vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-11-13T17:09:42+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3595Usages de get_display_name()2018-11-13T17:09:42+01:00Ryan HerbertUsages de get_display_name()Après les changements dans !323 on a des usages de get_display_name() là où on ne veut pas utiliser le set_token.
Notamment:
- Bouton see results dans sample_set/index
- Bouton download (get_data) dans sample_set/index
- Bouton pour ...Après les changements dans !323 on a des usages de get_display_name() là où on ne veut pas utiliser le set_token.
Notamment:
- Bouton see results dans sample_set/index
- Bouton download (get_data) dans sample_set/index
- Bouton pour charger l'analyse précédente dans le menu patienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3622set_token est présent à trop d'endroits2018-11-13T17:09:41+01:00Mikaël Salsonset_token est présent à trop d'endroitsDepuis #3533 `set_token` est utilisé plus largement. Mais un peu trop car certains endroits ne sont pas adaptés pour recevoir un span.
Il est notamment présent sur la page d'un sample set, au niveau du lien “See results”, ce qui lui do...Depuis #3533 `set_token` est utilisé plus largement. Mais un peu trop car certains endroits ne sont pas adaptés pour recevoir un span.
Il est notamment présent sur la page d'un sample set, au niveau du lien “See results”, ce qui lui donne une tête bizarre. Il est également présent dans le lien de téléchargement du `.vidjil`, ce qui donne au fichier un nom non désiré. Il est également présent dans le menu *patients* (tout en haut), si jamais on a visité plusieurs patients différents.
J'imagine qu'il y a peut-être d'autres endroits.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3531Le spinner disparaît au bout de 2 (ou 3 ?) secondes2018-11-12T13:50:39+01:00Mikaël SalsonLe spinner disparaît au bout de 2 (ou 3 ?) secondesSur le serveur, le spinner d'attente disparaît assez rapidement même si la requête n'est pas finie. Pour l'observer il suffit de cliquer sur l'onglet users qui met une bonne dizaine de secondes à se charger normalement.
Est-ce que cela ...Sur le serveur, le spinner d'attente disparaît assez rapidement même si la requête n'est pas finie. Pour l'observer il suffit de cliquer sur l'onglet users qui met une bonne dizaine de secondes à se charger normalement.
Est-ce que cela peut avoir un lien avec !291 ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3533Utiliser `set_token` dans les listes et les fiches2018-11-09T12:19:41+01:00Mathieu GiraudUtiliser `set_token` dans les listes et les fichesAvec les récentes utilisations de `set_token`, et bientôt #2728, on aimerait être encore plus systématique et voir un `set_token` dès qu'on parle d'un set. Je vois deux endroits :
- dans les listes de patients/runs/sets (cela va certes...Avec les récentes utilisations de `set_token`, et bientôt #2728, on aimerait être encore plus systématique et voir un `set_token` dès qu'on parle d'un set. Je vois deux endroits :
- dans les listes de patients/runs/sets (cela va certes être beaucoup coloré... si c'est trop on éclairciera encore la couleur)
- dans le `<h3>` en titre de chaque fiche de patient/run/setRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3489L'édition d'un sample le retire du run2018-11-07T15:56:38+01:00Mikaël SalsonL'édition d'un sample le retire du runMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothoniMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3506CloneDB : demander les infos des sample sets en une seule fois2018-11-07T14:27:32+01:00Mikaël SalsonCloneDB : demander les infos des sample sets en une seule foisLorsqu'il y a de nombreuses occurrences `CloneDB` prend du temps mais c'est surtout à cause des requêtes faites au serveur pour savoir si on a les droits sur le sample set et pour récupérer des infos (nom du sample set, tags).
Il faudra...Lorsqu'il y a de nombreuses occurrences `CloneDB` prend du temps mais c'est surtout à cause des requêtes faites au serveur pour savoir si on a les droits sur le sample set et pour récupérer des infos (nom du sample set, tags).
Il faudrait faire tout cela en un nombre constant de requêtes, plutôt que de faire un nombre constant de requête pour chaque sample set : il peut y avoir des centaines de samples sets qui correspondent.
Si cela reste trop lent on pourra aussi limiter la taille de la liste des résultats.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3606Si les pre-process échouent, les jobs du process restent QUEUED2018-11-07T13:21:52+01:00Mikaël SalsonSi les pre-process échouent, les jobs du process restent QUEUEDÀ l'inverse les jobs devraient échouer.À l'inverse les jobs devraient échouer.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3609Relancer plus souvent clang en ci2018-11-02T12:29:22+01:00Mathieu GiraudRelancer plus souvent clang en ciÉvoqué à partir de #3601.
Limité par #2900. Mais le test-various-compilers lancé chaque semaine serait déjà suffisant.
Mais on ne va pas toujours au bout, peut planter en raison du web (ping #1491 ou #3450).Évoqué à partir de #3601.
Limité par #2900. Mais le test-various-compilers lancé chaque semaine serait déjà suffisant.
Mais on ne va pas toujours au bout, peut planter en raison du web (ping #1491 ou #3450).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3398Release 2018.07.22018-10-31T09:43:32+01:00Mathieu GiraudRelease 2018.07.2Est-ce que !253 justifie une autre release qui serait tout de suite déployée sur app ? Je suis prêt à attendre 5 heures :-)Est-ce que !253 justifie une autre release qui serait tout de suite déployée sur app ? Je suis prêt à attendre 5 heures :-)Algo 2018.08Mikaël SalsonMikaël Salson2018-07-26https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3442Environnement de review pour les feature-s2018-10-26T14:29:29+02:00Mathieu GiraudEnvironnement de review pour les feature-sVu qu'on a désormais #2881, on pourrait souhaiter accéder au serveur déployé sur une MR de feature-s.
Voir par exemple !280.
Est-ce que le dock existe toujours après le test ? Serait-ce lourd d'en maintenir plusieurs ?
cc @RyanHerbVu qu'on a désormais #2881, on pourrait souhaiter accéder au serveur déployé sur une MR de feature-s.
Voir par exemple !280.
Est-ce que le dock existe toujours après le test ? Serait-ce lourd d'en maintenir plusieurs ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3328Déploiement de 2018.06 : non, attendre 2018.07 ?2018-10-24T16:19:22+02:00Mathieu GiraudDéploiement de 2018.06 : non, attendre 2018.07 ?J'ai l'impression que 2018.06 n'a pas été déployée en prod (toujours `-next`) ?
Vu #3327, je propose de déployer directement 2018.07 la semaine prochaine, mercredi 11 après-midi... mais cela suppose qu'on tienne strictement le planning....J'ai l'impression que 2018.06 n'a pas été déployée en prod (toujours `-next`) ?
Vu #3327, je propose de déployer directement 2018.07 la semaine prochaine, mercredi 11 après-midi... mais cela suppose qu'on tienne strictement le planning. Après le 11 juillet, je n'aurai probablement pas la possibilité d'ici août de faire un déploiement.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3590AIRR et nombre de reads : finalement duplicate_count ?2018-10-24T16:16:48+02:00Mathieu GiraudAIRR et nombre de reads : finalement duplicate_count ?J'allais envoyer le mail à AIRR quand je suis retonbé sur cette discussion par mail:
> > (Vidjil) Note that we focus on *clones* throughout all the Vidjil platform, not on individual reads. We plan to use the "consensus_count" key of th...J'allais envoyer le mail à AIRR quand je suis retonbé sur cette discussion par mail:
> > (Vidjil) Note that we focus on *clones* throughout all the Vidjil platform, not on individual reads. We plan to use the "consensus_count" key of the AIRR format to encode the number of reads belonging to a clone, is it the good way to go ?
> (JVH, AIRR) For counting clones, the `duplicate_count` field would be more appropriate; `consensus_count` is for UMI consensus read annotation. However, if you want a clonotype summary report (eg, count of unique CDR3s without V/J annotations), then the Rearrangement format isn't really suitable for that. This might be a format we have to consider designing, if there is enough demand for it. (This is a grey area though, because it's more of a custom analysis output than something we can standardize.)
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3457#note_125973 par @flothoni et autres commentaireshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3572AIRR : revcomp (required)2018-10-24T16:16:48+02:00Mathieu GiraudAIRR : revcomp (required)#3457
> True if the alignment is on the opposite strand (reverse complemented) with respect to the query sequence. If True then all output data, such as alignment coordinates and sequences, are based on the reverse complement of 'seque...#3457
> True if the alignment is on the opposite strand (reverse complemented) with respect to the query sequence. If True then all output data, such as alignment coordinates and sequences, are based on the reverse complement of 'sequence'.
Mmmm... nous on a un mix. Je propose qu'on mette `null` pour ce champ.
cc @flothoni
/milestone %"Algo 2018.09"
Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3573AIRR: productive (required)2018-10-24T16:16:47+02:00Mathieu GiraudAIRR: productive (required)#3457#3457Algo 2018.09Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2828Export csv AIRR depuis l'algo2018-10-24T16:16:47+02:00Mathieu GiraudExport csv AIRR depuis l'algoDai N. aurait été intéressé par une sortie csv de l'algo, "comme depuis le client".
Peut-être le .vidjil peut aussi lui convenir.Dai N. aurait été intéressé par une sortie csv de l'algo, "comme depuis le client".
Peut-être le .vidjil peut aussi lui convenir.Algo 2018.092018-10-27https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3568AIRR : documenter2018-10-24T16:16:47+02:00Mathieu GiraudAIRR : documenter> @flothoni, #3457 :
> Je pense que si l'on adopte ce format, on pourrait reprendre directement ce tableau
Oui, bonne idée. On mettra dans notre ~doc au moins les champs qu'on utilise et le sens qu'on y met, pas besoin de s'étendre s...> @flothoni, #3457 :
> Je pense que si l'on adopte ce format, on pourrait reprendre directement ce tableau
Oui, bonne idée. On mettra dans notre ~doc au moins les champs qu'on utilise et le sens qu'on y met, pas besoin de s'étendre sur ceux qu'on n'utilise pas.Algo 2018.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1045Récupérer l'exception si conf.js spécifie des fichiers inexistants2018-10-19T22:18:53+02:00Vidjil TeamRécupérer l'exception si conf.js spécifie des fichiers inexistantsMail de Mathieu : XMLHttpRequest cannot load file:///Volumes/22/magiraud/vidjil/browser/demo-24/12-09-Lec-TRG.data. Cross origin requests are only supported for HTTP. À confirmer ?
***
C'était (partiellement) de ma faute... j'avais un co...Mail de Mathieu : XMLHttpRequest cannot load file:///Volumes/22/magiraud/vidjil/browser/demo-24/12-09-Lec-TRG.data. Cross origin requests are only supported for HTTP. À confirmer ?
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C'était (partiellement) de ma faute... j'avais un conf.js qui donnait un fichier demo qui n'était plus accessible (et cela bloquait sur Chrome, et pas sur les autres).
Bref, ce n'est plus urgent.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3583Dernière image Ubunutu pour nos images2018-10-19T20:37:15+02:00Mathieu GiraudDernière image Ubunutu pour nos images@RyanHerb, tu parlais ce matin de mettre à jour l'image. Est-ce fait ?
Sinon, on peut laisser cela ouvert pour une prochaine fois.@RyanHerb, tu parlais ce matin de mettre à jour l'image. Est-ce fait ?
Sinon, on peut laisser cela ouvert pour une prochaine fois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3575Warning si 2 assignations possibles avec le même score dans `align_against_co...2018-10-19T18:54:55+02:00Thonier FlorianWarning si 2 assignations possibles avec le même score dans `align_against_collection`J'ai une séquence issue d'un JURKAT pour lequel on s'attend a retrouvé un TRBV12-3. Or , on retourne un TRBV12-4.
En regardant, on a juste la portion de séquence qui est identique entre le 12-3 et le 12-4 (donc pas de discrimination pos...J'ai une séquence issue d'un JURKAT pour lequel on s'attend a retrouvé un TRBV12-3. Or , on retourne un TRBV12-4.
En regardant, on a juste la portion de séquence qui est identique entre le 12-3 et le 12-4 (donc pas de discrimination possible). Dans ce cas, comment justifier que l'on prenne l'un plutôt que l'autre ?
Si pas de justification possible (ce qui risque d'être le cas); on devrait peut-être levé une alerte pour le signaler.
Question bonus; l'utilisateur me demande de lui dire pourquoi vidjil-algo a fait ce choix (qui est le "mauvais" dans le cas présent).
@magiraud @mikael\-sAlgo 2018.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3577Mettre les tags par défaut sur toute installation neuve du serveur2018-10-18T17:54:27+02:00Mathieu GiraudMettre les tags par défaut sur toute installation neuve du serveurVoir `doc/tags.org`
cc @RyanHerbVoir `doc/tags.org`
cc @RyanHerb