vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-12-12T13:54:52+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3658Interdire les \n dans les configs2018-12-12T13:54:52+01:00Mathieu GiraudInterdire les \n dans les configsEn créant une nouvelle config, j'ai rentré par erreur `-t 100\n` comme fuse_command, sans m'en rendre compte. Cela fait des erreurs plus tard.En créant une nouvelle config, j'ai rentré par erreur `-t 100\n` comme fuse_command, sans m'en rendre compte. Cela fait des erreurs plus tard.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3647Pre-/post- options in fuse to implement a post-process2020-12-11T12:32:00+01:00Mathieu GiraudPre-/post- options in fuse to implement a post-processInstead of resolving #3538 (that is ~"!\-hard"), @flothoni proposed a solution with ~"server\-fuse" to implement a post-process and still to be admin-configurable by configs.
A post-process programm is something that takes a `.vidjil` f...Instead of resolving #3538 (that is ~"!\-hard"), @flothoni proposed a solution with ~"server\-fuse" to implement a post-process and still to be admin-configurable by configs.
A post-process programm is something that takes a `.vidjil` file and give back another `.vidjil` file.
We implement two `--pre` and `--post` options to ~"server\-fuse"
- `--pre progname` will lauch `progname in.vidjil in2.vidjil` on each `in.vidjil` input file.
- `--post progname` will lauch `progname out.vidjil out2.vidjil` on the collated `out.vidjil` filehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3646Document normalize_reads in doc/vidjil-format.md2023-03-28T16:34:30+02:00Mathieu GiraudDocument normalize_reads in doc/vidjil-format.md#3645#3645Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3645Extend normalization with custom normalized_reads2018-12-28T08:13:10+01:00Mathieu GiraudExtend normalization with custom normalized_readsAter #3644, implement `normalized_reads` handling in `normalize()`Ater #3644, implement `normalized_reads` handling in `normalize()`Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3644Refactor normalisation2018-12-28T08:13:43+01:00Mathieu GiraudRefactor normalisationTalked with @mikael\-s et @flothoni
Proposed solution:
- model.js: normalize() looks directly to `m.norm`
- clone.js: a new `getNormalizedReads()` *always* calls `m.normalize()`
- clone.js: all `get*Size()` functions call `getNormalize...Talked with @mikael\-s et @flothoni
Proposed solution:
- model.js: normalize() looks directly to `m.norm`
- clone.js: a new `getNormalizedReads()` *always* calls `m.normalize()`
- clone.js: all `get*Size()` functions call `getNormalizedReads()`
Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3642vmi: div data en bas à gauche de la liste déborde2018-12-21T17:30:37+01:00Mathieu Giraudvmi: div data en bas à gauche de la liste débordeConfirmé par @flothoni, avec éléments qui glissent sous la barre.
https://vdb.vidjil.org/browser/?set=28977&config=25&plot=allele_v,allele_j,gridConfirmé par @flothoni, avec éléments qui glissent sous la barre.
https://vdb.vidjil.org/browser/?set=28977&config=25&plot=allele_v,allele_j,gridhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3636docker: ajouter une segmenter page dans conf.js2018-12-04T12:43:59+01:00Ryan Herbertdocker: ajouter une segmenter page dans conf.jsTout est dans le titre. Ajouter dans les fichiers de config par défaut de docker (conf.js et conf_http.js) un lien par défaut vers la segmenter pageTout est dans le titre. Ajouter dans les fichiers de config par défaut de docker (conf.js et conf_http.js) un lien par défaut vers la segmenter pagehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3635url : `c/` par défaut + règle compatibilité `browser/`2018-12-04T12:44:50+01:00Mathieu Giraudurl : `c/` par défaut + règle compatibilité `browser/`!109!109Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3634url : liens (bouton central) dans liste des patients et see results2018-12-04T12:45:14+01:00Mathieu Giraudurl : liens (bouton central) dans liste des patients et see results!109!109Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3633Pouvoir désactiver le lancement de runs dans defs.py2019-12-13T10:53:16+01:00Mathieu GiraudPouvoir désactiver le lancement de runs dans defs.pyDiscussion avec @RyanHerb et @mikael\-s vdj#719
Pourrait-on avoir un flag dans `defs.py` ou ailleurs pour désactiver le lancement de runs ? Uniquement, ou aussi la création de workers ? Cela permettrait que deux serveurs tapent sur la b...Discussion avec @RyanHerb et @mikael\-s vdj#719
Pourrait-on avoir un flag dans `defs.py` ou ailleurs pour désactiver le lancement de runs ? Uniquement, ou aussi la création de workers ? Cela permettrait que deux serveurs tapent sur la base live en même temps, un étant "read only", et pourrait favoriser des migrations ou des tests.
Mais même "read only", un serveur touche la bd pour le login/logout.
(@RyanHerb : mais peut-être même que les schedulers de deux serveurs pourraient s'enregistrer ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3621Ne pas lancer des fuse sans fichier2018-11-21T16:11:12+01:00Mathieu GiraudNe pas lancer des fuse sans fichiervdj#754
Discussion avec @mikael\-s, @flothoni, @RyanHerb : le `files` de ~"server-task.py" est vide dans certains cas:
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/server/web2py/applications/vidjil/models/task.py#L628
car si on a sup...vdj#754
Discussion avec @mikael\-s, @flothoni, @RyanHerb : le `files` de ~"server-task.py" est vide dans certains cas:
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/server/web2py/applications/vidjil/models/task.py#L628
car si on a supprimé des fichiers, y compris tout, on relance.
- ne pas relancer un `fuse` si on a supprimé tout... mais difficile à détecter ?
- dans tous les cas (et peut-être cela suffira) failsafe dans `run_fuse`, si `files` est videhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3612Le bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"2018-11-07T13:41:21+01:00Mathieu GiraudLe bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3610Les tests serveurs échouent : gpg: keyserver receive failed2021-04-02T14:58:14+02:00Mikaël SalsonLes tests serveurs échouent : gpg: keyserver receive failedEn ce moment les tests fonctionnels serveurs échouent ([exemple](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/195678)).
La commande :
```
gpg --keyserver ha.pool.sks-keyservers.net --recv-keys B42F6819007F00F88E364FD4036A9C25BF357DD4
``...En ce moment les tests fonctionnels serveurs échouent ([exemple](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/195678)).
La commande :
```
gpg --keyserver ha.pool.sks-keyservers.net --recv-keys B42F6819007F00F88E364FD4036A9C25BF357DD4
```
produit l'erreur `gpg: keyserver receive failed: Cannot assign requested address`. Cela fonctionne chez moi (dans le dock) en local. Et la commande fonctionne également, hors dock, sur le slave.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3605Utiliser une version fixe de web2py2019-08-22T09:57:53+02:00Mathieu GiraudUtiliser une version fixe de web2pyWeb2py peut introduire des bugs par une nouvelle version... On devrait probablement se fixer à une version en dur (qu'on met à jour régulièrement, comme toute librairie).
vdj#727
cc @RyanHerbWeb2py peut introduire des bugs par une nouvelle version... On devrait probablement se fixer à une version en dur (qu'on met à jour régulièrement, comme toute librairie).
vdj#727
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3603Séparateur horizontal au bon endroit2018-11-02T17:16:22+01:00Mathieu GiraudSéparateur horizontal au bon endroitajouté en js entre visu et visu2ajouté en js entre visu et visu2Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3600Des warnings à la compilation2020-06-19T19:41:51+02:00Mikaël SalsonDes warnings à la compilationSuite au travail sur la sortie AIRR on a des warnings à la compilation :
```
output.cpp: In member function ‘void SampleOutput::out(std::ostream&)’:
output.cpp:104:33: warning: unused parameter ‘s’ [-Wunused-parameter]
void SampleOutp...Suite au travail sur la sortie AIRR on a des warnings à la compilation :
```
output.cpp: In member function ‘void SampleOutput::out(std::ostream&)’:
output.cpp:104:33: warning: unused parameter ‘s’ [-Wunused-parameter]
void SampleOutput::out(ostream &s)
^
g++ -W -Wall -std=c++11 -O2 -DNDEBUG -I ../ -c filter.cpp
output.cpp: In member function ‘std::__cxx11::string CloneOutput::getWarnings()’:
output.cpp:78:1: warning: control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]
}
^
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3592stdout / .vdj.fa comme sous-classe de CloneOutput()2019-03-14T16:12:52+01:00Mathieu Giraudstdout / .vdj.fa comme sous-classe de CloneOutput()Voir #3566.Voir #3566.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3588.gitlab-ci.yml : utiliser only/except pour ne lancer certains tests que lors ...2024-01-18T11:02:41+01:00Mathieu Giraud.gitlab-ci.yml : utiliser only/except pour ne lancer certains tests que lors de certaines modifications ?(Probablement un doublon, je n'arrive pas retrouver l'issue d'origine.)
Possible depuis 11.4, déployé sur gitlab.inria.
https://about.gitlab.com/2018/10/22/gitlab-11-4-released/#run-jobs-codeonlycodecodeexceptcode-for-modifications-on-...(Probablement un doublon, je n'arrive pas retrouver l'issue d'origine.)
Possible depuis 11.4, déployé sur gitlab.inria.
https://about.gitlab.com/2018/10/22/gitlab-11-4-released/#run-jobs-codeonlycodecodeexceptcode-for-modifications-on-a-path-or-fileDev-cihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3585Labels should be stored in the fused file2018-12-04T18:41:45+01:00Mikaël SalsonLabels should be stored in the fused fileDiscussed with @meidanis: the labels that are stored in the .vidjil file appear to be discarded by the `fuse.py` file. This is a pity!Discussed with @meidanis: the labels that are stored in the .vidjil file appear to be discarded by the `fuse.py` file. This is a pity!Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3577Mettre les tags par défaut sur toute installation neuve du serveur2018-10-18T17:54:27+02:00Mathieu GiraudMettre les tags par défaut sur toute installation neuve du serveurVoir `doc/tags.org`
cc @RyanHerbVoir `doc/tags.org`
cc @RyanHerb