vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-10-18T10:47:47+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2118Ascenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier so...2018-10-18T10:47:47+02:00Mikaël SalsonAscenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier sous ChromeLorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordina...Lorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordinateur d'Aurélie (Chrome 42) cela fait visiblement planter le thème de Windows.
@magiraud @RyanHerbWeb 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1409Exporter depuis le C++ les 3/5 meilleurs V(D)J2018-10-17T16:53:20+02:00Vidjil TeamExporter depuis le C++ les 3/5 meilleurs V(D)JVoir #1408Voir #1408Algo 2018.09Cyprien BoréeCyprien Boréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3395La génération du JSON peut allouer 1 GB de mémoire à la fin de vidjil-algo2018-10-17T16:49:01+02:00Mathieu GiraudLa génération du JSON peut allouer 1 GB de mémoire à la fin de vidjil-algoSuite à #2120.
> On y reviendra peut-être si l'export JSON redevient dominant, peut-être que ce sera le cas après #3393.
Non critique pour l'instant.Suite à #2120.
> On y reviendra peut-être si l'export JSON redevient dominant, peut-être que ce sera le cas après #3393.
Non critique pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3356genes et up/down-stream : vérifier qu'on tombe au bon endroit par rapport à *012018-10-17T11:50:31+02:00Mathieu Giraudgenes et up/down-stream : vérifier qu'on tombe au bon endroit par rapport à *01Depuis !182 :
> > plus généralement, vérifier que cela qu'on extrait du chromosome comprend bien ce qu'on avait dans le gène ?
> Pas encore fait, c'est bien cela ?
`get_updownstream_sequences()` ou d'autres choses autour pourraient v...Depuis !182 :
> > plus généralement, vérifier que cela qu'on extrait du chromosome comprend bien ce qu'on avait dans le gène ?
> Pas encore fait, c'est bien cela ?
`get_updownstream_sequences()` ou d'autres choses autour pourraient vérifier que ce que l'on a dans le génome correspond à notre séquence (ou presque, voir aussi #3301).Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3564Certificats et installation locale Docker2018-10-16T18:47:54+02:00Mathieu GiraudCertificats et installation locale DockerVoir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/issues/732#note_126032 (internal link).
Ryan, si tu as un moyen simple de faire que cela marche pour une installation locale en copiant des certificats, vas-y... sinon tu peux changer la ~doc, merci.Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/issues/732#note_126032 (internal link).
Ryan, si tu as un moyen simple de faire que cela marche pour une installation locale en copiant des certificats, vas-y... sinon tu peux changer la ~doc, merci.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3057Ascenseur horizontal dans le fenêtre d'information des clones2018-10-16T17:36:18+02:00Mikaël SalsonAscenseur horizontal dans le fenêtre d'information des clonesParfois il y a beaucoup d'informations affichées et on ne voit pas tout. Et… il n'y aucun moyen de voir le reste !
Exemple ici : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=26513&config=25&clone=81
Aller voir les informations du clone s...Parfois il y a beaucoup d'informations affichées et on ne voit pas tout. Et… il n'y aucun moyen de voir le reste !
Exemple ici : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=26513&config=25&clone=81
Aller voir les informations du clone sélectionné et se rendre compte du problème…
Il faudrait au moins un ascenseur horizontal !Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3175Documenter le processus de A à Z pour déployer sur un serveur sous Docker2018-10-16T11:11:39+02:00Mikaël SalsonDocumenter le processus de A à Z pour déployer sur un serveur sous DockerOn a de la doc concernant la construction des paquets ou l'utilisation de Docker. Mais il manque un pas à pas complet qui permette de savoir comment mettre à jour (ou installer) un serveur avec Docker. Cette doc pourra évidemment faire ...On a de la doc concernant la construction des paquets ou l'utilisation de Docker. Mais il manque un pas à pas complet qui permette de savoir comment mettre à jour (ou installer) un serveur avec Docker. Cette doc pourra évidemment faire référence à ce qui existe déjà.
Pour avoir une idée de ce qu'il peut manquer comme information (voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/issues/644#note_84839)Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3037Compléter la documentation sur Docker2018-10-16T11:11:38+02:00Mikaël SalsonCompléter la documentation sur DockerSi on n'est pas habitué de Docker, il semble y avoir certaines étapes qui sont implicites dans [doc/dev.org](doc/dev.org) (en particulier par rapport à l'installation et l'utilisation de `docker-compose`.Si on n'est pas habitué de Docker, il semble y avoir certaines étapes qui sont implicites dans [doc/dev.org](doc/dev.org) (en particulier par rapport à l'installation et l'utilisation de `docker-compose`.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2954Mettre à jour la documentation Docker2018-10-16T11:11:38+02:00Mathieu GiraudMettre à jour la documentation DockerSuite à #2755, dans `doc/server.org`
- mentionner Docker Hub (y a-t-il d'ailleurs un endroit standard où on documente des Docks ?)
- vu tout ce qui a été fait pour %"prod-server-lil", mettre à jour s'il y a eu des changements
Tout sera...Suite à #2755, dans `doc/server.org`
- mentionner Docker Hub (y a-t-il d'ailleurs un endroit standard où on documente des Docks ?)
- vu tout ce qui a été fait pour %"prod-server-lil", mettre à jour s'il y a eu des changements
Tout sera alors prêt pour #2950 :-)Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2923Mettre les germlines à l'extérieur du dock2018-10-16T11:02:04+02:00Mathieu GiraudMettre les germlines à l'extérieur du dockEn attendant #2639, on doit sortir du dock les germlines non libres.
Il y a besoin des deux fichiers :
* `germline/get-saved-germline.sh`
* `germline/germline_id`
à la décompression, cela remplit germline/ pour le ~cpp plus le `germli...En attendant #2639, on doit sortir du dock les germlines non libres.
Il y a besoin des deux fichiers :
* `germline/get-saved-germline.sh`
* `germline/germline_id`
à la décompression, cela remplit germline/ pour le ~cpp plus le `germline.js` pour le ~client .prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3521Docker : mettre germline.js au même endroit que conf.js (/etc ?)2018-10-16T11:02:04+02:00Mathieu GiraudDocker : mettre germline.js au même endroit que conf.js (/etc ?)Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2950Tester l'installation via Docker sur une machine personnelle2018-10-16T10:59:45+02:00Mathieu GiraudTester l'installation via Docker sur une machine personnelleCe serait bien que quelqu'un qui ne soit pas @RyanHerb suive ce qui est dans est `doc/server.org` #2755 pour arriver à une installation complète sur sa machine.
Ce serait bien que quelqu'un qui ne soit pas @RyanHerb suive ce qui est dans est `doc/server.org` #2755 pour arriver à une installation complète sur sa machine.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3546make -j 42018-10-15T18:37:49+02:00Mathieu Giraudmake -j 4Devrions-nous mettre par défaut une option pour compiler en parallèle quand c'est possible ?Devrions-nous mettre par défaut une option pour compiler en parallèle quand c'est possible ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3551Tags pour docker : d'abord la date2018-10-15T17:45:12+02:00Mathieu GiraudTags pour docker : d'abord la dateSi l'on souhaite pouvoir trier les tags, il faudrait mieux qu'ils soient de type `2018-10-08-c35e3ab7b`
cc @RyanHerbSi l'on souhaite pouvoir trier les tags, il faudrait mieux qu'ils soient de type `2018-10-08-c35e3ab7b`
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3474Remplir les profils / descriptions sur DockerHub, nettoyer2018-10-15T17:44:55+02:00Mathieu GiraudRemplir les profils / descriptions sur DockerHub, nettoyerhttps://hub.docker.com/r/vidjil/
Pas urgent, en tout cas bien moins que #3175.https://hub.docker.com/r/vidjil/
Pas urgent, en tout cas bien moins que #3175.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3470Artefacts JUnit .xml pour server_unit2018-10-12T18:51:47+02:00Mathieu GiraudArtefacts JUnit .xml pour server_unitSuite à #3444.Suite à #3444.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3225Filtrage par automate : prendre les N meilleures séquences et leurs « voisines »2018-10-10T15:37:05+02:00Mikaël SalsonFiltrage par automate : prendre les N meilleures séquences et leurs « voisines »En général je pense que #3217 avec N = 1 donnera de bons résultats (en gérant les ex-aequo). Mais on aura probablement des situations où la vraie séquence est en fait en 2è ou 3è position mais juste avec quelqes k-mers de moins.
On pour...En général je pense que #3217 avec N = 1 donnera de bons résultats (en gérant les ex-aequo). Mais on aura probablement des situations où la vraie séquence est en fait en 2è ou 3è position mais juste avec quelqes k-mers de moins.
On pourrait dire qu'on prend N = 5 pour prendre une marge de sécurité pour ces cas-là. Mais c'est dommage de prendre 5 gènes dans le cas où le premier est largement devant en termes de nombres de k-mers trouvés.
On pourrait plutôt se dire qu'on prend les N meilleures séquences et leurs voisines proches en termes de nombres de k-mers trouvés, si elles existent. Toute la question est comment définir que le nombre d'occurrences est suffisamment proche ?
S'il est à 0, on a un ex aequo et on considère déjà qu'on doit le prendre.
Si on a 1 k-mer de moins, on sent bien que ce n'est pas très significatif et qu'on devrait prendre ce gène en considération aussi.
Si on a une erreur de séquençage qui nous éloigne du vrai gène et qui nous rapproche, à tort, d'un autre gène, cela peut nous faire perdre k k-mers.
Mais la distance permise dépend aussi de la longueur du gène : il est normal de tolérer une distance plus grande pour des gènes plus grands.
Faut-il avoir des calculs de probabilités ?Algo 2018.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3451Format pour transmettre les barplots widgets2018-10-08T11:02:00+02:00Mathieu GiraudFormat pour transmettre les barplots widgetsVoir #3407
Voir aussi https://gitlab.inria.fr/vidjil/stats/issues/199#note_34038
(ci une simple liste [.85, .4, .23, .65] pourrait suffire.
cc @RyanHerbVoir #3407
Voir aussi https://gitlab.inria.fr/vidjil/stats/issues/199#note_34038
(ci une simple liste [.85, .4, .23, .65] pourrait suffire.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3500Stats : bikeshedding nom des colonnes2018-10-08T11:01:44+02:00Mathieu GiraudStats : bikeshedding nom des colonnes#3436.#3436.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3495Stats : pour l'instant en gris2018-10-08T11:01:25+02:00Mathieu GiraudStats : pour l'instant en grisOn réfléchira ensuite sur les couleurs, sur une repasse globale de #3407. Pour une première mise en prod, tout gris.On réfléchira ensuite sur les couleurs, sur une repasse globale de #3407. Pour une première mise en prod, tout gris.Ryan HerbertRyan Herbert