb" dessus. Par exemple, depuis !550 :
> https://vdd.vidjil.org/browser/?set=26912&config=25&clone=8 avec le plus gros clone en IGKV2D-30 du 2è sample
#3135 et priorité des warnings ? #4049 ? Ou séparer emplacement warnings et CloneDB (bof) ?
Au passage, on n'a jamais de retour visuel quand on n'a *pas de match* de ~"app-clonedb"...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4078AIRR Example Files2020-01-10T16:26:08+01:00Mathieu GiraudAIRR Example FilesFor #3673 (and more generally #3591), put 2/3 files in our test suite
- one by vidjil-algo (Demo-X5, perhaps some clones with more than 1 reads ?)
- other from other programs (first MiXCR)For #3673 (and more generally #3591), put 2/3 files in our test suite
- one by vidjil-algo (Demo-X5, perhaps some clones with more than 1 reads ?)
- other from other programs (first MiXCR)Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4077Chargement des distributions trop long ?2020-06-11T15:35:13+02:00Mathieu GiraudChargement des distributions trop long ?@flothoni : "Plus long qu'avant ?"
Par exemple le dernier fichier d'exemple disponible sur les environnements de review, environ 900 clones, 250 réels, 650 de distributions@flothoni : "Plus long qu'avant ?"
Par exemple le dernier fichier d'exemple disponible sur les environnements de review, environ 900 clones, 250 réels, 650 de distributionsDéploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4076Require (or suggest) that a user changes its password on her first login2019-12-02T19:01:01+01:00Mathieu GiraudRequire (or suggest) that a user changes its password on her first loginWhen a user logs for a first time, she should be redirected to the "change password" screen, maybe with a "Welcome to Vidjil!" greeting message.
See also #3367.When a user logs for a first time, she should be redirected to the "change password" screen, maybe with a "Welcome to Vidjil!" greeting message.
See also #3367.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4074Indépendance vue/modèle : des vues vont taper dans d'autres vues2019-11-29T16:45:04+01:00Mikaël SalsonIndépendance vue/modèle : des vues vont taper dans d'autres vues@duez a relevé certaines dépendances entre les URL et le scatterplot (pour connaître les axes en cours). On devrait avoir une indépendance totale et repasser par le modèle à chaque fois.@duez a relevé certaines dépendances entre les URL et le scatterplot (pour connaître les axes en cours). On devrait avoir une indépendance totale et repasser par le modèle à chaque fois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4073Clones de distribution : cacher par tag a-t-il le comportement voulu2022-03-08T11:42:14+01:00Mikaël SalsonClones de distribution : cacher par tag a-t-il le comportement vouluSe rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et cacher tous les clones en cliquant sur le carré gris, permettant de filtrer les tags.
La distribution reste parfaitement identique : les clones gr...Se rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et cacher tous les clones en cliquant sur le carré gris, permettant de filtrer les tags.
La distribution reste parfaitement identique : les clones gris ont été remplacés par des clones de distribution. Est-ce vraiment ce que nous souhaitons ?
Mon avis c'est que c'est perturbant puisque d'autres filtrages (comme hide) n'ont pas cet effet-là.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4072Clones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pas2022-03-08T11:42:14+01:00Mikaël SalsonClones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pasSe rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne s...Se rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne se modifie pas : les clones de distribution sont rassemblées à partir d'une longueur partagée, mais sans égard pour leur locus.
Mais quand on filtre par locus, le nombre de reads change et, du coup, les pourcentages affichés pour les clones de distribution ne sont plus corrects (par exemple n'afficher que les TRG et tous les sélectionner), j'arrive à 167%.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4071Coloration en fonction de la fluctuation d'un clone2021-11-19T11:06:56+01:00Thonier FlorianColoration en fonction de la fluctuation d'un cloneAjouter une coloration en fonction de la fluctuation d'un clone à travers les samples ? Si il augmente (et qu'il a déjà atteint un seuil de X% pour restreindre possiblement aux clones d'intérêts), il a une couleur dédiée. Celle-ci serait...Ajouter une coloration en fonction de la fluctuation d'un clone à travers les samples ? Si il augmente (et qu'il a déjà atteint un seuil de X% pour restreindre possiblement aux clones d'intérêts), il a une couleur dédiée. Celle-ci serait plus ou moins marquée suivant sa valeur courante et/ou s'il augmente de manière régulière sur les 3 derniers points ou si il explose sur le dernier. Idem si il diminue.
Possiblement compliqué sur les critères, cela permettrait de voir facilement un sous clone qui apparaît.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4070Les valeurs de diversité sont parfois null2021-02-24T17:52:55+01:00Thonier FlorianLes valeurs de diversité sont parfois nullEn cherchant des valeurs dans les logs de quelques analyses ([ici](http://app.vidjil.org/index.html?set=33779&config=53)), je me suis aperçu que la valeurs pour certains indices de diversité pouvait être `null`. Dans ce cas, nous ne pouv...En cherchant des valeurs dans les logs de quelques analyses ([ici](http://app.vidjil.org/index.html?set=33779&config=53)), je me suis aperçu que la valeurs pour certains indices de diversité pouvait être `null`. Dans ce cas, nous ne pouvons pas ouvrir le log du sample.
```
TypeError: this.diversity[key][time] is null model.js:583:3
```
Je ne sais pas pourquoi la valeur ici est `null`. Il s'agit de capture, donc des valeurs avec très très peu de clones. On peut imaginer que les formules ne soient pas toutes adaptées, mais il n'y a pas d'erreur sur les autres samples qui ont les mêmes critères.
2 points à corriger:
* rendre le client résilient à des valeurs `null`
* comprendre pourquoi avoir une valeur nullhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4069Afficher les index de diversité en statistiques patient/run/set2024-02-06T16:58:36+01:00Mathieu GiraudAfficher les index de diversité en statistiques patient/run/setDemande de @Anne, initialement dans #4038 :
> Est-ce que ça serait possible d'avoir un bouton sur la page du run ou du set ? Qui donnerait cette valeur pour tous les patients du run/set. Ce serait super d'avoir un tableau récapitulatif ...Demande de @Anne, initialement dans #4038 :
> Est-ce que ça serait possible d'avoir un bouton sur la page du run ou du set ? Qui donnerait cette valeur pour tous les patients du run/set. Ce serait super d'avoir un tableau récapitulatif avec ces infos, ainsi que le % de reads appariés et le % de reads abalysés.
Voir #3171, #3496... toute la partie sur les ~"server-qc-stats" fait partie d'un point qui va être traité par @RyanHerb, entre janvier et mars 2020.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4068Mécanisme pour afficher/comparer des valeurs sur tous les samples2023-06-28T17:12:15+02:00Mathieu GiraudMécanisme pour afficher/comparer des valeurs sur tous les samplesGénéralise #4038.
@flothoni :
> Il faudrait donc avoir accès à un tableau qui indique les valeurs pour tout les samples.
Et/ou une manière d'afficher cela dans le ~"client-graph".
Les valeurs peuvent être aussi ~"bio-external-data" (o...Généralise #4038.
@flothoni :
> Il faudrait donc avoir accès à un tableau qui indique les valeurs pour tout les samples.
Et/ou une manière d'afficher cela dans le ~"client-graph".
Les valeurs peuvent être aussi ~"bio-external-data" (où en est-on, cela fonctionne-t-il toujours ?) #1367
> Il faudrait un bouton dédié ou une entrée dans un menu ?
> Au passage, on pourrait souhaiter la même démarche pour l'ensemble du log des samples, pouvoir comparer en une fois les longueurs moyennes des reads du locus XXX, les nombres de reads d'origines, ... De plus, il faudrait probablement être capable de transformer le log en variables.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4067meilleur gestion des séquences germline dans le segmenteur2019-11-26T12:46:16+01:00Thonier Florianmeilleur gestion des séquences germline dans le segmenteurCas pratique: On sélectionne un clone, puis on ajoute les séquences germline.
Que doivent devenir les séquences germline dans le cas ou l'on change de clone. Faut-il les supprimer ? Les remplacer par celles du nouveau clone ? Si sélecti...Cas pratique: On sélectionne un clone, puis on ajoute les séquences germline.
Que doivent devenir les séquences germline dans le cas ou l'on change de clone. Faut-il les supprimer ? Les remplacer par celles du nouveau clone ? Si sélection multiple conserver les anciennes et ajouter les nouvelles automatiquement ?
Si on supprime un clone de la liste du segmenteur, faut-il aussi supprimer ses germlines qui ne sont plus présentes chez aucun autres clones ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4066Couleur par nombre de samples2022-05-12T10:25:04+02:00Mikaël SalsonCouleur par nombre de samplesL'information du nombre de samples dans lesquel est présent un clone est calculée : #1974 (et commits 3c3ee70, 11f0afa05).
On peut donc en faire facilement une couleur ([voir la documentation](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/...L'information du nombre de samples dans lesquel est présent un clone est calculée : #1974 (et commits 3c3ee70, 11f0afa05).
On peut donc en faire facilement une couleur ([voir la documentation](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/doc/dev-client.md#how-to-add-something-to-be-plotted)).
@pduroux nous a montré une coloration discrète pour les clones présents dans tous les samples et pour les clones présents dans un seul sample.
Parmi ce que nous demandent les utilisateurs il y a le contrôle de la contamination (#1744) et même si un clone n'est pas présent dans tous les échantillons, ça les intéresse.
L'intérêt d'une coloration discrète c'est qu'on peut facilement filtrer en cliquant sur la couleur qu'on ne veut pas voir. On pourrait donc avoir une coloration discrète :
* tous les samples
* plusieurs samples (mais pas tous)
* un seul sample
Si je m'intéresse à la contamination, je clique sur la couleur qui correspond à un seul sample et je vois directement tous les clones qui sont partagés par plusieurs samples.