vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-01-16T19:06:05+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4130Documenter dans locus.md des choses sur la longueur des reads2020-01-16T19:06:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter dans locus.md des choses sur la longueur des readsExtrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_290631
Une proposition est sur ghent.Extrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_290631
Une proposition est sur ghent.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4129réflexion sur les intéractions sur la liste, renommage des clones2020-06-23T09:35:04+02:00Thonier Florianréflexion sur les intéractions sur la liste, renommage des clonesA l'usage, je me demande si nous pourrions pas modifier des interactions avec la liste des clones.
Par exemple, un double clic actuellement passe en mode édition le nom du clone. Je me demande si cette action de devrait pas être réalis...A l'usage, je me demande si nous pourrions pas modifier des interactions avec la liste des clones.
Par exemple, un double clic actuellement passe en mode édition le nom du clone. Je me demande si cette action de devrait pas être réalisée depuis la fenêtre info. Via un bouton édition par exemple, que ce soit directement dans la liste ou bien dans le panneau info.
Dans ce cas en plus, on libère le double clic qui permettrait de switcher ce panneau show/hide. Je pense que les utilisateurs utilise bien plus souvent cette action que le renommage et que ça simplifierait son appel.
De plus, le mode édition ne se ferme que si l'on click sur le bouton save. Nous pourrions aussi détecter l'appui sur la touche echap ou bien un clic en dehors de cette zone pour fermer celle-ciÉhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4128Afficher le nombre de sample affichés depuis la nouvelle graphlist2021-11-22T14:28:46+01:00Thonier FlorianAfficher le nombre de sample affichés depuis la nouvelle graphlistMaintenant que nous avons des gens qui utilisent les runs, et qu'ils contiennent beaucoup de samples en même temps, et qu'ils les cachent parfois, il serait bon d'avoir un indicateur qui rappelle le nombre de samples actuellement affiché...Maintenant que nous avons des gens qui utilisent les runs, et qu'ils contiennent beaucoup de samples en même temps, et qu'ils les cachent parfois, il serait bon d'avoir un indicateur qui rappelle le nombre de samples actuellement affichés et le nombre total de ceux-ci.
Où ? Dans une ligne de la graphlist, dans le champ info ?Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4127Avoir un bouton de filtre sur un clone depuis la nouvelle graphlist2020-06-10T13:30:22+02:00Thonier FlorianAvoir un bouton de filtre sur un clone depuis la nouvelle graphlistA voir après #4105.
Pour l'instant il y a deux boutons de filtre générique : cahcer tous ou montrer tous les samples. On pourrait imaginer un bouton qui permette de ne retenir que les sample ou le(s) clone(s) séléctionné(s) est présent....A voir après #4105.
Pour l'instant il y a deux boutons de filtre générique : cahcer tous ou montrer tous les samples. On pourrait imaginer un bouton qui permette de ne retenir que les sample ou le(s) clone(s) séléctionné(s) est présent.
Pour une vue contamination, ça devrait je pense fortement augmenter la lisibilité et faire un gain de temps non négligeable.
Un même comportement devrait-il pouvoir se faire depuis le panneau info d'un clone ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4126Panneau clone info, afficher les size 0 avec un fond gris ?2020-01-17T17:12:07+01:00Thonier FlorianPanneau clone info, afficher les size 0 avec un fond gris ?Je repense à l'utilisation lorsque l'on ouvre un clone et que nous avons beaucoup de samples. Quand on cherche à lire la contamination, il y aurait un moyen d'améliorer la lecture de sa présence. Pour ce faire, il faudrait mettre une cou...Je repense à l'utilisation lorsque l'on ouvre un clone et que nous avons beaucoup de samples. Quand on cherche à lire la contamination, il y aurait un moyen d'améliorer la lecture de sa présence. Pour ce faire, il faudrait mettre une couleur dans la case associée à sa taille si il a une valeur nulle (ou inversement suivant ce qui est la plus lisible, mais je préfère la première pour une utilisation plus courante).
De même, on pourrait imaginer avoir un bouton qui cache les colonnes des samples dans lesquels il n'est pas présent pour plus de lisibilité. Version hard: avoir même un seuil modulable par l'utilisateur pour cacher ces samples.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4125Fermer le panneau clone info lors de l'ouverture d'un nouveau sample2020-01-15T09:27:46+01:00Thonier FlorianFermer le panneau clone info lors de l'ouverture d'un nouveau sampleJ'ai remarqué que lorsque l'on change de sample, le panneau clone info ne se ferme pas, et affiche donc des informations relative à un ancien clone, d'un ancien sample.
Il faudrait s'assurer qu'il soit fermé à l'ouverture d'un (nouveau)...J'ai remarqué que lorsque l'on change de sample, le panneau clone info ne se ferme pas, et affiche donc des informations relative à un ancien clone, d'un ancien sample.
Il faudrait s'assurer qu'il soit fermé à l'ouverture d'un (nouveau) samplehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4124Mise en évidence du clone dans le paneau info2020-01-17T17:17:47+01:00Thonier FlorianMise en évidence du clone dans le paneau infoSi nous avons une fenêtre info de clone ouverte, nous ne savons pas le clone auquel il est rattaché. On pourrait imaginer que le clone rattaché à cette fenêtre soit mis en évidence, par du texte en gras dans la liste par exemple.Si nous avons une fenêtre info de clone ouverte, nous ne savons pas le clone auquel il est rattaché. On pourrait imaginer que le clone rattaché à cette fenêtre soit mis en évidence, par du texte en gras dans la liste par exemple.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4123Tester la génération de fichiers AIRR par d'autres ?2020-01-14T12:25:27+01:00Mathieu GiraudTester la génération de fichiers AIRR par d'autres ?
@flothoni : "pour !558, j'ai pris Demo-X5, lancé avec
- vidjil-algo
- igblast (web+copier/coller, à voir si possible en ligne de commande)
- MiXCR (question de noms de colonnes, ok par hack !558)
- IMGT/V-QUEST (web) avec exp...
@flothoni : "pour !558, j'ai pris Demo-X5, lancé avec
- vidjil-algo
- igblast (web+copier/coller, à voir si possible en ligne de commande)
- MiXCR (question de noms de colonnes, ok par hack !558)
- IMGT/V-QUEST (web) avec export AIRR"
Les quatre fichiers sont déjà dans !558, mais teste-t-on la génération de ces fichiers (pour être robuste à leur évolution ?) Mais est-ce à nous à tester les autres programmes ? Ou ~doc quelque part ?
Déjà lister ici les lignes de commande pour avoir ces fichiershttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4122Petits bugs suite à la MAJ du 06.12.192020-01-14T11:45:34+01:00Aurélie CAILLAULT-VENETPetits bugs suite à la MAJ du 06.12.19Bonjour à tous,
Je suis en train de préparer la checklist pour le set de validation. J'ai pris comme point de départ la MAJ du 061219 codée si j'ai bien compris 2ef3187e5 (2019-12-06). Mais je constate 2 petits soucis et je voudrais savo...Bonjour à tous,
Je suis en train de préparer la checklist pour le set de validation. J'ai pris comme point de départ la MAJ du 061219 codée si j'ai bien compris 2ef3187e5 (2019-12-06). Mais je constate 2 petits soucis et je voudrais savoir si cela est lié ou non à la version.
- Lorsque je veux rouvrir un cas précédemment analysé via l'onglet Patient en sélectionnant dans la liste des noms qui s'affichent, cela ne fonctionne pas. On voit qu'il y a une action mais je reste tout le temps sur le cas en cours;
- quand j'aligne des séquences, d'habitude nous avions un alignement par défaut dans l'ordre croissant des % de reads. Or là c'est totalement aléatoire.
Merci
Auréliehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4121Documenter les tags des runners2024-01-18T10:55:50+01:00Mathieu GiraudDocumenter les tags des runnersDocumenter ce qu'il faut pour les différents tags des runners. (Voire consturire les runners par ~"server-docker" ~"dev-ci" ?)
(Les parties de déploiement, spécifiques à ~"#-team" et qui nécessitent des clés particulières, doivent être ...Documenter ce qu'il faut pour les différents tags des runners. (Voire consturire les runners par ~"server-docker" ~"dev-ci" ?)
(Les parties de déploiement, spécifiques à ~"#-team" et qui nécessitent des clés particulières, doivent être clairement identifiées et optionnelles.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4120Problème lien AssignSubsets2020-01-13T15:24:19+01:00Anne de SeptenvilleProblème lien AssignSubsetsQuand je clique sur "AssignSubsets" le clone est envoyé dans IMGT ??Quand je clique sur "AssignSubsets" le clone est envoyé dans IMGT ??https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4118Comment visualiser qu'un utilisateur est "désactivé" ?2023-11-06T17:48:57+01:00Thonier FlorianComment visualiser qu'un utilisateur est "désactivé" ?En faisant une extraction de la base pour voir les utilisateurs liés à un groupe, je m'aperçois que je n'ai pas de moyen de savoir si un utilisateur a été désactivé.
Il me semble en avoir déjà désactivé un de la liste. En plus, je vois ...En faisant une extraction de la base pour voir les utilisateurs liés à un groupe, je m'aperçois que je n'ai pas de moyen de savoir si un utilisateur a été désactivé.
Il me semble en avoir déjà désactivé un de la liste. En plus, je vois que cet utilisateur ne s'est pas connecté depuis 2018, donc ça semble correspondre à mon souvenir. Cependant, je ne retrouve pas de trace dans mes mails.
Une solution serait de voir si le mot de passe à été désactivé, depuis web2py, mais ce n'est pas non plus le plus simple.
La solution optimale serait d'avoir un attribut propre à l'utilisateur dans la base. On pourrait aussi limiter les accès directement depuis la valeur de cet attribut.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4117Déplacement de l'ascenseur horizontal du segmenter2020-10-14T11:29:54+02:00Mathieu GiraudDéplacement de l'ascenseur horizontal du segmenterAu moment où je déplace l'ascenseur horizontal du segmenteur, le bloc avec les ids bouge (avant de revenir en place). Cela se voit particulièrement quand on bouge "vite" cet ascenseur.Au moment où je déplace l'ascenseur horizontal du segmenteur, le bloc avec les ids bouge (avant de revenir en place). Cela se voit particulièrement quand on bouge "vite" cet ascenseur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4116Rapports : voir à la fois les données avec et sans les clones clusterisés2020-01-09T12:18:37+01:00Mikaël SalsonRapports : voir à la fois les données avec et sans les clones clusterisésQuand on clusterise les clones, il peut arriver qu'on clusterise trop et Aurélie aimerait voir dans les rapports les informations à la fois avec les clones clusterisés et non clusterisés (surtout que la personne qui consulte le rapport n...Quand on clusterise les clones, il peut arriver qu'on clusterise trop et Aurélie aimerait voir dans les rapports les informations à la fois avec les clones clusterisés et non clusterisés (surtout que la personne qui consulte le rapport n'est pas forcément celle qui a clusterisé).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4115Vue des utilisateurs ayant accès à mes données2022-05-12T11:42:48+02:00Mathieu GiraudVue des utilisateurs ayant accès à mes donnéesDemande de ~"LIL-Lille" : voir, à tout instant, quels utilisateurs ou groupes ont accès à leurs données.Demande de ~"LIL-Lille" : voir, à tout instant, quels utilisateurs ou groupes ont accès à leurs données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4114axes: refactor GermlineAxis, et plus généralement refactor des axes2020-01-22T15:20:37+01:00Mathieu Giraudaxes: refactor GermlineAxis, et plus généralement refactor des axes@duez est en train de travailler@duez est en train de travaillermarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4113Utiliser les "Release evidence" de gitlab ?2020-07-23T09:40:50+02:00Mathieu GiraudUtiliser les "Release evidence" de gitlab ?Introduit par 12.6: https://docs.gitlab.com/ee/user/project/releases/#release-evidence
Permettrait de mieux lier les changements d'une release algo ou client (mais demande qu'on utilise les releases ~"dev-gitlab") #4110Introduit par 12.6: https://docs.gitlab.com/ee/user/project/releases/#release-evidence
Permettrait de mieux lier les changements d'une release algo ou client (mais demande qu'on utilise les releases ~"dev-gitlab") #4110https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4112Initialisation "Vidjil is loading" / splash screen2020-08-04T09:28:11+02:00Mathieu GiraudInitialisation "Vidjil is loading" / splash screenÉvoqué avec @duez : pour l'instant, rien de vraiment propre à l'init, cela peut prendre du temps, entre la latence du serveur et l'initialisation de l'ensemble. Faire patienter joliment nos usagers.Évoqué avec @duez : pour l'instant, rien de vraiment propre à l'init, cela peut prendre du temps, entre la latence du serveur et l'initialisation de l'ensemble. Faire patienter joliment nos usagers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4111Template pour créer les clones dans le client2019-12-19T14:09:36+01:00Mathieu GiraudTemplate pour créer les clones dans le client@duez veut faires des templates pour simplifier l'initialisation et avoir moins de `createElement*` et `addChild*`. Peut-être ~"client-speed", mais surtout plus propre !@duez veut faires des templates pour simplifier l'initialisation et avoir moins de `createElement*` et `addChild*`. Peut-être ~"client-speed", mais surtout plus propre !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4110Afficher le changelog à la première connexion après update interface/algo2020-01-17T10:22:09+01:00Thonier FlorianAfficher le changelog à la première connexion après update interface/algoOn pourrait imaginer un panneau qui s'affiche si un utilisateur accède au service après une release algo ou client (un attribut connectedSinceLastRelease en bdd ?).
De même, on pourrait avoir un accès direct à une liste des changelogs ...On pourrait imaginer un panneau qui s'affiche si un utilisateur accède au service après une release algo ou client (un attribut connectedSinceLastRelease en bdd ?).
De même, on pourrait avoir un accès direct à une liste des changelogs via un bouton help, qui retracerait les changelogs pour remonter dans le temps et voir quand une modification est possiblement apparue, avec un indicateur algo/client (texte+code couleur ?), la date et la liste des modifs.
Cela va de pair avec la qualité pour le COFRAC qui indique qu'il doit y avoir un moyen efficace de connaître les modifications de nature à modifier les résultats ou la technique d'analyse (les manipulations dans l'interface par exemple). On a déjà les notifications, mais je ne suis pas certai que ce soit aussi efficace qu'un bon modal intrusif.