vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-02-09T17:32:21+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4509Documenter la migration de données par migrator.sh2021-02-09T17:32:21+01:00Mathieu GiraudDocumenter la migration de données par migrator.sh
@duez est en train de travailler sur la migration des données, et fera au passage de la ~doc pour cela vdj#1085
Approche doc-first : ces instructions iront dans http://www.vidjil.org/doc/server/#migrating-data, est-ce probablement à la...
@duez est en train de travailler sur la migration des données, et fera au passage de la ~doc pour cela vdj#1085
Approche doc-first : ces instructions iront dans http://www.vidjil.org/doc/server/#migrating-data, est-ce probablement à la place du paragraphe "Filtering data" ? Marc, dès que tu as des choses dessus, on testera/affinera cela
cc @flothoni2020-10-08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3576Page de connexion sur serveurs externes2021-02-09T18:14:05+01:00Mathieu GiraudPage de connexion sur serveurs externes"You can request an account on this server", et cela ouvre un mail pour support@vidjil.org.
A priori pas de soucis, mais ce serait bien d'avoir au moins le FQDN du serveur pour qu'on renvoie vers la bonne personne."You can request an account on this server", et cela ouvre un mail pour support@vidjil.org.
A priori pas de soucis, mais ce serait bien d'avoir au moins le FQDN du serveur pour qu'on renvoie vers la bonne personne.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4684Mise à jour Docker et service de relancement2021-02-10T14:51:50+01:00Mathieu GiraudMise à jour Docker et service de relancement
@duez: down puis `docker pull`, mais est-ce que le service qui relance les containeurs ne pourrait pas courrir et relancer avant des choses ? Bref, Marc propose de couper le service avant. Le documenter dans `server.md` ?
Mais ce servi...
@duez: down puis `docker pull`, mais est-ce que le service qui relance les containeurs ne pourrait pas courrir et relancer avant des choses ? Bref, Marc propose de couper le service avant. Le documenter dans `server.md` ?
Mais ce service de relance est-il uniquement sur lil ? Serait-il intéressant ailleurs, et faut-il le documenter aussi ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3385Liste des `SEG_METHOD_*`2021-02-10T20:17:07+01:00Mathieu GiraudListe des `SEG_METHOD_*`Sans parler d'algo trop précis ni de technique (#3377, #2968, #2655)...
Quelque part un inventaire de situations bios.
- (no implémenté) `_ZERO`: Rien de connu `(_)`, mais significativement rien (`_` suffisament long, ce n'est pas exa...Sans parler d'algo trop précis ni de technique (#3377, #2968, #2655)...
Quelque part un inventaire de situations bios.
- (no implémenté) `_ZERO`: Rien de connu `(_)`, mais significativement rien (`_` suffisament long, ce n'est pas exactement comme `UNSEG_TOO_FEW_ZERO`
- `_ONE`: Colinéaire génome `(*, 1, *)` (dans cet esprit `(1)` serait souhaitable ?).
- `_53`: Recombinaison VJ, ou autre,`(5, *, 3)`.
- Notons qu'il n'y a pas de `*` sur le côté, ce qui a nécessité J+down #3008
- Cela suggère d'ailleurs (non implémenté) `_543C` #2993
- Le `*` pose #2656 #1878
- `_12`: Recombinaison inattendue xxx, `(1, *, 2)`, cas particulier de `(5, *, 3)`.
- `_1U`: Recombinaison inattendue / translocation xxx, `(1, _)`, avec `_` "sufisament long"
- `_543`: Recombinaison VDJ `(5, *, 4+, *, 3)` Le `4+` est regardé uniquement par le FineSegmenter. Il est optionnel.
- (non implémenté) `_5K43`: Recombinaison VDJ `(5, *, 4+, *, 3)` Le `4+` (ou déjà un `4?`) serait aussi considéré par le KmerSegmenter #2654
- (non implémenté) `_u543d`: Recombinaison VDJ `(up, 5, *, 4+, *, 3, down)` avec up/down stream indexé séparément #XXXX (et aussi #2138)
- (non implémenté) `_123`: Cas complexes `(*, 1, *, 2, *, 3, *)` #3376https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4695Indice de diversité; affiché les noms complets dans le panel information de l...2021-02-12T12:59:50+01:00Thonier FlorianIndice de diversité; affiché les noms complets dans le panel information de l'échantillonPour l'instant on a des abréviations et pas le nom clair des indicesPour l'instant on a des abréviations et pas le nom clair des indices2021-03-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4697Mieux afficher les ratios très faibles2021-02-12T18:30:41+01:00Mathieu GiraudMieux afficher les ratios très faibles- ~cpp : `0.000644% of 126748894 reads`
- ~client, zone info: `0.00%` en rouge (pas très informatif)
Alors que dans le ~client, on affiche mieux les faibles pourcentages dans ~"client-cloneList" ?- ~cpp : `0.000644% of 126748894 reads`
- ~client, zone info: `0.00%` en rouge (pas très informatif)
Alors que dans le ~client, on affiche mieux les faibles pourcentages dans ~"client-cloneList" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4699vidjil-algo: pouvoir prendre des séquences en ligne de commande2021-02-15T14:24:17+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: pouvoir prendre des séquences en ligne de commandeDepuis !887, il est agréable de pouvoir faire
`echo ">seq\ngggtcttactactgtgcctgtgacaccacaccgataaactcatctttggaaaaggaacccg" | ./vidjil-algo --all -g germline -`
Va-t-on plus loin avec une option type `--seq` pour prendre directement des...Depuis !887, il est agréable de pouvoir faire
`echo ">seq\ngggtcttactactgtgcctgtgacaccacaccgataaactcatctttggaaaaggaacccg" | ./vidjil-algo --all -g germline -`
Va-t-on plus loin avec une option type `--seq` pour prendre directement des séquences ? (peut-être même sans header fasta ?)
Cela pourrait faciliter le débuggage / valgrind quand nécessaire, mais c'est vraiment ~"priority-1-low".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3654Pseudo-gènes non in-frame et tests algos2021-02-17T07:59:02+01:00Mathieu GiraudPseudo-gènes non in-frame et tests algosAprès !372, mettre à jour les tests algos.
Il y a significativement plus de germlines (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3515#note_138454), d'où pas mal de petits tests à changer (une dizaine de should-get). À voir si cela ne...Après !372, mettre à jour les tests algos.
Il y a significativement plus de germlines (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3515#note_138454), d'où pas mal de petits tests à changer (une dizaine de should-get). À voir si cela ne perturbe pas l'ensemble. A priori 8 should-vdj changent, c'est surtout là-dessus qu'on verra si c'est acceptable.
Une alternative serait de faire #3515 en créant `IGHV.fa` et `IGHV-outframe.fa`, et de ne faire les tests que sur `IGHV.fa`. Mais ce ne serait pas élégant, et si les outframe ne sont pas beaucoup testés, ils ne seront pas beaucoup maintenus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2727Onglet "samples" / Un sample doit-il nécessairement appartenir à un set ?2021-02-17T11:42:18+01:00Mathieu GiraudOnglet "samples" / Un sample doit-il nécessairement appartenir à un set ?Lien surprenant entre #2726 et #2591.
#2591 :
> > @RyanHerb : et fournir une vue des sequence_file "orphelins"
>
> @magiraud : Oui, pour les admins
Ou bien pour les utilisateurs aussi ? Pourquoi un sample devrait-il appartenir à un set...Lien surprenant entre #2726 et #2591.
#2591 :
> > @RyanHerb : et fournir une vue des sequence_file "orphelins"
>
> @magiraud : Oui, pour les admins
Ou bien pour les utilisateurs aussi ? Pourquoi un sample devrait-il appartenir à un set ? Est-ce que quelque chose de plus générique ne serait pas qu'un sample puisse appartenir à 0, 1, 2, 3, ... n sets ?
Dans ce cas, on voit #2726 sous un autre angle : on devrait pouvoir visualiser un seul sample (qu'il soit ou pas dans un ou plusieurs sets). Et on pourrait faire des recherches sur les samples (typiquement de leurs infos), indépendamment de leur sets. Actuellement, c'est un peu difficile de chercher un sample si on ne sait pas dans quel patient/run/set il se trouve.
Le menu "runs / patients / sets" pourrait être alors "runs / patients / sets / samples", l'entrée "samples" remplaçant le "Compare samples", montrant tous les samples (et éventuellement, en option, uniquement les orphelins)... mais cela devrait être clair que la vue "samples" n'est pas du même niveau que les autres.
Confusion ou clarification ?
cc @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4704Documenter / cacher -c detect / windows / germline ?2021-02-17T14:39:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter / cacher -c detect / windows / germline ?Depuis [discussion dans !906](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/906#note_466377):
> Peut-être cacher ici `-c detect` ? D'ailleurs, cacher également `-c windows` (pas décrit dans la doc...) ? Voire `-c germlines` ?...Depuis [discussion dans !906](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/906#note_466377):
> Peut-être cacher ici `-c detect` ? D'ailleurs, cacher également `-c windows` (pas décrit dans la doc...) ? Voire `-c germlines` ?
Je penche pour cacher tout cela, ou au moins le mettre en "advanced options" (à voir comment, passer tout `-c` en advanced ? Et faire un preset pour `-c designations -2 -3` ?)
Ce n'est pas que du ~bikeshedding, c'est juste qu'une commande non documentée n'apporte pas de clarté. Dans tout vidjil-algo.md, il y a une seule occurrence de `-c designations`, et aucune des autres. Surtout que, selon la commande, plein d'autres options ne servent plus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4707vidjil-algo: make install2021-02-18T23:02:54+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: make install
Sans aller jusqu'à utiliser autotools, on pourrait avoir une règle `make install` qui met le binaire et les germlines #4368 là où il le faut.
Sans aller jusqu'à utiliser autotools, on pourrait avoir une règle `make install` qui met le binaire et les germlines #4368 là où il le faut.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4368Vidjil-algo; rendre le path du germline optionel2021-02-18T23:02:54+01:00Thonier FlorianVidjil-algo; rendre le path du germline optionelLorsque je lance des scripts en local, j'ai toujours besoin d'ajouté le path vers les germlines et le fichier `.g` aussi.
Serait-il envisageable de le rendre accessoire et qu'il aille le chercher par defaut à l'endroit où se situe l'alg...Lorsque je lance des scripts en local, j'ai toujours besoin d'ajouté le path vers les germlines et le fichier `.g` aussi.
Serait-il envisageable de le rendre accessoire et qu'il aille le chercher par defaut à l'endroit où se situe l'algo, avec `homo-sapiens.g` aussi par defaut ?
PS: C'est un minuscule point de détail.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4342problème d'échelle sur les axes2021-02-19T08:16:10+01:00Thonier Florianproblème d'échelle sur les axesEn testant une nouvelle option algo, j'ouvre un fichier qui ne contient des clones qui ne font nunquement que 300 et 301 nt.
Le rendu n'est pas jolie du tout. Les clones ont maintenant une largeur aussi large que l'ensemble du graph.
...En testant une nouvelle option algo, j'ouvre un fichier qui ne contient des clones qui ne font nunquement que 300 et 301 nt.
Le rendu n'est pas jolie du tout. Les clones ont maintenant une largeur aussi large que l'ensemble du graph.
En voici un exemple:
![Screenshot_20200611_180027](/uploads/0c6be42524f2cebc8a4621f42fa5f573/Screenshot_20200611_180027.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4200En mode histo, nous n'avons plus l'axe Y représenté2021-02-19T08:16:10+01:00Thonier FlorianEn mode histo, nous n'avons plus l'axe Y représentéVu ajourd'hui sur une demo, et reproduit sur 2 pc séparés.
Si nous changons la représentation du scatterplot en mode histo, nous n'avons plus automatiquement l'axe Y qui se met en mode size et indique ainsi la somme des barres.
![Scre...Vu ajourd'hui sur une demo, et reproduit sur 2 pc séparés.
Si nous changons la représentation du scatterplot en mode histo, nous n'avons plus automatiquement l'axe Y qui se met en mode size et indique ainsi la somme des barres.
![Screenshot_20200225_150650](/uploads/a8be0d27e1075ae843985c9ad5d7f0dd/Screenshot_20200225_150650.png)
Si on change dans la liste l'axe Y pour choisir size, nous avons de nouveau un axe Y.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4446Notation scientifique à partir de 1e-4 sur les axes log2021-02-19T08:16:10+01:00Mathieu GiraudNotation scientifique à partir de 1e-4 sur les axes logmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3508Axe log pouvant basculer en non-log ?2021-02-19T08:16:10+01:00Mathieu GiraudAxe log pouvant basculer en non-log ?Depuis #3504 :
> il y a d'autres données où les occurrences sont faibles et où une échelle log serait trompeuse
Mmmm... en général je trouverais cela douteux, mais oui, en particulier sur des valeurs entières, c'est quelque chose qui p...Depuis #3504 :
> il y a d'autres données où les occurrences sont faibles et où une échelle log serait trompeuse
Mmmm... en général je trouverais cela douteux, mais oui, en particulier sur des valeurs entières, c'est quelque chose qui peut arriver. Un log pour des valeurs entières entre 1 et 10 n'est pas très joli.
On pourrait avoir un axe qui soit log en général et, non-log tant que c'est, par exemple, entre 0 et 20.
Voir aussi #2363.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4006Motif {WF}GxG et productivité2021-02-19T12:51:36+01:00Thonier FlorianMotif {WF}GxG et productivitéEn regardant des séquences discordantes (#2526), on est tombé sur une séquence pour laquelle le motif {WP}GxG était en cause.
Nous devrions vérifier le comportement de vidjil sur ce point, voir ajouter des séquences de tests et un point...En regardant des séquences discordantes (#2526), on est tombé sur une séquence pour laquelle le motif {WP}GxG était en cause.
Nous devrions vérifier le comportement de vidjil sur ce point, voir ajouter des séquences de tests et un point de documentation la dessus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2708Ne pas imposer un prénom + nom pour les patients2021-02-19T15:25:10+01:00Mathieu GiraudNe pas imposer un prénom + nom pour les patientsLa création d'un patient ne devrait pas imposer prénom et nom. Cela n'a pas de sens dans certaines cultures, et, de plus, certains hopitaux n'ont pas accès à ces infos et se sentent obligés de mettre deux numéros / infos pipotes.
Un pat...La création d'un patient ne devrait pas imposer prénom et nom. Cela n'a pas de sens dans certaines cultures, et, de plus, certains hopitaux n'ont pas accès à ces infos et se sentent obligés de mettre deux numéros / infos pipotes.
Un patient pourrait avoir au moins un prénom, nom ou ID.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4709Erreur sur la variable system2021-02-19T15:36:25+01:00Thonier FlorianErreur sur la variable systemJ'ai fait hier quelques essais sur les focntion du `crossdomain.js` et je suis tombé sur une erreur, que ce soit sur app ou mon localhost. J'ai parfois la variable system qui n'est pas défini et dans ce cas on ne peut pas envoyé les doné...J'ai fait hier quelques essais sur les focntion du `crossdomain.js` et je suis tombé sur une erreur, que ce soit sur app ou mon localhost. J'ai parfois la variable system qui n'est pas défini et dans ce cas on ne peut pas envoyé les donénes à desservices tiers.
Pour résoudre rapidement le souci, il suffit de changer de sample et ça repart.
Mais on peut reproduire le bug en faisant des sélation de clones. Je n'ai pas encore reproduit exactement la marche pour cette reproduction.
Je regarde un peu plus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3967Import natif de AIRR par le client2021-02-23T10:31:54+01:00Mathieu GiraudImport natif de AIRR par le clientVoir #3591. Sera donc fait après #3673.Voir #3591. Sera donc fait après #3673.